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blastn 一问

blastn 一问# Biology - 生物学

f*g2012-05-21 07:05

1 楼

颇有点失落
哈哈

f*82012-05-21 07:05

2 楼

今天看王石和宝能的厮杀开始，
我不知怎么的心里一阵凉意，
平时在这里说话，好像还似乎还有点得意，
现在想想也是别人还讲道理，所以有所谦让。
真正要是把人投入丛林里，面前一个老虎，根本不讲道理，
连“我要吃你”的话都不说，上来就把你当食物对待了，
讲理的份儿都没有，心里还是害怕的。
所以，其实很简单，到了不怕老虎的时候，再谈修的如何吧。
偶感。。。
又及：
不知道万科和宝能的老板们怕不怕老虎，
还是很明智地只玩玩得起的呢？

g*12012-05-21 07:05

3 楼

For the following two sequences, I am doing blastn on Seq2 against Seq1
blastn -task blastn-short -outfmt "6 nident"
Seq1: ATTAGAWACCCBDGTAGTCC
Seq2: ATTAGATACCCTGGTAGTCC
The length of each sequence is 20. The blastn returns nident=17, with 3
mismatch.
However, T actually matches W and B, and G matches D.
With IUPAC characters, in this case, how can I also count ambiguous matches?
What I expect in this case is number of identity =20 instead of nident=17.
Is there any parameter for blastn so that I can get number of identity =20?
Thanks

g*i2012-05-21 07:05

4 楼

花钱不够多吧你要是花了个十几万刀估计他们会苦苦求你免年费送stmt credit的

y*n2012-05-21 07:05

5 楼

you can count the ambiguous matches yourself by a script based on the
alignment.

f*g2012-05-21 07:05

6 楼

许多别的卡我也花得不多，但一样有挽留，嘿嘿
感觉Delta没有花多大心思经营自己这张Amex卡

g*12012-05-21 07:05

7 楼

Doesn't blastn provide that output?

【在 y**********n 的大作中提到】

: you can count the ambiguous matches yourself by a script based on the
: alignment.

d*k2012-05-21 07:05

8 楼

不取消以后怎么再审怎么赚点数
不用可惜

【在 f**g 的大作中提到】

: 颇有点失落
: 哈哈

y*n2012-05-21 07:05

9 楼

check the parameters bellow to see if you can get that output, otherwise you
need to make a script yourself.
http://www.molquest.com/help/2.3/programs/BlastN/parameters.htm

【在 g******1 的大作中提到】

: Doesn't blastn provide that output?