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一个什么都不知道的基因该咋研究?
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一个什么都不知道的基因该咋研究?# Biology - 生物学
w*a
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看到预告片,好像还真有矛盾对立,但是超人可以秒杀蝙蝠侠啊
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q*n
2
“惜食,惜衣,非为惜财缘惜福”
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ZT 四位高僧惜福事迹
修行的人,环境愈是艰苦,道心愈是坚固。老和尚常说:“不经一番寒彻骨,焉得梅花
扑鼻香。”
1 上虚下云老和尚的惜福事迹
当时,已是一百一十七岁高龄的老和尚,每天都要到建筑场所和开荒的地方巡看,并亲
自指导,还要接待来自各方的人士。晚上六点到禅堂里讲开示,八点以后,开始翻阅来
自各地的信件,信件有时一天多达百多封,他老人家都要一一过目。若是重要的函件,
他便亲笔回复;若是一般书信,他说明意思,就由我们代覆。平常都要深夜十二点左右
才休息,翌日凌晨两点又起床打坐,直至打四板,即大约三点半,才起床洗脸。
他不用牙刷牙膏,只用温水漱一口水,然后吐在毛巾上,先洗双眼,再洗整个面部
。他说这样洗,可防止眼疾,且能增加视力。洗过脸后,就到佛前礼拜,之后又回到床
上打坐。那时,我们就开始上早殿了。早殿后稍为休息一会,闻打梆声大众就往斋堂过
早堂了。
当时,山上的生活很艰苦,开发的田地不多,收成的谷子也很少。因为红薯粗生,
收成较多,每年七月份开始,直到第二年的三月,都是吃红薯的季节。而红薯的叶子和
枝干,就是我们的小菜了,有时连蕃薯根和叶也没有,就只有炒咸盐,加进稀饭里吃。
每天过早堂吃的稀饭,只是一点点的米,混了多多的红薯一起煮的。中午吃饭呢?虽然
当时师傅们吃饭吃得很多,也只是随便弄一点小菜,有青菜已算是很好的了。晚上,是
没有饭或面的,只有煮一些蕃薯或是马铃薯,放在斋堂里面,要吃药石的就自己去弄一
点,但是吃的人很少。
老和尚吃的稀饭和菜,都是由我们从大寮里打的,跟大众师傅们吃的一样。如果没
有客人的话,他从不多加一道菜。他老人家那种节俭简朴的生活,我们现在想起,还记
忆犹新。
云居山地势很高,海拔一千一百多米。冬天气候很冷,低至零下十七、八度。收藏在地
窖里的红薯,经不起寒冷的空气,皮都发黑了,煮熟后吃起来很苦的。
有一次,我和齐贤师一起在老和尚那里吃稀饭,吃到了那种又苦又涩的红薯皮,便
拣出来放在桌边上。老和尚看到时默不作声,待吃过稀饭后,他老人家却一声不响地把
那些红薯皮捡起来都吃掉了。当时我们俩目睹那情景,心里感到很惭愧、很难过。从此
以后,再也不敢不吃红薯皮了。
事后,我们问他说:“您老人家都这么大年纪了,而那些红薯皮好苦啊!你怎么还
吃得下去呢?”老和尚叹了一口气,对我们说:“这是粮食啊!只可以吃,不可以糟塌
呀。”
又有一次,江西省宗教事务处处长张先生,到山上来探望老和尚。老和尚自己加了
几道菜,请他吃午饭。张处长始终是个在家人,不懂得惜福。当他在吃饭时,掉了好几
粒米饭在地上,老和尚看见了也不说话。等吃完饭后,他才自己弯下腰来,一粒粒地把
那些米饭从地上捡起来,放进口里吃下去。使得那位张处长面红耳赤,很不自在。他一
再劝老和尚说:“老和尚,那些米饭已掉在地上弄脏了,不能吃了。”老和尚说:“不
要紧啊!这些都是粮食,一粒也不能糟塌的。”处长又说:“你老人家的生活要改善一
下啊!”老和尚答:“就是这样,我已经很好了。”
老和尚的身体很好,早上除了吃两碗稀饭外,有时还会吃一点马铃薯。中午吃两大
碗米饭。晚上有时吃一小碗面条,或者吃一点稀饭。听他说:他晚上开始吃药石,是从
云门事件发生后才开始的,在此以前,他老人家一直都是过午不食的。
他的牙齿特别好,记得有一次,有个居士送了一些炒熟的蚕豆上山。老和尚看到我
们在吃,他也要吃。我们说:“这东西很硬的,你老人家牙齿行吗?”他一言不发,拿
起蚕豆就吃起来了,吃得比我们还要快,我们甚感意外。
他老人家是很节俭惜福的,他睡的草席破了,要我们帮他用布补好。不久后,在同
一个地方又破了,实在补无可补。我们就对他说想把草席拿到常住去换一张新的。那时
,一张草席只不过是两块人民币左右,不料他老人家听后,便大声地骂:“好大的福气
啊!要享受常住上一张新席子。”我们都不敢作声了。
无论是冬天或夏天,他老人家都只是穿着一件烂衲袄,即是一件补了又补的长衫(禅
和子们叫它做百衲衣)。冬天就在里面加一件棉衣,夏天里面只穿一件单褂子而已。
老和尚时常开示我们:“修慧必须明理,修福莫如惜福。”意思是修慧参禅一定要
明白道理,道理就是路头。如果想参禅用功,但是路头摸不清楚,对参禅的道理未能领
会,那么工夫便很难用得上了。所以古人说:“修行无别修,贵在识路头;路头识得了
,生死一齐休。”至于惜福,出家人在情理上那里有钱来培福呢。其实“造福莫如惜福
”,那就是要自己珍惜生活上的一切福德因缘。他经常训诫我们年青的一代说:“你们
要惜福啊!你们现在能遇到佛法,到我这里来修行,可能是过去世栽培了一点福报。但
是你们若不惜福,把福报享尽了,就会变成一个没有福报的人。犹如你过去做生意赚了
钱,存放在银行里。如果现在不再勤奋工作赚钱,只顾享受,把银行的储蓄全部花光了
,那么再下去便要负债了。”
所以老和尚对我们的要求是很严格的。我觉得我们现在的出家人福报太大了,生活上,
衣、食、住、行各方面比过去不知道充裕了多少倍。因而,我们在这个福报当中,要更
加注意惜福。有福德的人,修行起来也会比较顺利。如果没有福德,无论修那一种法门
,都会有种种的障碍。
古德说:“道高龙虎敬,德重鬼神钦。”是真实不虚的。老和尚在云居山,不但时常上
堂为大众师傅讲开示,更在种种生活细节中以实际行动来以身作则,教育大众。现在我
们回想起来,真是感到惭愧万分。所以说善知识的一举一动、一言一行,都是我们后人
的榜样。(绍云法师)
2 印光祖师惜福的事迹
印光大师一生,于惜福一事最为注意。衣、食、住等,皆极简单粗劣,力斥精美。
民国十三年(1924),余至普陀山,居七日,每日自晨至夕,皆在师房内观察师一切行
为。师每日晨食仅粥一大碗,无菜。师自云:“初至普陀时,晨食有咸菜,因北方人吃
不惯,故改为仅食白粥,已三十余年矣。”食毕,以舌舐碗,至极净为止。复以开水注
入碗中,涤荡其余汁,即以之漱口,旋即咽下,惟恐轻弃残余之饭粒也。至午食时,饭
一碗、大众菜一碗。师食之,饭、菜皆尽。先以舌舐碗,又注入开水涤荡以漱口,与晨
食无异。师自行如是,而劝人亦极严厉。见有客人食后,碗内剩饭粒者,必大呵曰:“
汝有多么大的福气,竟如此糟蹋!”此事常常有,余屡闻友人言之。又有客人以冷茶泼
弃痰桶中者,师亦呵诫之。以上且举饮食而言,其他惜福之事,亦均类此也。(摘自《
略述印光大师之盛德》)
3 宣化上人惜福的事迹
有三个台湾青年比丘来万佛城挂单,因为万佛城大斋堂吃的菜多半都是超市清理出
去已开始变质的菜,在食用时只要不烂的菜叶子、菜帮子都不会扔掉。上人说万佛城的
宗旨是:人取我予,人弃我取。有一天中午,用斋后大众准备离去,三位台湾比丘忽见
宣公上人来到面前,急忙合十施礼。上人满面含笑,用眼光看着他们用过的餐盘中有嚼
过吐出来的几口莱,问道:“菜不好吃吗?”其中一位比丘回答:“菜叶硬了些,嚼不
烂。”上人听后笑眯眯地用手捏起嚼过的菜放进自己的口中,嚼了嚼咽了下去,笑着说
:“我还可以。”三位比丘和周围的弟子都惊讶地瞪大了眼睛盯看上人,上人又把另两
个盘中嚼过的菜全放进口中嚼着咽了下去,然后说了句:“能吃的就不要浪费。”当宣
公上人走出斋堂时,身后跪下了一片徒众。
就餐巾纸的使用来说,上人使用时先从边缘开始,然后将用过的部位叠起来,下次
使用时从叠起的地方使用,然后再叠起来,再使用时仍是如此,直到用完。有时一张纸
用两天也是有的。当师父问上人为何要这么节省时,上人说自己没有那么大的福报,不
敢浪费。又有一次师父曾见病中的上人在弟子劝说下喝过半玻璃杯麦片粥之后,两次用
开水涮杯后喝了下去,最后又加上一点开水涮杯漱口后又咽了下去。当问上人为何将漱
口水也要咽下时,上人说牙缝里也可能有粮食,不可以浪费,自己的口又不脏。
4 弘一大师的惜福
弘一大师是当代著名的律藏大师,他的惜福思想用他自己的话说,就是:我们即使
有十分福气,也只好享受三分,所余的可以留到以后去享受。弘一大师有一年在厦门南
普陀寺给出家人作开示时,劝他们“发大心”,以各人自己的福气,“布施一切众生,
共同享受,那更好了。”
弘一大师认为,我们纵有福气,也要加以爱惜,切不可把它浪费。为什么呢?“末
法时代,人的福气是很微薄的,若不爱惜,将这很薄的福享尽了,就要受莫大的痛苦,
古人所说‘乐极生悲’,就是这意思啊!”弘一大师小时候,看见父亲请人写了一副大
对联,录清朝刘文定公的句子,高高地挂在大厅的抱柱上。上联是,“惜食,惜衣,非
为惜财缘惜福”。他哥哥时常教他念这句子,念熟了,以后凡穿衣或饮食,都十分注意
,就是一粒米饭,也不敢随意糟掉。弘一大师的母亲也常常教他,身上所穿的衣服要时
时小心,不可损坏或污染。他母亲和哥哥怕他不爱惜衣食,损失福报以致短命而死,所
以常常这样叮嘱着他。弘一大师五岁没了父亲。七岁练习写字,拿整张的纸瞎写。他母
亲看到,正颜厉色地说:“孩子,你要知道呀,你父亲在世时,莫说这样大的整张的纸
不肯糟蹋,就连寸把长的纸条,也不肯随便丢掉哩!”
弘一大师所受的家庭教育,深深地印在他脑里,后来年纪大了,也没有一时不爱惜
衣食。出家以后,一直还保守着爱惜衣食的习惯。他脚上穿的一双黄鞋子,还是一九二
○年在杭州时候,一位打念佛七的出家人送给他的。他每晚用的棉被面子,还是出家以
前所用的。他有一把洋伞,是1911年买的。这些生活用具,破烂了,就请人用针线缝缝
,当新的一样使用。除了所穿的小衫裤和罗汉草鞋一类东西,须五六年一换之外,他的
一切衣物,大都是在家时候或是初出家时候制的。
常有人给弘一大师送好的衣服或珍贵物品,他大半都转送别人。他说,“因为我知
道我的福薄,好的东西是没有胆量受用的。又如吃东西,只生病时候吃一些好的,除此
以外,从不敢随便乱买好的东西吃。”
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l*e
3
许多人现在都知道iPhone 5创造了新的销售记录,首周销量突破500万。就苹果(Apple
)而言,iPhone 5有许多令人眩目的新特性,例如天衣无缝的纤细造型,抑或是闪亮登
场的“闪电”充电接口。不过,iPhone 5能否配得上大家铺天盖地的赞誉?在花了5天
时间详细测试iPhone 5后,我们完成了以下测评报告。
有些人也许认为iPhone 5没有什么新的设计。因为第一眼(甚至第二眼)看过去,
你可能会将其误认为iPhone 4或4S。他们只有细节上的细微差距。iPhone 5更为小巧玲
珑,重量仅为3.95盎司(112克),长宽厚分别为4.9英寸、2.3英寸和0.3英寸。与
iPhone 4S相比,薄了18%,轻了20%,一拿到手里就会感觉到轻巧。在iPhone 5背面,
玻璃面板的身影几乎消失殆尽,取而代之的是铝制外壳,只有手机顶部和底部还保留着
薄薄两块玻璃面板。
当然,屏幕是最大的变化。iPhone屏幕首次从3.5英寸升级到4英寸,不过仍然无法
和Android叫板,后者的手机屏幕已纷纷升级到4.5英寸,有一些“怪兽”手机的屏幕甚
至已达5英寸。要是光从屏幕看,iPhone似乎正在扮演追赶者角色。不过新老用户们看
起来不在乎这个,对iPhone 5仍然爱不释手。此外,iPhone 5屏幕的对比度也有所提高
,用户们对此赞不绝口。
再让我们看看iPhone 5的硬件配置:定制款A6处理器、1GB内存、增强版130万像素
前置摄像头、以及精心调校,具备更好夜间拍照效果的800万像素主摄像头。苹果大肆
宣称这款刚刚上市的A6处理器性能强劲,速度是iPhone 4S的两倍。在大部分应用场景
中,速度提升效果非常明显。包括运动软件Nike+在内的许多应用程序现在都可以瞬间
启动和后台切换。速度真能达到iPhone 4S的两倍?我们并不确定。不过iPhone 5的速
度确实非常快。
新款iPhone的速度提升主要是因为美国电话电报公司(AT&T)、威瑞森(Verizon
)和Sprint Nextel三大运营商的定制iPhone 5都支持4G LTE(长期演进技术)网络。
我们用一部64GB白色威瑞森版iPhone 5在旧金山做了试验。无论是手机本身上网还是作
为热点,这款iPhone 5的表现都非常出色。即便在繁华的金融区,如果使用威瑞森LTE
网络,打开Fortune.com的平均用时仅为4秒;不过如果使用美国电话电报公司的3G网络
,平均用时则变为13秒。显然,上网速度和运营商及位置息息相关。
因为威瑞森的4G网络建设最早,所以其覆盖范围非常广,遍及全美371个城市;美
国电话电报公司的覆盖城市为65个;Sprint最少,只有18个左右。(关于4G网络的具体
覆盖范围,请参阅链接。)我们测试机的通话效果非常好,和iPhone 4S相比,声音更
高、听起来更洪亮。我们没有遇到过掉话。
在我看来,速度确实是iPhone 5的杀手级应用。许多人都点评称iPhone 5的改进微不足
道,更多人则提了些吹毛求疵的意见(我自己就是如此)。不过,绝大部分对iPhone 5
的评测都漏掉了一点:从4S到5,苹果iPhone的速度有了质的飞跃。
那么接下来,我们真正要关心的问题是:iPhone 5的续航时间如何?苹果官方声称
,iPhone 5在3G和4G网络中的续航时间为8小时,在WiFi网里更长,可以达到10小时。
对于每天偶尔检查下电子邮件、听几首歌、用地图导航几次的普通用户而言,iPhone 5
有望撑过一天。不过,对于像我这种几乎和手机结婚的人,时刻保持充电是必须的,当
然,买一款iPhone电池盒也是不错的选择。
我们并不想深入探讨iOS 6,因为这只是一次软件更新,iPhone 4S和iPhone 4也都
有份,但要注意,苹果地图的3D显示功能并不支持iPhone 4。不过从目前来看,苹果地
图仍值得讨论一下。在新的iOS里,苹果已将谷歌完全踢开,开始采用自家地图系统。
此次转变招致很多批评,尤其是针对美国之外的地图,大家批评的重点是地图不够详细
、精度也不够。
经过切身体验,我们发现苹果地图及其3D街景效果非常棒,不过问题也不少。和去
年刚刚推出的Siri一样,苹果地图目前仍处于成长期。举例来说,我们用iPhone 5导航
至附近的一所建筑,不过苹果地图两次把我们带上了反方向,我们费尽周折,最后才抵
达目的地。iPhone 5的定位也经常失效,有时定位误差有几个街区之远。不过,有些时
候,苹果地图还是不错的,能为我们标出好几条到目的地的路线。无论如何,苹果地图
任重道远,仍有许多要改进的地方。
iPhone 5的全景摄像功能也有些小问题,这项新功能允许用户拍摄极为宽广的照片。
在实践中,全景摄像大部分情况下表现得和广告相差无几(见上图),效果非常好。不
过,我们偶尔会发现有些运动物体会变形。而且,如果你进行全景摄像时移动手机太快
,照片边缘的图像就可能会撕裂。
再说说iPhone 5上全新的“闪电”接口,这个新玩意非常讨厌而且可能毫无用处。
想继续使用老款iPhone数据线?必须花30美元再买个苹果转接器,或是试试更便宜的第
三方配件。我本来觉得这是件无关紧要的事,直到昨晚我突然把“闪电”数据线忘公司
了,然后悲剧地发现老款iPhone的数据线通通无法使用。
我们并不是说相比于上代iPhone,iPhone 5的进步不够大。毕竟,iPhone 5速度更
快,体型更小。不过,在使用iPhone 5导航时,你最好还是再三确认下方位。
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l*e
4
切换不同窗口的时候,总得去按一下那个控制键,真是麻烦,而那个键实在是不如
iphone的圆型按键。
记得有人说过可以不按控制键切换touchpad 窗口,谁具体说说?
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r*y
5
就知道是膜蛋白,ER膜上的,blast任何生物里都没有相近的,用结构查也没有相近的
,只跟细菌里的某段有不到40%相似度,不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
么的找找相互作用的基因看看可能会做什么?有人遇到过这种蛋白吗?--
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r*e
6
氪元素你忘了

【在 w**a 的大作中提到】
: 看到预告片,好像还真有矛盾对立,但是超人可以秒杀蝙蝠侠啊
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d*a
7
威瑞森...原来Verizon是这样翻的。
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r*n
8
从屏幕底部用手指往上划

【在 l*******e 的大作中提到】
: 切换不同窗口的时候,总得去按一下那个控制键,真是麻烦,而那个键实在是不如
: iphone的圆型按键。
: 记得有人说过可以不按控制键切换touchpad 窗口,谁具体说说?

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a*d
9
Is it a ubiquitous expressed protein, or cell type specific?
knock down to check any loss of function phenotype? If you haven't done that
yet. The phenotype may give you some clue of this protein's binding
partners/associated pathways.
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c*d
10
因为超人是好人 有矛盾也肯定是误会,不会真的秒杀蝙蝠侠的~

【在 w**a 的大作中提到】
: 看到预告片,好像还真有矛盾对立,但是超人可以秒杀蝙蝠侠啊
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l*e
11
哈哈。。。果然是。谢谢。。

【在 r********n 的大作中提到】
: 从屏幕底部用手指往上划
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r*y
12
只在ER膜上,是植物蛋白,而且还只在单子叶植物里。mutant也有phenotype,但是还
是搞不懂到底做什么。【 在 atwood (aries-haunter) 的大作中提到: 】
that
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k*r
13
超人有一次送给蝙蝠侠一个kryptonite的戒指,说要是我以后变坏了你用这个节制我。
蝙蝠侠回到家,把自己的vault打开,然后就是这张图。
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A*r
14
swipe up from the bottom edge of the screen.
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w*n
15
根据序列设计兼并引物pcr碰碰运气。

【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白,ER膜上的,blast任何生物里都没有相近的,用结构查也没有相近的
: ,只跟细菌里的某段有不到40%相似度,不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么?有人遇到过这种蛋白吗?--

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D*3
16
氪石 超人的克星
不过超人可以用远程攻击,根本不用肉搏
完全可以秒杀蝙蝠侠
在非正义联盟里有提到去平行世界寻找正义的超人来对付邪恶的超人
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A*r
17
You are 2' earlier.

【在 r********n 的大作中提到】
: 从屏幕底部用手指往上划
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r*y
18
这样会扩出啥咚咚?

【在 w******n 的大作中提到】
: 根据序列设计兼并引物pcr碰碰运气。
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i*r
19
怎么越看越象在一起的节奏?

【在 c*****d 的大作中提到】
: 因为超人是好人 有矛盾也肯定是误会,不会真的秒杀蝙蝠侠的~
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l*e
20
群策群力,越用越好,用户群大的好处啊。。。

【在 A******r 的大作中提到】
: You are 2' earlier.
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b*r
21
这样的东西做出来不知道得要多少实验,而且我觉得什么都做不出来的可能性很高,我
觉得根本 不应该碰
当然,你要做这个蛋白总有原因吧,如果能从你没有告诉我们的这个初始原因入手,可
能又不一样
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kn
22
这图啥意思?求解释

【在 k***r 的大作中提到】
: 超人有一次送给蝙蝠侠一个kryptonite的戒指,说要是我以后变坏了你用这个节制我。
: 蝙蝠侠回到家,把自己的vault打开,然后就是这张图。

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b*1
23
Check public gene expression data. Every gene has tons of gene expression
data on thousands of clinical conditions. Interaction is any easy way.
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D*3
24
就是说为了对付超人,蝙蝠侠早就在保险箱里存了一大批的氪石

【在 kn 的大作中提到】
: 这图啥意思?求解释
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y*8
25
If the phenotype is overwhelmingly strong, then it will be worth to bet your
whole career on it and do whatever you could do.
Otherwise, move on.

【在 r******y 的大作中提到】
: 只在ER膜上,是植物蛋白,而且还只在单子叶植物里。mutant也有phenotype,但是还
: 是搞不懂到底做什么。【 在 atwood (aries-haunter) 的大作中提到: 】
: that

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w*z
26
蝙蝠侠掌握了所有英雄的弱点和应对措施。感觉真阴。

【在 w**a 的大作中提到】
: 看到预告片,好像还真有矛盾对立,但是超人可以秒杀蝙蝠侠啊
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K*4
27
how big? What is the secondary structure? What is the species distribution.
Many of those information will give a clue.

【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白,ER膜上的,blast任何生物里都没有相近的,用结构查也没有相近的
: ,只跟细菌里的某段有不到40%相似度,不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么?有人遇到过这种蛋白吗?--

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j*x
28
“用结构查也没有相似的只是跟细菌里某段有40%相似度”
既然都没有同源基因,你这里的结构是哪儿来的?即便是植物基因,在近源物种中也找
不到任何相近的序列?
如果真的是传说中的orphan gene,其实际意义和价值大多有限。
BTW,从bioinfor的角度,有几种不依赖于同源序列(比对)的蛋白功能预测方法,比
如下面这个:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17520486

【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白,ER膜上的,blast任何生物里都没有相近的,用结构查也没有相近的
: ,只跟细菌里的某段有不到40%相似度,不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么?有人遇到过这种蛋白吗?--

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p*m
29
good point

your

【在 y******8 的大作中提到】
: If the phenotype is overwhelmingly strong, then it will be worth to bet your
: whole career on it and do whatever you could do.
: Otherwise, move on.

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r*y
30
是先有突变体,有表型,然后我就克隆出了基因,结果姥姥不疼奶奶不爱跟谁都不亲,
只知道在ER膜上,在特定细胞里表达,可能有2个TM domain但是第一个很可能被cleave
掉。

【在 b****r 的大作中提到】
: 这样的东西做出来不知道得要多少实验,而且我觉得什么都做不出来的可能性很高,我
: 觉得根本 不应该碰
: 当然,你要做这个蛋白总有原因吧,如果能从你没有告诉我们的这个初始原因入手,可
: 能又不一样

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r*y
31
植物阿,咩有clinical purpose....

【在 b*******1 的大作中提到】
: Check public gene expression data. Every gene has tons of gene expression
: data on thousands of clinical conditions. Interaction is any easy way.

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r*y
32
272 aa 不大,只在禾本科里有。

【在 K**4 的大作中提到】
: how big? What is the secondary structure? What is the species distribution.
: Many of those information will give a clue.

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r*y
33
我就用ncbi blastp选那个pdb搜的
这篇看不大懂。。。

【在 j****x 的大作中提到】
: “用结构查也没有相似的只是跟细菌里某段有40%相似度”
: 既然都没有同源基因,你这里的结构是哪儿来的?即便是植物基因,在近源物种中也找
: 不到任何相近的序列?
: 如果真的是传说中的orphan gene,其实际意义和价值大多有限。
: BTW,从bioinfor的角度,有几种不依赖于同源序列(比对)的蛋白功能预测方法,比
: 如下面这个:
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17520486

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K*4
34
Oh. It is hard to say if it only contains two TM region.
Could you also check its conservation pattern? Does it contain any conserved
acidic or basic residues?

【在 r******y 的大作中提到】
: 272 aa 不大,只在禾本科里有。
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W*e
35
选nr或者refseq_protein呢?

【在 r******y 的大作中提到】
: 我就用ncbi blastp选那个pdb搜的
: 这篇看不大懂。。。

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b*s
36
做生物的如果按部就班得做,其实就那么几板斧。
你做的是不是Brachypodium?还是水稻?都已经有表型了,应该很好做了。
可以从表型分析开始,根据你对project的期望来做。决定生物表型的已经因素并不太
多。最容易着手的是plant hormone。有表型的,hormone多少会有反应。
如果是直接的,恭喜你,你有cns的潜力。间接的,也可能发个小文章。
具体做法无非是首先从生理上确定有没有hormone involvement,然后genetics杂交,
然后做到细胞学的机理。
从表型开始做,需要很多genetics和physiology的经验。
要么从gene本身做起。你已知蛋白是ER膜定位,那就看其在secretion或者protein
trafficking中有没有作用。整个secretion system有很多marker可供细胞学研究。也
可以做parmacological的实验,看看有没有哪个pathway被影响了。下面的手段根据实
验室条件,要是细胞学强,可以多做细胞学,要是生化强,可以做blot。从gene本身开
始还可以,如你说的,Y2H screen这个蛋白的作用蛋白,或者做一个inducible的系统
,做micrarray,寻找作用物。
其实没有近似的蛋白更好,如果有的话,你的文章发不高。而且没有近似说明不属于大
的蛋白家族,避免了很多redundancy的问题。

【在 r******y 的大作中提到】
: 就知道是膜蛋白,ER膜上的,blast任何生物里都没有相近的,用结构查也没有相近的
: ,只跟细菌里的某段有不到40%相似度,不知道该如何下手了。是不是可以y2h co-ip什
: 么的找找相互作用的基因看看可能会做什么?有人遇到过这种蛋白吗?--

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r*y
37
这个conservation residues如何查?貌似c-terminal的EAFI片断有些conserve,不过
我也怕我没看对地方。

conserved

【在 K**4 的大作中提到】
: Oh. It is hard to say if it only contains two TM region.
: Could you also check its conservation pattern? Does it contain any conserved
: acidic or basic residues?

avatar
r*y
38
没试过,一会儿瞧瞧去

【在 W*********e 的大作中提到】
: 选nr或者refseq_protein呢?
avatar
G*7
39
I used to work on an bacterial orphan gene. Overall, nothing you can get out
from the comparative genomic analysis,,, only thing you can do is to look
at the individual amino acid residues. I suggest you do a systemic
phenotypical analysis of the mutant, and then move on. My paper was finally
published in Plos one,,,,,
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r*y
40
这个激素问题很麻烦,从表型看貌似跟谁都没关系,关键是并不太影响生长,没有形态
学上的异常。查了genvestigator了,比较混乱。。。对了,你的protoplast咋样了?
我也要开始做BiFC了。

【在 b******s 的大作中提到】
: 做生物的如果按部就班得做,其实就那么几板斧。
: 你做的是不是Brachypodium?还是水稻?都已经有表型了,应该很好做了。
: 可以从表型分析开始,根据你对project的期望来做。决定生物表型的已经因素并不太
: 多。最容易着手的是plant hormone。有表型的,hormone多少会有反应。
: 如果是直接的,恭喜你,你有cns的潜力。间接的,也可能发个小文章。
: 具体做法无非是首先从生理上确定有没有hormone involvement,然后genetics杂交,
: 然后做到细胞学的机理。
: 从表型开始做,需要很多genetics和physiology的经验。
: 要么从gene本身做起。你已知蛋白是ER膜定位,那就看其在secretion或者protein
: trafficking中有没有作用。整个secretion system有很多marker可供细胞学研究。也

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n*k
41
bateria may be a totally different situation when come to comparative
genomics...depending on what bacteria you are working on, genomically it
could be in a space nothing known so far...Craig Venter was saying they have
sequenced many microbes and came across countless stuff never seen in the
existing domains...

out
finally

【在 G***7 的大作中提到】
: I used to work on an bacterial orphan gene. Overall, nothing you can get out
: from the comparative genomic analysis,,, only thing you can do is to look
: at the individual amino acid residues. I suggest you do a systemic
: phenotypical analysis of the mutant, and then move on. My paper was finally
: published in Plos one,,,,,

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r*y
42
也不错啊,systemic phenotypical analysis of the mutant,你是如何做的?能看看
你的paper么?虽然俺不是细菌帮的。。。

out
finally

【在 G***7 的大作中提到】
: I used to work on an bacterial orphan gene. Overall, nothing you can get out
: from the comparative genomic analysis,,, only thing you can do is to look
: at the individual amino acid residues. I suggest you do a systemic
: phenotypical analysis of the mutant, and then move on. My paper was finally
: published in Plos one,,,,,

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y*8
43
Then you might want to wrap it up as soon as possible.

【在 r******y 的大作中提到】
: 这个激素问题很麻烦,从表型看貌似跟谁都没关系,关键是并不太影响生长,没有形态
: 学上的异常。查了genvestigator了,比较混乱。。。对了,你的protoplast咋样了?
: 我也要开始做BiFC了。

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r*y
44
已经发了,就是还想继续研究到底干嘛的。。。。。

【在 y******8 的大作中提到】
: Then you might want to wrap it up as soon as possible.
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b*s
45
我的植物正在长,过阵子就试试。
有一些mutant在正在状态下表型不明显。但是遇到stress,会有明显表型。尤其是你这
种可能跟secretion system有关的gene。

【在 r******y 的大作中提到】
: 这个激素问题很麻烦,从表型看貌似跟谁都没关系,关键是并不太影响生长,没有形态
: 学上的异常。查了genvestigator了,比较混乱。。。对了,你的protoplast咋样了?
: 我也要开始做BiFC了。

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r*y
46
我这个maize里有表型,at里那个也许homolog的没有,准备冷冻 干旱 涝 热都试试看
。。

【在 b******s 的大作中提到】
: 我的植物正在长,过阵子就试试。
: 有一些mutant在正在状态下表型不明显。但是遇到stress,会有明显表型。尤其是你这
: 种可能跟secretion system有关的gene。

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c*b
47
我觉得知道表型还好说一些,现有的信息什么都说明不了,因为ER影响的东西太多了.
maize的话应该有KO line吧,不过就怕遗传背景不纯.
ER上的蛋白,怎么也该做做细胞学实验吧,就像你前面提到的,看看seretion之类.最关键
的key experiment估计还是得根据表型来设计.
你在尝试protoplast?推荐这个protocol,成功率超级高,而且非常简单.
Tape-Arabidopsis Sandwich - a simpler Arabidopsis protoplast isolation
method

【在 b******s 的大作中提到】
: 我的植物正在长,过阵子就试试。
: 有一些mutant在正在状态下表型不明显。但是遇到stress,会有明显表型。尤其是你这
: 种可能跟secretion system有关的gene。

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G*7
48
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
By the way, I used to work on a bZIP transcription factor in maize. Good
luck with your research!

【在 r******y 的大作中提到】
: 也不错啊,systemic phenotypical analysis of the mutant,你是如何做的?能看看
: 你的paper么?虽然俺不是细菌帮的。。。
:
: out
: finally

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A*e
50
既然突变体有表型,那还不好说。应该恭喜你,你发现了一个全新基因控制某个表型,
novelty足够。若是表型重要,做做互补,互补成功了,基本文章就有一个轮廓了,剩
下的就是大小的问题了。如果机理做清楚了,如果这个表型很重要,很有可能发大。首
先我觉得你可以做表达谱分析,看这个基因突变在表达水平上影响了那些基因,说不定
里面能找到线索。其次是从表型入手,这个实际上是最重要的,我不知道你的表型是什
么样子的,不知道是否有类似的突变表型发表过,有的话就好,看看这些已经发表的
pathway是否被影响。扣住表型是重中之重,机理做清楚不容易,要是你的表型重要,
你克隆基因互补成功再加一个功能试验,已经组成一篇很不错的paper了
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