RNA-seq map工具# Biology - 生物学
A*e
1 楼
现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
linux。 多谢。
么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
linux。 多谢。
n*7
2 楼
什么平台？
solexa的话 就是 tophat --> cufflinks吧
solexa的话 就是 tophat --> cufflinks吧
e*e
3 楼
artemis
g*h
4 楼
bowtie or bwa
j*p
5 楼
if illumina, and if only interested in annotated transcripts' expression,
just try
(1) map to genome using tophat
(2) run cufflinks to get FPKM
FPKM estimation at transcript level is not as good as that at gene level.
just try
(1) map to genome using tophat
(2) run cufflinks to get FPKM
FPKM estimation at transcript level is not as good as that at gene level.
l*1
6 楼
LZ pls refer
Koren S. and Jarvis ED et al. (2012)
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
Nature Biotechnology. 10. 1038/nbt.2280.
full text PDF link:
//jarvislab.net/Publications/Koren_et_al_2012.pdf
or
//wap.creaders.net/newsViewer.php?nid=523980&id=1170990&aid=13&fontsizetype=
large&ipage=2
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31697345_0_7.html
135th floor
【在 A*******e 的大作中提到】
: 现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
: 么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
: linux。 多谢。
Koren S. and Jarvis ED et al. (2012)
Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing
reads
Nature Biotechnology. 10. 1038/nbt.2280.
full text PDF link:
//jarvislab.net/Publications/Koren_et_al_2012.pdf
or
//wap.creaders.net/newsViewer.php?nid=523980&id=1170990&aid=13&fontsizetype=
large&ipage=2
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31697345_0_7.html
135th floor
【在 A*******e 的大作中提到】
: 现在有RNA seq的data， 有一个比较好的reference genome sequence. 请问现在有什
: 么比较好的工具能快速的分析该数据， 要求map 然后定量分析。 硬件： 8GB 内存的
: linux。 多谢。
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