CHIP 收DNA的一个奇怪现象# Biology - 生物学
x*i
1 楼
请教各位，我用的keras的generator，但是data augmentation非常慢，导致gpu利用率
只有5%.
我用的是jpg的图片。各位有没有好的方法？多谢
只有5%.
我用的是jpg的图片。各位有没有好的方法？多谢
y*u
2 楼
正在做一个TF的chip
用的dynal beads
产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
见的……）
另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
用的dynal beads
产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
见的……）
另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
L*8
3 楼
CPU太烂了？
【在 x**********i 的大作中提到】
: 请教各位，我用的keras的generator，但是data augmentation非常慢，导致gpu利用率
: 只有5%.
: 我用的是jpg的图片。各位有没有好的方法？多谢
【在 x**********i 的大作中提到】
: 请教各位，我用的keras的generator，但是data augmentation非常慢，导致gpu利用率
: 只有5%.
: 我用的是jpg的图片。各位有没有好的方法？多谢
s*r
4 楼
Phenol contamination?
正在做一个TF的chip
用的dynal beads
产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
见的……）
另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
【在 y*********u 的大作中提到】
: 正在做一个TF的chip
: 用的dynal beads
: 产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
: nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
: DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
: 见的……）
: 另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
正在做一个TF的chip
用的dynal beads
产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
见的……）
另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
【在 y*********u 的大作中提到】
: 正在做一个TF的chip
: 用的dynal beads
: 产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
: nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
: DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
: 见的……）
: 另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
d*7
5 楼
很正常，因为ChIPed DNA浓度极低，Nanodrop都不准的，我从来都是只用Nanodrop测
Input DNA，从来不测ChIPed DNA
Nanodrop测得是OD吸收值，用phenol的话，会有一些phenol或者没取干净的蛋白质类的
也会吸光，影响浓度。
对于ChIPed DNA，我们这的core facillity用Q-bit，Q-bit更准，因为据说是根据与
DNA特异性结合的原理而测的，具体是啥我忘了。
我这有个例子你可以参考，上个月我的数据，
测ChIPed DNA浓度：nanodrop：15.3ng/ul, Q-bit: 0.236ng/ul
对于看不见沉淀，你加carrier了么？glycogen or yeast tRNA之类的。
【在 y*********u 的大作中提到】
: 正在做一个TF的chip
: 用的dynal beads
: 产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
: nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
: DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
: 见的……）
: 另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
Input DNA，从来不测ChIPed DNA
Nanodrop测得是OD吸收值，用phenol的话，会有一些phenol或者没取干净的蛋白质类的
也会吸光，影响浓度。
对于ChIPed DNA，我们这的core facillity用Q-bit，Q-bit更准，因为据说是根据与
DNA特异性结合的原理而测的，具体是啥我忘了。
我这有个例子你可以参考，上个月我的数据，
测ChIPed DNA浓度：nanodrop：15.3ng/ul, Q-bit: 0.236ng/ul
对于看不见沉淀，你加carrier了么？glycogen or yeast tRNA之类的。
【在 y*********u 的大作中提到】
: 正在做一个TF的chip
: 用的dynal beads
: 产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
: nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
: DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
: 见的……）
: 另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
D*9
6 楼
it seems that's glycogen
v*a
7 楼
看nanodrop的光谱啊，是dna还是别的啥东西一看就知道了
【在 y*********u 的大作中提到】
: 正在做一个TF的chip
: 用的dynal beads
: 产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
: nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
: DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
: 见的……）
: 另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
【在 y*********u 的大作中提到】
: 正在做一个TF的chip
: 用的dynal beads
: 产物沉淀后（看不见沉淀，只是小心地避开估计有沉淀的区域），用水溶解，用
: nanodrop一测浓度达到260ng/ulX60ul, 非常奇怪，首先，一般最后不可能收到这么多
: DNA，其次，如果真的收到了这么多DNA，那一般就能看见沉淀了（9ug的DNA必然是能看
: 见的……）
: 另外，补充一下，用同一个抗体的目的基因knock out细胞系也能测出这么多DNA
a*o
8 楼
NanoDrop can be very accurate when your DNA conc.is higher than 30ng/ul. If
the conc. it gave u is in single digit range, don't trust it.
the conc. it gave u is in single digit range, don't trust it.
b*r
9 楼
如果CHIP到能用nanodrop搞出来的DNA,估计你得用几瓶beads
很多东西，比如蛋白，organic phase，salt在260都有读数的
很多东西，比如蛋白，organic phase，salt在260都有读数的
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