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请教降解的RNA还能作出比较有效的测序结果吗?
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请教降解的RNA还能作出比较有效的测序结果吗?# Biology - 生物学
n*t
1
Onedrive
Dropbox
Google Drive?
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b*l
2
不好揣,不好拿,太耗电。理想状态是小手机大屏幕低功耗。可能技术上障碍太多。
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y*u
3
用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题,在好
不容易凑足了DNA后送出测序,结果回馈说RNA降解了,而DNA浓度和我们测出的浓度相
差100倍。惊呆了。
1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次,不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
来的差100倍???
2.RNA我后来把剩下的跑了胶,发现的确降解。现在又得到新的组织再提,还是发现有
降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
本据说是病人手术切下之后一直低温保存,有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
TRIZOL里运来,第二次是直接运组织,我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比,看是否我的实验有问题?还是标本已
经降解的了。请问细胞提出的RNA对于组织RNA是否有参考性?
如果标本有问题,我现在提出的已经降解的RNA是否也能进行测序呢?效果如何?
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n*t
4
Amazon drive is only $60 for unlimited space?
geez, this is good.
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p*e
5
以后要翻盖屏幕

【在 b**l 的大作中提到】
: 不好揣,不好拿,太耗电。理想状态是小手机大屏幕低功耗。可能技术上障碍太多。
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z*q
6
我有些做小鼠组织的经验。如果组织取出来切成小块立刻放液氮速冻的话可以放很久都
没事,但如果放TRIZOL里冻着会相对容易降解因为RNA被释放出来了。还有RNAlater我
也用过很好用但组织还是要切小块否则溶液很难渗进去。
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n*t
7
I will go with Onedrive
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s*1
8
理想是屏幕能够折叠变小,摊开时候可以选择大小,而且平面衔接处无痕~~~
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x*d
9
1.测序公司一般用Bioanalyzer测DNA的质量和浓度;所以会和Nanodrop有差别。
2.snap frozen的组织提RNA推荐RNA-Later ICE。
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x*r
10
Top two are good.
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w*t
11
嗯,是发展方向。

【在 s********1 的大作中提到】
: 理想是屏幕能够折叠变小,摊开时候可以选择大小,而且平面衔接处无痕~~~
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l*e
12
这是个有意思的问题.
RNA反转录以后, 建library以前, 是必须超声打碎到150-300bp的小片段
所以,理论上说,部分降解的RNA是完全不影响测序的.
但是实际中应该有些细节要考虑,比如不能用oligo dt反转录或者polyA enrichment.
因为这样做出来的library会丢失所有没有polyA的片断.
市面上有用random primer建库的kit (比如Nugen). 因为是病人样本, 只要不是完全降
解, 值得尝试.

【在 y*****u 的大作中提到】
: 用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题,在好
: 不容易凑足了DNA后送出测序,结果回馈说RNA降解了,而DNA浓度和我们测出的浓度相
: 差100倍。惊呆了。
: 1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次,不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
: 来的差100倍???
: 2.RNA我后来把剩下的跑了胶,发现的确降解。现在又得到新的组织再提,还是发现有
: 降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
: 本据说是病人手术切下之后一直低温保存,有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
: TRIZOL里运来,第二次是直接运组织,我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
: 我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比,看是否我的实验有问题?还是标本已

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s*3
13
风水轮流转
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y*3
16
1,差100倍不太正常哦,如果不是测序公司稀释了,建议送到第三方去检查下。
2,如果降解的不太厉害,用去rRNA的方法还是可以建出很不错的library的。
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s*y
17
现在旗舰机都太大了,好东西都不往小机型上放
我就想要N9那样的机器
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f*a
18
我以前有一次本来自己用bioanalyzer测得perfect的sample,送测序公司就降解了,也有
可能是运输或者测序公司操作不当.
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w*t
19
嗯,注意价格,尤其是新出炉的旗舰的价格。

【在 s******y 的大作中提到】
: 现在旗舰机都太大了,好东西都不往小机型上放
: 我就想要N9那样的机器

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c*z
20
是的,公司多数用Qubit测浓度,可以比nanodrop低一半,但是100倍的话,估计是进了
rnase....
我觉得lz的东西是被降解了,新鲜组织rna质量不会太差的
illumina在aacr present了 fixed tissue RNA seq, 只要QC出来80%的RNA大于200nt就
可以

【在 x*****d 的大作中提到】
: 1.测序公司一般用Bioanalyzer测DNA的质量和浓度;所以会和Nanodrop有差别。
: 2.snap frozen的组织提RNA推荐RNA-Later ICE。

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G*g
21
这个很小了, 可以给孩子带着。
目前还有更小的android手机,大概2cm见方, 象一个钮扣那样大小,不过都是概念机
, 大概几年后才能成型吧。

【在 t*******y 的大作中提到】
: http://www.amazon.com/Motorola-Flipout-Unlocked-Quad-Band-Bluet
: 这个小,符合楼主需要

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a*a
22
不同组织rna的稳定性不同,胰腺就非常难抽。

【在 y*****u 的大作中提到】
: 用TRIZOL同时提临床得来的病人组织的RNA和DNA.之前一直觉得RNA很稳定没问题,在好
: 不容易凑足了DNA后送出测序,结果回馈说RNA降解了,而DNA浓度和我们测出的浓度相
: 差100倍。惊呆了。
: 1. DNA浓度我是用NANODROP测了好几次,不明白为啥测序公司测出来的数值会和我测出
: 来的差100倍???
: 2.RNA我后来把剩下的跑了胶,发现的确降解。现在又得到新的组织再提,还是发现有
: 降解情况。我以前都是做现杀的老鼠组织提RNA,手法我也一直没问题。这个新的临床标
: 本据说是病人手术切下之后一直低温保存,有实验需要就用干冰运来。第一次是保存在
: TRIZOL里运来,第二次是直接运组织,我用液态氮碾碎了。但是都提出了降解的RNA.
: 我现在打算用细胞用同样的手法提RNA作为对比,看是否我的实验有问题?还是标本已

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