t*e
2 楼
大家收到教育局的通知了没?
l*i
3 楼
qPCR测了一批基因在不同时间点的表达(1-6天),现在作图时碰到一个问题:
因为所有时间点、所测基因的表达都要与未处理组(即day 0)比较,所以我在计算时,
把每个基因在未处理组中的表达设为 1, 这样计算不同时间点基因变化的倍数。其中
有两个基因在未处理组不表达(program给出的CT值为undetermined,即未
amplification),这样计算时就无法得到dela CT,也就没法作图。
我的想法是把没有扩增的基因的CT值设为最大CT值,即40,然后计算delta CT,以方便
作图。但是,实验室博后认为这样不对,是artificial effect;正确的做法,应该用
positive control,然后未处理组和各个时间点的都与positive control比较。我觉得
这样很混乱,因为是一批基因,按博后的意见的话,我得每一个基因对应一个positive
control,做出的图不太好理解。
不知各位有无碰到这种情况?你们都是怎么处理的呢?最好能提供一两篇有关类似问题
的文献。谢谢!
因为所有时间点、所测基因的表达都要与未处理组(即day 0)比较,所以我在计算时,
把每个基因在未处理组中的表达设为 1, 这样计算不同时间点基因变化的倍数。其中
有两个基因在未处理组不表达(program给出的CT值为undetermined,即未
amplification),这样计算时就无法得到dela CT,也就没法作图。
我的想法是把没有扩增的基因的CT值设为最大CT值,即40,然后计算delta CT,以方便
作图。但是,实验室博后认为这样不对,是artificial effect;正确的做法,应该用
positive control,然后未处理组和各个时间点的都与positive control比较。我觉得
这样很混乱,因为是一批基因,按博后的意见的话,我得每一个基因对应一个positive
control,做出的图不太好理解。
不知各位有无碰到这种情况?你们都是怎么处理的呢?最好能提供一两篇有关类似问题
的文献。谢谢!
l*e
6 楼
我知道有人用你提到的办法,把没有扩增的基因的CT值设为最大CT值,即40,然后计算
delta CT,但reference一时找不到。
我想能不能倒过来比较,就是把day 6的值作参考,其他的跟它比,那么到day 0就直接
打个星号写undetermined,这样就解决了作图的问题。
delta CT,但reference一时找不到。
我想能不能倒过来比较,就是把day 6的值作参考,其他的跟它比,那么到day 0就直接
打个星号写undetermined,这样就解决了作图的问题。
j*x
9 楼
This is just a potential intern offer. Not taking it this time. But surly
want to know more
want to know more
p*s
10 楼
没收到
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