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求教基因序列对比的简易方法。

求教基因序列对比的简易方法。# Biology - 生物学

m*62011-04-24 07:04

1 楼

谢谢

c*92011-04-24 07:04

2 楼

我现在有60个基因序列，要做两两序列对比的MATRIX,我用DNAMAN两两比对很耗时耗力
，一个对比另外的59个做下来基本要半个小时，已经做了大概10几个。算了一下做完这
个60个起码24多个个小时不停的比对。请问各位前辈有更省时的软件推荐？或者是我的
方法不到位？请指教，谢谢。

g*t2011-04-24 07:04

3 楼

没用过DNAMAN,我一般用MUSCLE，比较快而且比对质量比较好。
你是要计算Genetic distance matrix?为什么不用mutiple sequence alignment?
按照你说的速度，就算两两比对也用不了24个多小时，15个小时就差不多了（A和B比对
过以后就不用重复B和A的比对了）。

c*92011-04-24 07:04

4 楼

我就是计算sequence identity matrix 的，那个mutiple sequence alignment我用了
下发现是一起对比好几个序列的。我要的只是两两对比的。我发现用mutiple sequence
alignment的话，我在对比A和B时，为了精确把A和b的头尾稍微砍了下，发现接下来A
和C就没法接着对比了。

g*t2011-04-24 07:04

5 楼

multiple sequence alignment也是可以用来算pairwise distance的。multiple
sequence alignment理论上应该比pairwise alignment准确。multiple sequence
alignment一般的策略是先进行pairwise alignment，然后再把结果“合并”起来。为
什么要把序列掐头去尾？末端序列测的不准？“接下来A和C就没法接着对比了”是虾米
意思？程序报错了？

sequence
A

【在 c****9 的大作中提到】

: 我就是计算sequence identity matrix 的，那个mutiple sequence alignment我用了
: 下发现是一起对比好几个序列的。我要的只是两两对比的。我发现用mutiple sequence
: alignment的话，我在对比A和B时，为了精确把A和b的头尾稍微砍了下，发现接下来A
: 和C就没法接着对比了。