请教关于KO mice# Biology - 生物学
p*q
1 楼
every time we write the contract, we sign a form of consent for dual agency
in the disclosure.
just figured out it's different from dual agent.
in the disclosure.
just figured out it's different from dual agent.
E*n
2 楼
前30名各有包子一枚！
v*a
3 楼
没有接触过KO mice，读paper碰到些问题想请教大家。KO mice得到的途径有很多种吗
？怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢？因为发现有一个gene的KO mice，是利用在
其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功能，研究发现此KO无
任何生理改变，一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
？但是后续有研究又发现，此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变
换组合而成），而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
吗？还可以说此蛋白是dispensable的否？因为关于变异体的来源众说纷纭，有人还发
现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
来的。谢谢～
？怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢？因为发现有一个gene的KO mice，是利用在
其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功能，研究发现此KO无
任何生理改变，一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
？但是后续有研究又发现，此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变
换组合而成），而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
吗？还可以说此蛋白是dispensable的否？因为关于变异体的来源众说纷纭，有人还发
现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
来的。谢谢～
s*8
4 楼
不要你发. 要她发.
【在 E*****n 的大作中提到】
: 前30名各有包子一枚！
【在 E*****n 的大作中提到】
: 前30名各有包子一枚！
n*u
5 楼
额。。。难道不先测测这个protein的expression或者其mRNA的level在ko mouse里面是
否真有变化么？
否真有变化么？
M*e
6 楼
那你别吃
【在 s**********8 的大作中提到】
: 不要你发. 要她发.
【在 s**********8 的大作中提到】
: 不要你发. 要她发.
s*y
7 楼
判断KO 老鼠一般应该有两步：
1。 geneotyping,就是看该老鼠的基因里某蛋白的位置是否被成功搞乱了
2。 Western blot, 看目标蛋白是否真的消失了。
一般情况下，出现1 之后就会出现2，所以有的组因为偷懒，就只做了第一步。
但是这个是不严格的，有时候会出现象你说的那些漏网之鱼
KO
gene
【在 v***a 的大作中提到】
: 没有接触过KO mice，读paper碰到些问题想请教大家。KO mice得到的途径有很多种吗
: ？怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢？因为发现有一个gene的KO mice，是利用在
: 其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功能，研究发现此KO无
: 任何生理改变，一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
: ？但是后续有研究又发现，此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变
: 换组合而成），而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
: 吗？还可以说此蛋白是dispensable的否？因为关于变异体的来源众说纷纭，有人还发
: 现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
: 来的。谢谢～
1。 geneotyping,就是看该老鼠的基因里某蛋白的位置是否被成功搞乱了
2。 Western blot, 看目标蛋白是否真的消失了。
一般情况下，出现1 之后就会出现2，所以有的组因为偷懒，就只做了第一步。
但是这个是不严格的，有时候会出现象你说的那些漏网之鱼
KO
gene
【在 v***a 的大作中提到】
: 没有接触过KO mice，读paper碰到些问题想请教大家。KO mice得到的途径有很多种吗
: ？怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢？因为发现有一个gene的KO mice，是利用在
: 其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功能，研究发现此KO无
: 任何生理改变，一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
: ？但是后续有研究又发现，此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变
: 换组合而成），而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
: 吗？还可以说此蛋白是dispensable的否？因为关于变异体的来源众说纷纭，有人还发
: 现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
: 来的。谢谢～
s*8
8 楼
额贱啊.
【在 M**e 的大作中提到】
: 那你别吃
【在 M**e 的大作中提到】
: 那你别吃
z*o
9 楼
汗，我所在的实验室从来只做geneotyping， 没有做过western。
我都建议过好几次了，大家不care，于是我该干嘛干嘛。
【在 s******y 的大作中提到】
: 判断KO 老鼠一般应该有两步：
: 1。 geneotyping,就是看该老鼠的基因里某蛋白的位置是否被成功搞乱了
: 2。 Western blot, 看目标蛋白是否真的消失了。
: 一般情况下，出现1 之后就会出现2，所以有的组因为偷懒，就只做了第一步。
: 但是这个是不严格的，有时候会出现象你说的那些漏网之鱼
:
: KO
: gene
我都建议过好几次了，大家不care，于是我该干嘛干嘛。
【在 s******y 的大作中提到】
: 判断KO 老鼠一般应该有两步：
: 1。 geneotyping,就是看该老鼠的基因里某蛋白的位置是否被成功搞乱了
: 2。 Western blot, 看目标蛋白是否真的消失了。
: 一般情况下，出现1 之后就会出现2，所以有的组因为偷懒，就只做了第一步。
: 但是这个是不严格的，有时候会出现象你说的那些漏网之鱼
:
: KO
: gene
M*e
10 楼
真的又发了阿
多不好意思阿，要版大破费两次
【在 E*****n 的大作中提到】
: 前30名各有包子一枚！
多不好意思阿，要版大破费两次
【在 E*****n 的大作中提到】
: 前30名各有包子一枚！
v*a
11 楼
western有时也不一定吧。就像我举例的这个蛋白，如果抗体正好不识别某种组合的
exon方式，那也检测不出啊
【在 z*******o 的大作中提到】
: 汗，我所在的实验室从来只做geneotyping， 没有做过western。
: 我都建议过好几次了，大家不care，于是我该干嘛干嘛。
exon方式，那也检测不出啊
【在 z*******o 的大作中提到】
: 汗，我所在的实验室从来只做geneotyping， 没有做过western。
: 我都建议过好几次了，大家不care，于是我该干嘛干嘛。
E*n
12 楼
该破费的版大从来不心疼啊要不不成守财奴了~
【在 M**e 的大作中提到】
: 真的又发了阿
: 多不好意思阿，要版大破费两次
【在 M**e 的大作中提到】
: 真的又发了阿
: 多不好意思阿，要版大破费两次
v*a
13 楼
谢谢！那又如何确保western的抗体一定能识别变异体呢？
【在 s******y 的大作中提到】
: 判断KO 老鼠一般应该有两步：
: 1。 geneotyping,就是看该老鼠的基因里某蛋白的位置是否被成功搞乱了
: 2。 Western blot, 看目标蛋白是否真的消失了。
: 一般情况下，出现1 之后就会出现2，所以有的组因为偷懒，就只做了第一步。
: 但是这个是不严格的，有时候会出现象你说的那些漏网之鱼
:
: KO
: gene
【在 s******y 的大作中提到】
: 判断KO 老鼠一般应该有两步：
: 1。 geneotyping,就是看该老鼠的基因里某蛋白的位置是否被成功搞乱了
: 2。 Western blot, 看目标蛋白是否真的消失了。
: 一般情况下，出现1 之后就会出现2，所以有的组因为偷懒，就只做了第一步。
: 但是这个是不严格的，有时候会出现象你说的那些漏网之鱼
:
: KO
: gene
h*e
14 楼
congratulations.
n*u
15 楼
遇到这种情况就多试几个抗体了
针对不同的exon
【在 v***a 的大作中提到】
: western有时也不一定吧。就像我举例的这个蛋白，如果抗体正好不识别某种组合的
: exon方式，那也检测不出啊
针对不同的exon
【在 v***a 的大作中提到】
: western有时也不一定吧。就像我举例的这个蛋白，如果抗体正好不识别某种组合的
: exon方式，那也检测不出啊
o*t
16 楼
欢迎回来~
还是miny魅力大
俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
还是miny魅力大
俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
n*u
17 楼
如果变异体已知的话，就generate针对性的antiboy
或者用不同的mRNA probe做in situ，看RNA是否下降
【在 v***a 的大作中提到】
: 谢谢！那又如何确保western的抗体一定能识别变异体呢？
或者用不同的mRNA probe做in situ，看RNA是否下降
【在 v***a 的大作中提到】
: 谢谢！那又如何确保western的抗体一定能识别变异体呢？
M*e
18 楼
要不我把我的那个给你吧
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
p*e
19 楼
你说的这种KO mice 好像是利用genetrap技术的knockout
不是传统的严格意义的KO mice
这个genetrap技术是有蛮多问题
传统的技术，是设计2个大的重组交换臂，可以把整合基因都换掉的，不存在这些似是
而非的问题
KO
gene
【在 v***a 的大作中提到】
: 没有接触过KO mice，读paper碰到些问题想请教大家。KO mice得到的途径有很多种吗
: ？怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢？因为发现有一个gene的KO mice，是利用在
: 其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功能，研究发现此KO无
: 任何生理改变，一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
: ？但是后续有研究又发现，此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变
: 换组合而成），而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
: 吗？还可以说此蛋白是dispensable的否？因为关于变异体的来源众说纷纭，有人还发
: 现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
: 来的。谢谢～
不是传统的严格意义的KO mice
这个genetrap技术是有蛮多问题
传统的技术，是设计2个大的重组交换臂，可以把整合基因都换掉的，不存在这些似是
而非的问题
KO
gene
【在 v***a 的大作中提到】
: 没有接触过KO mice，读paper碰到些问题想请教大家。KO mice得到的途径有很多种吗
: ？怎么来评估一只老鼠是否是彻底的KO呢？因为发现有一个gene的KO mice，是利用在
: 其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功能，研究发现此KO无
: 任何生理改变，一般行内都会就此得出结论说此蛋白对生物体来说是dispensable的吗
: ？但是后续有研究又发现，此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变
: 换组合而成），而且KO和非KO的变异体种类和数目还略有差别。那这种还可以称之为KO
: 吗？还可以说此蛋白是dispensable的否？因为关于变异体的来源众说纷纭，有人还发
: 现有独特的mRNA对应于不同的变异体。所以也无法就确定说变异体就是由此蛋白的gene
: 来的。谢谢～
E*n
20 楼
当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
s*y
21 楼
用polyclonal anti-sera
【在 v***a 的大作中提到】
: 谢谢！那又如何确保western的抗体一定能识别变异体呢？
【在 v***a 的大作中提到】
: 谢谢！那又如何确保western的抗体一定能识别变异体呢？
o*t
22 楼
哇 还是你好 :D
我是说 他偏心眼儿 大概心长右边儿去了
【在 M**e 的大作中提到】
: 要不我把我的那个给你吧
我是说 他偏心眼儿 大概心长右边儿去了
【在 M**e 的大作中提到】
: 要不我把我的那个给你吧
n*u
23 楼
同源重组也是有长度限制的吧？
有些比较大的gene，经常看到也就是flank在某几个exon的边上，而不是全部替换掉
【在 p*********e 的大作中提到】
: 你说的这种KO mice 好像是利用genetrap技术的knockout
: 不是传统的严格意义的KO mice
: 这个genetrap技术是有蛮多问题
: 传统的技术，是设计2个大的重组交换臂，可以把整合基因都换掉的，不存在这些似是
: 而非的问题
:
: KO
: gene
有些比较大的gene，经常看到也就是flank在某几个exon的边上，而不是全部替换掉
【在 p*********e 的大作中提到】
: 你说的这种KO mice 好像是利用genetrap技术的knockout
: 不是传统的严格意义的KO mice
: 这个genetrap技术是有蛮多问题
: 传统的技术，是设计2个大的重组交换臂，可以把整合基因都换掉的，不存在这些似是
: 而非的问题
:
: KO
: gene
M*e
24 楼
不会的不会的！版大都解释了
【在 o******t 的大作中提到】
: 哇 还是你好 :D
: 我是说 他偏心眼儿 大概心长右边儿去了
【在 o******t 的大作中提到】
: 哇 还是你好 :D
: 我是说 他偏心眼儿 大概心长右边儿去了
p*e
25 楼
也有这种情况
但楼主说“是利用在其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功
能”
所以严重怀疑是个genetrap knockout
后来楼主又提到“此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变换组合而
成）”
我想这是指alternative splicing
一般用同源重组做KO时，可以在设计时避免alternative splicing的干扰。
【在 n******u 的大作中提到】
: 同源重组也是有长度限制的吧？
: 有些比较大的gene，经常看到也就是flank在某几个exon的边上，而不是全部替换掉
但楼主说“是利用在其两个exons之间插入另一个不相关的gene，来使其原蛋白丧失功
能”
所以严重怀疑是个genetrap knockout
后来楼主又提到“此KO mice体内有好几种此蛋白的变异体（由不同的exons变换组合而
成）”
我想这是指alternative splicing
一般用同源重组做KO时，可以在设计时避免alternative splicing的干扰。
【在 n******u 的大作中提到】
: 同源重组也是有长度限制的吧？
: 有些比较大的gene，经常看到也就是flank在某几个exon的边上，而不是全部替换掉
s*a
26 楼
尘世间居然还有包子这种事。
老板娘，來一笼子
老板娘，來一笼子
D*a
27 楼
一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
n*2
28 楼
排！
s*y
29 楼
zan
下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利
用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
dispensable与否
【在 D*a 的大作中提到】
: 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
: 蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
: 如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
: cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
: 我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
: 很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
: 但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
: 要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
: stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
: mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利
用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
dispensable与否
【在 D*a 的大作中提到】
: 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
: 蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
: 如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
: cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
: 我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
: 很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
: 但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
: 要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
: stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
: mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
c*e
30 楼
Cong!
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
v*a
31 楼
谢谢专家的详尽解答！
下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon，你切了第10个想让他KO
dispensable与否
【在 D*a 的大作中提到】
: 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
: 蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
: 如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
: cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
: 我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
: 很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
: 但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
: 要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
: stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
: mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon，你切了第10个想让他KO
dispensable与否
【在 D*a 的大作中提到】
: 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
: 蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
: 如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
: cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
: 我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
: 很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
: 但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
: 要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
: stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
: mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
p*g
32 楼
恭喜～
r*y
33 楼
any antibody against that particular knockout protein should work, no matter
which domain it is designed against, if that protein is really ablated. for
instance,if that protein has 20 exons, and you expect that the protein
after exon 10 is knocked out, but your antibody available is against the
exon 1. then, if it is a clean knockout, this antibody will detect a shoter
band than expected (i.e. from exon 1 to exon 9, but not a full length
protein). If you still detect a full length protein, then you need to
consider if it is a real knockout model, or if there is any leaking, which
is quite common in many knockout models derived from genetrap ES cells.
however, if you have an antibody against exon 11, then you will not be able
to detect any band in the knockout mouse sample, if it is a clean knockout.
The above mentioned is for conventional knockout. in the case of conditional
knockout, i.e. tissue specific or cell specific knockout, the situation
will be more complicated. you need to compare wild type and cKO to see how
much protein can be removed.
下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利
用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
dispensable与否
【在 D*a 的大作中提到】
: 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
: 蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
: 如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
: cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
: 我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
: 很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
: 但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
: 要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
: stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
: mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
which domain it is designed against, if that protein is really ablated. for
instance,if that protein has 20 exons, and you expect that the protein
after exon 10 is knocked out, but your antibody available is against the
exon 1. then, if it is a clean knockout, this antibody will detect a shoter
band than expected (i.e. from exon 1 to exon 9, but not a full length
protein). If you still detect a full length protein, then you need to
consider if it is a real knockout model, or if there is any leaking, which
is quite common in many knockout models derived from genetrap ES cells.
however, if you have an antibody against exon 11, then you will not be able
to detect any band in the knockout mouse sample, if it is a clean knockout.
The above mentioned is for conventional knockout. in the case of conditional
knockout, i.e. tissue specific or cell specific knockout, the situation
will be more complicated. you need to compare wild type and cKO to see how
much protein can be removed.
下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功
能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个
exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利
用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
dispensable与否
【在 D*a 的大作中提到】
: 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
: 蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
: 如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
: cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
: 我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
: 很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
: 但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
: 要看是生理情况下还是challenge老鼠，很多KO是正常情况下没关系，但是有什么
: stress的时候就会出现差别。很多paper重新做别人的东西，发现个把蛋白变异体或者
: mRNA，然后就说新功能什么的，也存在为了发表文章夸大自己发现的情况，不可全信。
p*g
34 楼
抓握～
偶就看到老大半个影子～
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
偶就看到老大半个影子～
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
y*n
35 楼
sunnyday 的妹妹？
matter
for
shoter
able
【在 r*******y 的大作中提到】
: any antibody against that particular knockout protein should work, no matter
: which domain it is designed against, if that protein is really ablated. for
: instance,if that protein has 20 exons, and you expect that the protein
: after exon 10 is knocked out, but your antibody available is against the
: exon 1. then, if it is a clean knockout, this antibody will detect a shoter
: band than expected (i.e. from exon 1 to exon 9, but not a full length
: protein). If you still detect a full length protein, then you need to
: consider if it is a real knockout model, or if there is any leaking, which
: is quite common in many knockout models derived from genetrap ES cells.
: however, if you have an antibody against exon 11, then you will not be able
matter
for
shoter
able
【在 r*******y 的大作中提到】
: any antibody against that particular knockout protein should work, no matter
: which domain it is designed against, if that protein is really ablated. for
: instance,if that protein has 20 exons, and you expect that the protein
: after exon 10 is knocked out, but your antibody available is against the
: exon 1. then, if it is a clean knockout, this antibody will detect a shoter
: band than expected (i.e. from exon 1 to exon 9, but not a full length
: protein). If you still detect a full length protein, then you need to
: consider if it is a real knockout model, or if there is any leaking, which
: is quite common in many knockout models derived from genetrap ES cells.
: however, if you have an antibody against exon 11, then you will not be able
p*g
36 楼
是长到miny那边去了
【在 o******t 的大作中提到】
: 哇 还是你好 :D
: 我是说 他偏心眼儿 大概心长右边儿去了
【在 o******t 的大作中提到】
: 哇 还是你好 :D
: 我是说 他偏心眼儿 大概心长右边儿去了
j*2
37 楼
搭车求教，这个KO老鼠和KO老鼠交配，生下的小鼠都肯定是KO吗？有没有可能n代之后
出生的小鼠就不再KO、恢复野生型了？
出生的小鼠就不再KO、恢复野生型了？
m*y
38 楼
你们这是挑拨内战
【在 p*********g 的大作中提到】
: 是长到miny那边去了
【在 p*********g 的大作中提到】
: 是长到miny那边去了
s*y
39 楼
用传统方法做出的KO没有这个恢性的可能。
对于gene trap KO 倒是有可能的
【在 j******2 的大作中提到】
: 搭车求教，这个KO老鼠和KO老鼠交配，生下的小鼠都肯定是KO吗？有没有可能n代之后
: 出生的小鼠就不再KO、恢复野生型了？
对于gene trap KO 倒是有可能的
【在 j******2 的大作中提到】
: 搭车求教，这个KO老鼠和KO老鼠交配，生下的小鼠都肯定是KO吗？有没有可能n代之后
: 出生的小鼠就不再KO、恢复野生型了？
l*a
40 楼
居然还剩下那么多。。。
s*y
41 楼
Lol
才突然注意到这个
【在 y**********n 的大作中提到】
: sunnyday 的妹妹？
:
: matter
: for
: shoter
: able
才突然注意到这个
【在 y**********n 的大作中提到】
: sunnyday 的妹妹？
:
: matter
: for
: shoter
: able
f*y
42 楼
祝贺！谢谢某人通风报信哈。。
d*a
43 楼
re~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
j*3
44 楼
恭喜迷你。
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
j*3
45 楼
摸摸～
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
【在 o******t 的大作中提到】
: 欢迎回来~
: 还是miny魅力大
: 俺上任连个汤圆儿都没吃着 可怜啊啊
c*e
46 楼
恭喜！
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
o*t
47 楼
哈哈.....
偶们团结友爱 友谊第一 包子第二 是吧俺亲爱的苒苒~
其实 我是开版大的玩笑啦 miny不要太当真哈 版大挺好的其实
【在 m**y 的大作中提到】
: 你们这是挑拨内战
偶们团结友爱 友谊第一 包子第二 是吧俺亲爱的苒苒~
其实 我是开版大的玩笑啦 miny不要太当真哈 版大挺好的其实
【在 m**y 的大作中提到】
: 你们这是挑拨内战
o*t
48 楼
要不 你给我和版三发个大包子吧～～～
【在 j******3 的大作中提到】
: 摸摸～
【在 j******3 的大作中提到】
: 摸摸～
s*0
49 楼
re
j*3
50 楼
不给版三发，版三是wsn。
嘟嘟咱俩这周五喝个咖啡吧，然后我请你吃真包子。
【在 o******t 的大作中提到】
: 要不 你给我和版三发个大包子吧～～～
嘟嘟咱俩这周五喝个咖啡吧，然后我请你吃真包子。
【在 o******t 的大作中提到】
: 要不 你给我和版三发个大包子吧～～～
p*g
51 楼
lol
迷你～想死你了
转转这么就才让你上班
等死了
【在 m**y 的大作中提到】
: 你们这是挑拨内战
迷你～想死你了
转转这么就才让你上班
等死了
【在 m**y 的大作中提到】
: 你们这是挑拨内战
p*g
52 楼
啥?
【在 j******3 的大作中提到】
: 不给版三发，版三是wsn。
: 嘟嘟咱俩这周五喝个咖啡吧，然后我请你吃真包子。
【在 j******3 的大作中提到】
: 不给版三发，版三是wsn。
: 嘟嘟咱俩这周五喝个咖啡吧，然后我请你吃真包子。
p*g
53 楼
嘿嘿
热闹真好
【在 o******t 的大作中提到】
: 哈哈.....
: 偶们团结友爱 友谊第一 包子第二 是吧俺亲爱的苒苒~
: 其实 我是开版大的玩笑啦 miny不要太当真哈 版大挺好的其实
热闹真好
【在 o******t 的大作中提到】
: 哈哈.....
: 偶们团结友爱 友谊第一 包子第二 是吧俺亲爱的苒苒~
: 其实 我是开版大的玩笑啦 miny不要太当真哈 版大挺好的其实
m*y
54 楼
嘿嘿，摸摸
【在 p*********g 的大作中提到】
: lol
: 迷你～想死你了
: 转转这么就才让你上班
: 等死了
【在 p*********g 的大作中提到】
: lol
: 迷你～想死你了
: 转转这么就才让你上班
: 等死了
a*9
55 楼
pai~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
b*n
56 楼
lol,还有没～～
M*t
57 楼
没了
【在 b********n 的大作中提到】
: lol,还有没～～
【在 b********n 的大作中提到】
: lol,还有没～～
p*g
58 楼
抢～
【在 M****t 的大作中提到】
: 没了
【在 M****t 的大作中提到】
: 没了
M*4
59 楼
cong~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
A*t
60 楼
re
cong~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
cong~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
c*t
61 楼
chi!
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
F*g
62 楼
似乎还有包子？恭喜迷神！
d*r
63 楼
。。。
这是为何
这是为何
L*e
64 楼
GX，排包子
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
A*8
65 楼
祝贺！
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
w*s
66 楼
re
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
T*f
67 楼
re & cong
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
【在 E*****n 的大作中提到】
: 当时肯定是我那个邪恶同胞兄弟在管事
: 嘟嘟不生气啊回头我找机会揍他~
M*e
68 楼
包子发了吗？我几天没来了
【在 p*********g 的大作中提到】
: lol
: 迷你～想死你了
: 转转这么就才让你上班
: 等死了
【在 p*********g 的大作中提到】
: lol
: 迷你～想死你了
: 转转这么就才让你上班
: 等死了
j*3
69 楼
我好像也没收到呢。
版主呢？
【在 M**e 的大作中提到】
: 包子发了吗？我几天没来了
版主呢？
【在 M**e 的大作中提到】
: 包子发了吗？我几天没来了
M*e
70 楼
那我去申请
【在 j******3 的大作中提到】
: 我好像也没收到呢。
: 版主呢？
【在 j******3 的大作中提到】
: 我好像也没收到呢。
: 版主呢？
p*g
71 楼
我没发呢，停了6天的电，昨晚才来电的
【在 M**e 的大作中提到】
: 包子发了吗？我几天没来了
【在 M**e 的大作中提到】
: 包子发了吗？我几天没来了
p*g
72 楼
辛苦~
【在 M**e 的大作中提到】
: 那我去申请
【在 M**e 的大作中提到】
: 那我去申请
E*n
73 楼
包子已发完
这两天尽练肌肉去了，累的睡的天昏地暗，这刚爬上来~
【在 M**e 的大作中提到】
: 包子发了吗？我几天没来了
这两天尽练肌肉去了，累的睡的天昏地暗，这刚爬上来~
【在 M**e 的大作中提到】
: 包子发了吗？我几天没来了
j*3
74 楼
申请吧。
下届你当版大，我当版三辅佐你。
【在 M**e 的大作中提到】
: 那我去申请
下届你当版大，我当版三辅佐你。
【在 M**e 的大作中提到】
: 那我去申请
p*g
75 楼
她去申请发包 晕～
【在 j******3 的大作中提到】
: 申请吧。
: 下届你当版大，我当版三辅佐你。
【在 j******3 的大作中提到】
: 申请吧。
: 下届你当版大，我当版三辅佐你。
j*3
76 楼
宝贝儿，亲一个。
【在 p*********g 的大作中提到】
: 她去申请发包 晕～
【在 p*********g 的大作中提到】
: 她去申请发包 晕～
p*g
77 楼
老大～救命～～
【在 j******3 的大作中提到】
: 宝贝儿，亲一个。
【在 j******3 的大作中提到】
: 宝贝儿，亲一个。
E*n
78 楼
没事老大哥挡在你们中间他亲到的是俺的嘴嘴XD
【在 p*********g 的大作中提到】
: 老大～救命～～
【在 p*********g 的大作中提到】
: 老大～救命～～
p*g
79 楼
嘿嘿～
【在 E*****n 的大作中提到】
: 没事老大哥挡在你们中间他亲到的是俺的嘴嘴XD
【在 E*****n 的大作中提到】
: 没事老大哥挡在你们中间他亲到的是俺的嘴嘴XD
N*s
80 楼
吃包子
【在 E*****n 的大作中提到】
: 没事老大哥挡在你们中间他亲到的是俺的嘴嘴XD
【在 E*****n 的大作中提到】
: 没事老大哥挡在你们中间他亲到的是俺的嘴嘴XD
相关阅读
学术讨论： Big Data Analysis of Swimming Athletes' Performance Records事后诸葛亮现在纷纷跳出来了Cell vs.Cells赤裸裸的霸道对 Nature 还是专业些吧有谁还记得之前有个薄后弄的一个生物快递公司 是哪个么？新华社稍微跟进了一下。。。有人研究外空生物学吗？顶饶毅：出手《自然》，饶毅完胜丝一公院士。 (转载)Nature 道歉了恶搞Nauture -大家帮忙由饶毅email再谈nature事件反应过度抗争是一方面，还有一个更长期艰巨的任务奥运与我何相干 --饶毅现在nature主编是英国人吗？向立铭，Jiang Lai, 深海饶毅三位同学致以最崇高的敬意！咱北美生物苦逼男果然最是苦大仇深！以后是不是只要是个西方媒体说点啥，中国人就扯鸦片战争？要求撤稿的问个SCIENCE审稿的问题