有人做superresolution microscopy吗？前景怎么样？ - 未名空间MITBBS历史存档

有人做superresolution microscopy吗？前景怎么样？# Biology - 生物学

t*r2013-03-13 07:03

1 楼

1. 生物类,first-author paper 三篇, 其中CNS一篇不过是co-first-author
2. 我的CNS文章被网络科技媒体报道>10次,其中有两个比较著名,另有两个有印刷版的
杂志,不过我找不到印刷的成品,只能提供网页证据. 还有一个问题是所有报道全是一样
的内容,因为通通是我们学校供的稿.这个能申报media report吗?
3. review 别人的manuscripts >20次,不过都是IF 2-4的小杂志.
4. independent citation总共50次, 包括所有的署名paper在内.
5. 推荐信一般, 因为所有的大牛都已经在两年前申请NIW时求过了, 而且140过了后已
经向人家报了喜, 所以这次不好意思再骚扰了.
请有经验的大侠帮着分析一下,这个条件申请EB1A有多少胜算? 应该申报哪几条比较有
把握? 多谢了~~~~~~~~

c*m2013-03-13 07:03

2 楼

rt. 我老板和人合作，想让我去做这个。但是project有点biophysics的意思，我有点
拿不定主意。这个以后在学术和工业界前景怎么样？
求建议，谢谢！

y*a2013-03-13 07:03

3 楼

我觉得还是不错吧，你的review应该没问题，文章档次很高。媒体的话，你再多找找可
能还会找到
btw,你递交NIW的时候是什么身份呢？

Z*92013-03-13 07:03

4 楼

superresolution microscopy 的技术有多种，取决你做哪一种
另外，如果去做SM的话，会学习到各种光学，硬件和图像处理的各种技术，应该对以后
找工作比较有用

t*r2013-03-13 07:03

5 楼

是F1学生.

s*y2013-03-13 07:03

6 楼

很有用的方向。做得好的话在学术和工业界都能混。

【在 c******m 的大作中提到】

: rt. 我老板和人合作，想让我去做这个。但是project有点biophysics的意思，我有点
: 拿不定主意。这个以后在学术和工业界前景怎么样？
: 求建议，谢谢！

y*a2013-03-13 07:03

7 楼

谢谢。那你后来申请OPT和H1B都可以吗？
我现在是F1，也准备试一下EB1A，如果不过再NIW

C*e2013-03-13 07:03

8 楼

看你以后想做什么了
青菜萝卜
不过做这个有直观可以看到的东西
图可以很漂亮
比较抓眼球
对女生来说如果以后能找到学校里比如microscopy facility里的位置其实也不错
但见仁见智
如果独立做研究的话要找到比较好的有意思的课题
这个需要广泛阅读还有建立合作关系

t*r2013-03-13 07:03

9 楼

我当时就是F1-OPT, 后来申请H1B没问题. 听说如果被据,就不能申请OPT了.
你可以同时试NIW和EB1A, 反正都是同样的材料

c*m2013-03-13 07:03

10 楼

谢谢楼上各位！我打算作作了

【在 c******m 的大作中提到】

: rt. 我老板和人合作，想让我去做这个。但是project有点biophysics的意思，我有点
: 拿不定主意。这个以后在学术和工业界前景怎么样？
: 求建议，谢谢！

k*g2013-03-13 07:03

11 楼

claim contribution, media report, judge and authorship.

f*e2013-03-13 07:03

12 楼

工业界难说。学界被几人把持。

【在 s******y 的大作中提到】

: 很有用的方向。做得好的话在学术和工业界都能混。

t*r2013-03-13 07:03

13 楼

有有没什么硬伤? 我听说如果某项有硬伤的话,还不如不申这一项,否则很容易会被RFE
请大家帮忙分析一下,哪些方面比较弱,如何避免. 多谢了~~~~~

p*l2013-03-13 07:03

14 楼

把持谈不上，不过想在这行里出人头地，要有上好绝活才成，不是那么容易，现在也就
是那么几个大牛做到了而已。如果生物背景强，数理能补上，掌握了技术以后做做应用
，学术前景还是不错的。

【在 f**********e 的大作中提到】

: 工业界难说。学界被几人把持。

c*m2013-03-13 07:03

15 楼

麻烦说说，工业界怎么混？

【在 s******y 的大作中提到】

: 很有用的方向。做得好的话在学术和工业界都能混。

c*m2013-03-13 07:03

16 楼

哎，我就是怕，本来不是作这个出身，现在的project又和原来的不太沾边，以后方向
不明确。这个受仪器限制很大吧。而且这一做上就和生物离的有点远了，别以后药厂工
业界也没戏了。
现在倒是觉得很有兴趣。

【在 p*l 的大作中提到】

: 把持谈不上，不过想在这行里出人头地，要有上好绝活才成，不是那么容易，现在也就
: 是那么几个大牛做到了而已。如果生物背景强，数理能补上，掌握了技术以后做做应用
: ，学术前景还是不错的。

s*y2013-03-13 07:03

17 楼

各种显微镜公司啊，还有学校和医院的各种core facility 啊。
不过，如果是自己想起一摊子搞学术的话难度比较高。如果专门做技术，有可能搞不过
那些物理出身的人。专门做应用的话又有点尴尬的是很少有什么项目只用显微而不用其
他技术，所以和别人合作是必须的。

【在 c******m 的大作中提到】

: 麻烦说说，工业界怎么混？

c*m2013-03-13 07:03

18 楼

我也是感觉会有点caught in between。显微镜公司工作市场大吗，得到处跑吧？药厂
好像不怎么用这个。

【在 s******y 的大作中提到】

: 各种显微镜公司啊，还有学校和医院的各种core facility 啊。
: 不过，如果是自己想起一摊子搞学术的话难度比较高。如果专门做技术，有可能搞不过
: 那些物理出身的人。专门做应用的话又有点尴尬的是很少有什么项目只用显微而不用其
: 他技术，所以和别人合作是必须的。

f*e2013-03-13 07:03

19 楼

挖咖。在 Leica 做 super resolution 研发的职位估计不会比藤校faculty 多太多。

【在 s******y 的大作中提到】

: 各种显微镜公司啊，还有学校和医院的各种core facility 啊。
: 不过，如果是自己想起一摊子搞学术的话难度比较高。如果专门做技术，有可能搞不过
: 那些物理出身的人。专门做应用的话又有点尴尬的是很少有什么项目只用显微而不用其
: 他技术，所以和别人合作是必须的。

p*l2013-03-13 07:03

20 楼

做交叉领域容易有这个感觉，不过交叉领域也容易出热点，要看你愿不愿意冒险了。

【在 c******m 的大作中提到】

: 我也是感觉会有点caught in between。显微镜公司工作市场大吗，得到处跑吧？药厂
: 好像不怎么用这个。

c*m2013-03-13 07:03

21 楼

其实两头都是险，stick to biology...呵呵以后也难说。我想着边做这个边学点图像
处理之类，留手准备转行？不知道这个回国怎么样，有了解的么？

【在 p*l 的大作中提到】

: 做交叉领域容易有这个感觉，不过交叉领域也容易出热点，要看你愿不愿意冒险了。

c*m2013-03-13 07:03

22 楼

请问你是指哪方面的工作？我想自学点别的，看怎么能有点关联。谢谢！

【在 Z****9 的大作中提到】

: superresolution microscopy 的技术有多种，取决你做哪一种
: 另外，如果去做SM的话，会学习到各种光学，硬件和图像处理的各种技术，应该对以后
: 找工作比较有用

a*q2013-03-13 07:03

23 楼

显微镜公司研发和Sales的职位真不会太多，Core facility的可能性倒是不少。

【在 s******y 的大作中提到】

: 各种显微镜公司啊，还有学校和医院的各种core facility 啊。
: 不过，如果是自己想起一摊子搞学术的话难度比较高。如果专门做技术，有可能搞不过
: 那些物理出身的人。专门做应用的话又有点尴尬的是很少有什么项目只用显微而不用其
: 他技术，所以和别人合作是必须的。

w*x2013-03-13 07:03

24 楼

图像处理要学精可不是那么容易的，需要很多方面的基础

s*y2013-03-13 07:03

25 楼

我感觉那种地区分部的tech support 的职位还是不少的呀。而且做得好的还挺抢手的
。我一个前前博士后老板那里的师妹就是这么被不同学校和公司挖来挖去的

【在 a*q 的大作中提到】

: 显微镜公司研发和Sales的职位真不会太多，Core facility的可能性倒是不少。

p*l2013-03-13 07:03

26 楼

小行业的专家是比较强手。尤其是需要实际经验的职位，课堂上学不来的。
类比到NIH，现在payline还能保持不太变态的所，也就是那么几个很小很专业的所。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我感觉那种地区分部的tech support 的职位还是不少的呀。而且做得好的还挺抢手的
: 。我一个前前博士后老板那里的师妹就是这么被不同学校和公司挖来挖去的

r*s2013-03-13 07:03

27 楼

不要去拉，职位不会太多的。生物背景肯定干不过optical engineer的。 tech
support 职位不多的，如果你图像处理技术很厉害，不过都是计算机编程那一方面的
。当然拉做显微镜的研究是比较的有意思，很好玩的。

p*l2013-03-13 07:03

28 楼

呵呵，这个真矛盾。一方面，一堆人讨论怎么选课转行，好像拿个半路出家的文凭就竞
争得过人家正牌CS EE的人，另一方面，连个工程和生物的交叉领域都不敢做，怕竞争
不过工程的人。
其实生物的人做这个还是有优势的。显微镜只是个工具，关键是拿它去做什么问题。就
算是做tech support，客户都是做生物的，也还是有生物背景的tech比较好交流些。

【在 r*********s 的大作中提到】

: 不要去拉，职位不会太多的。生物背景肯定干不过optical engineer的。 tech
: support 职位不多的，如果你图像处理技术很厉害，不过都是计算机编程那一方面的
: 。当然拉做显微镜的研究是比较的有意思，很好玩的。

c*82013-03-13 07:03

29 楼

这个领域以后要想成为牛人可真不容易，首先你得精通计算机编程，mablab和labview
肯定是必须的，光学原理仪器的搭建改装必须要精通，电学也要知道比如说有的连
CCD的同轴电缆刚开始我基本上一无所知，有的是三个头有的是四个头有的是两个头，
为什么要用四个头有什么好处，为什么不用两个头等等？总之，涉及这个领域，你需要
掌握很多内在的东西，以后想自己玩成本也很高，一个好点的two-photon 光源就得15-
20万刀，一个高灵敏的EMCCD差不多3-5万刀，一个好点的显微镜构架就得8-12万刀，
仪器搭建好了，你的要找有意义的课题把，这样你就还得知道一些生物学的有意义的东
西!费了牛劲得出来的数据到底能解释说明什么？这都是你需要考虑的。当然如果你只
是想得到fancy的图片，自娱自乐，那就当我没说，这个只是需要采集图片，然后用特
定软件分析即可！并且这个就业从长远来看我并不看好，公司就那么几家，而且现在
zeiss做的越来越自动化，我用过各种型号的显微镜，目前感觉最好用的还是Zeiss 710
，镜头滤色片根本都不用换，全部自动化! 超高分辨的PALM现在已经商业化，上次在
Leica的展台问了一下，好像80万刀一套！

s*y2013-03-13 07:03

30 楼

我也有这种感觉。我们自己也是用显微镜的，和那些显微公司的技术人员
交流时有时候真的很困难。比方说我要他给我弄几个很简单的但是在生物上
很常用的feature, 他反过来问我为什么要测那些个东西。我耐着心跟他解释了
半天，他建议我使用某某功能加上某某功能，我头痛不已的告诉他说这样是
行不通的，因为如下如下原因。然后他居然反问我为什么不自己弄个macro
程序自己去处理数据。我当时真的有点气得七窍生烟的感觉了，但还是咬着牙
尽量礼貌的跟他说，我们做生物的，没有空去折腾编程。最后一直惊动到了他们公司的
副总裁，幸好那个副总裁正好是我的校友，最后才同意给我加那些feature,
但是他们根本没有说要等到什么时候才会加，所以估计不到明年我是用不上那些
个功能的了。
其实那些功能都很简单，并不需要有多厉害的编程技巧。但是他们那些技术人员
中太多不是做生物的了。软件里面一大堆功能都是他们自己想当然的加进去的，
绝大部分对于我们做生物成像的人几乎没有什么用。而一些我们非常常用的东西他们要
么就是草草了事，要么就是根本没有。比方说那个colocalization correlation
co-efficient 吧。他们就是随便的放了几个进去，但是根本没有具体注释到底是什么意
思，以及如何理解弄出来的数据。所以我觉得这种事情，还是需要一个有双重背景的人
才能做得更好。

【在 p*l 的大作中提到】

: 呵呵，这个真矛盾。一方面，一堆人讨论怎么选课转行，好像拿个半路出家的文凭就竞
: 争得过人家正牌CS EE的人，另一方面，连个工程和生物的交叉领域都不敢做，怕竞争
: 不过工程的人。
: 其实生物的人做这个还是有优势的。显微镜只是个工具，关键是拿它去做什么问题。就
: 算是做tech support，客户都是做生物的，也还是有生物背景的tech比较好交流些。

C*e2013-03-13 07:03

31 楼

赞成！

【在 p*l 的大作中提到】

: 呵呵，这个真矛盾。一方面，一堆人讨论怎么选课转行，好像拿个半路出家的文凭就竞
: 争得过人家正牌CS EE的人，另一方面，连个工程和生物的交叉领域都不敢做，怕竞争
: 不过工程的人。
: 其实生物的人做这个还是有优势的。显微镜只是个工具，关键是拿它去做什么问题。就
: 算是做tech support，客户都是做生物的，也还是有生物背景的tech比较好交流些。

C*e2013-03-13 07:03

32 楼

说到心卡卡上了
顺便请教前辈
一般算co-localization co-efficiency都用什么？
Mander's是不是最常用？

【在 s******y 的大作中提到】

: 我也有这种感觉。我们自己也是用显微镜的，和那些显微公司的技术人员
: 交流时有时候真的很困难。比方说我要他给我弄几个很简单的但是在生物上
: 很常用的feature, 他反过来问我为什么要测那些个东西。我耐着心跟他解释了
: 半天，他建议我使用某某功能加上某某功能，我头痛不已的告诉他说这样是
: 行不通的，因为如下如下原因。然后他居然反问我为什么不自己弄个macro
: 程序自己去处理数据。我当时真的有点气得七窍生烟的感觉了，但还是咬着牙
: 尽量礼貌的跟他说，我们做生物的，没有空去折腾编程。最后一直惊动到了他们公司的
: 副总裁，幸好那个副总裁正好是我的校友，最后才同意给我加那些feature,
: 但是他们根本没有说要等到什么时候才会加，所以估计不到明年我是用不上那些
: 个功能的了。

a*q2013-03-13 07:03

33 楼

这个真心同意。好的Tech Support还是得生物背景或者做过生物的。
我说显微镜公司职位不多是相对于药厂做蛋白质纯化之类的职位而言，因为显微镜公司
无论规模还是数量上都不能跟药厂比。当然如果能真的进这行而且进对路子，前途还是
有保证的，毕竟竞争也少很多。

【在 p*l 的大作中提到】

: 呵呵，这个真矛盾。一方面，一堆人讨论怎么选课转行，好像拿个半路出家的文凭就竞
: 争得过人家正牌CS EE的人，另一方面，连个工程和生物的交叉领域都不敢做，怕竞争
: 不过工程的人。
: 其实生物的人做这个还是有优势的。显微镜只是个工具，关键是拿它去做什么问题。就
: 算是做tech support，客户都是做生物的，也还是有生物背景的tech比较好交流些。

p*l2013-03-13 07:03

34 楼

呵呵，你们做生物的，做个construct转染assay什么的跟砍瓜切菜似的，我们组里
没人会做没人愿意学，最后雇了个技术员，才算是有着落了。我们这里，遍个程序
那倒是砍瓜切菜。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我也有这种感觉。我们自己也是用显微镜的，和那些显微公司的技术人员
: 交流时有时候真的很困难。比方说我要他给我弄几个很简单的但是在生物上
: 很常用的feature, 他反过来问我为什么要测那些个东西。我耐着心跟他解释了
: 半天，他建议我使用某某功能加上某某功能，我头痛不已的告诉他说这样是
: 行不通的，因为如下如下原因。然后他居然反问我为什么不自己弄个macro
: 程序自己去处理数据。我当时真的有点气得七窍生烟的感觉了，但还是咬着牙
: 尽量礼貌的跟他说，我们做生物的，没有空去折腾编程。最后一直惊动到了他们公司的
: 副总裁，幸好那个副总裁正好是我的校友，最后才同意给我加那些feature,
: 但是他们根本没有说要等到什么时候才会加，所以估计不到明年我是用不上那些
: 个功能的了。

s*y2013-03-13 07:03

35 楼

Mander's and Pearson's 都还可以。但是我比较常用Pearson。

【在 C*******e 的大作中提到】

: 说到心卡卡上了
: 顺便请教前辈
: 一般算co-localization co-efficiency都用什么？
: Mander's是不是最常用？

a*q2013-03-13 07:03

36 楼

所以才需要做交叉学科的人嘛。
虽然简单说其实就是样样都懂一点，但真是每样都可以熟悉到能看出点新东西的程度，
还是需要很多时间的。

【在 p*l 的大作中提到】

: 呵呵，你们做生物的，做个construct转染assay什么的跟砍瓜切菜似的，我们组里
: 没人会做没人愿意学，最后雇了个技术员，才算是有着落了。我们这里，遍个程序
: 那倒是砍瓜切菜。

C*I2013-03-13 07:03

37 楼

你一定是找错公司了。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我也有这种感觉。我们自己也是用显微镜的，和那些显微公司的技术人员
: 交流时有时候真的很困难。比方说我要他给我弄几个很简单的但是在生物上
: 很常用的feature, 他反过来问我为什么要测那些个东西。我耐着心跟他解释了
: 半天，他建议我使用某某功能加上某某功能，我头痛不已的告诉他说这样是
: 行不通的，因为如下如下原因。然后他居然反问我为什么不自己弄个macro
: 程序自己去处理数据。我当时真的有点气得七窍生烟的感觉了，但还是咬着牙
: 尽量礼貌的跟他说，我们做生物的，没有空去折腾编程。最后一直惊动到了他们公司的
: 副总裁，幸好那个副总裁正好是我的校友，最后才同意给我加那些feature,
: 但是他们根本没有说要等到什么时候才会加，所以估计不到明年我是用不上那些
: 个功能的了。

s*y2013-03-13 07:03

38 楼

哎。。。当时觉得他们公司的硬件非常棒所以就上了贼船，没想到软件部门那么挫。。
。幸好他们貌似也发现了这个问题，好像正在整改软件的样子。

【在 C*******I 的大作中提到】

: 你一定是找错公司了。

C*e2013-03-13 07:03

39 楼

这样的偏好有什么原因么？

【在 s******y 的大作中提到】

: Mander's and Pearson's 都还可以。但是我比较常用Pearson。

a*q2013-03-13 07:03

40 楼

从另一个角度来看，这也说明做生物的如果能懂一点编程、统计（或者做工程的能真懂
一点生物），会很占便宜的。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我也有这种感觉。我们自己也是用显微镜的，和那些显微公司的技术人员
: 交流时有时候真的很困难。比方说我要他给我弄几个很简单的但是在生物上
: 很常用的feature, 他反过来问我为什么要测那些个东西。我耐着心跟他解释了
: 半天，他建议我使用某某功能加上某某功能，我头痛不已的告诉他说这样是
: 行不通的，因为如下如下原因。然后他居然反问我为什么不自己弄个macro
: 程序自己去处理数据。我当时真的有点气得七窍生烟的感觉了，但还是咬着牙
: 尽量礼貌的跟他说，我们做生物的，没有空去折腾编程。最后一直惊动到了他们公司的
: 副总裁，幸好那个副总裁正好是我的校友，最后才同意给我加那些feature,
: 但是他们根本没有说要等到什么时候才会加，所以估计不到明年我是用不上那些
: 个功能的了。

p*l2013-03-13 07:03

41 楼

这些商业显微镜的mark-up都在100％以上，新技术估计更高。PALM／STORM
其实就是一个高端的epi fluorescence microscope。业内人跟我提过，刚开始
很多显微镜公司都不太愿意做PALM/STORM，因为仪器硬件没什么特殊之处，
mark-up的借口太弱。后来大势所趋，才渐渐的所有显微镜公司都去做这个了。
呵呵，80万的PALM，宰得是管facility的官僚们。自己科研用，这种全整合的仪
器反而会限制你能做的事。

labview
15-

【在 c*********8 的大作中提到】

: 这个领域以后要想成为牛人可真不容易，首先你得精通计算机编程，mablab和labview
: 肯定是必须的，光学原理仪器的搭建改装必须要精通，电学也要知道比如说有的连
: CCD的同轴电缆刚开始我基本上一无所知，有的是三个头有的是四个头有的是两个头，
: 为什么要用四个头有什么好处，为什么不用两个头等等？总之，涉及这个领域，你需要
: 掌握很多内在的东西，以后想自己玩成本也很高，一个好点的two-photon 光源就得15-
: 20万刀，一个高灵敏的EMCCD差不多3-5万刀，一个好点的显微镜构架就得8-12万刀，
: 仪器搭建好了，你的要找有意义的课题把，这样你就还得知道一些生物学的有意义的东
: 西!费了牛劲得出来的数据到底能解释说明什么？这都是你需要考虑的。当然如果你只
: 是想得到fancy的图片，自娱自乐，那就当我没说，这个只是需要采集图片，然后用特
: 定软件分析即可！并且这个就业从长远来看我并不看好，公司就那么几家，而且现在

s*y2013-03-13 07:03

42 楼

有好些报道说Pearson 更准确一些
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20653013
在我的印象中，如果你是对一个小区域特别的圈起来测量的话，Pearson 还是比较准的
。但是如果是不加区别的对一个大图进行测量的话，Pearson因为对于死细胞或者荧光
垃圾什么的会搞出一个很可笑的数据并把它加入最终结果里，所以会很不准确。
但是在我们实验室里，从来都不会对一个大图进行测量，都是对一个小区域进行测量的
，所以我就用Pearson为主。不过这样到底对不对我也说不准。专业的同学如果发现有
什么不对的话麻烦提醒一下啊。呵呵。

【在 C*******e 的大作中提到】

: 这样的偏好有什么原因么？

C*e2013-03-13 07:03

43 楼

谢！
记下来了

【在 s******y 的大作中提到】

: 有好些报道说Pearson 更准确一些
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20653013
: 在我的印象中，如果你是对一个小区域特别的圈起来测量的话，Pearson 还是比较准的
: 。但是如果是不加区别的对一个大图进行测量的话，Pearson因为对于死细胞或者荧光
: 垃圾什么的会搞出一个很可笑的数据并把它加入最终结果里，所以会很不准确。
: 但是在我们实验室里，从来都不会对一个大图进行测量，都是对一个小区域进行测量的
: ，所以我就用Pearson为主。不过这样到底对不对我也说不准。专业的同学如果发现有
: 什么不对的话麻烦提醒一下啊。呵呵。

s*92013-03-13 07:03

44 楼

请教一下，现在motorized scanning stage最精准的是哪种？（比如可以用于NGS的，
xy方向可以控制误差在submicron级别的）

【在 p*l 的大作中提到】

: 这些商业显微镜的mark-up都在100％以上，新技术估计更高。PALM／STORM
: 其实就是一个高端的epi fluorescence microscope。业内人跟我提过，刚开始
: 很多显微镜公司都不太愿意做PALM/STORM，因为仪器硬件没什么特殊之处，
: mark-up的借口太弱。后来大势所趋，才渐渐的所有显微镜公司都去做这个了。
: 呵呵，80万的PALM，宰得是管facility的官僚们。自己科研用，这种全整合的仪
: 器反而会限制你能做的事。
:
: labview
: 15-

p*l2013-03-13 07:03

45 楼

motorized stage位置读出的精度可以到几十纳米，只不过它的机械装置做不到几十纳
米上指哪打哪。比如说你让它走到1mm整，它说不定走到1.000001mm，但是这个1.
000001mm 的位置读数是准确到几十纳米的。如果不需要严格指哪打哪，只是需要精确
知道测量得位置，随便一个几千块的motorized stage就可以了。要指哪打哪，
motorized stage的Bi-directional Repeatability(双向扫描)精度极限是0.3～0.1 um
, Uni-directional Repeatability (单向扫描)稍好一点。做这个的很多，大家都差不
多，我们常用Newport的产品。如果要更好，要上close loop peizo stage，运动速度
慢，更贵，可以达到sub-nm精度。

【在 s******9 的大作中提到】

: 请教一下，现在motorized scanning stage最精准的是哪种？（比如可以用于NGS的，
: xy方向可以控制误差在submicron级别的）

s*j2013-03-13 07:03

46 楼

Zeiss 的 PALM + SIM 也才60万出头, 哪来的80万?
Nikon 的 NSTORM 要价50万才是在宰人.

【在 p*l 的大作中提到】

: 这些商业显微镜的mark-up都在100％以上，新技术估计更高。PALM／STORM
: 其实就是一个高端的epi fluorescence microscope。业内人跟我提过，刚开始
: 很多显微镜公司都不太愿意做PALM/STORM，因为仪器硬件没什么特殊之处，
: mark-up的借口太弱。后来大势所趋，才渐渐的所有显微镜公司都去做这个了。
: 呵呵，80万的PALM，宰得是管facility的官僚们。自己科研用，这种全整合的仪
: 器反而会限制你能做的事。
:
: labview
: 15-

p*l2013-03-13 07:03

47 楼

做生物的人现在越来越依赖仪器，对仪器一窍不通，钱又多，可不是挨宰的命。

【在 s*****j 的大作中提到】

: Zeiss 的 PALM + SIM 也才60万出头, 哪来的80万?
: Nikon 的 NSTORM 要价50万才是在宰人.

a*q2013-03-13 07:03

48 楼

我怎么记得Zeiss的Elyra PS都奔一百万去了？Nikon的NSTORM要价40万不到吧。
当然很久没有关心过，也许时代变了。
自己能搭才是最便宜的，15万绰绰有余了。

【在 s*****j 的大作中提到】

: Zeiss 的 PALM + SIM 也才60万出头, 哪来的80万?
: Nikon 的 NSTORM 要价50万才是在宰人.

p*l2013-03-13 07:03

49 楼

我们自己搭的4-laser 4-PMT confocal才花了20万，其中很多钱还是花在了我们的特殊
要求上了，如果去掉那些，15万可以造个带focus tracking, plate scanner的4－
channel confocal，外面买总得要50万以上吧。

s*j2013-03-13 07:03

50 楼

Zeiss ELYRA PS.1 我见过报价, 65万, 还可以还价.
自己搭, 15万还是算很节约的了. 当然学生, postdoc的时间都不算钱了.

【在 a*q 的大作中提到】

: 我怎么记得Zeiss的Elyra PS都奔一百万去了？Nikon的NSTORM要价40万不到吧。
: 当然很久没有关心过，也许时代变了。
: 自己能搭才是最便宜的，15万绰绰有余了。

s*y2013-03-13 07:03

51 楼

这个深入谈下去就涉及到生物里面使用计算机到底是干什么用的了。大部分人，比方说
我，是把计算机和软件作为一个工具来用的，其实不是很耐烦研究里面的东西。对于我
们来说，最好显微镜公司就和苹果公司一样，把各种我们常用的功能都贴心的设计好，
然后我们只要严格按照说明就能愉快的工作了。但是ferdinshe那种可能是类似于使用
linux 的人，并不满足于系统预设的功能，而是喜欢自己捣鼓吧。
当然，从长远来说，我觉得我应该重新学习一下编程能力，但是有时候我又觉得，我们
最擅长的几个技能不是他们那些人会的呀，我到底是不是应该集中在自己所擅长的地方
（就是把自己的技能更深一步的进行特异化，就好像身体里面的一个执行具体功能的细
胞一样）还是把自己弄得更全能一点（就好像干细胞一样）？从这个概念上来说，分
化后的细胞执行起某个特定技能就会效率更高，在正常情况下面会是一个更重要的机构
。而干细胞。。。干细胞平时是没有什么事情可以做的，因为他们什么都做不太好，所
以身体里面平时并不需要太多的干细胞。但是干细胞的优点就是在系统需要的时候可以
及时的转换角色。所以。。。这个就看我要做干细胞还是要做分化后的细胞了。

s*y2013-03-13 07:03

52 楼

哈哈哈，发完之后突然发现某人早已经迅雷不及掩耳之速把她的文章删了。
这下大家一定不知道我在说什么了。

【在 s******y 的大作中提到】

: 这个深入谈下去就涉及到生物里面使用计算机到底是干什么用的了。大部分人，比方说
: 我，是把计算机和软件作为一个工具来用的，其实不是很耐烦研究里面的东西。对于我
: 们来说，最好显微镜公司就和苹果公司一样，把各种我们常用的功能都贴心的设计好，
: 然后我们只要严格按照说明就能愉快的工作了。但是ferdinshe那种可能是类似于使用
: linux 的人，并不满足于系统预设的功能，而是喜欢自己捣鼓吧。
: 当然，从长远来说，我觉得我应该重新学习一下编程能力，但是有时候我又觉得，我们
: 最擅长的几个技能不是他们那些人会的呀，我到底是不是应该集中在自己所擅长的地方
: （就是把自己的技能更深一步的进行特异化，就好像身体里面的一个执行具体功能的细
: 胞一样）还是把自己弄得更全能一点（就好像干细胞一样）？从这个概念上来说，分
: 化后的细胞执行起某个特定技能就会效率更高，在正常情况下面会是一个更重要的机构

p*l2013-03-13 07:03

53 楼

做superresolution做的好人，比干细胞要更强。干细胞平时啥都不做，一要干
啥就回不了头了。做superresolution的人要是狗皮膏药到处贴。这行的牛人和
一般人的区别在于，牛人这块膏药贴哪都灵，一般的膏药，只有的地方灵。
可是你们做生物的人怎么指望显微镜公司给你做好软件呢？显微镜公司的人主
要还是做硬件的，软件只是附带做做而已。做个满足消费者需求的软件并不容
易，生物科研市场不大，消费者要求还挺五花八门，还得要生物专业知识才能
把握消费者要求。苹果还不是被有些人骂得狗血淋头，你说谁愿意下大功夫去
给生物做这个没油水有不讨好的事。

【在 s******y 的大作中提到】

: 这个深入谈下去就涉及到生物里面使用计算机到底是干什么用的了。大部分人，比方说
: 我，是把计算机和软件作为一个工具来用的，其实不是很耐烦研究里面的东西。对于我
: 们来说，最好显微镜公司就和苹果公司一样，把各种我们常用的功能都贴心的设计好，
: 然后我们只要严格按照说明就能愉快的工作了。但是ferdinshe那种可能是类似于使用
: linux 的人，并不满足于系统预设的功能，而是喜欢自己捣鼓吧。
: 当然，从长远来说，我觉得我应该重新学习一下编程能力，但是有时候我又觉得，我们
: 最擅长的几个技能不是他们那些人会的呀，我到底是不是应该集中在自己所擅长的地方
: （就是把自己的技能更深一步的进行特异化，就好像身体里面的一个执行具体功能的细
: 胞一样）还是把自己弄得更全能一点（就好像干细胞一样）？从这个概念上来说，分
: 化后的细胞执行起某个特定技能就会效率更高，在正常情况下面会是一个更重要的机构

w*x2013-03-13 07:03

54 楼

我觉得basic image processing应该成为cell biologist的必修课。
当然很复杂的还是需要专门搞bioimage informatics的人弄

【在 p*l 的大作中提到】

: 做superresolution做的好人，比干细胞要更强。干细胞平时啥都不做，一要干
: 啥就回不了头了。做superresolution的人要是狗皮膏药到处贴。这行的牛人和
: 一般人的区别在于，牛人这块膏药贴哪都灵，一般的膏药，只有的地方灵。
: 可是你们做生物的人怎么指望显微镜公司给你做好软件呢？显微镜公司的人主
: 要还是做硬件的，软件只是附带做做而已。做个满足消费者需求的软件并不容
: 易，生物科研市场不大，消费者要求还挺五花八门，还得要生物专业知识才能
: 把握消费者要求。苹果还不是被有些人骂得狗血淋头，你说谁愿意下大功夫去
: 给生物做这个没油水有不讨好的事。

s*y2013-03-13 07:03

55 楼

呵呵，你说的有一定道理。我也一直在挣扎着到底要不要学习Matlab。我太久不
搞编程了，有惰性了。
其实我要求的那几个功能，并不是很麻烦的事情，有一个filter 其实就有公开的
algorithm,在他们的函数库里加一下是很容易的事情。另外一个其实就是把他们现有的
功能改进一下。比方说他们有个分析功能现在只能在直线上做，然后我问他们能不能在
自定义的曲线上做，因为很多生物上的东西并不是直线啊，然后他就很不高兴。
这些东西其实我真的着急了，自己学学也是能做的，但是还是整合到他们的软件
比较好，不然我们不能实时的分析一些东西，还必须等所有图像都弄完了，退出显微软
件后在后台做（不退出还不行，因为显微软件在工作的时候占有着那个数据文件，其他
软件不能直接access)。但是整合到软件之后，就可以实时做分析，就可以立刻做决定
什么什么的。这样对我教其他人（比方说我的博士后和学生们）也会容易得多。

【在 p*l 的大作中提到】

: 做superresolution做的好人，比干细胞要更强。干细胞平时啥都不做，一要干
: 啥就回不了头了。做superresolution的人要是狗皮膏药到处贴。这行的牛人和
: 一般人的区别在于，牛人这块膏药贴哪都灵，一般的膏药，只有的地方灵。
: 可是你们做生物的人怎么指望显微镜公司给你做好软件呢？显微镜公司的人主
: 要还是做硬件的，软件只是附带做做而已。做个满足消费者需求的软件并不容
: 易，生物科研市场不大，消费者要求还挺五花八门，还得要生物专业知识才能
: 把握消费者要求。苹果还不是被有些人骂得狗血淋头，你说谁愿意下大功夫去
: 给生物做这个没油水有不讨好的事。

p*l2013-03-13 07:03

56 楼

呵呵，定义一个直线比定义一个曲线容易多了。要加曲线功能，搞不好要改数据结构。
再说你要的是简单的弧线还好，如果是要带拐弯的，或者干脆free hand pencil，光写
个鼠标功能让你在图上划线就已经很麻烦了。所以啊，人家干脆只准你做直线。

【在 s******y 的大作中提到】

: 呵呵，你说的有一定道理。我也一直在挣扎着到底要不要学习Matlab。我太久不
: 搞编程了，有惰性了。
: 其实我要求的那几个功能，并不是很麻烦的事情，有一个filter 其实就有公开的
: algorithm,在他们的函数库里加一下是很容易的事情。另外一个其实就是把他们现有的
: 功能改进一下。比方说他们有个分析功能现在只能在直线上做，然后我问他们能不能在
: 自定义的曲线上做，因为很多生物上的东西并不是直线啊，然后他就很不高兴。
: 这些东西其实我真的着急了，自己学学也是能做的，但是还是整合到他们的软件
: 比较好，不然我们不能实时的分析一些东西，还必须等所有图像都弄完了，退出显微软
: 件后在后台做（不退出还不行，因为显微软件在工作的时候占有着那个数据文件，其他
: 软件不能直接access)。但是整合到软件之后，就可以实时做分析，就可以立刻做决定

s*y2013-03-13 07:03

57 楼

是自定义的free hand pencil ：）
但是这种线他们的软件本来就有，随便call 个子程序不就出来了么？
而后面的分析他们本来就有现有的函数，直接往上一套不就完了？
而我们自己搞的话除了必须定义这个手划出来的曲线（想到如何实现这个我就
头痛死了），然后还得设法弄明白他们后面的分析函数是怎么搞的？
所以这些事情他们做的话只是举手只劳，对于我们就麻烦得太多了。

【在 p*l 的大作中提到】

: 呵呵，定义一个直线比定义一个曲线容易多了。要加曲线功能，搞不好要改数据结构。
: 再说你要的是简单的弧线还好，如果是要带拐弯的，或者干脆free hand pencil，光写
: 个鼠标功能让你在图上划线就已经很麻烦了。所以啊，人家干脆只准你做直线。

f*e2013-03-13 07:03

58 楼

我觉着我说得太 mean 了，没必要。

【在 s******y 的大作中提到】

: 哈哈哈，发完之后突然发现某人早已经迅雷不及掩耳之速把她的文章删了。
: 这下大家一定不知道我在说什么了。

s*y2013-03-13 07:03

59 楼

呵呵，你一向都不是mean person 啊。网上大家随便说说而已。不要紧的。

【在 f**********e 的大作中提到】

: 我觉着我说得太 mean 了，没必要。

f*e2013-03-13 07:03

60 楼

Bezier Curve 在高噪声的信号下会不会 overfit？

【在 s******y 的大作中提到】

: 是自定义的free hand pencil ：）
: 但是这种线他们的软件本来就有，随便call 个子程序不就出来了么？
: 而后面的分析他们本来就有现有的函数，直接往上一套不就完了？
: 而我们自己搞的话除了必须定义这个手划出来的曲线（想到如何实现这个我就
: 头痛死了），然后还得设法弄明白他们后面的分析函数是怎么搞的？
: 所以这些事情他们做的话只是举手只劳，对于我们就麻烦得太多了。

s*y2013-03-13 07:03

61 楼

其实我钻个牛角尖啊，你说的那个做superresolution做的好的人，其实也是高度
分化了的细胞。除非那个做superresolution的人还同时知道如何做突变提蛋白养细胞
杀老鼠给病人开刀什么的。

【在 p*l 的大作中提到】

: 做superresolution做的好人，比干细胞要更强。干细胞平时啥都不做，一要干
: 啥就回不了头了。做superresolution的人要是狗皮膏药到处贴。这行的牛人和
: 一般人的区别在于，牛人这块膏药贴哪都灵，一般的膏药，只有的地方灵。
: 可是你们做生物的人怎么指望显微镜公司给你做好软件呢？显微镜公司的人主
: 要还是做硬件的，软件只是附带做做而已。做个满足消费者需求的软件并不容
: 易，生物科研市场不大，消费者要求还挺五花八门，还得要生物专业知识才能
: 把握消费者要求。苹果还不是被有些人骂得狗血淋头，你说谁愿意下大功夫去
: 给生物做这个没油水有不讨好的事。

s*y2013-03-13 07:03

62 楼

你问得太高深了。。。
不过我不是很明白的是，为什么会产生overfit?
Bezier Curve里面储存的仅仅是坐标而已啊，真正要处理的数据是相对于那些
坐标的荧光数据什么的啊。

【在 f**********e 的大作中提到】

: Bezier Curve 在高噪声的信号下会不会 overfit？

p*l2013-03-13 07:03

63 楼

我换个说法吧！我觉得正真的牛人是研究中要用什么就能学什么，学完了就能用。我们
一起向牛人看齐吧！我教你matlab，你教我提蛋白如何？

【在 s******y 的大作中提到】

: 其实我钻个牛角尖啊，你说的那个做superresolution做的好的人，其实也是高度
: 分化了的细胞。除非那个做superresolution的人还同时知道如何做突变提蛋白养细胞
: 杀老鼠给病人开刀什么的。

s*y2013-03-13 07:03

64 楼

你先举个现实生活中存在的例子让我看看哪个大牛真的是这样做的，这样好让我
鼓起勇气去追求进步。

【在 p*l 的大作中提到】

: 我换个说法吧！我觉得正真的牛人是研究中要用什么就能学什么，学完了就能用。我们
: 一起向牛人看齐吧！我教你matlab，你教我提蛋白如何？

p*l2013-03-13 07:03

65 楼

Steven Chu如何？

【在 s******y 的大作中提到】

: 你先举个现实生活中存在的例子让我看看哪个大牛真的是这样做的，这样好让我
: 鼓起勇气去追求进步。

s*y2013-03-13 07:03

66 楼

他貌似不会杀老鼠？

【在 p*l 的大作中提到】

: Steven Chu如何？

f*e2013-03-13 07:03

67 楼

我是看到你说到你是用 freehand curve 来建立 model （估计是平滑化的 freehand
curve)，再用这 curve 来画图／判明关系。于是我就想起了 Bezier curve。其实你在
画 freehand curve 时就已经在作很多的平滑化了，而这个对机器而言是不容易做的事
，如果把这些带有大量噪声的非平滑数据点喂进 spline 等的曲线算法，第一会算死，
第二是你会得到很疯狂的曲线。如果是要用 non linear least square, 你还得先知道
函数形式，以及大约的参数范围。最小化 error function 时还可能掉进 local
minima，到时候他会被你们搞死。（dev 的人要写一个输入函数的对话框，建立一个函
数的输入形式，还要调试很多次确定他的 minimizer 不会乱 fit。。。）要我我也只
给你一个 linear model, 最多给个 LOESS model。:)

【在 s******y 的大作中提到】

: 你问得太高深了。。。
: 不过我不是很明白的是，为什么会产生overfit?
: Bezier Curve里面储存的仅仅是坐标而已啊，真正要处理的数据是相对于那些
: 坐标的荧光数据什么的啊。

f*e2013-03-13 07:03

68 楼

他要回斯坦福了。

【在 s******y 的大作中提到】

: 他貌似不会杀老鼠？

f*e2013-03-13 07:03

69 楼

他既不会提蛋白也不会 PCR。写程序估计也够呛。

【在 p*l 的大作中提到】

: Steven Chu如何？

f*e2013-03-13 07:03

70 楼

感谢大度。

【在 s******y 的大作中提到】

: 呵呵，你一向都不是mean person 啊。网上大家随便说说而已。不要紧的。

a*q2013-03-13 07:03

71 楼

做光学做得好兼知道如何做突变或者提蛋白或者养细胞或者杀老鼠的我知道好些（这五
样都做得好的我倒是还不认识）。
说实话，Superresolution这个东西如果不是做光学的和做生物的人凑到一起了，或者
这个组本来就既做光学又做生物，是不会出现的。纯做光学的人想了多少年要提高分辨
率，就是没有任何办法。按Eric Betzig自己说的，他想着这个概念想了很多年了，就
是不知道有PA-GFP这个东西可以用来实现。另一方面来说，他不懂生物也对生物不感兴
趣，所以现在也就对PALM的进一步发展没有什么兴趣了，因为superresolution现在发
展的瓶颈就在如何跟更多的生物问题生物体系接轨上。所以“做superresolution做得
好的人”，还真得同时知道那些生物的东西。

【在 s******y 的大作中提到】

: 其实我钻个牛角尖啊，你说的那个做superresolution做的好的人，其实也是高度
: 分化了的细胞。除非那个做superresolution的人还同时知道如何做突变提蛋白养细胞
: 杀老鼠给病人开刀什么的。

w*x2013-03-13 07:03

72 楼

http://lccb.hms.harvard.edu/people.html
H的danuser不知道算不算？
ETHZ的computer vision博士，搞起了细胞生物学

【在 s******y 的大作中提到】

: 你先举个现实生活中存在的例子让我看看哪个大牛真的是这样做的，这样好让我
: 鼓起勇气去追求进步。

F*Q2013-03-13 07:03

73 楼

我的观点，仅供看考：如果想转行，最好转得彻底一些；如果要在学术界发展，必须找
大牛，纯生物类大牛，他们对交叉学科（尤其是由新技术产生的有损他们权威的结果）
不感冒，但是顶级杂志基本由
他们把持。

【在 c******m 的大作中提到】

: rt. 我老板和人合作，想让我去做这个。但是project有点biophysics的意思，我有点
: 拿不定主意。这个以后在学术和工业界前景怎么样？
: 求建议，谢谢！

s*y2013-03-13 07:03

74 楼

我还是不是很明白你的意思，如果你是担心画曲线会把机器画死的话那就有点
太小看现在的计算机了。这个手绘曲线难道不是大部分图像软件都有的功能么？而且
显微镜的控制软件上画这个并不需要对里面的图像进行辨认什么的（这个会比较耗机器
），只需要鼠标右键（或者左键）被持续按下的情况里持续记录鼠标坐标
即可。然后把鼠标坐标系列连起来成为一条线。是否需要用Bezier curve进行平滑化
并不一定。在我的理解中，很多场合里都不需要，而是如果鼠标的坐标系列里如果有不
相邻的两个点的话，就直接用直线连起来。
如果你是担心分析数据把机器弄死的话也没有必要。因为即使一开始他们的分析软件是
针对用直线来分析的，肯定也是用了二维坐标而不可能是一维坐标（否则对于不是水平
或者垂直的直线就不能分析了）。所以即使是对于一个曲线来分析，只要坐标信息都在
，其他的就好办了。在绝大部分情况下可以直接调用原来的函数而不需要做太多修改。

【在 f**********e 的大作中提到】

: 我是看到你说到你是用 freehand curve 来建立 model （估计是平滑化的 freehand
: curve)，再用这 curve 来画图／判明关系。于是我就想起了 Bezier curve。其实你在
: 画 freehand curve 时就已经在作很多的平滑化了，而这个对机器而言是不容易做的事
: ，如果把这些带有大量噪声的非平滑数据点喂进 spline 等的曲线算法，第一会算死，
: 第二是你会得到很疯狂的曲线。如果是要用 non linear least square, 你还得先知道
: 函数形式，以及大约的参数范围。最小化 error function 时还可能掉进 local
: minima，到时候他会被你们搞死。（dev 的人要写一个输入函数的对话框，建立一个函
: 数的输入形式，还要调试很多次确定他的 minimizer 不会乱 fit。。。）要我我也只
: 给你一个 linear model, 最多给个 LOESS model。:)

c*m2013-03-13 07:03

75 楼

谢谢建议。其实我对所谓学术界大牛已经很厌恶了。你说的我phd时候已经碰到了，具
体就不提了。我现在想的主要是以后在imaging facility和人做点合作。其实公司更好
，但是恐怕药厂一类不太用这个，不过以前也见过有人要storm的。还有就是万一因为
父母原因要回国的话，是不是算比较新的东西？
再有就是我的确想转了，利用这个学图像处理，然后决定一下往那个方向转。这个合理
吗？不要说cs, 我讨厌纯coding。。。

【在 F*Q 的大作中提到】

: 我的观点，仅供看考：如果想转行，最好转得彻底一些；如果要在学术界发展，必须找
: 大牛，纯生物类大牛，他们对交叉学科（尤其是由新技术产生的有损他们权威的结果）
: 不感冒，但是顶级杂志基本由
: 他们把持。

a*q2013-03-13 07:03

76 楼

回国的话，的确是很新的东西。

【在 c******m 的大作中提到】

: 谢谢建议。其实我对所谓学术界大牛已经很厌恶了。你说的我phd时候已经碰到了，具
: 体就不提了。我现在想的主要是以后在imaging facility和人做点合作。其实公司更好
: ，但是恐怕药厂一类不太用这个，不过以前也见过有人要storm的。还有就是万一因为
: 父母原因要回国的话，是不是算比较新的东西？
: 再有就是我的确想转了，利用这个学图像处理，然后决定一下往那个方向转。这个合理
: 吗？不要说cs, 我讨厌纯coding。。。

c*m2013-03-13 07:03

77 楼

谢谢，那就好。也算条后路吧。

【在 a*q 的大作中提到】

: 回国的话，的确是很新的东西。

f*e2013-03-13 07:03

78 楼

你是想要一个 fully automated 的算法（所以你以后不用再划线？），还是一个
freehand line 的工具包？
我在说的是前者，有点麻烦，你好象是在说后者，如果是后者那的确不难。

【在 s******y 的大作中提到】

: 我还是不是很明白你的意思，如果你是担心画曲线会把机器画死的话那就有点
: 太小看现在的计算机了。这个手绘曲线难道不是大部分图像软件都有的功能么？而且
: 显微镜的控制软件上画这个并不需要对里面的图像进行辨认什么的（这个会比较耗机器
: ），只需要鼠标右键（或者左键）被持续按下的情况里持续记录鼠标坐标
: 即可。然后把鼠标坐标系列连起来成为一条线。是否需要用Bezier curve进行平滑化
: 并不一定。在我的理解中，很多场合里都不需要，而是如果鼠标的坐标系列里如果有不
: 相邻的两个点的话，就直接用直线连起来。
: 如果你是担心分析数据把机器弄死的话也没有必要。因为即使一开始他们的分析软件是
: 针对用直线来分析的，肯定也是用了二维坐标而不可能是一维坐标（否则对于不是水平
: 或者垂直的直线就不能分析了）。所以即使是对于一个曲线来分析，只要坐标信息都在

s*y2013-03-13 07:03

79 楼

是后者：）
其实我就是要划一条线叠加在图像上，然后把线里的对应的图像的荧光亮度数据调出来
做分析。并不需要对图像的形状什么的进行分析。

【在 f**********e 的大作中提到】

: 你是想要一个 fully automated 的算法（所以你以后不用再划线？），还是一个
: freehand line 的工具包？
: 我在说的是前者，有点麻烦，你好象是在说后者，如果是后者那的确不难。

f*e2013-03-13 07:03

80 楼

那的确不难。

【在 s******y 的大作中提到】

: 是后者：）
: 其实我就是要划一条线叠加在图像上，然后把线里的对应的图像的荧光亮度数据调出来
: 做分析。并不需要对图像的形状什么的进行分析。

s*j2013-03-13 07:03

81 楼

这个IMAGEJ 就行了.

【在 s******y 的大作中提到】

: 是后者：）
: 其实我就是要划一条线叠加在图像上，然后把线里的对应的图像的荧光亮度数据调出来
: 做分析。并不需要对图像的形状什么的进行分析。

y*32013-03-13 07:03

82 楼

我很同意你的观点。
交叉领域虽然一般都比较新，容易出热点，但是对于中小lab来说，难度还是太大。生
物物理这一块，就我不多的了解而言，水也很深。我虽然不懂super resolution
microscopy，但我以前的实验室做的也可以算有点沾边。我的PI就是物理/建模出身，
从小到大数学很强，编程也不错，人很聪明。phd时期做了建模，博士后时期做了一些
生物物理仪器的开发，同时进入了免疫等生物领域。博士后时一直有大老板罩着，成绩
很好。可是独立之后，生存不易。因为你光开发出fancy的仪器不够，没有一个合适的
生物问题，那些传统生物学家是不会鸟你的。可是你要申funding的话，生物类的比仪
器类的要好申太多了。

【在 F*Q 的大作中提到】

: 我的观点，仅供看考：如果想转行，最好转得彻底一些；如果要在学术界发展，必须找
: 大牛，纯生物类大牛，他们对交叉学科（尤其是由新技术产生的有损他们权威的结果）
: 不感冒，但是顶级杂志基本由
: 他们把持。

p*l2013-03-13 07:03

83 楼

做物理背景的人进生物圈，没有必杀技是不行的，如果做不到这点，那就只能拼老板，
拼人脉了。从我自己的感受来说，仪器技术是物理工程背景人的立足点，技术上只要能
不断创新，那么即使生物界不买帐，至少还可以在物理工程界混。不能指望凭一个技术
就杀入什么生物领域，然后靠吃这个技术的老本在那个领域混一辈子。

【在 y*****3 的大作中提到】

: 我很同意你的观点。
: 交叉领域虽然一般都比较新，容易出热点，但是对于中小lab来说，难度还是太大。生
: 物物理这一块，就我不多的了解而言，水也很深。我虽然不懂super resolution
: microscopy，但我以前的实验室做的也可以算有点沾边。我的PI就是物理/建模出身，
: 从小到大数学很强，编程也不错，人很聪明。phd时期做了建模，博士后时期做了一些
: 生物物理仪器的开发，同时进入了免疫等生物领域。博士后时一直有大老板罩着，成绩
: 很好。可是独立之后，生存不易。因为你光开发出fancy的仪器不够，没有一个合适的
: 生物问题，那些传统生物学家是不会鸟你的。可是你要申funding的话，生物类的比仪
: 器类的要好申太多了。

s*r2013-03-13 07:03

84 楼

这个说法不妥，
最牛的人，一般是需要用什么，就找个会的人来做。

【在 p*l 的大作中提到】

: 我换个说法吧！我觉得正真的牛人是研究中要用什么就能学什么，学完了就能用。我们
: 一起向牛人看齐吧！我教你matlab，你教我提蛋白如何？

l*12013-03-13 07:03

85 楼

Sure
sunny
pls go to
http://www.srmicroscopy.net/2012/11/02/the-building-blocks-of-s
then try by C or C++ progrming skill/s for chaning it if you wanted

>
发信人: shanggj (shanggj), 信区: Biology
标题: Re: Re: 有人做superresolution microscopy吗？前景怎么样？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 15 13:48:14 2013, 美东)
这个IMAGEJ 就行了.
>>

【在 s******y 的大作中提到】

: 是后者：）
: 其实我就是要划一条线叠加在图像上，然后把线里的对应的图像的荧光亮度数据调出来
: 做分析。并不需要对图像的形状什么的进行分析。

s*y2013-03-13 07:03

86 楼

谢谢！暂时还是想先哭闹着让显微镜公司解决这个问题。因为我们的显微软件是
公司买来的，不是ImageJ, 如果用ImageJ的话很多整合问题就不好解决了。比方说我们
就不能实时对图像进行分析了。而且即使是后处理，还必须打开两个软件分别处理两次
，很多批处理就很难进行了。

【在 l**********1 的大作中提到】

: Sure
: sunny
: pls go to
: http://www.srmicroscopy.net/2012/11/02/the-building-blocks-of-s
: then try by C or C++ progrming skill/s for chaning it if you wanted
:
: >
: 发信人: shanggj (shanggj), 信区: Biology
: 标题: Re: Re: 有人做superresolution microscopy吗？前景怎么样？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 15 13:48:14 2013, 美东)

s*y2013-03-13 07:03

87 楼

今天是周末，对于这个问题我再讲具体一点吧。
一般来说，处理co-localization常用算法有三种
1. PCC (Pearson's correlation coefficient)
2. MCC (Manders' Colocalization Coefficient)以及其优化变种 Costes approach
3. MOC (Mander's Overlapping Co-efficient)
第三种很少有人用，我就不说了。
第一种的好处是可以反映线性关系，对于有直接结合的两个蛋白，原则上这个算法比较
准。如果要对比mutation 和WT直接的结合参数的变化的话，这个原则上是首选。比方
说假如数值从0.2 升高到了0.3，大致就可以认为是一个支持数据来表现结合能力升高
了。但是这个算法有几个坏处：１，对于没有直接关系的蛋白，这个算法非常不准确。
比方说vinculin 和　paxilin,这两者毫无疑问是会colocalize 在focal adhesion 里
，但是用PCC 常常给你算出一个很小的数字。２。数值本身啥都说明不了。比方
说你要是计算F-actin 和vinculin,虽然这两蛋白肯定是有结合能力，但是PCC 值常常
算出个0.1, 0.2 什么的。３。就是有时候会算出个负数让你不知道怎么办。
第二种的好处就是比较直观，而且并不需要两个蛋白之间有直接结合关系，所以对于
vinculin 和paxilin 这种仅仅是colocalize 的关系可以反映出来。至于坏处么。。。
嘿嘿嘿。。。这个算法，只要你愿意，稍微改一下计算参数，就可以你想要什么结果它
就能给你什么结果。他的优化算法Costes approach稍微好一点，但是要做手脚也是很
容易的。而算出来的值的升高和降低也对蛋白的结合情况也是很复杂的。对于那种在不
同地点之间shuffle 的蛋白，（比方说处理之后会从地点甲跑到地点乙），这个MCC还
是有点用的。但是因为实际实验中大部分蛋白都是处于binding or diffusive 这两种
情况，MCC两个值的大小变化对这些情况不敏感。在某些情况下，比方说蛋白B的结合浓
度变低了而导致信号噪音比变小的情况下，
反而会导致MCC 值反常变大。
所以对于我们，一般都用PCC, 但是看到PCC 的数值是一个很小的数字的时候也不要惊
慌失措就是了。但是发表文章的时候有时候很让人恼火的是有些reviewer
不知道这一点，而是拘泥纠缠着为什么这个PCC值那么小这种细节问题，但是你又不能
在rebuttal 里面和他废话一堆去对他做教育。所以干脆有时候就不要show 这个数值，
而是用其他方法来表示。比方说直接用不同颜色光斑的相对大小和相对亮度这种数据来
间接表示反而更直观一些。另外一个就是要紧记细胞荧光数据不能作为唯一证据，必须
有不同角度的证据来支持某一个结论。这样大致就没有问题了。

【在 C*******e 的大作中提到】

: 说到心卡卡上了
: 顺便请教前辈
: 一般算co-localization co-efficiency都用什么？
: Mander's是不是最常用？

L*x2013-03-13 07:03

88 楼

我爬了整个楼，这是我最想说的话。
对于一个从其他背景进入imaging的人来说，我们做了很多fancy的技术，比如realtime
, dynamic, multicolor, superresolution什么的。但是这些，都是需要说明一个生物
学问题，解决一个以前不能解决的问题才好。
但是，对非生物背景的人来说，怎么样才能知道生物学中这些待解决的问题？

【在 y*****3 的大作中提到】

: 我很同意你的观点。
: 交叉领域虽然一般都比较新，容易出热点，但是对于中小lab来说，难度还是太大。生
: 物物理这一块，就我不多的了解而言，水也很深。我虽然不懂super resolution
: microscopy，但我以前的实验室做的也可以算有点沾边。我的PI就是物理/建模出身，
: 从小到大数学很强，编程也不错，人很聪明。phd时期做了建模，博士后时期做了一些
: 生物物理仪器的开发，同时进入了免疫等生物领域。博士后时一直有大老板罩着，成绩
: 很好。可是独立之后，生存不易。因为你光开发出fancy的仪器不够，没有一个合适的
: 生物问题，那些传统生物学家是不会鸟你的。可是你要申funding的话，生物类的比仪
: 器类的要好申太多了。

a*q2013-03-13 07:03

89 楼

我想大概有两张可能性，一是跟人合作，二是自己做。两种可能性都得看机缘巧合。跟
人合作不能是那种一方提供样品另一方分析样品的简单合作，而是需要做生物的那一方
参与到具体的分析实验中，而且做方法的那一方也能借此机会学习生物的东西。也许要
试过很多不同的合作伙伴才会有这样的机会，然后以此为突破口就好办了。
自己做风险会更大，当然如果能去一个做生物的实验室并且在那里熬出头，那就真的是
既懂技术又懂生物的“牛人”了。版上好多人觉得生物实验简单，但并不是所有人都有
那个天赋做好的。我见过绝顶聪明的做物理的人，做细胞实验做得一塌糊涂——很多东
西还是得讲究手艺。另外如果那个生物实验室纯粹把你当一个提供技术支持的工具，也
是不成的。
总而言之，非生物背景的人能熟悉生物中急切需要解决的问题并非不可能，但也不容易
。过了这道坎，也就不被做传统生物当外人了（某些水比较深的方向除外），毕竟有合
作者或者前老板这样的圈内人支持。

realtime

【在 L*********x 的大作中提到】

: 我爬了整个楼，这是我最想说的话。
: 对于一个从其他背景进入imaging的人来说，我们做了很多fancy的技术，比如realtime
: , dynamic, multicolor, superresolution什么的。但是这些，都是需要说明一个生物
: 学问题，解决一个以前不能解决的问题才好。
: 但是，对非生物背景的人来说，怎么样才能知道生物学中这些待解决的问题？

L*x2013-03-13 07:03

90 楼

自己做的风险实在太大了。很多小的trick不是外行上了课光白活就行的。
我在想，要么建立合作，让内行带着玩。要么真的要扎到一个好的实验室里才行。
可是，怎么才能选一个有前瞻性的，出成果的，能系统培养基础的实验室呢？

【在 a*q 的大作中提到】

: 我想大概有两张可能性，一是跟人合作，二是自己做。两种可能性都得看机缘巧合。跟
: 人合作不能是那种一方提供样品另一方分析样品的简单合作，而是需要做生物的那一方
: 参与到具体的分析实验中，而且做方法的那一方也能借此机会学习生物的东西。也许要
: 试过很多不同的合作伙伴才会有这样的机会，然后以此为突破口就好办了。
: 自己做风险会更大，当然如果能去一个做生物的实验室并且在那里熬出头，那就真的是
: 既懂技术又懂生物的“牛人”了。版上好多人觉得生物实验简单，但并不是所有人都有
: 那个天赋做好的。我见过绝顶聪明的做物理的人，做细胞实验做得一塌糊涂——很多东
: 西还是得讲究手艺。另外如果那个生物实验室纯粹把你当一个提供技术支持的工具，也
: 是不成的。
: 总而言之，非生物背景的人能熟悉生物中急切需要解决的问题并非不可能，但也不容易

a*q2013-03-13 07:03

91 楼

找到一个“志同道合”的合作者的机会并不比找到一个愿意培养人的实验室的机会多多
少。不过如果合作不成，不做就是了，所以风险的确小很多。
能系统培养基础的实验室还是比较容易认出来的，如果实验室出来的好些人以前都不是
生物背景，现在生物都做得不错，那说明老板是那种愿意培养人的人。或者找实验室的
时候就明确说你是想来学生物的，老板还愿意要你的话，也很说明问题。至于有前瞻性
，出成果，那就看个人眼光了。

【在 L*********x 的大作中提到】

: 自己做的风险实在太大了。很多小的trick不是外行上了课光白活就行的。
: 我在想，要么建立合作，让内行带着玩。要么真的要扎到一个好的实验室里才行。
: 可是，怎么才能选一个有前瞻性的，出成果的，能系统培养基础的实验室呢？

l*12013-03-13 07:03

92 楼

plus J Cell Sci. 124: 1607-11.
by Galbraith CG et al.
Super-resolution microscopy at a glance. (2011).
PDF ducument link:
HTTP: //jcs.biologists.org/content/124/10/1607.full.pdf
and
one PhD Dissertation of CMU (2012).
by Suvrajit Maji
'Generative Models for Super-Resolution Single Molecule Microscopy Images of
Biological Structures'
HTTP: //reports-archive.adm.cs.cmu.edu/anon/lane/CMU-CB-12-104.pdf

l*12013-03-13 07:03

93 楼

荷兰瑞士的 lab 006 也可以考虑的话
pls go to
瑞士的
http://www.neuro.nano-optics.ethz.ch/jobs/index
http://www.neuro.nano-optics.ethz.ch/
paper:
Ries J et al.
A simple, versatile method for GFP-based super-resolution microscopy via
nanobodies.(2012).
Nat Methods. 9: 582-4.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22543348
-----
荷兰的
http://www.chirlmin.org/fundings
or
http://www.chirlmin.org/link-single/numbers
Numerical aperture
- A note from Zeiss (pdf) click here please
paper:
Joo C et al.
Bringing single-molecule spectroscopy to macromolecular protein complexes. (
2013).
Trends Biochem Sci. 38: 30-7.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23200186

【在 L*********x 的大作中提到】

: 自己做的风险实在太大了。很多小的trick不是外行上了课光白活就行的。
: 我在想，要么建立合作，让内行带着玩。要么真的要扎到一个好的实验室里才行。
: 可是，怎么才能选一个有前瞻性的，出成果的，能系统培养基础的实验室呢？

L*x2013-03-13 07:03

94 楼

哈，谢谢！
我问这个问题的原因是我一直在想灌水模式：
要么是发展一个新技术，然后找不同的问题，用这个技术来解决这些问题。（好像，这
是最简单的）
或者是不经意间发现一个特别有意思的分子，然后把上下左右的问题都搞清楚。（最需
要人品的）
要么是找到一个特殊的问题，然后沿着这个问题一直走下去。（这是最难的）
所以，我才一直想问，一个外行怎么才能发现生物学中这些需要解决的问题。

【在 l**********1 的大作中提到】

: 荷兰瑞士的 lab 006 也可以考虑的话
: pls go to
: 瑞士的
: http://www.neuro.nano-optics.ethz.ch/jobs/index
: http://www.neuro.nano-optics.ethz.ch/
: paper:
: Ries J et al.
: A simple, versatile method for GFP-based super-resolution microscopy via
: nanobodies.(2012).
: Nat Methods. 9: 582-4.

p*l2013-03-13 07:03

95 楼

其实还有一种模式，就是做一个很有生命力的技术方向，不停的做技术革新，兼做一些
应用，不过也许这个模式是最难的。

【在 L*********x 的大作中提到】

: 哈，谢谢！
: 我问这个问题的原因是我一直在想灌水模式：
: 要么是发展一个新技术，然后找不同的问题，用这个技术来解决这些问题。（好像，这
: 是最简单的）
: 或者是不经意间发现一个特别有意思的分子，然后把上下左右的问题都搞清楚。（最需
: 要人品的）
: 要么是找到一个特殊的问题，然后沿着这个问题一直走下去。（这是最难的）
: 所以，我才一直想问，一个外行怎么才能发现生物学中这些需要解决的问题。