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急啊，请问这样设计shRNA可行吗？

急啊，请问这样设计shRNA可行吗？# Biology - 生物学

b*82012-05-21 07:05

1 楼

因为最近要用Plenti lox3.7这个载体设计shRNA,找了一些paper作参考，无意中看到这
篇paper，里面给出的shRNA序列如下
sh1, upper strand: TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTTC;
N代表反向互补的shRNA序列。问题是第二个碱基G，按照U6启动子的要求这样做没错，
但是必须也在poly T序列之前加一个互补的C碱基吗？
附上另一个shRNA表达载体的说明书，似乎不用在poly TZ之前再加多一个互补的C碱基
。到底是否必须加一个互补的C呢？请大家给点经验。
谢谢

f*g2012-05-21 07:05

2 楼

和载体也有关系把，最好买现成的，shRNA克隆也挺费劲的，测序
Open Biosystem

b*82012-05-21 07:05

3 楼

谢谢关注，希望得到更多技术方面的讨论

【在 f******g 的大作中提到】

: 和载体也有关系把，最好买现成的，shRNA克隆也挺费劲的，测序
: Open Biosystem

n*92012-05-21 07:05

4 楼

Hello, which paper are you working? could you give me the paper name? I am
starting to work on lentilox3.7 very soon.
thanks in advance

【在 b**********8 的大作中提到】

: 因为最近要用Plenti lox3.7这个载体设计shRNA,找了一些paper作参考，无意中看到这
: 篇paper，里面给出的shRNA序列如下
: sh1, upper strand: TGNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTTTC;
: N代表反向互补的shRNA序列。问题是第二个碱基G，按照U6启动子的要求这样做没错，
: 但是必须也在poly T序列之前加一个互补的C碱基吗？
: 附上另一个shRNA表达载体的说明书，似乎不用在poly TZ之前再加多一个互补的C碱基
: 。到底是否必须加一个互补的C呢？请大家给点经验。
: 谢谢