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microarray结果中同一个基因不同的probe结果冲突的时候如何处理 (转载)

microarray结果中同一个基因不同的probe结果冲突的时候如何处理 (转载)# Biology - 生物学

l*i2012-10-15 07:10

1 楼

记得第一次看《康熙来了》是在初中的时候，那个时候看《康熙》简直觉得不可思
议，怎么敢那么大胆，吓得我没敢看，后来好久没看过，再看是过了好几年之后了，可
能是长大了的缘故，想多看点外面的东西，所以就看完了，看完之后感觉真是上了一课
，原来综艺节目也可以这样做，男女主持人配合的默契，不管小s闹得多大，蔡康永都
能把主题拉回来，而且从来不嫌弃，有时候就想小s能交到这样的闺蜜真是上辈子拯救
了银河系，幸福的不能再幸福了，但是其实再想想蔡康永有小s也是很幸福的，他俩是
搭档，《康熙》能播出这么长时间都是因为他俩在一起，小s虽然刁蛮，但是却非常适
合做综艺节目，噱头绝对够，蔡康永妙语连珠，思维敏捷，绝对是最佳搭档，但是现在
《康熙》要停播了，感觉忽然少了点东西，陪伴了这么长时间的《康熙》忽然之间就没
了，真是挺难过的，这么长时间的陪伴，其实刚开始知道这个消息的时候没什么反应，
但是现在《康熙》已经录完最后一期了，感觉是真的了，但是，虽然伤心，却只能说一
句，再见，《康熙》。

a*g2012-10-15 07:10

2 楼

【以下文字转载自 Statistics 讨论区】
发信人: adgang (九戒), 信区: Statistics
标题: microarray结果中同一个基因不同的probe结果冲突的时候如何处理?
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 15 17:05:14 2012, 美东)
thanks
如果有可能,请介绍相关文献

N*n2012-10-15 07:10

3 楼

mean, or median

【在 a****g 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Statistics 讨论区】
: 发信人: adgang (九戒), 信区: Statistics
: 标题: microarray结果中同一个基因不同的probe结果冲突的时候如何处理?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 15 17:05:14 2012, 美东)
: thanks
: 如果有可能,请介绍相关文献

a*g2012-10-15 07:10

4 楼

具体情况是一个基因用了4个probe, 每个重复了10次
这种情况下如何取mean?
单纯考虑每个probe的话,这4个probe的结果是互相冲突的
谢谢

【在 N******n 的大作中提到】

: mean, or median

N*n2012-10-15 07:10

5 楼

这几个基因很重要吗? 一般都是sum(40probes)/40,当然，如果你能找到理由，说某个
Probe不是很reasonable, 就可以忽略了。 Microarray结果解释方法很多的。

【在 a****g 的大作中提到】

: 具体情况是一个基因用了4个probe, 每个重复了10次
: 这种情况下如何取mean?
: 单纯考虑每个probe的话,这4个probe的结果是互相冲突的
: 谢谢

a*g2012-10-15 07:10

6 楼

实验是别人做的
没办法知道哪个probe有问题
thanks anyway

【在 N******n 的大作中提到】

: 这几个基因很重要吗? 一般都是sum(40probes)/40,当然，如果你能找到理由，说某个
: Probe不是很reasonable, 就可以忽略了。 Microarray结果解释方法很多的。

q*g2012-10-15 07:10

7 楼

做qPCR验证一下吧

G*d2012-10-15 07:10

8 楼

Jetset help to recognize which probe is right

s*a2012-10-15 07:10

9 楼

1) Are you using a custom chip or something like Affymetix? You usually get
data on "ProbeSet" not probes. It's a big difference.
2) If this particular gene is not important to you, forget it;
else:
3) Are data on each probe statistically significant?
If so:
4) verify the probe sequences. Look them up in the genome to make sure they
correctly match to your gene and the same transcript. Watch for different
exons for spliced variants. Watch for common SNPs in case mismatch occurs.
5) If you don't get a clear answer by now, order primers and QPCR.

s*a2012-10-15 07:10

10 楼

That's the perfect recipe for lousy science.

【在 N******n 的大作中提到】

: 这几个基因很重要吗? 一般都是sum(40probes)/40,当然，如果你能找到理由，说某个
: Probe不是很reasonable, 就可以忽略了。 Microarray结果解释方法很多的。