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北生所曾经鉴定的植物GPCR真的不是GPCR(转)

北生所曾经鉴定的植物GPCR真的不是GPCR(转)# Biology - 生物学

l*e2013-05-01 07:05

1 楼

两个roswill的键盘，一个黑轴，一个茶轴，都是因为进了一点点水就不能正常工作了
。有什么办法修理一下吗？扔在角落还怪可惜的。

P*r2013-05-01 07:05

2 楼

http://blog.sciencenet.cn/blog-200233-685610.html
北生所研究员马力耕曾在2007年于science上发表一篇文章，声称发现一种GPCR（GCR2
）是植物脱落酸的受体，非常轰动。但是刚一发表，立即引来植物研究领域的一片质疑
。大部分人都认为GCR2不是GPCR，植物中根本不存在GPCR，因为植物中G蛋白是自激活
的，不需要GPCR。有一个叫Jingui Chen的教授对马的结果质疑声最大，他通过序列比
对发现GCR2与lanthionine synthetase component C的同源性非常高，随后的实验又表
明GCR2主要存在于细胞质中，某些情况下可以附着到膜表面，但绝非7次跨膜的GPCR。
这个争论一直都没有停止，最近plant physiology上有一篇文章：“Round Up the
Usual Suspects”: A Comment on Nonexistent Plant G Protein-Coupled Receptors
，又提出了植物中根本不存在GPCR。
在上篇博文中（http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=200233&do=blog&id=603471），我
曾提到GCR2的结构已被解析，但是当时其PDB还没有释放。最近恰好释放了（题目：
Crystal Structure of Arabidopsis GCR2 Identifies a Novel Clade of
Lantibiotic Cyclase-Like Proteins；作者：Chen, J.-H.; Guo, J.; Chen, J.-G.;
Nair, S.K.），于是将这个2.25埃分辨率的晶体结构展示给大家，相信大家自有判断！

s*d2013-05-01 07:05

3 楼

还在warranty么？可以联系他们看看。。。

I*a2013-05-01 07:05

4 楼

有最后的肯定的结论吗？
另外，那个博主好像特别希望是造假。

G*h2013-05-01 07:05

5 楼

烘干。。

【在 l*****e 的大作中提到】

: 两个roswill的键盘，一个黑轴，一个茶轴，都是因为进了一点点水就不能正常工作了
: 。有什么办法修理一下吗？扔在角落还怪可惜的。

d*u2013-05-01 07:05

6 楼

现在目前比较肯定是gcr2对ABA的表型是可以重复的，至于ABA对GCR2的结合，以及是否
是GPCR，还需要科学上更多的论证，但是也没有任何可以直接推翻的证据。这个结构还
没有以论文形式发表，也就是说也没有经过同行评议得到科学界的认可。清华张老师的
受体起初也受质疑，说大麦里的同源基因不结合ABA，但是张老师还有后续的几篇plant
cell层次的文章进一步遗传实验，建立了镁敖合酶和下游WRKY转录因子的关系，不排
除体内除了现在认可的PYR受体之外还存在结合ABA能力不同的其他类型受体。

l*e2013-05-01 07:05

7 楼

都出保了

K*42013-05-01 07:05

8 楼

这个gcr2显然不是 gpcr，不需要什么同行评议了吧
如果每一个随意提出的错误结论还要那么多人去验证
要浪费多少纳税人的钱阿
ma的文章显然有问题
我认为人们不应该因为一篇文章而夸大或者攻击作者
但是对于scientific issue，这样defensive也是同样无趣的

plant

【在 d******u 的大作中提到】

: 现在目前比较肯定是gcr2对ABA的表型是可以重复的，至于ABA对GCR2的结合，以及是否
: 是GPCR，还需要科学上更多的论证，但是也没有任何可以直接推翻的证据。这个结构还
: 没有以论文形式发表，也就是说也没有经过同行评议得到科学界的认可。清华张老师的
: 受体起初也受质疑，说大麦里的同源基因不结合ABA，但是张老师还有后续的几篇plant
: cell层次的文章进一步遗传实验，建立了镁敖合酶和下游WRKY转录因子的关系，不排
: 除体内除了现在认可的PYR受体之外还存在结合ABA能力不同的其他类型受体。

s*d2013-05-01 07:05

9 楼

我的rosewill的键盘也出保了，联系了一下，也给免费换了

d*u2013-05-01 07:05

10 楼

这个“显然不是gpcr“在没有科学论文发表的GCR2的结构出现之前，是不成立的，因为
目前说是和不是都是大家软件预测出来的。
科学需要用严密的证明去回答是与不是，不是浪费不浪费钱的问题。

【在 K**4 的大作中提到】

: 这个gcr2显然不是 gpcr，不需要什么同行评议了吧
: 如果每一个随意提出的错误结论还要那么多人去验证
: 要浪费多少纳税人的钱阿
: ma的文章显然有问题
: 我认为人们不应该因为一篇文章而夸大或者攻击作者
: 但是对于scientific issue，这样defensive也是同样无趣的
:
: plant

p*s2013-05-01 07:05

11 楼

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3T33
看样子马上就要发表了，通讯作者看起来很有信誉。

【在 d******u 的大作中提到】

: 这个“显然不是gpcr“在没有科学论文发表的GCR2的结构出现之前，是不成立的，因为
: 目前说是和不是都是大家软件预测出来的。
: 科学需要用严密的证明去回答是与不是，不是浪费不浪费钱的问题。

K*42013-05-01 07:05

12 楼

严格来讲gcr2 annotation 不属于预测的范围了
他本来就属于Lanthionine synthetase C-like protein
即使没有结构，他也是这个分类，不可能是GPCR
很多预测还是很准的
比如大家熟悉的Tet1，彻头彻尾分析预测出来的

【在 d******u 的大作中提到】

I*a2013-05-01 07:05

13 楼

大家都是做实验的，
别谈预测啊我认为啊什么的，
直接举文章数据啊啥的，

K*42013-05-01 07:05

14 楼

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi?INPUT_TYPE=

【在 I***a 的大作中提到】

: 大家都是做实验的，
: 别谈预测啊我认为啊什么的，
: 直接举文章数据啊啥的，

A*y2013-05-01 07:05

15 楼

That's like saying all histone deacetylases are deacetylase and you want all
papers got it wrong to retract their papers. Hint: I think more than half
of them are not deacetylases, neverless "histone" deacetylases.

K*42013-05-01 07:05

16 楼

具体问题还是要具体分析的
你举个属于histone deacetylase家族的，但是没有这个活性的例子
我们具体讨论，我觉得很多情况是失活的吧。

all
half

【在 A******y 的大作中提到】

: That's like saying all histone deacetylases are deacetylase and you want all
: papers got it wrong to retract their papers. Hint: I think more than half
: of them are not deacetylases, neverless "histone" deacetylases.

A*y2013-05-01 07:05

17 楼

What are you talking about? They have activities, just no activity against
acetylated lysine. Sirtuin 5 and 6 used to be no activity against
acetylated lysine...their natural substrates known now. My interest is in
HDACs, let's hope I don't get scooped...too many projects not enough money
and able hands...

【在 K**4 的大作中提到】

: 具体问题还是要具体分析的
: 你举个属于histone deacetylase家族的，但是没有这个活性的例子
: 我们具体讨论，我觉得很多情况是失活的吧。
:
: all
: half

w*a2013-05-01 07:05

18 楼

这是说的是哪国语言？

against

【在 A******y 的大作中提到】

: What are you talking about? They have activities, just no activity against
: acetylated lysine. Sirtuin 5 and 6 used to be no activity against
: acetylated lysine...their natural substrates known now. My interest is in
: HDACs, let's hope I don't get scooped...too many projects not enough money
: and able hands...

s*s2013-05-01 07:05

19 楼

你要说的是乙酰，不是甲基
你给的文章恰恰说明了Sirt5不是deacetylase，是deacylase

【在 K**4 的大作中提到】

: 具体问题还是要具体分析的
: 你举个属于histone deacetylase家族的，但是没有这个活性的例子
: 我们具体讨论，我觉得很多情况是失活的吧。
:
: all
: half

s*s2013-05-01 07:05

20 楼

good luck.
I used to work on one of the HDACs, dropped that project.......

against

【在 A******y 的大作中提到】

K*42013-05-01 07:05

21 楼

Deacetylase specifically refers to removing the acetyl group, whereas
deacylase is more general in that it can remove R groups that are acetyl or
longer. Reaction wise they should just be the same.

【在 s*******s 的大作中提到】

: 你要说的是乙酰，不是甲基
: 你给的文章恰恰说明了Sirt5不是deacetylase，是deacylase

A*y2013-05-01 07:05

22 楼

Yes, let's hunt down all papers telling you that Sirt5 is a deacetylase and
tell the PI to retract. Same things for HDAC classIIa etc.

【在 s*******s 的大作中提到】

: 你要说的是乙酰，不是甲基
: 你给的文章恰恰说明了Sirt5不是deacetylase，是deacylase

A*y2013-05-01 07:05

23 楼

I need all the luck I can get...although I do have a R01 in HDAC. I nee
more! Btw, I know the paper's author shown above pretty well.

【在 s*******s 的大作中提到】

: good luck.
: I used to work on one of the HDACs, dropped that project.......
:
: against

b*k2013-05-01 07:05

24 楼

我觉得这个all right啊，如果Ma文章里的实验数据都是valid的，只有那个结构预测有
问题，那这个gcr2还是蛮有意思的呀

【在 K**4 的大作中提到】

I*p2013-05-01 07:05

25 楼

不知你们争什么，连他自己的网页都把这篇SCIENCE都排除了。其实他做得很好了，只
是这篇文章把他推上了风顶。
http://smkxxy.cnu.edu.cn/szll/zrjs/gjjq/4391.htm

【在 b******k 的大作中提到】

: 我觉得这个all right啊，如果Ma文章里的实验数据都是valid的，只有那个结构预测有
: 问题，那这个gcr2还是蛮有意思的呀

b*k2013-05-01 07:05

26 楼

ft 那这就说明问题了看来问题不光是结构预测有错误大概实验数据也有问题，否则
他完全应该理直气壮的写进CV

【在 I****p 的大作中提到】

: 不知你们争什么，连他自己的网页都把这篇SCIENCE都排除了。其实他做得很好了，只
: 是这篇文章把他推上了风顶。
: http://smkxxy.cnu.edu.cn/szll/zrjs/gjjq/4391.htm

s*s2013-05-01 07:05

27 楼

期待你的大作，呵呵
站内个联系方式？

【在 A******y 的大作中提到】

: I need all the luck I can get...although I do have a R01 in HDAC. I nee
: more! Btw, I know the paper's author shown above pretty well.

A*y2013-05-01 07:05

28 楼

Na, someone is going to scoop it :(.

【在 s*******s 的大作中提到】

: 期待你的大作，呵呵
: 站内个联系方式？

s*s2013-05-01 07:05

29 楼

那说说你对于Sirt5和6两篇文章的看法？呵呵，我想看看大家的想法
越critical的越好

【在 A******y 的大作中提到】

: Na, someone is going to scoop it :(.

K*42013-05-01 07:05

30 楼

相信很多人都想听听你们二位有些什么独到的见解，最好单独发个主题。
拿了纳税人的钱，总得做出为人类有贡献的东西出来不是。
最后提醒一下，正如前面几位注意到的，相关文章的作者已经排除了自己的文章，这圼
已经没什么可继续讨论的必要了

【在 s*******s 的大作中提到】

: 那说说你对于Sirt5和6两篇文章的看法？呵呵，我想看看大家的想法
: 越critical的越好

K*42013-05-01 07:05

31 楼

终于仔细读了你提到的那片文章
涉及到的Sirt members充其量有个底物特异性和活性大小的问题
上升不到什么推翻前有的定论，又什么paper retraction 的高度
和LZ要表达的问题性质完全不是一码事

against

【在 A******y 的大作中提到】

A*y2013-05-01 07:05

32 楼

But there are a lot papers literally are looking at SIRT5 and SIRT6 as
deacetylases (they are
not!) Just becasue you artificially increase the substrate concentration in
a test tube and get some activity, does not mean they are deacetylase. Btw
, there are Cell papers look at SIRT5 as deacetylase in-vivo, and in my
opinion, they are looking at other SIRT or HDAC that binds SIRT5. SIRT and
HDACs are all in a huge complexes.
Btw, the same thing for HDAC class IIa, HDAC8, HDAC6 domain 1, HDAC10, and
HDAC11.

【在 K**4 的大作中提到】

: 终于仔细读了你提到的那片文章
: 涉及到的Sirt members充其量有个底物特异性和活性大小的问题
: 上升不到什么推翻前有的定论，又什么paper retraction 的高度
: 和LZ要表达的问题性质完全不是一码事
:
: against

A*y2013-05-01 07:05

33 楼

They are good. At least the SIRT5 one. It can be reproduced by several
other labs. SIRT6 is new, but we will see.

【在 s*******s 的大作中提到】

: 那说说你对于Sirt5和6两篇文章的看法？呵呵，我想看看大家的想法
: 越critical的越好