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请教一个信号通路的问题
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请教一个信号通路的问题# Biology - 生物学
f*o
1
有的paper引用的时候, 先说"a 做了什么什么贡献", 然后马上接着说"however, 他们
没有考虑到xxx和yyy情况, 我们这篇文章可以避免这些问题"
这样的引用应该怎么处理? 要把引用的部分highlight出来么?
感觉不是很合适啊....
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d*i
2
我们发现化合物A能够上调B,继而下调C。为了验证,KO B以后发现C还是降低。于是推
测A---B---C是一条pathway,但是可能还有一条我们不知道的pathway同时起作用促使A
下调C,也就是不依赖B的pathway。
现在比较迷茫的是,那么多的信号通路里面,怎么找到第二条pathway。实验到这里停
住了。大家给指点一下吧。
非常感谢!
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T*u
3
描述非常不清。
1. 我看不出A---B---C是一条pathway
A---->B 上调
A---->C 降低
明显可以没关系。
2.你所谓的上调下调是transcript的呢,还是signaling,如磷酸化 etc
你要找的是A下调C的mechanism而已。

使A

【在 d****i 的大作中提到】
: 我们发现化合物A能够上调B,继而下调C。为了验证,KO B以后发现C还是降低。于是推
: 测A---B---C是一条pathway,但是可能还有一条我们不知道的pathway同时起作用促使A
: 下调C,也就是不依赖B的pathway。
: 现在比较迷茫的是,那么多的信号通路里面,怎么找到第二条pathway。实验到这里停
: 住了。大家给指点一下吧。
: 非常感谢!

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d*i
4
感谢您的回复!很抱歉,可能我脑子有点乱。。。。
1) 加入A, B的mRNA增高,C是细胞因子mRNA下降。正在做protein。
2) 敲除B后加入A,C还是下降的,但是比敲除以前高一点。
3)文献已有报道B敲除,C增高。
4)目前初步结论是 A---B增高---C降低。
根据2)的结果推测可能还有不经过B的通路,也就是A经过其他通路调节C,但是不知道
怎么去寻找那条未知的路。
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d*i
5

真诚请教!请指点!谢谢!

【在 T****u 的大作中提到】
: 描述非常不清。
: 1. 我看不出A---B---C是一条pathway
: A---->B 上调
: A---->C 降低
: 明显可以没关系。
: 2.你所谓的上调下调是transcript的呢,还是signaling,如磷酸化 etc
: 你要找的是A下调C的mechanism而已。
:
: 使A

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d*i
6

是的,确实是。

【在 T****u 的大作中提到】
: 描述非常不清。
: 1. 我看不出A---B---C是一条pathway
: A---->B 上调
: A---->C 降低
: 明显可以没关系。
: 2.你所谓的上调下调是transcript的呢,还是signaling,如磷酸化 etc
: 你要找的是A下调C的mechanism而已。
:
: 使A

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y*y
7
C的promoter切段在BKO细胞里做reporter?
工作量略大啊没有特别凶残的phenotype就算了
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g*n
8
B上,C下;B无,C还是下。这不已经表明C不依赖于B吗?怎么推出的A---B---C是一条
pathway?
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d*i
9

B无,C上。这个是已报道的。我的结果是,B无+A,C下。
推测是C有依赖和非依赖B两种。

【在 g*****n 的大作中提到】
: B上,C下;B无,C还是下。这不已经表明C不依赖于B吗?怎么推出的A---B---C是一条
: pathway?

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d*i
10

C的promoter不难,但是做了reporter以后呢?只检测报告基因不能说明什么,顶多就
是转录水平调控,但是还是不知道中间分子。
BKO是啥细胞?

【在 y****y 的大作中提到】
: C的promoter切段在BKO细胞里做reporter?
: 工作量略大啊没有特别凶残的phenotype就算了

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y*y
11
B的KO细胞...
找到序列了就提transcription factor啊
有现成的更好
需要提的话进度怎么也得按年算了
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d*i
12

非常感谢!这个工作量确实太大了。
可能最多在B的KO细胞里面realtime高通量筛一下。。。。。。array?

【在 y****y 的大作中提到】
: B的KO细胞...
: 找到序列了就提transcription factor啊
: 有现成的更好
: 需要提的话进度怎么也得按年算了

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y*y
13
能走高通量的话用reporter的细胞做个siRNA array就可以了吧
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d*i
14

非常感谢您的帮助!array估计老板不乐意做,老板的意思是实验到这里就结束了,可
以发文章了。但是我特别想找到那个旁路,唉。。。。

【在 y****y 的大作中提到】
: 能走高通量的话用reporter的细胞做个siRNA array就可以了吧
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d*i
15
非常感谢楼上回复的各位!目前看来我只能再看看文献然后在有限范围盲目的筛一下,
实在筛不到就算了。我一直好奇,那些文章怎么样把两个本来领域很远的分子拉在一起
的。
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T*u
16
1. candidate based
主要是看文献猜
2.要找新东西基本还是screen.
if B是NF-KB的话,
取决于C降低有多重要,如果是TNF, IL1/6这种。
也许机理还是有意思的。
现在可以做siRNA,shRNA/KO screen.这种都是很大的工作量。且off-target占了90%.
所以没有老板的财力支持还是不要做。
靠猜的有1。瞎猜,或者2.是否有可能的transcription factor.看看USCS Genome
browser里面上游的序列。
一句话,还是看有多值得做,投入相应的efforts and resource.
Good luck.

【在 d****i 的大作中提到】
: 非常感谢楼上回复的各位!目前看来我只能再看看文献然后在有限范围盲目的筛一下,
: 实在筛不到就算了。我一直好奇,那些文章怎么样把两个本来领域很远的分子拉在一起
: 的。

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d*i
17

受教了!非常感谢!

【在 T****u 的大作中提到】
: 1. candidate based
: 主要是看文献猜
: 2.要找新东西基本还是screen.
: if B是NF-KB的话,
: 取决于C降低有多重要,如果是TNF, IL1/6这种。
: 也许机理还是有意思的。
: 现在可以做siRNA,shRNA/KO screen.这种都是很大的工作量。且off-target占了90%.
: 所以没有老板的财力支持还是不要做。
: 靠猜的有1。瞎猜,或者2.是否有可能的transcription factor.看看USCS Genome
: browser里面上游的序列。

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t*2
18
楼主应该敲出A,再用B 做rescue,看C的变化。
你说敲b再加a,c只上调一点点,那就说明没有直接关系。
而且是不是直接的靶基因有那么重要吗?做的话工作量不小啊,楼主可以先做个chip-
qpcr看看再说。
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d*i
19

A是化合物, compound。

【在 t*****2 的大作中提到】
: 楼主应该敲出A,再用B 做rescue,看C的变化。
: 你说敲b再加a,c只上调一点点,那就说明没有直接关系。
: 而且是不是直接的靶基因有那么重要吗?做的话工作量不小啊,楼主可以先做个chip-
: qpcr看看再说。

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b*1
20
其实最重要的是,A 的直接靶点不清楚,不管是B 上还是C下。找到化合物的直接靶点
,才可以把这个故事讲清楚。你可以设计该化合物的分子探针,钓出它的直接结合蛋白
, 然后鉴定此蛋白, 确定作用蛋白。

使A

【在 d****i 的大作中提到】
: 我们发现化合物A能够上调B,继而下调C。为了验证,KO B以后发现C还是降低。于是推
: 测A---B---C是一条pathway,但是可能还有一条我们不知道的pathway同时起作用促使A
: 下调C,也就是不依赖B的pathway。
: 现在比较迷茫的是,那么多的信号通路里面,怎么找到第二条pathway。实验到这里停
: 住了。大家给指点一下吧。
: 非常感谢!

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d*i
21

A的receptor是知道的。然后就只知道中间经过B调控了C。其余未知。

【在 b*********1 的大作中提到】
: 其实最重要的是,A 的直接靶点不清楚,不管是B 上还是C下。找到化合物的直接靶点
: ,才可以把这个故事讲清楚。你可以设计该化合物的分子探针,钓出它的直接结合蛋白
: , 然后鉴定此蛋白, 确定作用蛋白。
:
: 使A

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