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mouse的ChIPseq结果却map到human基因组,咋回事?
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mouse的ChIPseq结果却map到human基因组,咋回事?# Biology - 生物学
u*e
1
“在北美应该推迟汉字教学吗?”
尊敬的各位老师:
我是乔治亚州立大学应用语言学系的一名研究生。 我的博士论文题目是在北美是否应
该推迟汉字教学,目前正在收集数据阶段,需要通过网上问卷的形式。问卷需要大概15
分钟。论文的目标是更深层次地了解北美汉字教学情况。每位老师的回答都会给我莫大
的帮助。
可否烦请现在在美国大学或社区学院任教的教授/老师帮忙做一下问卷:www.
surveymonkey.com/s/chineseteachersurvey
如果可以的话,能不能把下面这个连接发给您的学生,学生问卷和老师问卷是一套的:
www.surveymonkey.com/s/chinesestudentsurvey
非常感谢您的宝贵时间。如果有任何我可以帮忙的地方,欢迎发邮件联系我
l**********[email protected]
叶丽娟
乔治亚州立大学研究生
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A*u
2
我有一个mouse ChIPseq的测序结果,我做了FASTQC之后,quality是好的,20million
reads,duplication只有10%,各种打分评价都是好的。
然后我用Map with Bowtie for Illumina,看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
怪,然后我试着map到hg19上,有67%能map到hg19.
很诡异。这是怎么回事?是不是实际这个是人的DNA序列?但是测序之前的,从养细胞
到ChIP、建库,实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件,看了一下
这个文件序列里面每条reads的index,的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
?会是数据本身有问题,还是其它低级错误的可能(比如测序中心给错了文件,恰好
index也一样)、测序中心测错了样品/有污染等等?(不了解测序的具体实验过程)。
非常感谢!!
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F*d
3
八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。
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A*u
4
有没有可能是其它的原因?
数据本身的?

【在 F*****d 的大作中提到】
: 八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。
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t*w
5
do real time PCR to validate your sample.

20million
)。

【在 A******u 的大作中提到】
: 我有一个mouse ChIPseq的测序结果,我做了FASTQC之后,quality是好的,20million
: reads,duplication只有10%,各种打分评价都是好的。
: 然后我用Map with Bowtie for Illumina,看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
: 怪,然后我试着map到hg19上,有67%能map到hg19.
: 很诡异。这是怎么回事?是不是实际这个是人的DNA序列?但是测序之前的,从养细胞
: 到ChIP、建库,实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件,看了一下
: 这个文件序列里面每条reads的index,的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
: ?会是数据本身有问题,还是其它低级错误的可能(比如测序中心给错了文件,恰好
: index也一样)、测序中心测错了样品/有污染等等?(不了解测序的具体实验过程)。
: 非常感谢!!

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