请问有没有做BIOINFO的，如何做LOWESS normalization - 未名空间MITBBS历史存档

请问有没有做BIOINFO的，如何做LOWESS normalization# Biology - 生物学

s*k2012-03-06 08:03

1 楼

面试的人问我是愿意做integrater还是dev. Integrater只需要用script整合一下现有
的工具，或者改改configuration,不需要做c++编程，跟business的人交道多一些。我
的确不想一辈子编程序，但是不知道integrater在公司里的地位如何？请问是做
integrater好还是dev好？这种职位稳定吗？在街上的其他公司对这种职位有需求吗？
待遇和dev差多少？
多谢指教!

f*g2012-03-06 08:03

2 楼

当你老了，莫文蔚唱
从前慢，刘欢唱
ccav还是小气，不就是嫌弃原作者没名气么，不肯给新人一些机会。

l*i2012-03-06 08:03

3 楼

可以吗？

z*z2012-03-06 08:03

4 楼

ebay item# 170695959012

e*p2012-03-06 08:03

5 楼

俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。

x*h2012-03-06 08:03

6 楼

已经不错了

c*o2012-03-06 08:03

7 楼

可以，但是不知道有没有空缺，你可以去board试试，我支持。

【在 l****i 的大作中提到】

: 可以吗？

b*c2012-03-06 08:03

8 楼

co-ask

l*12012-03-06 08:03

9 楼

R code package:
Earlier
sma package:
FTP//ftp.auckland.ac.nz/pub/software/CRAN/doc/packages/sma.pdf
//www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.Rnw
//statwww.epfl.ch/davison/teaching/Microarrays/lab/normalization_eda.html
later
limma package
//bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf
//rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/limma/html/loessfit.html
ps: now almost using limma
please go to
//www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/marray/inst/doc/
marrayNorm.pdf
//stat-www.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.pdf
PPT slide show:
//classes.soe.ucsc.edu/bme210/Winter04/lectures/Bio210w04-Lect06b-ComputationalNormalization.pdf

【在 e****p 的大作中提到】

: 俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
: 如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。

h*02012-03-06 08:03

10 楼

刘欢算什么东西？

【在 f****g 的大作中提到】

: 当你老了，莫文蔚唱
: 从前慢，刘欢唱
: ccav还是小气，不就是嫌弃原作者没名气么，不肯给新人一些机会。

k*e2012-03-06 08:03

11 楼

奔腿加入。

【在 l****i 的大作中提到】

: 可以吗？

n*y2012-03-06 08:03

12 楼

要万转硬盘干啥用？听高频啸叫么

e*p2012-03-06 08:03

13 楼

lotkaeuler11 牛！
非常感谢!!!

l*i2012-03-06 08:03

14 楼

我好长时间没有来了

【在 c*******o 的大作中提到】

: 可以，但是不知道有没有空缺，你可以去board试试，我支持。

l*12012-03-06 08:03

15 楼

De rien
NB:
Not stuff Niu but only met them before you just.

【在 e****p 的大作中提到】

: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!

c*o2012-03-06 08:03

16 楼

看出来了。

【在 l****i 的大作中提到】

: 我好长时间没有来了

l*12012-03-06 08:03

17 楼

>不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的
please go to:
//www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
>我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，
not stuff 高见
but you can try this one lumi package:
//www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf
or 2011 Edinburgh Univ PhD thesis which used lumi package:
//www.era.lib.ed.ac.uk/handle/1842/5541
full text link:
//www.era.lib.ed.ac.uk/bitstream/1842/5541/2/Brown2011.pdf
NB: if you are satisfied with today's my reply. BAOZI one please
transfer to my mitbbs financial account. W-e-i-b-i 10
RE:
寄信人: eudrup (I am weak, don't kill me)
标题: 问候
发信站: 未名空间 (Wed Mar 7 19:42:02 2012)
来源: 76.98.
你好，非常感谢你的关于LOWESS的回复。
我看了你的一些内容，对方法上理解很有帮助，但具体操作改写CODE对我来说还是有难
度，一些别人写复杂一些的CODE我看不太懂，不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的，而且我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，请指教，谢谢！

l*i2012-03-06 08:03

18 楼

算了，俺不申请了

【在 c*******o 的大作中提到】

: 看出来了。

l*12012-03-06 08:03

19 楼

Continue:
please refer below figure:
cited from upper floor that pdf E book:
its pp9
The S4 method plot can produce the quality control plots of LumiBatch
object. The quality control plots includes: the density plot (Figure 4), box
plot
(Figure ??), pairwise scatter plot between microarrays (Figure 6) or pair
scatter
plot with smoothing (Figure 7)

【在 l**********1 的大作中提到】

: >不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
: PACKAGE，或一步步的教材之类的
: please go to:
: //www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
: >我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
: 些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
: 做LOWESS，不知道，你有什么高见，
: not stuff 高见
: but you can try this one lumi package:
: //www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf

c*k2012-03-06 08:03

20 楼

你奔个腰

l*12012-03-06 08:03

21 楼

BAOZI three got
Merci.
and
For your next ask if you had,
you are welcome always.

【在 e****p 的大作中提到】

: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!

g*a2012-03-06 08:03

22 楼

那只有我去了

e*p2012-03-06 08:03

23 楼

俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。

c*o2012-03-06 08:03

24 楼

go ahead

【在 g*******a 的大作中提到】

: 那只有我去了

l*12012-03-06 08:03

25 楼

R code package:
Earlier
sma package:
FTP//ftp.auckland.ac.nz/pub/software/CRAN/doc/packages/sma.pdf
//www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.Rnw
//statwww.epfl.ch/davison/teaching/Microarrays/lab/normalization_eda.html
later
limma package
//bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf
//rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/limma/html/loessfit.html
ps: now almost using limma
please go to
//www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/marray/inst/doc/
marrayNorm.pdf
//stat-www.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.pdf
PPT slide show:
//classes.soe.ucsc.edu/bme210/Winter04/lectures/Bio210w04-Lect06b-ComputationalNormalization.pdf

【在 e****p 的大作中提到】

: 俺对BIOINFO之前是一点不通，但老板要做SNP ARRAY，刚自学R一个月，哪位达人知道
: 如何做LOWESS normalization，有没有什么R code或者例子可以套。。

s*e2012-03-06 08:03

26 楼

没奔照片我不同意

e*p2012-03-06 08:03

27 楼

lotkaeuler11 牛！
非常感谢!!!

c*o2012-03-06 08:03

28 楼

赞～

【在 s*******e 的大作中提到】

: 没奔照片我不同意

l*12012-03-06 08:03

29 楼

De rien
NB:
Not stuff Niu but only met them before you just.

【在 e****p 的大作中提到】

: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!

H*72012-03-06 08:03

30 楼

版五是公共马假，可以撤掉

l*12012-03-06 08:03

31 楼

>不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的
please go to:
//www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
>我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，
not stuff 高见
but you can try this one lumi package:
//www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf
or 2011 Edinburgh Univ PhD thesis which used lumi package:
//www.era.lib.ed.ac.uk/handle/1842/5541
full text link:
//www.era.lib.ed.ac.uk/bitstream/1842/5541/2/Brown2011.pdf
NB: if you are satisfied with today's my reply. BAOZI one please
transfer to my mitbbs financial account. W-e-i-b-i 10
RE:
寄信人: eudrup (I am weak, don't kill me)
标题: 问候
发信站: 未名空间 (Wed Mar 7 19:42:02 2012)
来源: 76.98.
你好，非常感谢你的关于LOWESS的回复。
我看了你的一些内容，对方法上理解很有帮助，但具体操作改写CODE对我来说还是有难
度，一些别人写复杂一些的CODE我看不太懂，不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
PACKAGE，或一步步的教材之类的，而且我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
做LOWESS，不知道，你有什么高见，请指教，谢谢！

c*o2012-03-06 08:03

32 楼

现在不是了。

【在 H******7 的大作中提到】

: 版五是公共马假，可以撤掉

l*12012-03-06 08:03

33 楼

Continue:
please refer below figure:
cited from upper floor that pdf E book:
its pp9
The S4 method plot can produce the quality control plots of LumiBatch
object. The quality control plots includes: the density plot (Figure 4), box
plot
(Figure ??), pairwise scatter plot between microarrays (Figure 6) or pair
scatter
plot with smoothing (Figure 7)

【在 l**********1 的大作中提到】

: >不知道有没有像Rcmdr那种有窗口的
: PACKAGE，或一步步的教材之类的
: please go to:
: //www.stat.berkeley.edu/users/statlabs/software.html
: >我现在做的是ILLUMINA的beadchip，R上面的一
: 些PACKAGE很多都是针对AFFIMATRIX，因为是2channel的HUMANOMNI 系列的，别人推荐
: 做LOWESS，不知道，你有什么高见，
: not stuff 高见
: but you can try this one lumi package:
: //www.bioconductor.org/packages/2.8/bioc/vignettes/lumi/inst/doc/lumi.pdf

o*l2012-03-06 08:03

34 楼

要看奔

l*12012-03-06 08:03

35 楼

BAOZI three got
Merci.
and
For your next ask if you had,
you are welcome always.

【在 e****p 的大作中提到】

: lotkaeuler11 牛！
: 非常感谢!!!

w*a2012-03-06 08:03

36 楼

hoho,想起来....故事.
算了,我还是删了吧

y*n2012-03-06 08:03

37 楼

library(LPE)
lowess.normalize(x,y)