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mouse的ChIPseq结果却map到human基因组，咋回事？

mouse的ChIPseq结果却map到human基因组，咋回事？# Biology - 生物学

u*e2013-09-10 07:09

1 楼

“在北美应该推迟汉字教学吗?”
尊敬的各位老师：
我是乔治亚州立大学应用语言学系的一名研究生。我的博士论文题目是在北美是否应
该推迟汉字教学，目前正在收集数据阶段，需要通过网上问卷的形式。问卷需要大概15
分钟。论文的目标是更深层次地了解北美汉字教学情况。每位老师的回答都会给我莫大
的帮助。
可否烦请现在在美国大学或社区学院任教的教授/老师帮忙做一下问卷：www.
surveymonkey.com/s/chineseteachersurvey
如果可以的话，能不能把下面这个连接发给您的学生，学生问卷和老师问卷是一套的：
www.surveymonkey.com/s/chinesestudentsurvey
非常感谢您的宝贵时间。如果有任何我可以帮忙的地方，欢迎发邮件联系我
l**********[email protected]。
叶丽娟
乔治亚州立大学研究生

A*u2013-09-10 07:09

2 楼

我有一个mouse ChIPseq的测序结果，我做了FASTQC之后，quality是好的，20million
reads，duplication只有10%，各种打分评价都是好的。
然后我用Map with Bowtie for Illumina，看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
怪，然后我试着map到hg19上，有67%能map到hg19.
很诡异。这是怎么回事？是不是实际这个是人的DNA序列？但是测序之前的，从养细胞
到ChIP、建库，实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件，看了一下
这个文件序列里面每条reads的index，的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
？会是数据本身有问题，还是其它低级错误的可能（比如测序中心给错了文件，恰好
index也一样）、测序中心测错了样品／有污染等等？（不了解测序的具体实验过程）。
非常感谢！！

F*d2013-09-10 07:09

3 楼

八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。

A*u2013-09-10 07:09

4 楼

有没有可能是其它的原因？
数据本身的？

【在 F*****d 的大作中提到】

: 八成是测序中心测错了样品或给错了文件。你要还有library,去重测一下。

t*w2013-09-10 07:09

5 楼

do real time PCR to validate your sample.

20million
）。

【在 A******u 的大作中提到】

: 我有一个mouse ChIPseq的测序结果，我做了FASTQC之后，quality是好的，20million
: reads，duplication只有10%，各种打分评价都是好的。
: 然后我用Map with Bowtie for Illumina，看到只有6%的reads 能map到mm10上。很奇
: 怪，然后我试着map到hg19上，有67%能map到hg19.
: 很诡异。这是怎么回事？是不是实际这个是人的DNA序列？但是测序之前的，从养细胞
: 到ChIP、建库，实验污染的可能绝对排除。我又担心是测序中心给错了文件，看了一下
: 这个文件序列里面每条reads的index，的确是我用的index。求问大牛觉得是怎么回事
: ？会是数据本身有问题，还是其它低级错误的可能（比如测序中心给错了文件，恰好
: index也一样）、测序中心测错了样品／有污染等等？（不了解测序的具体实验过程）。
: 非常感谢！！