请问有没有做蛋白结构modeling的# Biology - 生物学
s*9
1 楼
打算明天用这张卡来支付买新车的部分金额，大概3000美金，会不会被amex算为cash
advance？还是算普通的puchase？谢谢回答
advance？还是算普通的puchase？谢谢回答
y*e
2 楼
【 以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区 】
发信人: youbaoke (釒中 琪), 信区: SanFrancisco
标 题: 家被盗了，需要给保险公司打电话吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 18 21:09:28 2011, 美东)
警察刚走，给了一个CASE#，被盗了一些首饰和信用卡，这些保险公司会管吗？唉，越
来越没安全感了
发信人: youbaoke (釒中 琪), 信区: SanFrancisco
标 题: 家被盗了，需要给保险公司打电话吗？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 18 21:09:28 2011, 美东)
警察刚走，给了一个CASE#，被盗了一些首饰和信用卡，这些保险公司会管吗？唉，越
来越没安全感了
m*8
3 楼
到日子了
b*a
4 楼
我想试试蛋白 structural modeling。做 homology based modeling
39% sequence similarity
请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
量什么的
我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
果有经验的，希望推荐
谢谢
39% sequence similarity
请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
量什么的
我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
果有经验的，希望推荐
谢谢
c*d
5 楼
no, yes
【在 s********9 的大作中提到】
: 打算明天用这张卡来支付买新车的部分金额，大概3000美金，会不会被amex算为cash
: advance？还是算普通的puchase？谢谢回答
【在 s********9 的大作中提到】
: 打算明天用这张卡来支付买新车的部分金额，大概3000美金，会不会被amex算为cash
: advance？还是算普通的puchase？谢谢回答
a*o
6 楼
home insurance 回吧.
【在 y******e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区 】
: 发信人: youbaoke (釒中 琪), 信区: SanFrancisco
: 标 题: 家被盗了，需要给保险公司打电话吗？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 18 21:09:28 2011, 美东)
: 警察刚走，给了一个CASE#，被盗了一些首饰和信用卡，这些保险公司会管吗？唉，越
: 来越没安全感了
【在 y******e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 SanFrancisco 讨论区 】
: 发信人: youbaoke (釒中 琪), 信区: SanFrancisco
: 标 题: 家被盗了，需要给保险公司打电话吗？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 18 21:09:28 2011, 美东)
: 警察刚走，给了一个CASE#，被盗了一些首饰和信用卡，这些保险公司会管吗？唉，越
: 来越没安全感了
j*x
7 楼
1. 决定modeling质量的关键，是你的靶蛋白和pdb结构已知的模板蛋白的overall
sequence identity,而不是similarity。39%如果指identity而言应该来说还不错了值
得一试，但如果只是similarity的话，基本上就很难说可靠性了。
2.对于非academic lab，基本上不大可能绕过license的问题，不管是不是基于
modeller平台。如果只是粗略的分析，可以考虑SWISS-MODEL（Swiss Pdb-Viewer）或
者I-TASSER，都是“傻瓜”型的，至于能否得到你想要的结果，看你的造化了，呵呵。
【在 b****a 的大作中提到】
: 我想试试蛋白 structural modeling。做 homology based modeling
: 39% sequence similarity
: 请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
: 1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
: 2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
: learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
: 量什么的
: 我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
: academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
: 果有经验的，希望推荐
sequence identity,而不是similarity。39%如果指identity而言应该来说还不错了值
得一试，但如果只是similarity的话，基本上就很难说可靠性了。
2.对于非academic lab，基本上不大可能绕过license的问题，不管是不是基于
modeller平台。如果只是粗略的分析，可以考虑SWISS-MODEL（Swiss Pdb-Viewer）或
者I-TASSER，都是“傻瓜”型的，至于能否得到你想要的结果，看你的造化了，呵呵。
【在 b****a 的大作中提到】
: 我想试试蛋白 structural modeling。做 homology based modeling
: 39% sequence similarity
: 请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
: 1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
: 2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
: learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
: 量什么的
: 我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
: academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
: 果有经验的，希望推荐
b*a
8 楼
谢谢
39% identity
你说的很对，我仔细看了看，所有的PROGRAM OR ON LINE SERVER I-TASSER 都是 为
academic lab 好像都饶不过去license的问题
有公司比方Schrödinger，不知到质量比大家常用的如何
还有个问题请教， 我问了一下Schrödinger， 他们的软件可以做modeling。 但
是如果我的目的是设计 rational design mutations 来提高酶活力，好像这些也没有
什么直接的预计方法。 只是说你改变一个氨基酸，他帮你算出来，结构怎么变了，稳
定性怎么变了，也不是能直接给你功能的预测。实用性上到底如何操作？对于我没有很
多化学背景，即使看到结构，也很难预测序列和功能的联系。
【在 j****x 的大作中提到】
: 1. 决定modeling质量的关键，是你的靶蛋白和pdb结构已知的模板蛋白的overall
: sequence identity,而不是similarity。39%如果指identity而言应该来说还不错了值
: 得一试，但如果只是similarity的话，基本上就很难说可靠性了。
: 2.对于非academic lab，基本上不大可能绕过license的问题，不管是不是基于
: modeller平台。如果只是粗略的分析，可以考虑SWISS-MODEL（Swiss Pdb-Viewer）或
: 者I-TASSER，都是“傻瓜”型的，至于能否得到你想要的结果，看你的造化了，呵呵。
39% identity
你说的很对，我仔细看了看，所有的PROGRAM OR ON LINE SERVER I-TASSER 都是 为
academic lab 好像都饶不过去license的问题
有公司比方Schrödinger，不知到质量比大家常用的如何
还有个问题请教， 我问了一下Schrödinger， 他们的软件可以做modeling。 但
是如果我的目的是设计 rational design mutations 来提高酶活力，好像这些也没有
什么直接的预计方法。 只是说你改变一个氨基酸，他帮你算出来，结构怎么变了，稳
定性怎么变了，也不是能直接给你功能的预测。实用性上到底如何操作？对于我没有很
多化学背景，即使看到结构，也很难预测序列和功能的联系。
【在 j****x 的大作中提到】
: 1. 决定modeling质量的关键，是你的靶蛋白和pdb结构已知的模板蛋白的overall
: sequence identity,而不是similarity。39%如果指identity而言应该来说还不错了值
: 得一试，但如果只是similarity的话，基本上就很难说可靠性了。
: 2.对于非academic lab，基本上不大可能绕过license的问题，不管是不是基于
: modeller平台。如果只是粗略的分析，可以考虑SWISS-MODEL（Swiss Pdb-Viewer）或
: 者I-TASSER，都是“傻瓜”型的，至于能否得到你想要的结果，看你的造化了，呵呵。
f*e
9 楼
39% 的 sequence identity 可靠度一般還不錯。如果 alignment 不搞爛的話
backbone 基本搞定， loop 可能比較差，sidechain 可能要 refine。如果能找到多於
一個 template，alignment 就不會太爛。
用 modeller 不難，就是個 python 模塊而已。學一下以後轉行也快。
前 modeller 開發者上
【在 b****a 的大作中提到】
: 我想试试蛋白 structural modeling。做 homology based modeling
: 39% sequence similarity
: 请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
: 1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
: 2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
: learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
: 量什么的
: 我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
: academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
: 果有经验的，希望推荐
backbone 基本搞定， loop 可能比較差，sidechain 可能要 refine。如果能找到多於
一個 template，alignment 就不會太爛。
用 modeller 不難，就是個 python 模塊而已。學一下以後轉行也快。
前 modeller 開發者上
【在 b****a 的大作中提到】
: 我想试试蛋白 structural modeling。做 homology based modeling
: 39% sequence similarity
: 请问有这方面的经验的师兄师姐师弟师妹：
: 1， 39％ sequence similarity 做结构 modeling ，可靠度如何？
: 2 ，就是想做个model 看看，预测几个residue 做做突变试试看。 最适合我入门，
: learning curve 小的方法是什么。 我没有物理／编程／数学背景，做不来计算最低能
: 量什么的
: 我一个朋友推荐 modeller, 然后用pymol 看。 modeller 好像要用编程语言，我不是
: academic lab ,购买／安装也要麻烦。 我看网上也有其他类似modeller 的平台。 如
: 果有经验的，希望推荐
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