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前老板文章纠缠，怎么办？
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前老板文章纠缠，怎么办？# Biology - 生物学
z*z
1 楼
【 以下文字转载自 PennySaver 讨论区 】
发信人: zzz (睡眠不足), 信区: PennySaver
标 题: bedbathandbeyond 有推荐的菜刀吗
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 15 14:27:18 2013, 美东)
因为有20% OFF， 再加上GC，可以节省开支
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s*2
2 楼
我家小子看他姐姐在上舞蹈课，也想去。。。大家觉得怎么样？是芭蕾和踢踏舞，大概
也可选爵士舞。
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c*m
3 楼
【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: ccccmm (猪喂曼玉), 信区: Military
标 题: 我发现，革命者里就精卫和伍豪的女人最少最丑
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Feb 5 21:50:30 2010, 美东)
这两个都是帅哥。说明＿＿＿＿＿＿＿＿（完型填空）
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s*l
4 楼
Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
sample，需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
需要多少内存（最少要求多少，最好是多少，最多再多了也没有用）？
谢谢
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j*2
5 楼
唉，我这个前老板不知被抱怨了多少次了，五年里得到大家不少精神上的扶持，可是今
天又来麻烦大家了，真是不好意思。。。进入正题。现在终于毕业了，毕业前答应他写
的review paper也已经终于发给他了，没想到今天又收到回信，要求我把实验室其他人
做的不同方向的东西一起揉捏在这一篇review里（给他做广告），我这里该怎么办呢？
相当于又增加
了200%的工作量。
一方面，我知道很多人都是毕业之后还会要和前实验室纠缠一会儿。写了paper对我自
己申请绿卡也有好处。
可是另一方面，我实在是太讨厌前老板的人品了，他十分贪婪，让我很抵触。那
额外的200%的工作量，其实是另外两个毕业生的毕业承诺，只不过那两美国学生毕业后
再也不理他了，他没辙，又看我好说话，索性一古脑一起加我头上了。如果我有绿卡、
身份，肯定也不会理他。而且不同方向的研究要揉捏在一起，真是又要绞尽脑汁生搬硬
凑，会很痛苦。
请大家说说我该怎么办，谢谢！
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h*y
6 楼
如果我儿子想学跳舞，我肯定特别高兴的送他去。

【在 s******2 的大作中提到】
: 我家小子看他姐姐在上舞蹈课，也想去。。。大家觉得怎么样？是芭蕾和踢踏舞，大概
: 也可选爵士舞。
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w*i
7 楼
说明帅哥比较gay
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t*z
8 楼
我在MacBook Pro本地上做过类似规模的运算，用Bowtie2，才16GB内存，没问题。至于
多加内存有没有显著效果我就不知道了。
最近有一些benchmark的文章，比如PMID：23758764，24708189。感觉内存不是大问题。
GATK我还没用过，感觉如何？

variants
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 s****l 的大作中提到】
: Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
: sample，需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
: 需要多少内存（最少要求多少，最好是多少，最多再多了也没有用）？
: 谢谢
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M*r
9 楼
既然对你自己有好处，为何不帮别人也帮你自己呢？

【在 j******2 的大作中提到】
: 唉，我这个前老板不知被抱怨了多少次了，五年里得到大家不少精神上的扶持，可是今
: 天又来麻烦大家了，真是不好意思。。。进入正题。现在终于毕业了，毕业前答应他写
: 的review paper也已经终于发给他了，没想到今天又收到回信，要求我把实验室其他人
: 做的不同方向的东西一起揉捏在这一篇review里（给他做广告），我这里该怎么办呢？
: 相当于又增加
: 了200%的工作量。
: 一方面，我知道很多人都是毕业之后还会要和前实验室纠缠一会儿。写了paper对我自
: 己申请绿卡也有好处。
: 可是另一方面，我实在是太讨厌前老板的人品了，他十分贪婪，让我很抵触。那
: 额外的200%的工作量，其实是另外两个毕业生的毕业承诺，只不过那两美国学生毕业后
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s*2
10 楼
赫赫，我在考虑主要是反正要接送姐姐去这样他们姐弟可以一起去。。。。但舞蹈班好
像没有一个小男孩唉。。。而且小男孩跳芭蕾好像特别阴柔的感觉。。。就怕给孩子不
好的性格影响。。

【在 h********y 的大作中提到】
: 如果我儿子想学跳舞，我肯定特别高兴的送他去。
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s*l
11 楼
GATK works quite well. But I never need worried memory before because the
cluster setting was a high end one. Now I need budget it, so...
Thanks for your input!

题。

【在 t*****z 的大作中提到】
: 我在MacBook Pro本地上做过类似规模的运算，用Bowtie2，才16GB内存，没问题。至于
: 多加内存有没有显著效果我就不知道了。
: 最近有一些benchmark的文章，比如PMID：23758764，24708189。感觉内存不是大问题。
: GATK我还没用过，感觉如何？
:
: variants
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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j*2
12 楼
谢谢回复！
因为是三个不同主题，硬是揉在一起写 会很痛苦。

【在 M********r 的大作中提到】
: 既然对你自己有好处，为何不帮别人也帮你自己呢？
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h*y
13 楼
男孩子跳舞也可以很Athletic的。不过这个都是后话，现在那么小，爱学啥就学啥好了。

【在 s******2 的大作中提到】
: 赫赫，我在考虑主要是反正要接送姐姐去这样他们姐弟可以一起去。。。。但舞蹈班好
: 像没有一个小男孩唉。。。而且小男孩跳芭蕾好像特别阴柔的感觉。。。就怕给孩子不
: 好的性格影响。。
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n*7
14 楼
你check一下内存使用不就完了
我的印象是GATK需要的资源不多
reads alignment 是高度并行的，你要尽可能多的cores

【在 s****l 的大作中提到】
: GATK works quite well. But I never need worried memory before because the
: cluster setting was a high end one. Now I need budget it, so...
: Thanks for your input!
:
: 题。
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d*0
15 楼
你自己畏首畏尾，还能想让别人怎么帮你呐？就算少篇文章，你在企业工作的话，申请
绿卡能有多大损失？
直接回复给他，现在忙没空，要么就不回信拖着
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f*s
16 楼
孩子他们学校的talent show最受欢迎的节目是三个小男孩跳的街舞。我学得男孩会跳
street dance真是太cool了。
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S*2
17 楼
我在harvard orchestra cluster上算过，不记得那服务器是多少内存，但每时每刻这
么多人一起算，肯定也没多少吧
https://rc.hms.harvard.edu/
你能得到access to any cluster的话，绝对不要本地算

variants

【在 s****l 的大作中提到】
: Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
: sample，需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
: 需要多少内存（最少要求多少，最好是多少，最多再多了也没有用）？
: 谢谢
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q*n
18 楼
可以告诉他三个放一起不好写。不如把这个先发了，你愿意单写另外一篇。等这篇发了
，剩下的什么时候写，怎么写，就由你了。
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R*i
19 楼
我女儿上的舞校有男孩子跳芭蕾和现代舞得奖的。4-5岁班没有小男孩，但是6岁以上班
里都有男生在上。
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s*l
20 楼
谢谢楼上各位
我其实不是具体跑这个map遇到什么内存的问题，而是我要跟IT部门打交道，想买一个
cluster。狗日的IT部门非要说，你做这个application，应该是什么样的设置的
cluster，每个node要多少内存，他们IT不清楚。否则按高了的设置买，浪费，按低的
设置买，不能用，所以需要做一个测试才能做决定。
所以具体的来说，我想知道的是用Novoalign来map 1M pairs of Illumina 150-bp
reads to human genome的，需要一个什么样的cluster, 我知道具体多少nodes, 取决
于我要run how many samples（假设1000 samples吧 and 1M pairs of reads per
sample），但是每个 node 需要什么样的CPU， 尤其是多少内存，我没有具体的答案给
IT。我说每个32G RAM，他们说要测试，或者要请一个consultant --- tmd，这一个测
试和consultant还不知道要花多少时间和金钱呢。我想要的最好的答案就是有些文献或
者网页给出具体的computing power and tested with Novoalign（and GATK）on ILMN
reads.
刚已经问了NovoAlign他们，但是还没有答复。
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s*y
21 楼
对，就说实在是不好写，然后说虽然你非常非常的愿意为他们效力，但是你也很忙，
实在是没有办法掌控这么大的一个议题。

【在 q*****n 的大作中提到】
: 可以告诉他三个放一起不好写。不如把这个先发了，你愿意单写另外一篇。等这篇发了
: ，剩下的什么时候写，怎么写，就由你了。
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D*R
22 楼
如果是玩玩，那么孩子喜欢就去，没什么的，他如果觉得女孩太多，不舒服，下个
session就不去好了。
如果想培养，4岁开始就算早了，我这里的专门芭蕾舞学校的专门男生班就是4岁开始收。
如果真想成名成家，男孩长大了再转行也很容易，因为对力量肌肉什么的要求多，甚至
有名家是10几岁发育时候才开始练芭蕾的，这方面女孩就不行了，必须得从早练。
不知道为什么美国男孩跳芭蕾的很少，也可能是女孩的班太多显得，也可能是文化底蕴
不够深厚。。。
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t*z
23 楼
所以我宁可自己想办法也不跟他们叽歪。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 s****l 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位
: 我其实不是具体跑这个map遇到什么内存的问题，而是我要跟IT部门打交道，想买一个
: cluster。狗日的IT部门非要说，你做这个application，应该是什么样的设置的
: cluster，每个node要多少内存，他们IT不清楚。否则按高了的设置买，浪费，按低的
: 设置买，不能用，所以需要做一个测试才能做决定。
: 所以具体的来说，我想知道的是用Novoalign来map 1M pairs of Illumina 150-bp
: reads to human genome的，需要一个什么样的cluster, 我知道具体多少nodes, 取决
: 于我要run how many samples（假设1000 samples吧 and 1M pairs of reads per
: sample），但是每个 node 需要什么样的CPU， 尤其是多少内存，我没有具体的答案给
: IT。我说每个32G RAM，他们说要测试，或者要请一个consultant --- tmd，这一个测
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g*e
24 楼
你有什么事指望着他吗？有就写，没有就一脚踹了，不用这么畏畏缩缩，反正他自己人
品不好。
avatar
b*l
25 楼
美国人和美国文化比较homophobic。这点上中国要好很多。

收。

【在 D**********R 的大作中提到】
: 如果是玩玩，那么孩子喜欢就去，没什么的，他如果觉得女孩太多，不舒服，下个
: session就不去好了。
: 如果想培养，4岁开始就算早了，我这里的专门芭蕾舞学校的专门男生班就是4岁开始收。
: 如果真想成名成家，男孩长大了再转行也很容易，因为对力量肌肉什么的要求多，甚至
: 有名家是10几岁发育时候才开始练芭蕾的，这方面女孩就不行了，必须得从早练。
: 不知道为什么美国男孩跳芭蕾的很少，也可能是女孩的班太多显得，也可能是文化底蕴
: 不够深厚。。。
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t*z
26 楼
你这个cluster买来堆在自己房间里呢，还是单位有专门机房替你放的？

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 s****l 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位
: 我其实不是具体跑这个map遇到什么内存的问题，而是我要跟IT部门打交道，想买一个
: cluster。狗日的IT部门非要说，你做这个application，应该是什么样的设置的
: cluster，每个node要多少内存，他们IT不清楚。否则按高了的设置买，浪费，按低的
: 设置买，不能用，所以需要做一个测试才能做决定。
: 所以具体的来说，我想知道的是用Novoalign来map 1M pairs of Illumina 150-bp
: reads to human genome的，需要一个什么样的cluster, 我知道具体多少nodes, 取决
: 于我要run how many samples（假设1000 samples吧 and 1M pairs of reads per
: sample），但是每个 node 需要什么样的CPU， 尤其是多少内存，我没有具体的答案给
: IT。我说每个32G RAM，他们说要测试，或者要请一个consultant --- tmd，这一个测
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w*i
27 楼
谢谢大家的回复！好人好报，大家都发CNS！
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X*M
28 楼
李小龙还得过跳舞冠军呢，呵呵。

【在 s******2 的大作中提到】
: 赫赫，我在考虑主要是反正要接送姐姐去这样他们姐弟可以一起去。。。。但舞蹈班好
: 像没有一个小男孩唉。。。而且小男孩跳芭蕾好像特别阴柔的感觉。。。就怕给孩子不
: 好的性格影响。。
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s*l
29 楼
IT will buy/maintain/take care of it, unfortunately.

【在 t*****z 的大作中提到】
: 你这个cluster买来堆在自己房间里呢，还是单位有专门机房替你放的？
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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l*w
30 楼
这个注意不错，如果你是第一作者，何乐而不为呢？

【在 q*****n 的大作中提到】
: 可以告诉他三个放一起不好写。不如把这个先发了，你愿意单写另外一篇。等这篇发了
: ，剩下的什么时候写，怎么写，就由你了。
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r*f
31 楼
不知道,不过据说这个家伙跳舞很牛x
http://en.wikipedia.org/wiki/Neil_deGrasse_Tyson

【在 s******2 的大作中提到】
: 我家小子看他姐姐在上舞蹈课，也想去。。。大家觉得怎么样？是芭蕾和踢踏舞，大概
: 也可选爵士舞。
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n*7
32 楼
IT的要求挺合理的，毕竟他们也不是搞这个的，就按照流程走了
不能100%优化配置是不可避免的，实际上你的aligner换个版本/参数就可能对硬件需求
不一样了。你要不是computational的group的话，很多计算都是一次性的，慢个一点其
实无所谓。也就是说，配置的弹性很大，没必要太纠结。alignment把genome index
load进内存就好，没多大
你可以去seqanswers问问做类似工作的都是用什么什么配置，你照葫芦画瓢

【在 s****l 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位
: 我其实不是具体跑这个map遇到什么内存的问题，而是我要跟IT部门打交道，想买一个
: cluster。狗日的IT部门非要说，你做这个application，应该是什么样的设置的
: cluster，每个node要多少内存，他们IT不清楚。否则按高了的设置买，浪费，按低的
: 设置买，不能用，所以需要做一个测试才能做决定。
: 所以具体的来说，我想知道的是用Novoalign来map 1M pairs of Illumina 150-bp
: reads to human genome的，需要一个什么样的cluster, 我知道具体多少nodes, 取决
: 于我要run how many samples（假设1000 samples吧 and 1M pairs of reads per
: sample），但是每个 node 需要什么样的CPU， 尤其是多少内存，我没有具体的答案给
: IT。我说每个32G RAM，他们说要测试，或者要请一个consultant --- tmd，这一个测
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Y*7
33 楼
吃亏是福！！
avatar
s*2
34 楼
Definitely not expecting him to be a professional dancer....

收。

【在 D**********R 的大作中提到】
: 如果是玩玩，那么孩子喜欢就去，没什么的，他如果觉得女孩太多，不舒服，下个
: session就不去好了。
: 如果想培养，4岁开始就算早了，我这里的专门芭蕾舞学校的专门男生班就是4岁开始收。
: 如果真想成名成家，男孩长大了再转行也很容易，因为对力量肌肉什么的要求多，甚至
: 有名家是10几岁发育时候才开始练芭蕾的，这方面女孩就不行了，必须得从早练。
: 不知道为什么美国男孩跳芭蕾的很少，也可能是女孩的班太多显得，也可能是文化底蕴
: 不够深厚。。。
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d*a
35 楼
IT部门问的问题其实是合理的。我们这配过几个cluster，硬件的开销
都在一百万美元以上，这还不算平时的人员费用和场地费用。确实不能
一拍脑袋就把配置定下来。:) 实在不行，请consultant也是一法。

【在 s****l 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位
: 我其实不是具体跑这个map遇到什么内存的问题，而是我要跟IT部门打交道，想买一个
: cluster。狗日的IT部门非要说，你做这个application，应该是什么样的设置的
: cluster，每个node要多少内存，他们IT不清楚。否则按高了的设置买，浪费，按低的
: 设置买，不能用，所以需要做一个测试才能做决定。
: 所以具体的来说，我想知道的是用Novoalign来map 1M pairs of Illumina 150-bp
: reads to human genome的，需要一个什么样的cluster, 我知道具体多少nodes, 取决
: 于我要run how many samples（假设1000 samples吧 and 1M pairs of reads per
: sample），但是每个 node 需要什么样的CPU， 尤其是多少内存，我没有具体的答案给
: IT。我说每个32G RAM，他们说要测试，或者要请一个consultant --- tmd，这一个测
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v*a
36 楼
re 这个办法好

【在 q*****n 的大作中提到】
: 可以告诉他三个放一起不好写。不如把这个先发了，你愿意单写另外一篇。等这篇发了
: ，剩下的什么时候写，怎么写，就由你了。
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s*2
37 楼
What foes it mean ah? :-) I haven't touched GRE for a while....

【在 b*******l 的大作中提到】
: 美国人和美国文化比较homophobic。这点上中国要好很多。
:
: 收。
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s*l
38 楼
也许吧
不过我已经quote cluster price了，四五万块钱的事情。一百万以上的配置，那得上
千个cores了。更何况买了cluster来，又不会只固定做某种运算。RD很多变数的，往上
配置些，多个几千一万的，也没什么大不了的。
请个consultant，一两万很快就打水漂了吧

【在 d***a 的大作中提到】
: IT部门问的问题其实是合理的。我们这配过几个cluster，硬件的开销
: 都在一百万美元以上，这还不算平时的人员费用和场地费用。确实不能
: 一拍脑袋就把配置定下来。:) 实在不行，请consultant也是一法。
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s*2
39 楼
Street dance Is cool but a bit too cool for me... I know I am very TU....
But it just makes me think of some little rascals messing around on the
street....oops.

【在 f********s 的大作中提到】
: 孩子他们学校的talent show最受欢迎的节目是三个小男孩跳的街舞。我学得男孩会跳
: street dance真是太cool了。
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w*y
40 楼
做mapping的话，BWA是用的最多的吧，我们做30Gb whole genome sequencing mapping
，32G的内存没有任何问题。

variants

【在 s****l 的大作中提到】
: Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
: sample，需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
: 需要多少内存（最少要求多少，最好是多少，最多再多了也没有用）？
: 谢谢
avatar
t*z
42 楼
生物学里需要超多内存的问题主要就是基因组assembly，具体数目跟基因组大小有关，
而跟data类型关系不大，比如昆虫要128GB，哺乳类要512GB，以此类推。楼主如果想要
说服IT买大内存，不妨从这个入手，用业界标准的benchmark网站GAGE提供的方法和数
据来跑一个benchmark，同时稍微阅读下de bruijn graph和assembly的原理概述，引用
这些文章就可以推导出你要assemble的基因组需要多少内存了。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 s****l 的大作中提到】
: 也许吧
: 不过我已经quote cluster price了，四五万块钱的事情。一百万以上的配置，那得上
: 千个cores了。更何况买了cluster来，又不会只固定做某种运算。RD很多变数的，往上
: 配置些，多个几千一万的，也没什么大不了的。
: 请个consultant，一两万很快就打水漂了吧
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D*R
43 楼
那就更没啥顾虑了，想去就去呀，孩子高兴就行，能学习守纪律听指令，练平衡协调力
量。
有个recital啥的，还能混个男一号。。。。

【在 s******2 的大作中提到】
: Definitely not expecting him to be a professional dancer....
:
: 收。
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n*7
44 楼
他一个做mapping的，用不着牛刀

【在 t*****z 的大作中提到】
: 生物学里需要超多内存的问题主要就是基因组assembly，具体数目跟基因组大小有关，
: 而跟data类型关系不大，比如昆虫要128GB，哺乳类要512GB，以此类推。楼主如果想要
: 说服IT买大内存，不妨从这个入手，用业界标准的benchmark网站GAGE提供的方法和数
: 据来跑一个benchmark，同时稍微阅读下de bruijn graph和assembly的原理概述，引用
: 这些文章就可以推导出你要assemble的基因组需要多少内存了。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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d*a
45 楼
四五万的系统还要找consultant，IT部门确实有点没事找事。:)

【在 s****l 的大作中提到】
: 也许吧
: 不过我已经quote cluster price了，四五万块钱的事情。一百万以上的配置，那得上
: 千个cores了。更何况买了cluster来，又不会只固定做某种运算。RD很多变数的，往上
: 配置些，多个几千一万的，也没什么大不了的。
: 请个consultant，一两万很快就打水漂了吧
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t*z
46 楼
我是在探讨说服IT买高档机器的方法。

【在 n******7 的大作中提到】
: 他一个做mapping的，用不着牛刀
avatar
E*e
47 楼
拿回扣啊

【在 d***a 的大作中提到】
: 四五万的系统还要找consultant，IT部门确实有点没事找事。:)
avatar
b*a
48 楼
http://www.mghpcc.org
随便找个你们学校的PI去申请使用权限 目前是免费的。
avatar
t*z
49 楼
你的GPGPU神机拼得怎么样啦？

【在 E***e 的大作中提到】
: 拿回扣啊
avatar
E*e
50 楼
没来得及仔细弄但是一把辛酸泪
收到C2050援助
拆开一看立马跪下了
风扇针脚不一样
还得摆弄烙铁
手残星人不知道该怎么办
各种辛酸回头贴图慢叙

【在 t*****z 的大作中提到】
: 你的GPGPU神机拼得怎么样啦？
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