c*e
2 楼
【 以下文字转载自 PDA 讨论区 】
发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
标 题: 我的假冒Win8 pro板
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
标 题: 我的假冒Win8 pro板
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
h*r
3 楼
project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
结构。大概用什么步骤做这件事啊？
我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
道也看不出来。
我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
谢谢大家！到时一定发包子！
结构。大概用什么步骤做这件事啊？
我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
道也看不出来。
我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
谢谢大家！到时一定发包子！
s*t
4 楼
half year
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
F*u
5 楼
windows键怎么按？
【在 c*****e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 PDA 讨论区 】
: 发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
: 标 题: 我的假冒Win8 pro板
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
: 在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
: 感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
【在 c*****e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 PDA 讨论区 】
: 发信人: colgate (colgate), 信区: PDA
: 标 题: 我的假冒Win8 pro板
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 20 22:39:34 2012, 美东)
: 在ipad上装了一个Splashtop Win8.然后连到台式机的windows8桌面。效果还可接受。
: 感觉点那些小按钮也不是太难啊。如果家里的wifi是高速的，应该感觉更好。
h*e
6 楼
搭车同问啊
n*9
7 楼
open。
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
【在 r***e 的大作中提到】
: 我同学,想过来玩,B1签证,一年多次往返.她现在想订往反机票.请问她回程最晚能订什
: 么时候的?半年?一年?
: 谢谢
c*e
8 楼
app带的键盘有windows键, 也可以用手势调出windows键
windows键怎么按？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: windows键怎么按？
windows键怎么按？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: windows键怎么按？
l*1
9 楼
just try
//www.molmovdb.org/cgi-bin/morph.cgi?ID=538723-32748
//molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/
others just go to
//dirac.cnrs-orleans.fr/DomainFinder/links.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
//www.molmovdb.org/cgi-bin/morph.cgi?ID=538723-32748
//molmovdb.mbb.yale.edu/molmovdb/
others just go to
//dirac.cnrs-orleans.fr/DomainFinder/links.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
r*e
10 楼
OPEN的机票太贵啦
是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
谢谢
是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
谢谢
F*u
11 楼
前者就算了，每次还得把键盘调出来
后面手势是怎么回事？
【在 c*****e 的大作中提到】
: app带的键盘有windows键, 也可以用手势调出windows键
:
: windows键怎么按？
: ★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
后面手势是怎么回事？
【在 c*****e 的大作中提到】
: app带的键盘有windows键, 也可以用手势调出windows键
:
: windows键怎么按？
: ★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
h*r
12 楼
Thanks LS!
Please check the BAOZI.
Please check the BAOZI.
S*8
13 楼
机票可以改吧。
【在 r***e 的大作中提到】
: OPEN的机票太贵啦
: 是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
: 谢谢
【在 r***e 的大作中提到】
: OPEN的机票太贵啦
: 是在如关时决定吗?跟父母探亲一样?
: 谢谢
c*e
14 楼
在屏幕右边界划一下。出来一个工具条，上面有windows键。虽不如物理键，也不算太
麻烦
前者就算了，每次还得把键盘调出来后面手势是怎么回事？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: 前者就算了，每次还得把键盘调出来
: 后面手势是怎么回事？
麻烦
前者就算了，每次还得把键盘调出来后面手势是怎么回事？
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.52
【在 F*********u 的大作中提到】
: 前者就算了，每次还得把键盘调出来
: 后面手势是怎么回事？
p*u
15 楼
个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
l*1
16 楼
Re rien
three BAOZI got, Thank you.
BTW, plus one paper:
Predicting protein ligand binding motions with the Conformation Explorer
Flores, S.C. and Gerstein, M.B. (2011) BMC Bioinformatics, 12: 417 (Highly
Accessed).
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
its corresponding author link:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks LS!
: Please check the BAOZI.
three BAOZI got, Thank you.
BTW, plus one paper:
Predicting protein ligand binding motions with the Conformation Explorer
Flores, S.C. and Gerstein, M.B. (2011) BMC Bioinformatics, 12: 417 (Highly
Accessed).
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
its corresponding author link:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks LS!
: Please check the BAOZI.
l*1
17 楼
Your said is right
but now might we can refer below methods reported by
Swedish team and Yale Team:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
corresponding author:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 p*****u 的大作中提到】
: 个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
: 用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
: 新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
but now might we can refer below methods reported by
Swedish team and Yale Team:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22032721
corresponding author:
//xray.bmc.uu.se/flores/Papers.html
【在 p*****u 的大作中提到】
: 个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
: 用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
: 新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。
h*r
18 楼
认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
另外找个合作者是不是更靠谱呢？
多谢！
另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
有点唐：（
多谢多谢！
是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
另外找个合作者是不是更靠谱呢？
多谢！
另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
有点唐：（
多谢多谢！
l*1
19 楼
please refer below UK professor his CV:
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/new/cv.html
so not PhD of relative Biophysics you never can hope to fix this field by yourself.
You/or your boss can contact to him if you had project for collaboration.
//www.lifesci.dundee.ac.uk/people/daan-van-aalten
For
> 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
NB: it was built by above UK professor his team.
more other relative X-ray Structure biology analysis tools:
please go to
//xray.bmc.uu.se/hicup/MSE/
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/new/cv.html
so not PhD of relative Biophysics you never can hope to fix this field by yourself.
You/or your boss can contact to him if you had project for collaboration.
//www.lifesci.dundee.ac.uk/people/daan-van-aalten
For
> 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
//davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
NB: it was built by above UK professor his team.
more other relative X-ray Structure biology analysis tools:
please go to
//xray.bmc.uu.se/hicup/MSE/
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
K*4
20 楼
做点突变 ，测酶活性而已
不需要什么 计算
况且结构计算 已经没有人 相信了
连文章 都看不到了
往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
不需要什么 计算
况且结构计算 已经没有人 相信了
连文章 都看不到了
往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
s*y
21 楼
没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
s*e
22 楼
严重同意，只要你筛选手段过关，敏感而且通量大，做起来远远超过模拟预测基础上的
设计速度。
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
设计速度。
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
h*r
23 楼
其实我有好的筛选方法。但是不甘心啊
多谢！
多谢！
o*u
24 楼
真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
其实还是要N轮的定向进化后才能用。Hellinga其实也有实力去做这个，但是他的
science撤稿以后，他的科研生涯已经基本宣告结束，现在听说靠卖仪器维持实验室的运
转了。
不过现在计算机越来越快，以前在计算中必须要忽略的东西，现在也可以做了，这个领
域很快会有大突破的。各个搞酶的公司已经开始组建自己的计算小组试水了，有心的可以关
注一下job market的动向。
从没发表的一些内部消息来看。我知道的最好的结果已经能做到30%左右预测成功率。大概2-3年
内会有一批新的s/n的文章出来。
要是你没有信心从头去把分子模拟，rosseta, yasara编程和计算化学，高等有机化学，
量子力学学一遍，那就按其他人建议的吧，随便做几千个突变，筛选一下好了。运气好
的话，也能出点东西。推荐你读一下F. Arnold, MT. Reetz的文章。
【在 s******y 的大作中提到】
: 没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
: 一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
: 乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
: 如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
: 如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
: 很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
: 所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
其实还是要N轮的定向进化后才能用。Hellinga其实也有实力去做这个，但是他的
science撤稿以后，他的科研生涯已经基本宣告结束，现在听说靠卖仪器维持实验室的运
转了。
不过现在计算机越来越快，以前在计算中必须要忽略的东西，现在也可以做了，这个领
域很快会有大突破的。各个搞酶的公司已经开始组建自己的计算小组试水了，有心的可以关
注一下job market的动向。
从没发表的一些内部消息来看。我知道的最好的结果已经能做到30%左右预测成功率。大概2-3年
内会有一批新的s/n的文章出来。
要是你没有信心从头去把分子模拟，rosseta, yasara编程和计算化学，高等有机化学，
量子力学学一遍，那就按其他人建议的吧，随便做几千个突变，筛选一下好了。运气好
的话，也能出点东西。推荐你读一下F. Arnold, MT. Reetz的文章。
【在 s******y 的大作中提到】
: 没有你想的那么难做，认真做一次就知道怎么回事了。
: 一般就是看看蛋白结构，猜那个残基在底物结合位置附近，然后就
: 乱突变一气，然后挑好的结果来发表，不好看的结果就不提了。
: 如果正好突变在和底物接触的位点，那很好解释，
: 如果不在接触位点，那就可能是改变了蛋白的局部结构，
: 很多时候预测的突变没有用，反而是一些好像没有关系的有用。
: 所以预测什么的，只能作为一个指导方向，不能太当真的
h*r
25 楼
Thanks!
F. Arnold读了许多。
结构这块儿我是handle不了的～～
也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
F. Arnold读了许多。
结构这块儿我是handle不了的～～
也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
l*1
26 楼
another mentor candidate: Andrew Karplus
recent papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19836332
//www.cgrb.oregonstate.edu/faculty/karplus
more his team papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=pubmed&term=karplus%20pa%
5Bau%5D
or
HHMI PI Brian Matthews if he still no retired.
paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20095051
//www.hhmi.org/research/investigators/matthews.html
//www.molbio.uoregon.edu/facres/matthews.php
PS: Thanks so much to ouzhou (ouzhou) without his/her noted
//depts.washington.edu/bakerpg/drupal/biblio
plus PubMed relative articles searching
i never can get above both Niu Professors their web link.
------
[ 12 ]
发信人: ouzhou (ouzhou), 信区: Biology
标 题: Re: 问一个改变酶的底物特异性问题
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 3 15:55:34 2012, 美东)
真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER
below ignored
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks!
: F. Arnold读了许多。
: 结构这块儿我是handle不了的～～
: 也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
recent papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19836332
//www.cgrb.oregonstate.edu/faculty/karplus
more his team papers:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=pubmed&term=karplus%20pa%
5Bau%5D
or
HHMI PI Brian Matthews if he still no retired.
paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20095051
//www.hhmi.org/research/investigators/matthews.html
//www.molbio.uoregon.edu/facres/matthews.php
PS: Thanks so much to ouzhou (ouzhou) without his/her noted
//depts.washington.edu/bakerpg/drupal/biblio
plus PubMed relative articles searching
i never can get above both Niu Professors their web link.
------
[ 12 ]
发信人: ouzhou (ouzhou), 信区: Biology
标 题: Re: 问一个改变酶的底物特异性问题
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 3 15:55:34 2012, 美东)
真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER
below ignored
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks!
: F. Arnold读了许多。
: 结构这块儿我是handle不了的～～
: 也认识几个早期在stemmer的maxygen工作过的人～
l*1
27 楼
搞湿的In Vivo In vitro 水系的筛选的 目前尚不理解搞干的结晶 in vivo vitro X-
ray 数据解析筛选 也可能是一个新行当
361/N行吧? SHI YI Gong 行头within mainland China.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 其实我有好的筛选方法。但是不甘心啊
: 多谢！
ray 数据解析筛选 也可能是一个新行当
361/N行吧? SHI YI Gong 行头within mainland China.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 其实我有好的筛选方法。但是不甘心啊
: 多谢！
l*1
28 楼
YOU SURE?
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19906726
Berkholz DS, Krenesky PB, Davidson JR, Karplus PA.
Protein Geometry Database: a flexible engine to explore backbone
conformations and their relationships to covalent geometry.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D320-5
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19906726
Berkholz DS, Krenesky PB, Davidson JR, Karplus PA.
Protein Geometry Database: a flexible engine to explore backbone
conformations and their relationships to covalent geometry.
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D320-5
【在 K**4 的大作中提到】
: 做点突变 ，测酶活性而已
: 不需要什么 计算
: 况且结构计算 已经没有人 相信了
: 连文章 都看不到了
: 往往蛋白质活性中心有 一组residues用于催化
: 同时还有 几个 residues用于 bind ligand.
: 所以你只要根据sequence／structure找到 这些 residues，做个突变就可以吧
h*r
29 楼
谢谢大家的讨论。其实对不同领域的人不能太苛求，当然严谨一点是必要的。像
protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
很多都这样～～
protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
很多都这样～～
l*1
30 楼
Exactly
not different fields, even same Systems Biology: microscopy System Biologist
almost does not
care Theory Modeling System Biologist what he/she did and reported and it is
almost no problem for his/her
career development.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 谢谢大家的讨论。其实对不同领域的人不能太苛求，当然严谨一点是必要的。像
: protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
: ，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
: 来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
: 沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
: 很多都这样～～
not different fields, even same Systems Biology: microscopy System Biologist
almost does not
care Theory Modeling System Biologist what he/she did and reported and it is
almost no problem for his/her
career development.
【在 h**********r 的大作中提到】
: 谢谢大家的讨论。其实对不同领域的人不能太苛求，当然严谨一点是必要的。像
: protein engineering这样的工具对于很对领域都十分有用，可是由于“术业有专攻”
: ，又没办法弄得很透彻。和人合作吧，别人也不想沦为工具，而且怎么都没有自己掌握
: 来得顺手～～就像自家有个Wii，想啥时候打就啥时候打，不用看别人的脸色，也有个
: 沟通的问题～～你的左手挠不到我右手的痒哈
: 很多都这样～～
p*u
31 楼
很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
针对 protein engineering，还是要有考虑的：
1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
态的稳定？
2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
的侵入。
等等
并不是说计算没人相信了，真正让我们做生物的去做计算，恐怕光数学知识就得补一堆
。单单一个分子三维显示，说明不了什么。有一个量的东西在里面。目前做的较好的就
是QM/MM了，可是在QM里方法又不一。我看单纯从实验去阐明催化机理很难吧，倒是一
堆的假设推理。
来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
针对 protein engineering，还是要有考虑的：
1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
态的稳定？
2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
的侵入。
等等
并不是说计算没人相信了，真正让我们做生物的去做计算，恐怕光数学知识就得补一堆
。单单一个分子三维显示，说明不了什么。有一个量的东西在里面。目前做的较好的就
是QM/MM了，可是在QM里方法又不一。我看单纯从实验去阐明催化机理很难吧，倒是一
堆的假设推理。
K*4
32 楼
DAVID BAKER 是做 酶的全新设计的吧
至于结构预测，真给他几个序列，恐怕他还真handle不了
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
至于结构预测，真给他几个序列，恐怕他还真handle不了
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
l*1
33 楼
楼主 问题 解决了没?
若还没
DOCK 可以试一下这个 免费的 from UCSF:
//dock.compbio.ucsf.edu/
DOCK
DOCK addresses the problem of "docking" molecules to each other. It explores ways in which two
molecules, such as a drug and an enzyme or protein receptor, might fit together. Compounds which dock to
each other well, like pieces of a three-dimensional jigsaw puzzle, have the potential to bind. So, why is it
important to able to identify small molecules which may bind to a target macromolecule? A compound
which binds to a biological macromolecule may inhibit its function, and thus act as a drug
//mdi.ucsf.edu/software.html
//mdi.ucsf.edu/
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/BT.HTM#P
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/index.htm
NB: 从底 倒序 向上看 就知道如何遇到那个工具的啦 还是某台胞教授 的连接全面 啊
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
若还没
DOCK 可以试一下这个 免费的 from UCSF:
//dock.compbio.ucsf.edu/
DOCK
DOCK addresses the problem of "docking" molecules to each other. It explores ways in which two
molecules, such as a drug and an enzyme or protein receptor, might fit together. Compounds which dock to
each other well, like pieces of a three-dimensional jigsaw puzzle, have the potential to bind. So, why is it
important to able to identify small molecules which may bind to a target macromolecule? A compound
which binds to a biological macromolecule may inhibit its function, and thus act as a drug
//mdi.ucsf.edu/software.html
//mdi.ucsf.edu/
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/BT.HTM#P
//myweb.ncku.edu.tw/~wjcnmr/index.htm
NB: 从底 倒序 向上看 就知道如何遇到那个工具的啦 还是某台胞教授 的连接全面 啊
【在 h**********r 的大作中提到】
: 认真看了LS的回帖和paper,还是似懂非懂的。
: 是不是蛋白质结构比较弱的人不适合做这种project呢？
: 另外找个合作者是不是更靠谱呢？
: 多谢！
: 另外对autodock这个软件解决这类问题怎么样？
: 有点唐：（
: 多谢多谢！
h*r
34 楼
Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
On the other hand, my designed screening method does work well. We are
writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
hear their opinion.
Thanks!
学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
On the other hand, my designed screening method does work well. We are
writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
hear their opinion.
Thanks!
g*p
35 楼
比较成功，有传承又有典型意义的是p450
http://research.chem.ox.ac.uk/luet-wong.aspx
印象里是可以商业应用了
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
http://research.chem.ox.ac.uk/luet-wong.aspx
印象里是可以商业应用了
【在 h**********r 的大作中提到】
: project中可能涉及到重新engineer一个酶以改变其底物特异性，PDB中有一定同源性的
: 结构。大概用什么步骤做这件事啊？
: 我看那些人什么氨基酸的残基和底物结合还有啥pocket分析起来头头是道，我一点儿门
: 道也看不出来。
: 我贴了两张图，这种图用啥软件生产啊？
: 这些人写paper都不说明，可能觉得太弱了吧
: 谢谢大家！到时一定发包子！
g*p
36 楼
3-D结构预测严格的说
没人能做
真正能预测比较理想的也就是同源模建
DAVID BAKER弄得不错，主要是因为有想法，又能搞噱头
比如他发动大家打电子游戏弄model, 然后发篇nsb的文章
本身文章也就是biochemistry, jbc
不过他掺了游戏玩家打电子游戏的噱头，就对上nsb喜欢吸引观众眼球的一贯胃口了
另外从头设计新蛋白这块基本全是噱头
反正一堆民工天天做pcr，然后哪个测出点稀奇古怪的活性
就硬凹说是自己算法“算”出来的
这样一说估计要打击一大批人了，而且可能又打击一些人的积极性了
这不是说protein 从头design, 结构预测不好
东西是好的，只是现在的数理发展水平远远提供不了解决这么难问题的工具
再过个50、百把年再看吧
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
没人能做
真正能预测比较理想的也就是同源模建
DAVID BAKER弄得不错，主要是因为有想法，又能搞噱头
比如他发动大家打电子游戏弄model, 然后发篇nsb的文章
本身文章也就是biochemistry, jbc
不过他掺了游戏玩家打电子游戏的噱头，就对上nsb喜欢吸引观众眼球的一贯胃口了
另外从头设计新蛋白这块基本全是噱头
反正一堆民工天天做pcr，然后哪个测出点稀奇古怪的活性
就硬凹说是自己算法“算”出来的
这样一说估计要打击一大批人了，而且可能又打击一些人的积极性了
这不是说protein 从头design, 结构预测不好
东西是好的，只是现在的数理发展水平远远提供不了解决这么难问题的工具
再过个50、百把年再看吧
【在 o****u 的大作中提到】
: 真心觉得这是偷懒的做法。
: 不是说你，是指目前的整个科研界。
: 说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
: 生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
: 人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
: 目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
: ，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
: 个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
: 他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
: 看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
a*n
37 楼
用计算的方法设计蛋白遇到的问题不是理论问题, 而是计算能力问题
这个短时间内根本不会有突破
【在 p*****u 的大作中提到】
: 很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
: 来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
: 子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
: 说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
: 的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
: 针对 protein engineering，还是要有考虑的：
: 1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
: 态的稳定？
: 2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
: 3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
l*1
38 楼
De rien.
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
: 学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
: On the other hand, my designed screening method does work well. We are
: writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
: hear their opinion.
: Thanks!
:
【在 h**********r 的大作中提到】
: Thanks! I tried autodock from Scripps. Because I don't know 结构计算,量子化
: 学, 非常强大的物理基础，化学基础和编程能力, I cannot go deeply.
: On the other hand, my designed screening method does work well. We are
: writing a proposal and finding some collaborators from LANL, I'd like to
: hear their opinion.
: Thanks!
:
o*u
39 楼
深表同意。
现在能下载的软件，用去预测，基本没有用。包括david baker网上挂着的一堆rosetta
软件包。号称可以作什么抗体结合设计，docking什么的。你去试试，算一堆结果出来
，拿到实验室，９９％是没用的。
david baker的厉害甚至是里程碑的作用，在于他提供了rosetta这么一个开源平台。一
个基本的框架搭好了，你不用从零开始。但是针对每一个蛋白工程的目标。每一个酶反
应的机理都是大相径庭的。首先你要理解你的酶所催化的反应到底需要改进什么，也就
是peuapeu所说的是要针对中间态，还是底物结合的。这要求的是化学功底。知道你需
要什么了，你还得告诉rosetta反应的机理和所需要的计算。这要求的是编程功底。另
外突变对蛋白稳定性的影响，就是属于生物物理的范畴了。最后计算出来的结果，还是
要人工去直觉验证，大约有６０－７０％的预测都可以直接人工排除的，这要求的就是
多年理性蛋白质工程的经验。
我也同意计算最大的问题就是现阶段的计算机实在是太慢了。很多东西都必须要作简略
计算。比如蛋白质中的水分子，那么大的极性，对整个蛋白影响多大，但现在就基本没
法计算。要不就是彻底忽略，要不就是用个球来代替。因为每正确模拟一个水分子，哪
怕是每十度旋转计算一次，空间上也有36*36*36个构像。而一个酶里面有几十到几百个
水分子。要考虑进去的话，计算量就像天文数字一样的滚上去了。估计量子计算机出来
后，能解决这个问题。
另外呢。我觉得大家不要低估了计算机蛋白工程发展的速度。3年前，我也觉得这学科
没有５０－１００年不会靠谱。但现在至少在某些应用方面，未来５年－１０年内就会
开始趋于成熟。不要光看文章，公司里面的东西很多是不会发表的，尤其是酶设计这样
产业相关的方向。
【在 p*****u 的大作中提到】
: 很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
: 来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
: 子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
: 说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
: 的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
: 针对 protein engineering，还是要有考虑的：
: 1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
: 态的稳定？
: 2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
: 3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
现在能下载的软件，用去预测，基本没有用。包括david baker网上挂着的一堆rosetta
软件包。号称可以作什么抗体结合设计，docking什么的。你去试试，算一堆结果出来
，拿到实验室，９９％是没用的。
david baker的厉害甚至是里程碑的作用，在于他提供了rosetta这么一个开源平台。一
个基本的框架搭好了，你不用从零开始。但是针对每一个蛋白工程的目标。每一个酶反
应的机理都是大相径庭的。首先你要理解你的酶所催化的反应到底需要改进什么，也就
是peuapeu所说的是要针对中间态，还是底物结合的。这要求的是化学功底。知道你需
要什么了，你还得告诉rosetta反应的机理和所需要的计算。这要求的是编程功底。另
外突变对蛋白稳定性的影响，就是属于生物物理的范畴了。最后计算出来的结果，还是
要人工去直觉验证，大约有６０－７０％的预测都可以直接人工排除的，这要求的就是
多年理性蛋白质工程的经验。
我也同意计算最大的问题就是现阶段的计算机实在是太慢了。很多东西都必须要作简略
计算。比如蛋白质中的水分子，那么大的极性，对整个蛋白影响多大，但现在就基本没
法计算。要不就是彻底忽略，要不就是用个球来代替。因为每正确模拟一个水分子，哪
怕是每十度旋转计算一次，空间上也有36*36*36个构像。而一个酶里面有几十到几百个
水分子。要考虑进去的话，计算量就像天文数字一样的滚上去了。估计量子计算机出来
后，能解决这个问题。
另外呢。我觉得大家不要低估了计算机蛋白工程发展的速度。3年前，我也觉得这学科
没有５０－１００年不会靠谱。但现在至少在某些应用方面，未来５年－１０年内就会
开始趋于成熟。不要光看文章，公司里面的东西很多是不会发表的，尤其是酶设计这样
产业相关的方向。
【在 p*****u 的大作中提到】
: 很多不是做计算的，老以为就是把软件玩一玩就行了。这种态度是不对的，然后做不出
: 来就说计算不可信。计算这领域的水很深，我个人认为，如果做酶方面的计算，没有量
: 子化学基础根本做不深。很多灌水的文章企图用分子力学去解释机制，我觉得这就根本
: 说不清。纵然通过大量突变可以得出某个结果，可仍然是费时费力，这就相当于算法里
: 的random search然后找到一个解。可人毕竟不是计算机阿。
: 针对 protein engineering，还是要有考虑的：
: 1. 选择的突变是针对对catalytic反应，还是针对 substrate binding，还是对于中间
: 态的稳定？
: 2. 突变对蛋白的stability有影响没？这属于物理化学的范畴吧。。。
: 3. 水分子在活性中心是否有作用，突变会不会造成水分子的侵入，或者其他极性基团
相关阅读
首例寄生虫来源的癌症被发现请问面试博士后都是自己付差旅费吗？张谢鲁这事儿吧就是生产资料依赖型惹的祸求下载2篇文章The disposable academic我来说说从事生物医学研究为什么苦逼不会做科研的白人发好文章之说普渡大学招免疫学PI：方向 host-pathogen interactions, inflammation, immune responses to infectious diseases求审文章那我也来说说为什么自己觉得生物苦逼生物科研苦逼在于入行没有门槛张谢鲁事件的讨论是不是可以停止了？有谁了解“江苏南京高新-劳伦斯伯克利生命科学研发中心”吗？睡眠是怎么回事？师生关系的变异paper help, thx十年前发表在欧洲一个不起眼杂志的文章生物千老不应该抱怨关于学习记忆这个领域推荐一本书---不是所有的推断都需要数学