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大家说说生物学里面比较重要又热门的大坑吧

大家说说生物学里面比较重要又热门的大坑吧# Biology - 生物学

S*a2014-10-19 07:10

1 楼

我是F1学生，现在在校外做暑期intern，老板想让我在原来期限后再延期多工作两三周
。问题是学校在那时候已经开学了。打电话问OIS，一个人说绝对不可以，另一个人却
说只要系里同意就没有问题（不过她似乎没有完全明白我的状态）。我本人是想同意延
期，觉得多intern几个星期，对以后找工作会有些帮助，可又担心这样会出现status
violation，因为毕竟拿着F1签证。
不知有经验的朋友能否帮忙解答下困惑？

V*t2014-10-19 07:10

2 楼

老是在CNS上出现，大家都关注的，问题重要又比较新，还有很多问题待解决的。
我先抛砖引玉。比如 mTOR信号通路，PTEN的修饰，DNA demethylation与TET protein
，CRISPR／Cas9等等
都说说啊，说具体一点。

m*42014-10-19 07:10

3 楼

看CPT到期日

s*y2014-10-19 07:10

4 楼

别的我不知道，mTOR 以及PTEN我是已经看吐了。而且这两个通道对细胞的生理状态非
常敏感，对这两个蛋白本身的浓度也敏感，但是很多相关文章并没有注意让他们的实验
对此进行normalization, 所以不同组的文章做出来那是一个五花八门各说各话。

protein

【在 V******t 的大作中提到】

: 老是在CNS上出现，大家都关注的，问题重要又比较新，还有很多问题待解决的。
: 我先抛砖引玉。比如 mTOR信号通路，PTEN的修饰，DNA demethylation与TET protein
: ，CRISPR／Cas9等等
: 都说说啊，说具体一点。

m*g2014-10-19 07:10

5 楼

mTOR 通道的影响太大了,不同的部位不同的结果.sunnyday老师有什么方法来精确测定
这两个蛋白本身的浓度?谢谢.

V*t2014-10-19 07:10

6 楼

胖老师说说，其他的有趣又热门的领域呀。 genome editing 是一个工具当前大热是
个实验室都要用到
还有呢非工具的
信号通路里面 Hippo怎样？
免疫里面 Th17（？）啦，inflammasome啦 PD1？

【在 s******y 的大作中提到】

: 别的我不知道，mTOR 以及PTEN我是已经看吐了。而且这两个通道对细胞的生理状态非
: 常敏感，对这两个蛋白本身的浓度也敏感，但是很多相关文章并没有注意让他们的实验
: 对此进行normalization, 所以不同组的文章做出来那是一个五花八门各说各话。
:
: protein

s*y2014-10-19 07:10

7 楼

我这个其实是感慨有些实验室用over expression 的方法来做实验。
对于测浓度。一般的场合Western blot 就够了。对于location specific issue, 如果
不怕麻烦的话是可以用quantitive fluorescence (需要事先calibrate laser source)
.

【在 m***g 的大作中提到】

: mTOR 通道的影响太大了,不同的部位不同的结果.sunnyday老师有什么方法来精确测定
: 这两个蛋白本身的浓度?谢谢.

s*y2014-10-19 07:10

8 楼

Hippo 很有趣。不过实话说我对这些具体的通道是一知半解，所以我就不敢乱说那个重
要了。
而且我得感觉是，如果你现在是研究生得话，最好不要追当前得热点，因为等你读完研
究生做完博士后之后，那个热点领域会正好进入大浪淘沙的阶段。我觉得最好找一个
目前还不热但是很重要的方向。
我个人觉得，从大方向上来看，这几个方向是目前很重要但是研究得比较少也比较不清
楚的领域。
1. Contact inhibition （hippo is part of this topic)
2. force-induced protein conformation and function change
3. Post translational modification
4. Cotranslational process
5. Limited proteolysis as a signal pathway
6. Non-label single molecule study as a tool

【在 V******t 的大作中提到】

: 胖老师说说，其他的有趣又热门的领域呀。 genome editing 是一个工具当前大热是
: 个实验室都要用到
: 还有呢非工具的
: 信号通路里面 Hippo怎样？
: 免疫里面 Th17（？）啦，inflammasome啦 PD1？

m*g2014-10-19 07:10

9 楼

quantitive fluorescence的敏感度和误差大概是多少?谢谢.

s*y2014-10-19 07:10

10 楼

Quantitative fluorescent microscopy 在理论上可以做到单分子的敏感度。在实践上
取决于你的系统。
一般而言，在我们自己的实验室里，可以做到比western blot 最敏感的kit 高10到100
倍的敏感度。但是如果蛋白浓度过高反而就不如wb 的线性好。
我们的误差在30%左右。
不过我得先声明，对于做荧光显微我们是三脚猫，专业人士做的精度应该比我们高。
荧光定量必须有参照样本来纠正系统，而且要尽量避免auto fluorescence 的影响。一
个比较好用的经验就是尽量不要用绿色和黄色的光谱来定量，因为大部分auto
fluorescence 是绿色和黄色的。还有一个就是尽量避免bleaching,如果有可能的话，
把你要定量的区域先用其他颜色的蛋白来定位和挑焦距，然后转到你要测量的光谱
直接咔嚓一下，然后直接转到其他没有被照过的地方继续。
如果要测绝对浓度的话，需要用可调强度的激光源。

【在 m***g 的大作中提到】

: quantitive fluorescence的敏感度和误差大概是多少?谢谢.

V*t2014-10-19 07:10

11 楼

线粒体和代谢是不是也很热门
不是要寻找课题而是想知道当前什么最好玩最热最潮

【在 s******y 的大作中提到】

: Hippo 很有趣。不过实话说我对这些具体的通道是一知半解，所以我就不敢乱说那个重
: 要了。
: 而且我得感觉是，如果你现在是研究生得话，最好不要追当前得热点，因为等你读完研
: 究生做完博士后之后，那个热点领域会正好进入大浪淘沙的阶段。我觉得最好找一个
: 目前还不热但是很重要的方向。
: 我个人觉得，从大方向上来看，这几个方向是目前很重要但是研究得比较少也比较不清
: 楚的领域。
: 1. Contact inhibition （hippo is part of this topic)
: 2. force-induced protein conformation and function change
: 3. Post translational modification

s*y2014-10-19 07:10

12 楼

这两个领域需要从新角度入手才行。老套的那几个比方说呼吸链和膜电位被人反复炒成渣
了。
线粒体本身的衰老化是一个不错的入手角度。不是说细胞的衰老，而是线粒体的衰老。
这个概念一直都有，但是因为工具的限制，一直都不是很清楚。
在这个角度而言mitophagy 是一个比较不清楚的概念而且是值得澄清的题材。不过这个
领域
里面的大牛势力太大，而且大牛们的文章胡扯八道的很多，不是一个友好的领域。除非
本身
老板在此也是大牛，否则很容易死得很难看。

【在 V******t 的大作中提到】

: 线粒体和代谢是不是也很热门
: 不是要寻找课题而是想知道当前什么最好玩最热最潮

G*e2014-10-19 07:10

13 楼

昨晚上睡觉还在想类似的问题
在想怎么把不同的线粒体，老的小的，多的少的，放进同样的细胞进行比较
没想出来就睡着了

成渣

【在 s******y 的大作中提到】

: 这两个领域需要从新角度入手才行。老套的那几个比方说呼吸链和膜电位被人反复炒成渣
: 了。
: 线粒体本身的衰老化是一个不错的入手角度。不是说细胞的衰老，而是线粒体的衰老。
: 这个概念一直都有，但是因为工具的限制，一直都不是很清楚。
: 在这个角度而言mitophagy 是一个比较不清楚的概念而且是值得澄清的题材。不过这个
: 领域
: 里面的大牛势力太大，而且大牛们的文章胡扯八道的很多，不是一个友好的领域。除非
: 本身
: 老板在此也是大牛，否则很容易死得很难看。

s*y2014-10-19 07:10

14 楼

哈哈，我前一阵子也正好在想这个问题。
方法其实是有的，就是对细胞扰动太大，本底噪音会非常大，做出来的结果不一定可靠。

【在 G********e 的大作中提到】

: 昨晚上睡觉还在想类似的问题
: 在想怎么把不同的线粒体，老的小的，多的少的，放进同样的细胞进行比较
: 没想出来就睡着了
:
: 成渣

G*e2014-10-19 07:10

15 楼

我觉得线粒体确实是比较有意思的
ATP工厂，还自身带DNA，就有很多问题可以问了

靠。

【在 s******y 的大作中提到】

: 哈哈，我前一阵子也正好在想这个问题。
: 方法其实是有的，就是对细胞扰动太大，本底噪音会非常大，做出来的结果不一定可靠。

h*s2014-10-19 07:10

16 楼

跟计算机，化学结合的各种omics，ome，system biology算吗，虽然，我也觉得没什么
用处，但是我们自己做的还非常起劲的。

【在 s******y 的大作中提到】

a*o2014-10-19 07:10

17 楼

说的太对了。
尤其是PD 和mitophagy放一起，一堆神经病等着给你挑错呢。。。

成渣

【在 s******y 的大作中提到】

e*s2014-10-19 07:10

18 楼

膜拜下胖老师，
我去年找工作的Research plan里面，胖老师这6个方向我列了2个半作为我未来的研究
方向。

【在 s******y 的大作中提到】

Z*g2014-10-19 07:10

19 楼

circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer)
stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。

V*t2014-10-19 07:10

20 楼

对 enhancer绝对是热门 IDH也热门
histone modifier过气了吧？
求问为啥wnt 和 hedgehog signaling 依然重要？不是已经研究得很清楚的pathway了咩

【在 Z**********g 的大作中提到】

: circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer)
: stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。

c*02014-10-19 07:10

21 楼

Super-resolution label-free imaging.
Epigenetic manipulation and therapy.

t*w2014-10-19 07:10

22 楼

说来说去基本上还是分子层面的东西皓首穷经也做不完。
个人觉得生物学的大趋势是往组织器官层面转移，从而进一步跟医学接轨。脱离具体的
组织器官环境来研究孤立的分子层面的问题意义不是太大。

s*e2014-10-19 07:10

23 楼

我也请教一下：
Hippo里哪些蛋白你觉得是受力调控的？Yap1在cell-cell junction上是结合在Caherin
上还是结合在alpha/beta-catenin, p120等蛋白上？Yap1直接或者间接链接在
cytoskeleton上吗？

【在 s******y 的大作中提到】

n*w2014-10-19 07:10

24 楼

👍

【在 t****w 的大作中提到】

: 说来说去基本上还是分子层面的东西皓首穷经也做不完。
: 个人觉得生物学的大趋势是往组织器官层面转移，从而进一步跟医学接轨。脱离具体的
: 组织器官环境来研究孤立的分子层面的问题意义不是太大。

m*e2014-10-19 07:10

25 楼

干细胞？真希望不要坑了。和当年基因治疗一样提出新的方法，感觉比基因治疗的概念
要靠谱很多，但是好像也还没有成气候。

【在 t****w 的大作中提到】

C*h2014-10-19 07:10

26 楼

脱离了科学问题谈这些，意义不太大

protein

【在 V******t 的大作中提到】

G*e2014-10-19 07:10

27 楼

干细胞只是其中一个
我也同意组织器官水平上挖坑，老坑变新坑

【在 m*****e 的大作中提到】

: 干细胞？真希望不要坑了。和当年基因治疗一样提出新的方法，感觉比基因治疗的概念
: 要靠谱很多，但是好像也还没有成气候。

e*s2014-10-19 07:10

28 楼

有一些说过了。
做分子有时候是越简单越好，特别要做结构和机理的话。很多机制问题，就得在极端条
件下才能搞清楚。肯定不是什么东西都要放在组织动物水平做的。

【在 t****w 的大作中提到】

j*12014-10-19 07:10

29 楼

短期ebola，长期HIV-1 Vaccine，GBM drug，这两个是对人类智慧的挑战，其它都是垃
圾。

A*y2014-10-19 07:10

30 楼

Yes, histone modification is old hat. However, lysine modifications just
beginning on several key regulatory pathways (hint: not acetylation nor
methylation).

了咩

【在 V******t 的大作中提到】

: 对 enhancer绝对是热门 IDH也热门
: histone modifier过气了吧？
: 求问为啥wnt 和 hedgehog signaling 依然重要？不是已经研究得很清楚的pathway了咩

a*t2014-10-19 07:10

31 楼

围观史前ID

Caherin

【在 s***e 的大作中提到】

: 我也请教一下：
: Hippo里哪些蛋白你觉得是受力调控的？Yap1在cell-cell junction上是结合在Caherin
: 上还是结合在alpha/beta-catenin, p120等蛋白上？Yap1直接或者间接链接在
: cytoskeleton上吗？

Z*g2014-10-19 07:10

32 楼

（仅限于对cancer的了解）histone modification/mutation/variant在cancer领域还
是很热的吧。Wnt仍然是热点信号通路，还有很多方面没有研究清楚，比如Wnt的细胞外
delivery和b-catenin转运，很容易上CNS的哦。

了咩

【在 V******t 的大作中提到】

: 对 enhancer绝对是热门 IDH也热门
: histone modifier过气了吧？
: 求问为啥wnt 和 hedgehog signaling 依然重要？不是已经研究得很清楚的pathway了咩

m*e2014-10-19 07:10

33 楼

你做免疫的？

【在 j******1 的大作中提到】

: 短期ebola，长期HIV-1 Vaccine，GBM drug，这两个是对人类智慧的挑战，其它都是垃
: 圾。

q*g2014-10-19 07:10

34 楼

没办法啊。经常是做了knockdown,然后审稿人问overexpress会怎样，不得不做。

source)

【在 s******y 的大作中提到】

: 我这个其实是感慨有些实验室用over expression 的方法来做实验。
: 对于测浓度。一般的场合Western blot 就够了。对于location specific issue, 如果
: 不怕麻烦的话是可以用quantitive fluorescence (需要事先calibrate laser source)
: .

q*g2014-10-19 07:10

35 楼

intron retention
idh mutation已经做的差不多了吧？

【在 Z**********g 的大作中提到】

: circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer)
: stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。

s*y2014-10-19 07:10

36 楼

倒，你问得太具体了。你问的这些问题我一个也不敢回答。
具体到Yap1 上，现在的文章说是结合到alpha-catenin。我的直觉是这个东西应该是一
个动态结合的过程，可能是类似于microtubule instability 来反复对膜以及其他膜内
环境进行测量的那个动态过程，而不会是乖乖的一直挂在某一个东西上。

Caherin

【在 s***e 的大作中提到】

s*e2014-10-19 07:10

37 楼

如果YAP1是链接在alpha-catenin上，那应该受力调控吧。alpha-catenin有actin
binding domain. 几个皮牛就能把alpha-catenin的alpha-helice bundle解开。比如5
个皮牛的力就能把vinculin结合到alpha-catenin的affinity 增加100-1000倍。而5 pN
也就是一两个myosin能产生的力。

【在 s******y 的大作中提到】

: 倒，你问得太具体了。你问的这些问题我一个也不敢回答。
: 具体到Yap1 上，现在的文章说是结合到alpha-catenin。我的直觉是这个东西应该是一
: 个动态结合的过程，可能是类似于microtubule instability 来反复对膜以及其他膜内
: 环境进行测量的那个动态过程，而不会是乖乖的一直挂在某一个东西上。
:
: Caherin

s*y2014-10-19 07:10

38 楼

alpha catenin 的折叠这么弱啊。
这我还真的不知道呢。

5
pN

【在 s***e 的大作中提到】

: 如果YAP1是链接在alpha-catenin上，那应该受力调控吧。alpha-catenin有actin
: binding domain. 几个皮牛就能把alpha-catenin的alpha-helice bundle解开。比如5
: 个皮牛的力就能把vinculin结合到alpha-catenin的affinity 增加100-1000倍。而5 pN
: 也就是一两个myosin能产生的力。

z*62014-10-19 07:10

39 楼

我补充两个：肠道菌群和生物钟在各种动物模型中的影响

s*e2014-10-19 07:10

40 楼

5 pN是打开含有vinculin head domain binding site的 central modulation domain
in alpha-catenin. 其它domains稳定些，不过也只需要10-30 pN就能几秒钟内打开。
talin所有domain都能在<30 pN下几秒打开。在成熟的focal adhesion里，单根
integrin上的力> 40 pN. 我估计在cell-cell junction, 单根E-cadherin linkage上
受力也小不到哪里去。看起来力的因素是不能忽视的。动不动就改变binding affinity
成百上千倍。

【在 s******y 的大作中提到】

: alpha catenin 的折叠这么弱啊。
: 这我还真的不知道呢。
:
: 5
: pN

s*y2014-10-19 07:10

41 楼

做微观生物力学的一个大问题就是工具不好弄。
所以一直是一个近于未知的领域。

domain
affinity

【在 s***e 的大作中提到】

: 5 pN是打开含有vinculin head domain binding site的 central modulation domain
: in alpha-catenin. 其它domains稳定些，不过也只需要10-30 pN就能几秒钟内打开。
: talin所有domain都能在<30 pN下几秒打开。在成熟的focal adhesion里，单根
: integrin上的力> 40 pN. 我估计在cell-cell junction, 单根E-cadherin linkage上
: 受力也小不到哪里去。看起来力的因素是不能忽视的。动不动就改变binding affinity
: 成百上千倍。

s*e2014-10-19 07:10

42 楼

In vivo不知道该怎么做。In vitro这几年工具是已经发展好了。以前力谱研究都是靠
AFM。这个工具力学精度不高。最麻烦的是热漂移太快，所以实验时间尺度很短，不方
便研究复杂蛋白稳定性和相互作用。光镊好很多，不过时间尺度也有限。我觉得这方面
研究最趁手的是磁镊。作十几个小时都能保持纳米精度稳定性。

【在 s******y 的大作中提到】

: 做微观生物力学的一个大问题就是工具不好弄。
: 所以一直是一个近于未知的领域。
:
: domain
: affinity

t*w2014-10-19 07:10

43 楼

结构和分子机理最好根本不要在活细胞里边做，直接在试管里构建一套反应系统最能说
明问题
不过个人觉得分子机理方面基本的东西已经差不多了，big question回答完之后剩下大
都是边边角角修修补补的工作，整个生物学界有5～10％的人去搞差不多够了。而现在
的情况是50％以上的人还在搞这些边角料————当然有时候也是受限于多年的学术背
景，方向不是说转就转得了的。

【在 e****s 的大作中提到】

: 有一些说过了。
: 做分子有时候是越简单越好，特别要做结构和机理的话。很多机制问题，就得在极端条
: 件下才能搞清楚。肯定不是什么东西都要放在组织动物水平做的。

t*w2014-10-19 07:10

44 楼

应该说整个细胞治疗领域都还是大有可为的，干细胞（成体的或者胚胎的）是其中最重
要的一块，还有免疫细胞的应用感觉也挺有戏的。
单纯的基因治疗之所以失败，还是因为没有办法靶向细胞。把基因改造和细胞治疗结合
起来应该大有希望。

【在 m*****e 的大作中提到】

: 干细胞？真希望不要坑了。和当年基因治疗一样提出新的方法，感觉比基因治疗的概念
: 要靠谱很多，但是好像也还没有成气候。

r*k2014-10-19 07:10

45 楼

是呀最近还除了pten long。小弟被老板呵斥开始做实验室的主方向PTEN。。。。。
要吐了。。

【在 s******y 的大作中提到】

r*k2014-10-19 07:10

46 楼

感觉IDH确实没啥好做的了大家文章都大同小异。。

【在 Z**********g 的大作中提到】

: circular RNA/lncRNA;super enhancer;各种histone modifiers;Wnt in (cancer)
: stem cells;IDH in (cancer) metabolism;hedgehog signaling等。