PAPER 求助，序列相似性和进化树结果不符合怎么办？？？ - 未名空间MITBBS历史存档

PAPER 求助，序列相似性和进化树结果不符合怎么办？？？# Biology - 生物学

b*c2011-05-03 07:05

1 楼

刚发现我的linkedin上，最近看过我page的人里，居然有某领馆的签证官！我要带娃出
去玩，这个月申请了某国签证。我申请材料里有employment verification letter，难
道还不够？感觉那个国家领馆工作人员太闲了，呵呵。这年头有点信息的话，人肉个人
太容易了...

k*k2011-05-03 07:05

2 楼

好像有好几家，应该怎么选？只看价格么

y*s2011-05-03 07:05

3 楼

Stolen (cage)

c*92011-05-03 07:05

4 楼

我现在有30多个与某一种属A相似的菌株序列，另外还有分属别的属的菌株10个。菌株
的SPECIES未明，我做了SEQUENCE SIMILARITY MATRIX和NJ 的phologenetic trees. 但
是其中在树内显示的同源性较高的几个菌株（BOOTSTRAP 70-100)的序列相似度只有90%
多。但是我导师说菌株序列相似度要到98.6%才能算一个SPECIES。我现在这种情况怎么
解释呢？ 1. 是否是进化树的问题，是否需要用ML和MP建立别的进化树观察。以期得到
与SEQUENCE SIMILARITY MATRIX符合的进化树呢？ 2. 这个所谓的98.6%的序列相似度
才算是一个SPECIES是否正确呢？我到处找也没搜到这个据？或者90%多就足够支持两者
是一个SEPECIES了呢？ 3. 是否是根据进化树为主，序列相似度为辅推测序列直接的同
源性的呢？
麻烦了解的说明一下，谢谢。

f*d2011-05-03 07:05

5 楼

可能人家看上你了想多了解一点

【在 b*******c 的大作中提到】

: 刚发现我的linkedin上，最近看过我page的人里，居然有某领馆的签证官！我要带娃出
: 去玩，这个月申请了某国签证。我申请材料里有employment verification letter，难
: 道还不够？感觉那个国家领馆工作人员太闲了，呵呵。这年头有点信息的话，人肉个人
: 太容易了...

A*a2011-05-03 07:05

6 楼

好在哪？

【在 y**s 的大作中提到】

: Stolen (cage)

b*e2011-05-03 07:05

7 楼

98.6%的这个不知道，sequence similarity matrix的这个也不知道，不过
phylogenetic tree这里：
1、你用的什么序列？做进化树很灵活的，比方说很多用核糖体小亚基的rDNA序列，
有的人只用里面的conserved的部分来做，有的人则比的是SSU rRNA的二级结构
2、你进化树怎么做的，如果你序列比对的不好，也影响最后的结果，你可以自己再手
动调整调整那个比对的结果
3、用不同的方法做进化树，同样的dataset得出来的树也不一样，因为各个方法的算法
不同。你可以试一下MP，Bayesian和ML. 其中MP最简单，计算量最小。ML计算量很大。你的数据要很大的话，估计ML
太麻烦。

90%

【在 c****9 的大作中提到】

: 我现在有30多个与某一种属A相似的菌株序列，另外还有分属别的属的菌株10个。菌株
: 的SPECIES未明，我做了SEQUENCE SIMILARITY MATRIX和NJ 的phologenetic trees. 但
: 是其中在树内显示的同源性较高的几个菌株（BOOTSTRAP 70-100)的序列相似度只有90%
: 多。但是我导师说菌株序列相似度要到98.6%才能算一个SPECIES。我现在这种情况怎么
: 解释呢？ 1. 是否是进化树的问题，是否需要用ML和MP建立别的进化树观察。以期得到
: 与SEQUENCE SIMILARITY MATRIX符合的进化树呢？ 2. 这个所谓的98.6%的序列相似度
: 才算是一个SPECIES是否正确呢？我到处找也没搜到这个据？或者90%多就足够支持两者
: 是一个SEPECIES了呢？ 3. 是否是根据进化树为主，序列相似度为辅推测序列直接的同
: 源性的呢？
: 麻烦了解的说明一下，谢谢。

a*g2011-05-03 07:05

8 楼

本来就是的

【在 b*******c 的大作中提到】

: 刚发现我的linkedin上，最近看过我page的人里，居然有某领馆的签证官！我要带娃出
: 去玩，这个月申请了某国签证。我申请材料里有employment verification letter，难
: 道还不够？感觉那个国家领馆工作人员太闲了，呵呵。这年头有点信息的话，人肉个人
: 太容易了...

y*s2011-05-03 07:05

9 楼

Escape from Alcatraz ( Eastwood, 1979)

【在 y**s 的大作中提到】

: Stolen (cage)

m*s2011-05-03 07:05

10 楼

SEQUENCE SIMILARITY MATRIX不一定和进化树总是符合的。在分子钟假说成立的情况下
，也就是
各分支进化速率一样的情况下才会符合。
UPGMA使用分子钟作为assumption，但其他的方法，比如NJ， MP， ML不需要这个
assumption
用不同的方法，不同的model （one parameter, two parameter）,各做一些树，再看看

90%

【在 c****9 的大作中提到】

: 我现在有30多个与某一种属A相似的菌株序列，另外还有分属别的属的菌株10个。菌株
: 的SPECIES未明，我做了SEQUENCE SIMILARITY MATRIX和NJ 的phologenetic trees. 但
: 是其中在树内显示的同源性较高的几个菌株（BOOTSTRAP 70-100)的序列相似度只有90%
: 多。但是我导师说菌株序列相似度要到98.6%才能算一个SPECIES。我现在这种情况怎么
: 解释呢？ 1. 是否是进化树的问题，是否需要用ML和MP建立别的进化树观察。以期得到
: 与SEQUENCE SIMILARITY MATRIX符合的进化树呢？ 2. 这个所谓的98.6%的序列相似度
: 才算是一个SPECIES是否正确呢？我到处找也没搜到这个据？或者90%多就足够支持两者
: 是一个SEPECIES了呢？ 3. 是否是根据进化树为主，序列相似度为辅推测序列直接的同
: 源性的呢？
: 麻烦了解的说明一下，谢谢。

d*r2011-05-03 07:05

11 楼

那个签证官真是认真负责啊……

【在 b*******c 的大作中提到】

: 刚发现我的linkedin上，最近看过我page的人里，居然有某领馆的签证官！我要带娃出
: 去玩，这个月申请了某国签证。我申请材料里有employment verification letter，难
: 道还不够？感觉那个国家领馆工作人员太闲了，呵呵。这年头有点信息的话，人肉个人
: 太容易了...

y*s2011-05-03 07:05

12 楼

The Pianist (2002, three academy awards winner).
Famed Polish concert pianist Wladyslaw Szpilman struggles to survive the
onslaught of Nazi tyranny during World War II.
The most touching moment was when this pianist was moving his fingers above
the keys without touching any of them to play from the bottom of heart!

【在 y**s 的大作中提到】

: Escape from Alcatraz ( Eastwood, 1979)

c*g2011-05-03 07:05

13 楼

所以我就是不开领英的帐号。

y*s2011-05-03 07:05

14 楼

The Forsyte Saga (2002): the series collect most of top actors and
actresses from UK. The story is great too!

above

【在 y**s 的大作中提到】

: The Pianist (2002, three academy awards winner).
: Famed Polish concert pianist Wladyslaw Szpilman struggles to survive the
: onslaught of Nazi tyranny during World War II.
: The most touching moment was when this pianist was moving his fingers above
: the keys without touching any of them to play from the bottom of heart!

z*g2011-05-03 07:05

15 楼

其实他主次颠倒
employment verification letter能造假的话，Linkedin个人profile岂不是更能胡写
从LinkedIn的履历上根本看不出真假啊
现在猎头和招聘经理都还是看LinkedIn做coldcall，真到了背景调查，谁看LinkedIn

【在 b*******c 的大作中提到】

: 刚发现我的linkedin上，最近看过我page的人里，居然有某领馆的签证官！我要带娃出
: 去玩，这个月申请了某国签证。我申请材料里有employment verification letter，难
: 道还不够？感觉那个国家领馆工作人员太闲了，呵呵。这年头有点信息的话，人肉个人
: 太容易了...

y*s2011-05-03 07:05

16 楼

"The next tree days"

l*r2011-05-03 07:05

17 楼

二楼正解

【在 z******g 的大作中提到】

: 其实他主次颠倒
: employment verification letter能造假的话，Linkedin个人profile岂不是更能胡写
: 从LinkedIn的履历上根本看不出真假啊
: 现在猎头和招聘经理都还是看LinkedIn做coldcall，真到了背景调查，谁看LinkedIn

y*s2011-05-03 07:05

18 楼

Flawless ( Demi Moore, Michael Caine, 2007)

l*a2011-05-03 07:05

19 楼

North and South
不过是电视电影（BBC出品），台词很好。
爱情片，很久都没有看过这样感人的爱情片了。
据说当年在BBC播出时直接导致BBC网站瘫痪。。。

【在 y**s 的大作中提到】

: Stolen (cage)

y*s2011-05-03 07:05

20 楼

Deadfall (2012)

T*o2011-05-03 07:05

21 楼

感谢推荐，解释一下推荐缘由就更好了

【在 y**s 的大作中提到】

: Stolen (cage)

s*y2011-05-03 07:05

22 楼

我今天看了，开始很质疑，觉得色调很灰暗，但是看着看着，就喜欢了。感觉和傲慢与
偏见很像很像。都有点小虐。谢谢推荐，Margaret不是很好看，很呆。但是男主非常帅。

【在 l***a 的大作中提到】

: North and South
: 不过是电视电影（BBC出品），台词很好。
: 爱情片，很久都没有看过这样感人的爱情片了。
: 据说当年在BBC播出时直接导致BBC网站瘫痪。。。

t*g2011-05-03 07:05

23 楼

the hunger games

c*r2011-05-03 07:05

24 楼

因为电影院看不到这部片子。

【在 T*******o 的大作中提到】

: 感谢推荐，解释一下推荐缘由就更好了

S*s2011-05-03 07:05

25 楼

非常喜欢这部短剧，加上那小提琴音乐。。。心都醉了。

帅。

【在 s***y 的大作中提到】

: 我今天看了，开始很质疑，觉得色调很灰暗，但是看着看着，就喜欢了。感觉和傲慢与
: 偏见很像很像。都有点小虐。谢谢推荐，Margaret不是很好看，很呆。但是男主非常帅。

s*y2011-05-03 07:05

26 楼

男主太帅了。当他表白的时候，女主的反应，实在让我气愤不解。。。。我看了这个，
就迷上Richard Armitage了。

【在 S****s 的大作中提到】

: 非常喜欢这部短剧，加上那小提琴音乐。。。心都醉了。
:
: 帅。