求简单省钱的dna extraction protocol - 未名空间MITBBS历史存档

求简单省钱的dna extraction protocol# Biology - 生物学

n*s2011-07-12 07:07

1 楼

【以下文字转载自 PhotoGear 讨论区】
发信人: newkids (t D 0 0 y . Y t), 信区: PhotoGear
标题: 一口气关了5张卡
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 10 17:18:11 2011, 美东)
amex、citi、chase都被惠顾到了
刚刚打电话被BA拒了，原因是too many accts, too much credit line，想从别的
chase卡move cl也不行，nnd

w*22011-07-12 07:07

2 楼

Previously-released data from NPD on U.S. Mac sales for January and February
have demonstrated relatively anemic year-over-year growth, with January
sales tracking only 1% above the previous January's performance and February
sales coming in 4% higher. Still, analysts have suggested that ongoing
growth in international markets could compensate for stagnation in the U.S.
market as consumers continue to wait for product updates. Consequently,
analysts have generally been holding firm on their predictions of 15-20% Mac
unit growth on a worldwide year-over-year basis for the full quarter.
Some analysts had also held out hope that Apple could sneak in at least one
update to its Mac lineup before the end of the quarter to provide a spark
for Mac sales, but with the first group of Intel's Ivy Bridge processors not
launching until the end of the month, Apple was unable to update its main
Mac models within the first three months of the year.
Morgan Stanley analyst Katy Huberty is out with a new research note today
incorporating NPD's data on U.S. Mac sales for March, and as might be
expected given the lack of hardware updates, Apple continues to fall short
of analyst expectations, with Mac shipments down 4% year-over-year for the
first calendar quarter.
Huberty continues to believe that international growth will offset at least
some of the flat performance in U.S. sales for the quarter, although she
appears somewhat pessimistic that it will be able to reach her 15% growth
target on a global basis. Nevertheless, Huberty seems optimistic that
booming iPhone and iPad sales will make up for any shortfall on the Mac side
due to the balance of profits among the segments.
Although the US retail market improved in March, Apple shipment growth
decelerated as the company faced much tougher Y/Y comparisons due to a
notebook refresh this time last year. US retail data suggest Apple shipments
fell 4% Y/Y in C1Q12 compared to our estimate of 15% global Mac unit growth
. We expect faster international growth to offset some of the deceleration
in the US. In fact, the divergence between international and US growth has
accelerated from about four points in prior quarters to 15 points in C4Q11.
More importantly, we expect demand upside from iPhone and iPad (83% of gross
profit) to more than offset any Mac downside (9% of gross profit).
On a broader basis, the PC market is seeing even more substantial declines
in sales, with U.S. PC sales tracking for declines of 10-15% year-over-year
for the quarter. That performance is, however, better than Huberty had been
modeling for, and major PC manufacturers such as HP and Dell could see some
upside if their final results fall in line with data released so far.

s*y2011-07-12 07:07

3 楼

用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
谢谢了。

b*d2011-07-12 07:07

4 楼

到底手头多少张算多啊？之前搞了哪些卡？

【在 n*****s 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 PhotoGear 讨论区】
: 发信人: newkids (t D 0 0 y . Y t), 信区: PhotoGear
: 标题: 一口气关了5张卡
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 10 17:18:11 2011, 美东)
: amex、citi、chase都被惠顾到了
: 刚刚打电话被BA拒了，原因是too many accts, too much credit line，想从别的
: chase卡move cl也不行，nnd

D*a2011-07-12 07:07

5 楼

Quick Tail Prep
Collect mice figure/tail in 0.5 ml Eppendorf tube. (4 mm is enough)
Add 100 microliter of quick tail digestion buffer (below).
Incubate at 55 C for 2 hours to overnight.
Vortex and incubate at 95 C for 10 minutes.
Centrifuge for 5 minutes to get rid of the small pieces of undigested sample.
(NOTE: I do neither vortex nor centifuge, and my pcr works
but if you vortex, you have to centifuge)
Use 1-2 microliter aliquot of supernatant for a 25-50 microliter PCR
reaction (or whatever you routinely do).
the dna in this buffer is stable at least for 1 month (from my experience)
Quick Tail Digestion Buffer
50 mM KCl
10 mM Tris HCl, pH 9.0
0.1% Triton X-100
Add 0.4 mg/ml proteinase K just before use.

x*a2011-07-12 07:07

6 楼

牛人多卡族

r*e2011-07-12 07:07

7 楼

我一般用1-2%你说的PK浓度。

【在 s******y 的大作中提到】

: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

s*r2011-07-12 07:07

8 楼

给你一个最便宜的，
0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。

用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
谢谢了。

【在 s******y 的大作中提到】

: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

h*y2011-07-12 07:07

9 楼

This is the simplest way and works for all kinds of samples (cells, tissue, E coli, etc).
BTW, it should be 50mM NaOH.

【在 s******r 的大作中提到】

: 给你一个最便宜的，
: 0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
: 离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。
:
: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

s*r2011-07-12 07:07

10 楼

typo，
改了。

, E coli, etc).

【在 h******y 的大作中提到】

: This is the simplest way and works for all kinds of samples (cells, tissue, E coli, etc).
: BTW, it should be 50mM NaOH.

C*u2011-07-12 07:07

11 楼

这个可真便宜。。。
感谢共享

【在 s******r 的大作中提到】

: 给你一个最便宜的，
: 0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
: 离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。
:
: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

g*r2011-07-12 07:07

12 楼

很经济实用。

【在 s******r 的大作中提到】

: 给你一个最便宜的，
: 0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
: 离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。
:
: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

a*g2011-07-12 07:07

13 楼

proteinase K还是很便宜的吧？
这样出来的Quality能好很多。
曾经用过一个植物提取DNA的方法，NaOH 煮10分钟，加HCL中和，直接用来做PCR。不
记得浓度了（应该是1N左右）。
这样的quality很差，尤其是false negative.

【在 s******y 的大作中提到】

: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

s*s2011-07-12 07:07

14 楼

kao, proteinase K 100块钱不到能买100mg （sigma)，你这个老鼠能搞250个，
要省钱这个也省不出来啊

【在 s******y 的大作中提到】

: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

s*y2011-07-12 07:07

15 楼

谢谢分享，不过我这个pcr比较tricky，用kit提取的dna都跑不出来，用你这个方法试
试效果和kit差不多，
but still, thank you.

【在 s******r 的大作中提到】

: 给你一个最便宜的，
: 0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
: 离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。
:
: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

s*y2011-07-12 07:07

16 楼

谢谢，这个和我用的protocol差不多，更简单一些，试试看！

sample.

【在 D*a 的大作中提到】

: Quick Tail Prep
: Collect mice figure/tail in 0.5 ml Eppendorf tube. (4 mm is enough)
: Add 100 microliter of quick tail digestion buffer (below).
: Incubate at 55 C for 2 hours to overnight.
: Vortex and incubate at 95 C for 10 minutes.
: Centrifuge for 5 minutes to get rid of the small pieces of undigested sample.
: (NOTE: I do neither vortex nor centifuge, and my pcr works
: but if you vortex, you have to centifuge)
: Use 1-2 microliter aliquot of supernatant for a 25-50 microliter PCR
: reaction (or whatever you routinely do).

s*y2011-07-12 07:07

17 楼

1% 就可以了吗？
我换了个公司的PK， invitrogen到amresco，现在都不work了，
也不知道是不是amresco那个坏了不。

【在 r***e 的大作中提到】

: 我一般用1-2%你说的PK浓度。

s*y2011-07-12 07:07

18 楼

agree

【在 a*****g 的大作中提到】

: proteinase K还是很便宜的吧？
: 这样出来的Quality能好很多。
: 曾经用过一个植物提取DNA的方法，NaOH 煮10分钟，加HCL中和，直接用来做PCR。不
: 记得浓度了（应该是1N左右）。
: 这样的quality很差，尤其是false negative.

s*y2011-07-12 07:07

19 楼

agree，试图省三十刀买个便宜的pk都不work了，坑爹：（

【在 s******s 的大作中提到】

: kao, proteinase K 100块钱不到能买100mg （sigma)，你这个老鼠能搞250个，
: 要省钱这个也省不出来啊

s*y2011-07-12 07:07

20 楼

PK很容易坏吗？
我新买的amresco的好像就坏了，
PK 买液体好还是粉末好呢？
谢谢。

sample.

【在 D*a 的大作中提到】

: Quick Tail Prep
: Collect mice figure/tail in 0.5 ml Eppendorf tube. (4 mm is enough)
: Add 100 microliter of quick tail digestion buffer (below).
: Incubate at 55 C for 2 hours to overnight.
: Vortex and incubate at 95 C for 10 minutes.
: Centrifuge for 5 minutes to get rid of the small pieces of undigested sample.
: (NOTE: I do neither vortex nor centifuge, and my pcr works
: but if you vortex, you have to centifuge)
: Use 1-2 microliter aliquot of supernatant for a 25-50 microliter PCR
: reaction (or whatever you routinely do).

l*i2011-07-12 07:07

21 楼

50ul total reaction太浪费了 20ul就足够..

【在 s******r 的大作中提到】

: 给你一个最便宜的，
: 0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
: 离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。
:
: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

M*n2011-07-12 07:07

22 楼

THIS WORKS.
I JUST GENOTYPED ABOUT 200 SAMPLES THIS PAST WEEKEND.

【在 s******r 的大作中提到】

: 给你一个最便宜的，
: 0.05M NaOH, 50 ul, 煮10分钟，加50 ul 0.1M Tris/HCL pH6.8中和。
: 离心，取2ul PCR(50ul total reaction)。
:
: 用小鼠尾巴做genotyping，用的是有proteinase K的tail digest的protocol，每只老
: 鼠要用20ul的20mg/ml的proteinase K，很快就用完了。
: 请问大家有没有简单便宜的protocol可以推荐一下，老板的ro1 没renew上呢.
: 谢谢了。

D*a2011-07-12 07:07

23 楼

我们用的貌似是invitrogen的液体的，明天去看看。不容易坏啊，酶不都是一放好几年
么。
你这个如果还想省钱也可以加70微升，甚至更少，有时候我配好mix分配的时候最后不
够了，我就这么干。
好像你还有genotype的pcr问题？也可以试试重新设计PCR啊。你的primer跑质粒很清晰
么？

【在 s******y 的大作中提到】

: PK很容易坏吗？
: 我新买的amresco的好像就坏了，
: PK 买液体好还是粉末好呢？
: 谢谢。
:
: sample.

s*r2011-07-12 07:07

24 楼

那你可能要优化PCR。

【在 s******y 的大作中提到】

: 谢谢分享，不过我这个pcr比较tricky，用kit提取的dna都跑不出来，用你这个方法试
: 试效果和kit差不多，
: but still, thank you.

m*u2011-07-12 07:07

25 楼

PCR反应条件的问题。加Mg和DMSO试试。不想费事的，用clontech的Terra PCR mix,连
DNA都不用提，切尾巴尖直接p,我用还没有不出结果的

【在 s******y 的大作中提到】

: 谢谢分享，不过我这个pcr比较tricky，用kit提取的dna都跑不出来，用你这个方法试
: 试效果和kit差不多，
: but still, thank you.

s*y2011-07-12 07:07

26 楼

我用的旧的也是invitrogen的，很好用，换了就不行了：（
我这个pcr 优化好久了，不想花太大力气，搞成纯种了没准就能用简单dna extraction
protocol了。
用麻烦方法提出的dna跑带很清晰，用简单方法提的dna跑就是smear：（
谢谢老鼠女王～

【在 D*a 的大作中提到】

: 我们用的貌似是invitrogen的液体的，明天去看看。不容易坏啊，酶不都是一放好几年
: 么。
: 你这个如果还想省钱也可以加70微升，甚至更少，有时候我配好mix分配的时候最后不
: 够了，我就这么干。
: 好像你还有genotype的pcr问题？也可以试试重新设计PCR啊。你的primer跑质粒很清晰
: 么？

s*y2011-07-12 07:07

27 楼

恩，我请教过centuribob前辈优化了。

【在 s******r 的大作中提到】

: 那你可能要优化PCR。