f*w
2 楼
电话号码怎么输啊
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
s*2
3 楼
我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
c*h
4 楼
用email
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
【在 f*******w 的大作中提到】
: 电话号码怎么输啊
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
【在 f*******w 的大作中提到】
: 电话号码怎么输啊
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
B*t
5 楼
chip-seq? RNA-seq? You need a machine with huge memory. Ask somebody locally
, if you don't have machine to analyze.
, if you don't have machine to analyze.
b*r
6 楼
+86<11位号码>
我就是这么发的。。
【在 f*******w 的大作中提到】
: 电话号码怎么输啊
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
我就是这么发的。。
【在 f*******w 的大作中提到】
: 电话号码怎么输啊
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
n*t
7 楼
靠，没法分析为啥要测序？本校或当地找个合作者吧，这东西数据传输都是问题
N*3
8 楼
这个比微信差远了，无论速度还是功能~
b*e
9 楼
你们要分析啥呀？
推荐一个软件吧: clc genomics workbench
我只用这个做过很简单的分析，但是见过有人用它做454的assembly和注释等等，挺强
大的，不过不便宜，5000刀。
能试用14天，如果要继续用的话，好像改mac地址还是怎样操作来着，我忘了
比如可以导入你们的原始数据然后assembly，然后各种各样的分析。
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
推荐一个软件吧: clc genomics workbench
我只用这个做过很简单的分析，但是见过有人用它做454的assembly和注释等等，挺强
大的，不过不便宜，5000刀。
能试用14天，如果要继续用的话，好像改mac地址还是怎样操作来着，我忘了
比如可以导入你们的原始数据然后assembly，然后各种各样的分析。
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
d*y
10 楼
如果你實驗室沒有服務器的話，比較麻煩。如果有服務器，你可以學著自己coding. 免
費得軟件很多的。
費得軟件很多的。
e*t
11 楼
i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
e*e
12 楼
what info are you trying to get out?
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
s*y
13 楼
It's actually very simple.
If you have command-line experience (like DOS), try to use Bowtie and
cuffdiff. It only requires less than 2g memory for most genomes.
If not, try Galaxy http://main.g2.bx.psu.edu/. Free and very powerful.
If you have command-line experience (like DOS), try to use Bowtie and
cuffdiff. It only requires less than 2g memory for most genomes.
If not, try Galaxy http://main.g2.bx.psu.edu/. Free and very powerful.
L*a
14 楼
如果完全新手又没有计算资源，找个合作者是最快出结果的方法了。
如果一定要自己搞：
（1）找个靠谱的cloud或其他cluster，把数据传上去。或者花2000多刀买一个work
station。16g内存，8cpu。
（2）找地方参加个workshop。对怎么分析这类数据有个大概的sense。
（3）知道哪些能用公共软件做，哪些需要自己coding，应该从哪些方面入手分析之后
，自己学coding，至少懂两样。perl/python 以及R。
这一套下来半年算很快了。还是在有人能时不时指导下的情况下。
如果一定要自己搞：
（1）找个靠谱的cloud或其他cluster，把数据传上去。或者花2000多刀买一个work
station。16g内存，8cpu。
（2）找地方参加个workshop。对怎么分析这类数据有个大概的sense。
（3）知道哪些能用公共软件做，哪些需要自己coding，应该从哪些方面入手分析之后
，自己学coding，至少懂两样。perl/python 以及R。
这一套下来半年算很快了。还是在有人能时不时指导下的情况下。
L*a
15 楼
外包也是个方法。
国内有很多做生物信息分析的小公司。
可以帮你用流程跑一下。给钱就行，不要求authorship。
当然流程跑出来的结果只能给你个大概的idea，就是这个数据大概长什么样。
最后还是得有个local或者非local但是能频繁交流的人一起边商量边搞。这个人最好就
是你自己。
国内有很多做生物信息分析的小公司。
可以帮你用流程跑一下。给钱就行，不要求authorship。
当然流程跑出来的结果只能给你个大概的idea，就是这个数据大概长什么样。
最后还是得有个local或者非local但是能频繁交流的人一起边商量边搞。这个人最好就
是你自己。
s*2
16 楼
是RAD——seq，我想找我们大学的做生物学信息分析方面的人，但是他们说他们的服务
器很忙，没空让我们用。所以很悲惨啊。
locally
【在 B*******t 的大作中提到】
: chip-seq? RNA-seq? You need a machine with huge memory. Ask somebody locally
: , if you don't have machine to analyze.
器很忙，没空让我们用。所以很悲惨啊。
locally
【在 B*******t 的大作中提到】
: chip-seq? RNA-seq? You need a machine with huge memory. Ask somebody locally
: , if you don't have machine to analyze.
s*2
17 楼
其实最终我都得想个解决分析的办法的。本校的实验室一些是不屑于跟我们合作。有些同
意合作的，但是服务器很忙，要等很长时间，我又等不及了。
【在 n********t 的大作中提到】
: 靠，没法分析为啥要测序？本校或当地找个合作者吧，这东西数据传输都是问题
意合作的，但是服务器很忙，要等很长时间，我又等不及了。
【在 n********t 的大作中提到】
: 靠，没法分析为啥要测序？本校或当地找个合作者吧，这东西数据传输都是问题
S*l
18 楼
可以用maq,免费的
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
【在 s********2 的大作中提到】
: 我是分子生物学方向的，现在刚拿到200M reads 的illumina测序结果。我对生物信息
: 学分析是一头雾水，并且我们实验室也没有可以用于分析的服务器。如果这里有能够提
: 供生物信息学分析的实验室同胞，能不能联系一下我。我现在真是被这些数据搞得头都
: 大了，老板还急着要结果。谢谢大家！
s*2
19 楼
谢谢！ 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
限制我的就是服务器的问题。头都大了。
【在 b*******e 的大作中提到】
: 你们要分析啥呀？
: 推荐一个软件吧: clc genomics workbench
: 我只用这个做过很简单的分析，但是见过有人用它做454的assembly和注释等等，挺强
: 大的，不过不便宜，5000刀。
: 能试用14天，如果要继续用的话，好像改mac地址还是怎样操作来着，我忘了
: 比如可以导入你们的原始数据然后assembly，然后各种各样的分析。
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
限制我的就是服务器的问题。头都大了。
【在 b*******e 的大作中提到】
: 你们要分析啥呀？
: 推荐一个软件吧: clc genomics workbench
: 我只用这个做过很简单的分析，但是见过有人用它做454的assembly和注释等等，挺强
: 大的，不过不便宜，5000刀。
: 能试用14天，如果要继续用的话，好像改mac地址还是怎样操作来着，我忘了
: 比如可以导入你们的原始数据然后assembly，然后各种各样的分析。
s*2
20 楼
对呢，现在这个实验室没有服务器，我国内导师的实验室有服务器，我就是想拿到初步
数据，再做实验，再测序，然后将最后的测序结果拿到国内分析就行了，但是现在就卡
在这个初步结果的分析这步上了。并且，我还想赶紧做完，赶紧回国。
【在 d***y 的大作中提到】
: 如果你實驗室沒有服務器的話，比較麻煩。如果有服務器，你可以學著自己coding. 免
: 費得軟件很多的。
数据，再做实验，再测序，然后将最后的测序结果拿到国内分析就行了，但是现在就卡
在这个初步结果的分析这步上了。并且，我还想赶紧做完，赶紧回国。
【在 d***y 的大作中提到】
: 如果你實驗室沒有服務器的話，比較麻煩。如果有服務器，你可以學著自己coding. 免
: 費得軟件很多的。
s*2
21 楼
我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。
【在 e****e 的大作中提到】
: what info are you trying to get out?
想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
看有多少个unique的序列，然后再找SNP。
【在 e****e 的大作中提到】
: what info are you trying to get out?
L*a
22 楼
数据传回国内服务器，或者硬盘寄回去。
远程ssh到国内服务器上做。
如果是教育网，速度估计还可以。
【在 s********2 的大作中提到】
: 对呢，现在这个实验室没有服务器，我国内导师的实验室有服务器，我就是想拿到初步
: 数据，再做实验，再测序，然后将最后的测序结果拿到国内分析就行了，但是现在就卡
: 在这个初步结果的分析这步上了。并且，我还想赶紧做完，赶紧回国。
远程ssh到国内服务器上做。
如果是教育网，速度估计还可以。
【在 s********2 的大作中提到】
: 对呢，现在这个实验室没有服务器，我国内导师的实验室有服务器，我就是想拿到初步
: 数据，再做实验，再测序，然后将最后的测序结果拿到国内分析就行了，但是现在就卡
: 在这个初步结果的分析这步上了。并且，我还想赶紧做完，赶紧回国。
s*2
23 楼
真的啊？！关于co-first author的问题，我可以跟我们导师申请。
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
s*2
24 楼
真的啊？！关于co-first author的问题，我可以跟我们导师申请。
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
s*2
25 楼
是，说的太对了。现在诺大的实验室，只有我自己是搞分子生物学的，遇到问题，就没
得商量的，除了导师。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 外包也是个方法。
: 国内有很多做生物信息分析的小公司。
: 可以帮你用流程跑一下。给钱就行，不要求authorship。
: 当然流程跑出来的结果只能给你个大概的idea，就是这个数据大概长什么样。
: 最后还是得有个local或者非local但是能频繁交流的人一起边商量边搞。这个人最好就
: 是你自己。
得商量的，除了导师。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 外包也是个方法。
: 国内有很多做生物信息分析的小公司。
: 可以帮你用流程跑一下。给钱就行，不要求authorship。
: 当然流程跑出来的结果只能给你个大概的idea，就是这个数据大概长什么样。
: 最后还是得有个local或者非local但是能频繁交流的人一起边商量边搞。这个人最好就
: 是你自己。
s*2
26 楼
现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
急如焚啊。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 数据传回国内服务器，或者硬盘寄回去。
: 远程ssh到国内服务器上做。
: 如果是教育网，速度估计还可以。
少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
急如焚啊。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 数据传回国内服务器，或者硬盘寄回去。
: 远程ssh到国内服务器上做。
: 如果是教育网，速度估计还可以。
L*a
27 楼
这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
【在 s********2 的大作中提到】
: 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
: 少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
: 行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
: 急如焚啊。
【在 s********2 的大作中提到】
: 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
: 少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
: 行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
: 急如焚啊。
s*2
28 楼
嗯，所以如果有愿意帮忙的同胞，希望能够联系我。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
o*r
29 楼
你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
.,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
适的参数结果就是垃圾
【在 s********2 的大作中提到】
: 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
: 少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
: 行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
: 急如焚啊。
不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
.,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
适的参数结果就是垃圾
【在 s********2 的大作中提到】
: 现在还有个悲剧的问题，就是国内的服务器太繁忙了，好几个人在处理数据，我得等至
: 少一个月才行。我9月底就要回国了。我还要根据这些结果，在回国前完成一个实验才
: 行。并且那个实验要有一个月的时间才能完成，还是不出意外的情况。所以我现在是心
: 急如焚啊。
t*d
30 楼
请推荐几个吧。谢谢！
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这么急的话，签协议的外包是最靠铺的了。
e*t
31 楼
这个在linux下几个简单命令就能解决。
1,2,..
【在 o********r 的大作中提到】
: 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
: 不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
: ，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
: .,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
: 名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
: 适的参数结果就是垃圾
1,2,..
【在 o********r 的大作中提到】
: 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
: 不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
: ，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
: .,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
: 名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
: 适的参数结果就是垃圾
a*e
32 楼
我现在在 ubuntu 和 cygwin 下编译 blat 都通不过， 还每搞定。
o*r
33 楼
你可以试试（BAM是binary file）。
【在 e*****t 的大作中提到】
: 这个在linux下几个简单命令就能解决。
:
: 1,2,..
【在 e*****t 的大作中提到】
: 这个在linux下几个简单命令就能解决。
:
: 1,2,..
s*2
34 楼
是啊，是挺悲剧的，我跟一些公司的人联系过，人家觉得我这分析太简单，不值得去做
，嫌光传数据就麻烦的够呛。我真是哭死了。所以才来像大家求助，看有没有做这方面
的同胞，如果花钱，或者当co-author都可以的。我就是在时间上比较着急。
1,2,..
【在 o********r 的大作中提到】
: 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
: 不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
: ，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
: .,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
: 名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
: 适的参数结果就是垃圾
，嫌光传数据就麻烦的够呛。我真是哭死了。所以才来像大家求助，看有没有做这方面
的同胞，如果花钱，或者当co-author都可以的。我就是在时间上比较着急。
1,2,..
【在 o********r 的大作中提到】
: 你这个太杯具，还是赶快找一个已经建起pipeline的组合作，要自己做的话2个月都来
: 不及摸条件的。别以为软件可以直接用就很方便，不同的软件间可能根本不能直接对接
: ，比如BAM中用不用chr，排序的时候是1,10,11,...,2，20,21,22,3，...,9,X,Y还是1,2,..
: .,9,10,11,...,22,X,Y（这几种居然都是常用的）都可能造成程序崩溃，更别提有些莫
: 名其妙的软件还有特殊的输入格式。。。另外每个软件都有一推各种各样的参数，不合
: 适的参数结果就是垃圾
s*2
35 楼
谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
【在 t*d 的大作中提到】
: 请推荐几个吧。谢谢！
【在 t*d 的大作中提到】
: 请推荐几个吧。谢谢！
s*2
36 楼
其实说实话，大家不要笑话我，我都没接触过linux系统呢，所以感觉自己特别失败。
【在 e*****t 的大作中提到】
: 这个在linux下几个简单命令就能解决。
:
: 1,2,..
【在 e*****t 的大作中提到】
: 这个在linux下几个简单命令就能解决。
:
: 1,2,..
A*n
37 楼
这个并不难啊，samtools上去＋sed就可以了
确实只是几个命令的事，不过楼主最麻烦的是连自己的机器都没有
别人如果要分析的话，数据传输就得一两天时间。
【在 o********r 的大作中提到】
: 你可以试试（BAM是binary file）。
确实只是几个命令的事，不过楼主最麻烦的是连自己的机器都没有
别人如果要分析的话，数据传输就得一两天时间。
【在 o********r 的大作中提到】
: 你可以试试（BAM是binary file）。
L*a
38 楼
这个不算推荐。只是我知道的。
http://www.miningene.com/index.html
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
http://www.miningene.com/index.html
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
A*n
39 楼
blat可以直接下载他们已经编译好的程序，那个最省事。
不过你要是指望用blat作对，那就得且等着了。
【在 a***e 的大作中提到】
: 我现在在 ubuntu 和 cygwin 下编译 blat 都通不过， 还每搞定。
不过你要是指望用blat作对，那就得且等着了。
【在 a***e 的大作中提到】
: 我现在在 ubuntu 和 cygwin 下编译 blat 都通不过， 还每搞定。
A*n
40 楼
这个建议最靠谱了。
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
【在 e*****t 的大作中提到】
: i could help you do the analysis. co-first author. deal or not deal?
o*r
41 楼
麻烦不少，每次重做BAM后又得重新sort/index。小的bam可能没啥，100+G的BAM这一步
重做可能就是1个工作日的时间。另外难的是知道为啥程序崩溃，多数软件不会有这么
详细的说明，很多时候需要很长时间的debug才能查到问题是format不对。
【在 A*****n 的大作中提到】
: 这个并不难啊，samtools上去＋sed就可以了
: 确实只是几个命令的事，不过楼主最麻烦的是连自己的机器都没有
: 别人如果要分析的话，数据传输就得一两天时间。
重做可能就是1个工作日的时间。另外难的是知道为啥程序崩溃，多数软件不会有这么
详细的说明，很多时候需要很长时间的debug才能查到问题是format不对。
【在 A*****n 的大作中提到】
: 这个并不难啊，samtools上去＋sed就可以了
: 确实只是几个命令的事，不过楼主最麻烦的是连自己的机器都没有
: 别人如果要分析的话，数据传输就得一两天时间。
A*n
42 楼
-u + 管道还是能省不少IO上的时间的。楼主总共也才200M reads。最后得到的BAM应该
也就在２，３０G这个数量级，不会有特别大的麻烦。
顺便问一下，哪些软件这么bt，下次遇到的时候好注意一下。
【在 o********r 的大作中提到】
: 麻烦不少，每次重做BAM后又得重新sort/index。小的bam可能没啥，100+G的BAM这一步
: 重做可能就是1个工作日的时间。另外难的是知道为啥程序崩溃，多数软件不会有这么
: 详细的说明，很多时候需要很长时间的debug才能查到问题是format不对。
也就在２，３０G这个数量级，不会有特别大的麻烦。
顺便问一下，哪些软件这么bt，下次遇到的时候好注意一下。
【在 o********r 的大作中提到】
: 麻烦不少，每次重做BAM后又得重新sort/index。小的bam可能没啥，100+G的BAM这一步
: 重做可能就是1个工作日的时间。另外难的是知道为啥程序崩溃，多数软件不会有这么
: 详细的说明，很多时候需要很长时间的debug才能查到问题是format不对。
o*r
43 楼
给你个我遇到过的变态软件：cnver，这家伙用的BAM居然不是coordinates sorted。至
于chr以及排序不同的就太多了，俺遇到过的软件两种格式基本是一半一半
【在 A*****n 的大作中提到】
: -u + 管道还是能省不少IO上的时间的。楼主总共也才200M reads。最后得到的BAM应该
: 也就在２，３０G这个数量级，不会有特别大的麻烦。
: 顺便问一下，哪些软件这么bt，下次遇到的时候好注意一下。
于chr以及排序不同的就太多了，俺遇到过的软件两种格式基本是一半一半
【在 A*****n 的大作中提到】
: -u + 管道还是能省不少IO上的时间的。楼主总共也才200M reads。最后得到的BAM应该
: 也就在２，３０G这个数量级，不会有特别大的麻烦。
: 顺便问一下，哪些软件这么bt，下次遇到的时候好注意一下。
A*n
44 楼
看了一下这个东西的readme文件，他要求的BAM格式确实比较怪异，还不如直接用text
format。你不会是试了那十几个作CNV和SV的软件，然后每次改BAM文件吧？
【在 o********r 的大作中提到】
: 给你个我遇到过的变态软件：cnver，这家伙用的BAM居然不是coordinates sorted。至
: 于chr以及排序不同的就太多了，俺遇到过的软件两种格式基本是一半一半
format。你不会是试了那十几个作CNV和SV的软件，然后每次改BAM文件吧？
【在 o********r 的大作中提到】
: 给你个我遇到过的变态软件：cnver，这家伙用的BAM居然不是coordinates sorted。至
: 于chr以及排序不同的就太多了，俺遇到过的软件两种格式基本是一半一半
y*8
45 楼
自己撺个12-core, 96G memory, 4TB硬盘的workstation，装illumina自己的Cassava,
免费的。
免费的。
o*r
46 楼
差不多，还有个比较古怪的FREEC，居然不支持BAM，每次100G的BAM变成pileup格式就
成了300G，然后它再生成个自己的输入格式，又是一个不小的文件，这些IO很是头疼
text
【在 A*****n 的大作中提到】
: 看了一下这个东西的readme文件，他要求的BAM格式确实比较怪异，还不如直接用text
: format。你不会是试了那十几个作CNV和SV的软件，然后每次改BAM文件吧？
成了300G，然后它再生成个自己的输入格式，又是一个不小的文件，这些IO很是头疼
text
【在 A*****n 的大作中提到】
: 看了一下这个东西的readme文件，他要求的BAM格式确实比较怪异，还不如直接用text
: format。你不会是试了那十几个作CNV和SV的软件，然后每次改BAM文件吧？
t*d
47 楼
谢谢！
这个好像和 BGI 有关系吧。在 BGI 的老巢，顺义。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这个不算推荐。只是我知道的。
: http://www.miningene.com/index.html
这个好像和 BGI 有关系吧。在 BGI 的老巢，顺义。
【在 L*******a 的大作中提到】
: 这个不算推荐。只是我知道的。
: http://www.miningene.com/index.html
t*d
48 楼
：）不谢。
BTW，如果你在 Boston 的话，也许我可以帮上一点点忙，把我的机器借给你用。
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
BTW，如果你在 Boston 的话，也许我可以帮上一点点忙，把我的机器借给你用。
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢ttd，说了我想说的话，呵呵。
s*2
49 楼
谢谢!可惜俺不在啊！真是痛苦！
【在 t*d 的大作中提到】
: ：）不谢。
: BTW，如果你在 Boston 的话，也许我可以帮上一点点忙，把我的机器借给你用。
【在 t*d 的大作中提到】
: ：）不谢。
: BTW，如果你在 Boston 的话，也许我可以帮上一点点忙，把我的机器借给你用。
L*a
50 楼
是从BGI早年在北京的生物信息部门离开的一个人自己搞的公司。后来据说又陆续有其
他人加入。
跟BGI没有关系。
【在 t*d 的大作中提到】
: 谢谢！
: 这个好像和 BGI 有关系吧。在 BGI 的老巢，顺义。
他人加入。
跟BGI没有关系。
【在 t*d 的大作中提到】
: 谢谢！
: 这个好像和 BGI 有关系吧。在 BGI 的老巢，顺义。
l*a
51 楼
不太明白你说的unique的序列指什么。我们实验室主要就是做human exome target resequencing。软件分析用的是NextGENe里的sequence aligment然后找mutation SNP。我们没试过barcode的sample，不过软件里有这个功能。如果你能把你的data传过来，我可以给你试试，但不知道你具体想要找什么。
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢！ 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
: 想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
: 看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
: 限制我的就是服务器的问题。头都大了。
【在 s********2 的大作中提到】
: 谢谢！ 我用illumina测序，每个lane里面有好几个个体，个体都加了barcode，我就是
: 想把这些序列根据barcode分配到不同的个体，然后再将每个个体的序列alignment，看
: 看有多少个unique的序列，然后再找SNP。目标挺简单的，还有现成的软件。但是现在
: 限制我的就是服务器的问题。头都大了。
f*9
52 楼
请问你这个要分析什么结果呢？ 做基因组还是转路子，什么应用呢？ 可不可以介绍一
下你实验设计的经验？谢谢
下你实验设计的经验？谢谢
相关阅读
从哪儿能查到某段DNA的melting temperature问个生物计算中的for loop的问题转行的具体做法，适合1-2年级学生大家怎么看personalized medicine各位浸淫lab这么多年，都见过什么样的实验室怪癖？浙大的特聘研究员是什么？└ Re: 访问学者，遗传方面，求收留澳门大学问一篇文章（记不得名字了）看看上海生化所近几年的毕业去向和生源生物这行还是挺有意思的美国大学医学院教授一般什么年龄完全退休下来？找工作和面试植物学大拿们来讨论一下这篇文章吧。问个Treg的问题UCSD的Kun Zhang教授好牛啊，N+1多的CNS生物资深千老对年轻研究生的几点忠告和警示CRISPR/CAS 系统为何用CAS9？其实学生物没什么不好的 (转载)搞生物无前途，“钱途”的。