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如何得到长度100氨基酸的多肽/蛋白质
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如何得到长度100氨基酸的多肽/蛋白质# Biology - 生物学
i*a
1
劉備在洞房花燭夜當晚,笑淫淫的對著嬌妻說: 「該是老二出場的時候了 … … 」
此時關羽自外破門而入,大喊: 「多謝大哥!」轉向新娘子:美人,讓你見識見識我
小弟弟的利害
話音未落,張飛破窗而入:謝謝二哥
”这时一阵怪风刮过,花烛熄灭,张飞提枪欲入却看不见洞穴所在,遂喊来刘备:“大
哥,屋内太黑,无孔可入
”刘备提一灯笼递去,说道:“孔明,孔明了。”
话音刚落,军师手拿芭蕉扇从天而降,大喊到:"多谢主公. 微臣已在這裡等待多時,
血脈膨張, 那裏已經漲得紅得發紫! 把燈籠拿來, 大家來照紫龍..."
忽聽門外一聲馬嘶, 見趙雲騎馬奔來, 說: "末將來領軍師令旗, 現在就下馬操!"
突然平西將軍馬超奪門而入, 興奮的喊: "終輪到我來操操了!
床底一人撫掌大笑, "我曹孟德早聽說新劉夫人是女中鳳凰, 美如天仙, 今天讓我見識
見識這位女鳳仙..."
吕布放下方天畫戟, 進入房間. 眾觀之, 好不神勇!
劉夫人看到滿房間的英雄豪傑, 微笑者說: "今天洞房花燭夜, 有各路英雄的大蕉小蕉跟我一
起過, 我好生歡喜!"
屏風後傳出兩女子娇滴滴嘻笑聲, 一對妙齡少女走出來, "夫人原來早就知道大喬小喬
躲在這裡..."
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j*j
2
好像可以化学合成,大于$1000
可以用E coli system 表达,试了IMPACT™ Kit from New England Biolabs (因
为我们要native sequence的蛋白质---没有任何tag),效果不是很好,得到的蛋白很少。
请问有没有人用过其他的体系表达native sequence的蛋白质啊?还有什么更好的方法
吗?
十分感谢!!
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c*7
3
哇。。。不一样的三国。。。。。
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i*l
4
100Aa 不短了 完全可以体外表达春花
原核还是真和或者古细菌的? 原核用原核系统 真和就用真和系统比如酵母,HEk,昆
虫杆状病毒等等 古细菌大概就用Ecoli就好了
如果是从稀奇古怪的物种来的,可能AT高或GC高,需要先做ORF 优化

少。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 好像可以化学合成,大于$1000
: 可以用E coli system 表达,试了IMPACT™ Kit from New England Biolabs (因
: 为我们要native sequence的蛋白质---没有任何tag),效果不是很好,得到的蛋白很少。
: 请问有没有人用过其他的体系表达native sequence的蛋白质啊?还有什么更好的方法
: 吗?
: 十分感谢!!

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t*n
5
ft

【在 i****a 的大作中提到】
: 劉備在洞房花燭夜當晚,笑淫淫的對著嬌妻說: 「該是老二出場的時候了 … … 」
: 此時關羽自外破門而入,大喊: 「多謝大哥!」轉向新娘子:美人,讓你見識見識我
: 小弟弟的利害
: 話音未落,張飛破窗而入:謝謝二哥
: ”这时一阵怪风刮过,花烛熄灭,张飞提枪欲入却看不见洞穴所在,遂喊来刘备:“大
: 哥,屋内太黑,无孔可入
: ”刘备提一灯笼递去,说道:“孔明,孔明了。”
: 话音刚落,军师手拿芭蕉扇从天而降,大喊到:"多谢主公. 微臣已在這裡等待多時,
: 血脈膨張, 那裏已經漲得紅得發紫! 把燈籠拿來, 大家來照紫龍..."
: 忽聽門外一聲馬嘶, 見趙雲騎馬奔來, 說: "末將來領軍師令旗, 現在就下馬操!"

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j*j
6
谢谢您的回复!!!
我们这个蛋白确实是稀奇古怪的,因为是我们全新设计的氨基酸序列,所以才不知道用
什么体系表达。。。
还有一个问题是,我们要native sequence的蛋白,不要任何的tag。。。还有我们要的
蛋白不是Met开始的。。。

【在 i***l 的大作中提到】
: 100Aa 不短了 完全可以体外表达春花
: 原核还是真和或者古细菌的? 原核用原核系统 真和就用真和系统比如酵母,HEk,昆
: 虫杆状病毒等等 古细菌大概就用Ecoli就好了
: 如果是从稀奇古怪的物种来的,可能AT高或GC高,需要先做ORF 优化
:
: 少。

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a*e
7
这个更给力
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e*s
8
加几个氨基酸有很大影响吗?
否则就加tag,然后切掉。不管怎么弄,要表达纯化都会有额外的氨基酸。
还有个问题,提纯的话,如何检测,有抗体吗?有测活方法吗?
如果真是你说的那么严格,连Met都不能有,什么都不能加,就只能合成。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 谢谢您的回复!!!
: 我们这个蛋白确实是稀奇古怪的,因为是我们全新设计的氨基酸序列,所以才不知道用
: 什么体系表达。。。
: 还有一个问题是,我们要native sequence的蛋白,不要任何的tag。。。还有我们要的
: 蛋白不是Met开始的。。。

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i*a
9
IMHO, LZ 用舊的笑話原創的下面非常好 (孔明出場開始), 此貼可毛.
just IMHO
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m*u
10
一班搞生物的在给搞化学的解答。会问很傻的问题:为什么一个氨基酸都不能加,为什
么连Met都不能有?
还有:in vitro translation都没想到,真不像是搞生物的人在解答。
当然了,这个Met都不能有,只有合成了。连加tag再切除都不能保证:1)有合适切点
,2)能不出错。
体内表达的一般是会切除起始Met的,但 1)不能保证,也有没切除的;2)不能保证只
切除Met,也有多切一两个氨基酸的。
LZ这么严格,我怀疑体外合成的产品能否保证均一!
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j*n
11
我觉得还可以把叼馋加进去。
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j*j
12

加氨基酸影响很大,因为我们设计的氨基酸序列要折叠成精确的三维结构,所以任何序
列改变都有很大的影响。所以我们试了IMPACT™ Kit from New England Biolabs
,这个kit可以给我们精确的氨基酸序列。
我们不知到如何检测,没有抗体,我们的蛋白没有活性,我们要的是她的结构。我们的
终极目标是得到X-ray的结构。(虽然目标比较遥远)

【在 e****s 的大作中提到】
: 加几个氨基酸有很大影响吗?
: 否则就加tag,然后切掉。不管怎么弄,要表达纯化都会有额外的氨基酸。
: 还有个问题,提纯的话,如何检测,有抗体吗?有测活方法吗?
: 如果真是你说的那么严格,连Met都不能有,什么都不能加,就只能合成。

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j*j
13
我们试了IMPACT™ Kit,可以得到想要的氨基酸序列(没有任何tag,不用从Met
开始)。但是得率不好。
有个 PURExpress® In Vitro Protein Synthesis Kit, 但是不知到这个好不好
用?听说in vitro大多时候都不好用。

【在 m******u 的大作中提到】
: 一班搞生物的在给搞化学的解答。会问很傻的问题:为什么一个氨基酸都不能加,为什
: 么连Met都不能有?
: 还有:in vitro translation都没想到,真不像是搞生物的人在解答。
: 当然了,这个Met都不能有,只有合成了。连加tag再切除都不能保证:1)有合适切点
: ,2)能不出错。
: 体内表达的一般是会切除起始Met的,但 1)不能保证,也有没切除的;2)不能保证只
: 切除Met,也有多切一两个氨基酸的。
: LZ这么严格,我怀疑体外合成的产品能否保证均一!

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s*s
14
发现大家很催悲啊。也就$1000多,你自己从克隆做起到蛋白表达,纯化,
不算试剂前,就算浪费的时间也不止这个钱啊,这还是假设做的顺利的

少。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 好像可以化学合成,大于$1000
: 可以用E coli system 表达,试了IMPACT™ Kit from New England Biolabs (因
: 为我们要native sequence的蛋白质---没有任何tag),效果不是很好,得到的蛋白很少。
: 请问有没有人用过其他的体系表达native sequence的蛋白质啊?还有什么更好的方法
: 吗?
: 十分感谢!!

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m*u
15
做化学的还只能用水(或含少量甲醇)来溶解蛋白,这一点也让搞生物的很恼怒,总觉
得在(体外的)水里蛋白能行吗?至少的有buffer,有甘油吧?!有平衡盐离子吧。
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T*t
16
100aa的多肽合成$1000的话不算贵了。普通的catalog可订的多肽,20aa左右的长度也
要两百多了。customized的多肽一般都比这个价要贵很多。
我有次问一个公司要了个quote,只有20个aa的多肽,但是要有Ubiquitination,所以
加起来也有将近100aa了吧。对方开价$5000多。老板直接就无视了,最后那个project
就没做。

少。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 好像可以化学合成,大于$1000
: 可以用E coli system 表达,试了IMPACT™ Kit from New England Biolabs (因
: 为我们要native sequence的蛋白质---没有任何tag),效果不是很好,得到的蛋白很少。
: 请问有没有人用过其他的体系表达native sequence的蛋白质啊?还有什么更好的方法
: 吗?
: 十分感谢!!

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m*u
17
自己表达可以拿到很多啊,且反复可用,合成可是是一次性的,如果用完了,课题还没
完成岂不是要double cost。自己表达,这重复再纯化一些,cost小很多啊。
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e*s
18
好奇,专门研究了这个impact系统。不管怎样,都会有额外的氨基酸。
其实就是去除tag特别点。我如果理解得对,你的tag在c-term,那Met总在目标蛋白上吧
。你克要有额外的DNA 序列加内切位点吧?没法得到你说的native sequence啊。
不知道我理解得对不?

少。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 好像可以化学合成,大于$1000
: 可以用E coli system 表达,试了IMPACT™ Kit from New England Biolabs (因
: 为我们要native sequence的蛋白质---没有任何tag),效果不是很好,得到的蛋白很少。
: 请问有没有人用过其他的体系表达native sequence的蛋白质啊?还有什么更好的方法
: 吗?
: 十分感谢!!

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M*g
19
you can assemble a sequence like this: met-flag tag (DYKDDDDK)- your peptide
. express it in a host like e. coli. Purify the flag-your peptide. you
then use enterokinase to cut off flag tag and leave your peptide with no
scar and no met, since enterokinase recognize DDDDK, and cut after the last
K (you can find more information at NEB: https://www.neb.com/products/p8070-
enterokinase-light-chain).
hope this helps. good luck.
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s*y
21
我也正想说这个呢。
可以在N-端放Ubiquitin sequence(和SUMO是一样的道理), 然后后面放楼主要用的序
列,然后如果在真核里表达的话,Ubiquitin 可以直接被细胞里的酶切除,就露出后面
的氨基酸了,这样就不需要从Met 开始了。而且这种方法在理论上不会影响后面跟着的
多肽的折叠。但是要注意的是这种方法不能做出Pro开头的多肽,因为会切不掉。
如果是在细菌里表达的话,既可以同时表达一个ubiquitin hydrolase,也可以纯化之后
再和ubiquitin hydrolase反应。如果要求纯度更高的话,还可以用anti-ubiquitin 来
除去没有切掉的蛋白。

【在 g*****1 的大作中提到】
: 可以试试SUMO Expression System。这样既可以用Histag 纯化,也可以用Sumo
: protease把fused sumo蛋白完全切除
: http://tools.lifetechnologies.com/content/sfs/manuals/sumo_prot
: http://lucigen.com/docs/manuals/MA108-Expresso-T7-SUMO-Cloning-

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j*j
22
完全同意您的观点。。。。

【在 s******s 的大作中提到】
: 发现大家很催悲啊。也就$1000多,你自己从克隆做起到蛋白表达,纯化,
: 不算试剂前,就算浪费的时间也不止这个钱啊,这还是假设做的顺利的
:
: 少。

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j*j
23
同意,如果要大规模的生产蛋白,还是用细菌表达便宜。
但是如果只是试验想法,还是合成来的简单。

【在 m******u 的大作中提到】
: 自己表达可以拿到很多啊,且反复可用,合成可是是一次性的,如果用完了,课题还没
: 完成岂不是要double cost。自己表达,这重复再纯化一些,cost小很多啊。

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s*s
24
非也。大规模也是合成便宜,除非有特别结构的。
国内蛋白质合成也太便宜了。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 同意,如果要大规模的生产蛋白,还是用细菌表达便宜。
: 但是如果只是试验想法,还是合成来的简单。

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T*u
25
显然不是这样的。
Met-His/or other tag-Ub-your protein
表达出来之后用合适的DUB把Ub切掉
最后得到任何amino acid开头的多肽。
不许瞧不起学生物的。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

【在 m******u 的大作中提到】
: 一班搞生物的在给搞化学的解答。会问很傻的问题:为什么一个氨基酸都不能加,为什
: 么连Met都不能有?
: 还有:in vitro translation都没想到,真不像是搞生物的人在解答。
: 当然了,这个Met都不能有,只有合成了。连加tag再切除都不能保证:1)有合适切点
: ,2)能不出错。
: 体内表达的一般是会切除起始Met的,但 1)不能保证,也有没切除的;2)不能保证只
: 切除Met,也有多切一两个氨基酸的。
: LZ这么严格,我怀疑体外合成的产品能否保证均一!

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o*u
26
这有什么,完全不用水都可以。
用纯有机溶剂,完全无水的酶催化项目也有投产的。

【在 m******u 的大作中提到】
: 做化学的还只能用水(或含少量甲醇)来溶解蛋白,这一点也让搞生物的很恼怒,总觉
: 得在(体外的)水里蛋白能行吗?至少的有buffer,有甘油吧?!有平衡盐离子吧。

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o*u
27
这个和结构长度关系很大。
大蛋白一般是生物表达的便宜。一般的常用工业蛋白大宗报价是5-10美元一公斤。
小蛋白50aa以下是化学合成便宜。 大宗报价是100000美元一公斤。
中间长度的就看结构了。
100aa的是比较难搞的长度。说长不长,说短不短的。

【在 s******s 的大作中提到】
: 非也。大规模也是合成便宜,除非有特别结构的。
: 国内蛋白质合成也太便宜了。

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o*u
28
谨慎猜测你们是不是刚开始做de novo design?如果你们是业界大牛,请原谅我的唐突。
de novo design预测出来的结构,最后表达不出来的,或者折叠不了的,可以说是十有
八九。只是这样的nagative result是发不出来文章的,所以外行看了几篇N/S文章,会
有结构预测已经很成熟的错觉。比较稳妥的做法,还是要参考自然中已经存在的蛋白,
最好是结构已经测定的蛋白来做骨架,然后再通过计算修正。100aa的小蛋白或者长多
肽的折叠已经非常复杂,如果没有homologues,几乎不可能直接准确预测。
另外,de novo design很大程度是依靠统计意义的成功。一般要有上百个预测的结构,
然后在实验室做筛选。最终序列还要做上数轮的定向进化修正。只设计一个序列,然后
就运气好爆直接成功的,我是没见过。
如果有公司在1000美元提供高质量(>80%纯度)的100aa的多肽,我建议你们直接定,
这个价格非常便宜。如果你们想继续试生物表达,除了前面的建议外,你还可以试试
Profinity eXact purification kit.这个系统无需添加额外蛋白酶,加tag表达,提纯
后直接得到切割后的产物,没有额外的氨基酸。
最后,祝你好运。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 谢谢您的回复!!!
: 我们这个蛋白确实是稀奇古怪的,因为是我们全新设计的氨基酸序列,所以才不知道用
: 什么体系表达。。。
: 还有一个问题是,我们要native sequence的蛋白,不要任何的tag。。。还有我们要的
: 蛋白不是Met开始的。。。

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j*j
29
如果要试验很多氨基酸序列的话,每个序列$1000,也可以无视了。

project

【在 T**********t 的大作中提到】
: 100aa的多肽合成$1000的话不算贵了。普通的catalog可订的多肽,20aa左右的长度也
: 要两百多了。customized的多肽一般都比这个价要贵很多。
: 我有次问一个公司要了个quote,只有20个aa的多肽,但是要有Ubiquitination,所以
: 加起来也有将近100aa了吧。对方开价$5000多。老板直接就无视了,最后那个project
: 就没做。
:
: 少。

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j*j
30
impact kit 的确可以得到native sequence, 酶切位点可以是c-term,或n-term,酶切
效率和末端氨基酸有关。。。
见下面链接
https://www.neb.com/products/e6901-impact-kit

【在 e****s 的大作中提到】
: 好奇,专门研究了这个impact系统。不管怎样,都会有额外的氨基酸。
: 其实就是去除tag特别点。我如果理解得对,你的tag在c-term,那Met总在目标蛋白上吧
: 。你克要有额外的DNA 序列加内切位点吧?没法得到你说的native sequence啊。
: 不知道我理解得对不?
:
: 少。

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j*j
31
This is very helpful! Thanks so much!

peptide
last
p8070-

【在 M******g 的大作中提到】
: you can assemble a sequence like this: met-flag tag (DYKDDDDK)- your peptide
: . express it in a host like e. coli. Purify the flag-your peptide. you
: then use enterokinase to cut off flag tag and leave your peptide with no
: scar and no met, since enterokinase recognize DDDDK, and cut after the last
: K (you can find more information at NEB: https://www.neb.com/products/p8070-
: enterokinase-light-chain).
: hope this helps. good luck.

avatar
o*u
33
de novo design本来就是烧钱的东西。不然全世界也不会只有几个地方能做了。
如果你自己表达,基因合成的费用也是要那么多的。
我们一般一个蛋白设计的项目,前期基因设计/合成的的预算就要准备150000美元左右
,做大概一百个左右的设计。大学的实验室自己做可能比较吃力,但是商业项目的话,
这个只相当于一个人头一年的开支。考虑到节约的时间,还是很划算的。
当然,要是你们搞了什么逆天的牛算法出来,可以一次预测成功的,当我什么都没说,
我等着读你们的文章。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 如果要试验很多氨基酸序列的话,每个序列$1000,也可以无视了。
:
: project

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A*y
34
Clearly you are not a peptide chemist. Synthetic peptide limits are around
50 amino acid residues if you are lucky. Expression system is a lot better.

【在 s******s 的大作中提到】
: 非也。大规模也是合成便宜,除非有特别结构的。
: 国内蛋白质合成也太便宜了。

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j*j
35
你的猜测完全正确!!我们就是做de novo design的,不过不是什么大牛,但是有一定
的基础。你的评价很中肯,我完全同意你的观点!
de novo design的难点就是,你不知道你设计的氨基酸序列可不可以折叠成你设计的结
构(或者,我们根本就不知道,什么结构我们可以设计,或者说,给定一个结构,我们
不知道可不可能找到一个氨基酸序列),现在的大牛实验室(David Baker超级大牛)
发N/S,也要试很多序列,才能成功一次。完全同意,结构预测还远远没有成熟。不过
如果只是用同源蛋白,只改变几个氨基酸,可以改变蛋白质的性质。但是我们要做的是
设计全新的蛋白质结构(确实,这个目标太遥远了。。。)。
谢谢您的这些很好的建议!如果只是统计意义的成功,试很多序列才成功一次,其实我
们并没有找到规律。只有每个设计的序列都会成功,才是真正的科学规律。
十分感谢您提供的Profinity eXact purification kit的信息!对我们很有帮助。

突。

【在 o****u 的大作中提到】
: 谨慎猜测你们是不是刚开始做de novo design?如果你们是业界大牛,请原谅我的唐突。
: de novo design预测出来的结构,最后表达不出来的,或者折叠不了的,可以说是十有
: 八九。只是这样的nagative result是发不出来文章的,所以外行看了几篇N/S文章,会
: 有结构预测已经很成熟的错觉。比较稳妥的做法,还是要参考自然中已经存在的蛋白,
: 最好是结构已经测定的蛋白来做骨架,然后再通过计算修正。100aa的小蛋白或者长多
: 肽的折叠已经非常复杂,如果没有homologues,几乎不可能直接准确预测。
: 另外,de novo design很大程度是依靠统计意义的成功。一般要有上百个预测的结构,
: 然后在实验室做筛选。最终序列还要做上数轮的定向进化修正。只设计一个序列,然后
: 就运气好爆直接成功的,我是没见过。
: 如果有公司在1000美元提供高质量(>80%纯度)的100aa的多肽,我建议你们直接定,

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j*j
36
很同意你的观点,de novo design的关键部分是计算机的算法和我们对蛋白质折叠的认
识,如果我们能让计算方法更准确一些,de novo design就会变得不那么烧钱了,大家
就可以一起玩了。
好像David Baker在做公司,不知道这个方向商业上的做的怎么样了?希望大家能把这
个方向做大。

【在 o****u 的大作中提到】
: de novo design本来就是烧钱的东西。不然全世界也不会只有几个地方能做了。
: 如果你自己表达,基因合成的费用也是要那么多的。
: 我们一般一个蛋白设计的项目,前期基因设计/合成的的预算就要准备150000美元左右
: ,做大概一百个左右的设计。大学的实验室自己做可能比较吃力,但是商业项目的话,
: 这个只相当于一个人头一年的开支。考虑到节约的时间,还是很划算的。
: 当然,要是你们搞了什么逆天的牛算法出来,可以一次预测成功的,当我什么都没说,
: 我等着读你们的文章。

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s*s
37
你要考虑N-end rule,不然体内做的话会有问题的

【在 j*********j 的大作中提到】
: 谢谢您的回复!!!
: 我们这个蛋白确实是稀奇古怪的,因为是我们全新设计的氨基酸序列,所以才不知道用
: 什么体系表达。。。
: 还有一个问题是,我们要native sequence的蛋白,不要任何的tag。。。还有我们要的
: 蛋白不是Met开始的。。。

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s*y
38
其实我倒是想,你们能不能在表达的地方用不同序列做一个库,然后最后看哪个方法做
出来的能够成功折叠了成你们预测的构型?

【在 j*********j 的大作中提到】
: 你的猜测完全正确!!我们就是做de novo design的,不过不是什么大牛,但是有一定
: 的基础。你的评价很中肯,我完全同意你的观点!
: de novo design的难点就是,你不知道你设计的氨基酸序列可不可以折叠成你设计的结
: 构(或者,我们根本就不知道,什么结构我们可以设计,或者说,给定一个结构,我们
: 不知道可不可能找到一个氨基酸序列),现在的大牛实验室(David Baker超级大牛)
: 发N/S,也要试很多序列,才能成功一次。完全同意,结构预测还远远没有成熟。不过
: 如果只是用同源蛋白,只改变几个氨基酸,可以改变蛋白质的性质。但是我们要做的是
: 设计全新的蛋白质结构(确实,这个目标太遥远了。。。)。
: 谢谢您的这些很好的建议!如果只是统计意义的成功,试很多序列才成功一次,其实我
: 们并没有找到规律。只有每个设计的序列都会成功,才是真正的科学规律。

avatar
j*j
39
你的意思是不是,我们做一个蛋白质序列的库,然后用它做训练集,来建立或者测试新
的计算方法?
蛋白质结构数据库(PDB)就是一个很好的库,有90K+的蛋白质结构,我们可以充分利
用PDB里面的信息,来提高我们蛋白质结构预测和设计的精度。(虽然已经有很多人开
展了这方面的工作,但是PDB里面的隐藏信息还很多,而且PDB正在快速的增长)。

【在 s******y 的大作中提到】
: 其实我倒是想,你们能不能在表达的地方用不同序列做一个库,然后最后看哪个方法做
: 出来的能够成功折叠了成你们预测的构型?

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s*y
40
差不多,就是做一个de novo expression 的库,看看哪个能够成功的表达以及折叠。
因为不是每一个序列都能表达出来的。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 你的意思是不是,我们做一个蛋白质序列的库,然后用它做训练集,来建立或者测试新
: 的计算方法?
: 蛋白质结构数据库(PDB)就是一个很好的库,有90K+的蛋白质结构,我们可以充分利
: 用PDB里面的信息,来提高我们蛋白质结构预测和设计的精度。(虽然已经有很多人开
: 展了这方面的工作,但是PDB里面的隐藏信息还很多,而且PDB正在快速的增长)。

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o*u
41
现在预测的瓶颈不在算法,而是电脑科技发展速度太慢了,即使是大型的cluster也不
行。
我所知道的主流预测算法都是不含水的。包括rosetta都是完全不含水的干蛋白计算。
如果需要加入水分子的计算,现在的电脑运算速度还需要提高至少数千万倍(一个蛋白
含100个水分子,每个水分子按照XYZ轴每5度角的旋转计算一次能量)。
按照摩尔定律18个月速度提高一倍的速度,我退休之前是看不到那一天了。
我个人认为de novo design本身在可以预见的将来是没有什么商业价值的。但是从中衍
生出来的很多方法学是可以应用到实际工作中的。大致可以比喻为有机合成中的全合成
,本身没什么用,但是其中某些步骤可以应用到大规模化工生产中。

【在 j*********j 的大作中提到】
: 你的猜测完全正确!!我们就是做de novo design的,不过不是什么大牛,但是有一定
: 的基础。你的评价很中肯,我完全同意你的观点!
: de novo design的难点就是,你不知道你设计的氨基酸序列可不可以折叠成你设计的结
: 构(或者,我们根本就不知道,什么结构我们可以设计,或者说,给定一个结构,我们
: 不知道可不可能找到一个氨基酸序列),现在的大牛实验室(David Baker超级大牛)
: 发N/S,也要试很多序列,才能成功一次。完全同意,结构预测还远远没有成熟。不过
: 如果只是用同源蛋白,只改变几个氨基酸,可以改变蛋白质的性质。但是我们要做的是
: 设计全新的蛋白质结构(确实,这个目标太遥远了。。。)。
: 谢谢您的这些很好的建议!如果只是统计意义的成功,试很多序列才成功一次,其实我
: 们并没有找到规律。只有每个设计的序列都会成功,才是真正的科学规律。

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p*s
42
这问题在这个版上需要讨论这么久?在中国的CRO一个有经验的硕士生本科生分分钟搞
定。
加一个利于蛋白溶解的标签,然后中间加一个酶切位点,不残留氨
基酸。问题也许是蛋白会不会正确折叠,但总比纠结这种初级问题好...原谅我的措词
,哈哈

【在 j*********j 的大作中提到】
: This is very helpful! Thanks so much!
:
: peptide
: last
: p8070-

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p*s
43
100个氨基酸的多肽基本合成不出来...而且怎么保证结构正确呢,HPLC纯化的

突。

【在 o****u 的大作中提到】
: 谨慎猜测你们是不是刚开始做de novo design?如果你们是业界大牛,请原谅我的唐突。
: de novo design预测出来的结构,最后表达不出来的,或者折叠不了的,可以说是十有
: 八九。只是这样的nagative result是发不出来文章的,所以外行看了几篇N/S文章,会
: 有结构预测已经很成熟的错觉。比较稳妥的做法,还是要参考自然中已经存在的蛋白,
: 最好是结构已经测定的蛋白来做骨架,然后再通过计算修正。100aa的小蛋白或者长多
: 肽的折叠已经非常复杂,如果没有homologues,几乎不可能直接准确预测。
: 另外,de novo design很大程度是依靠统计意义的成功。一般要有上百个预测的结构,
: 然后在实验室做筛选。最终序列还要做上数轮的定向进化修正。只设计一个序列,然后
: 就运气好爆直接成功的,我是没见过。
: 如果有公司在1000美元提供高质量(>80%纯度)的100aa的多肽,我建议你们直接定,

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