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GWAS测复杂疾病，测上一万人，靠谱不？

GWAS测复杂疾病，测上一万人，靠谱不？# Biology - 生物学

X*72014-11-25 08:11

1 楼

原料：
淡奶油250ml/黄油45g/细砂糖200g
做法：
淡奶油放入中火微波炉加热2分钟至温热后
保温备用
不粘奶锅放入全部细砂糖
大火加热
至砂糖开始融化用硅胶刮刀轻微搅拌帮助砂糖均匀受热
至糖完全溶解颜色变浅黄时
转中小火
小心加入切成小块的黄油
至黄油全部融化混合物呈焦糖色
关火
慢慢加入准备好的温热的淡奶油
（小心蒸汽烫手）
刮刀搅匀后乘热倒入消毒好的玻璃容器
室温放凉后入冰箱保存

r*e2014-11-25 08:11

2 楼

把大象吹成这样

e*o2014-11-25 08:11

3 楼

一直觉得GWAS的数据重复性不是很好，现在准备和朋友做一个传染疾病的易感基因分析
。如果测上一万个样本，不知道数据是否能有真正借鉴意义，而不是忽悠文章。另外，
一般大家测几倍基因组啊？2倍应该够了吧，比芯片好些吧？谢谢！

s*s2014-11-25 08:11

4 楼

"另外，一般大家测几倍基因组啊？2倍应该够了吧，比芯片好些吧？"
这是啥意思？你是打算NGS测2x然后call genotype？你背景是做啥的？

【在 e***o 的大作中提到】

: 一直觉得GWAS的数据重复性不是很好，现在准备和朋友做一个传染疾病的易感基因分析
: 。如果测上一万个样本，不知道数据是否能有真正借鉴意义，而不是忽悠文章。另外，
: 一般大家测几倍基因组啊？2倍应该够了吧，比芯片好些吧？谢谢！

F*p2014-11-25 08:11

5 楼

多数是灌水用的。

b*r2014-11-25 08:11

6 楼

问这种超级贵课题的人竟然问的这么不明不白的，太可怕了，这钱是不是要打水漂了

i*i2014-11-25 08:11

7 楼

“一般大家测几倍基因组啊？2倍应该够了吧”
WES至少30x，50x-100x比较可靠。
你没有足够的coverage怎么知道variation是真的SNP还是sequencing error？

v*e2014-11-25 08:11

8 楼

还不如用chip呢。对了，其实最省钱的办法是去读paper，一般的疾病都有人做过了。

i*i2014-11-25 08:11

9 楼

chip不能测novel variant。

z*n2014-11-25 08:11

10 楼

传染病和基因有个球关系，霍霍

【在 e***o 的大作中提到】

e*o2014-11-25 08:11

11 楼

谢谢各位的回复。首先我不是做GWAS，我只是酝酿这个大项目里N多个人中的一员。这
个项目要做的话，肯定会有千人计划档次的专家负责遗传分析这一块。没有谁“人傻钱
多”到这个地步来打水漂。花几百万买一篇文章（虽然有人也干这种事）。这个项目还
在酝酿之中，所以想问问。咨询一下。从各个角度做一些风险评估。
关于这个传染病的易感基因和遗传，相关论文研究较多，已经有比较明确的结论，先暂
不讨论。
开始也想过用CHIP，但是觉得既然花了大力气收集样本，不如一次性做好一些。为后续
工作，建立大量更细节的数据。
关于测序倍数，相信X10没出来以前，测几大千病人的，没有多少干测50X，100X的吧。
GWAS也有人做0.1X测序的，目的主要是找相关位点。当然测序深度越高越好，但是，往
后的深度，收益低，性价比不高。
文章正在恶补，但是同时也很想听听大家的讨论。多多益善。因为文章，很多时候报喜
不报忧。确实不是这一行的，真心求教，谢谢！

s*r2014-11-25 08:11

12 楼

gwas有多少用先不去说，能做一下老中的population还是挺好的，白种人里弄出来的一
堆位点谁知道在亚洲人里是不是有用

【在 e***o 的大作中提到】

: 谢谢各位的回复。首先我不是做GWAS，我只是酝酿这个大项目里N多个人中的一员。这
: 个项目要做的话，肯定会有千人计划档次的专家负责遗传分析这一块。没有谁“人傻钱
: 多”到这个地步来打水漂。花几百万买一篇文章（虽然有人也干这种事）。这个项目还
: 在酝酿之中，所以想问问。咨询一下。从各个角度做一些风险评估。
: 关于这个传染病的易感基因和遗传，相关论文研究较多，已经有比较明确的结论，先暂
: 不讨论。
: 开始也想过用CHIP，但是觉得既然花了大力气收集样本，不如一次性做好一些。为后续
: 工作，建立大量更细节的数据。
: 关于测序倍数，相信X10没出来以前，测几大千病人的，没有多少干测50X，100X的吧。
: GWAS也有人做0.1X测序的，目的主要是找相关位点。当然测序深度越高越好，但是，往

c*o2014-11-25 08:11

13 楼

Some company in China do 50x

【在 s******r 的大作中提到】

: gwas有多少用先不去说，能做一下老中的population还是挺好的，白种人里弄出来的一
: 堆位点谁知道在亚洲人里是不是有用

i*i2014-11-25 08:11

14 楼

"GWAS也有人做0.1X测序的，目的主要是找相关位点。"
这里coverage指的对特定基因位点的coverage。你library是selected但是用整个
genome的长度去normalize coverage是不对的。我说的50x，是指对某个位点来说，这
个位点至少被sequence 50次以上。
“当然测序深度越高越好，但是，往后的深度，收益低，性价比不高。”
看你的目的是什么，RNA-seq找expression和你做的DNA-seq找SNP是不一样的。RNA-seq
确实不需要50x，但是要找variant的话50x是推荐的

w*y2014-11-25 08:11

15 楼

这个看你想找的variant的frequency的，只要你不是找非常低的rare variant，一般来
说，2-4X覆盖基本上够了，测序完之后，做imputation，应该可以找到绝大部分的
variant。

【在 e***o 的大作中提到】

i*i2014-11-25 08:11

16 楼

"这个看你想找的variant的frequency的，只要你不是找非常低的rare variant，一般来
说，2-4X覆盖基本上够了"
这个跟variant frequency有什么关系？一个sequenceing run就是一个个体的。

s*l2014-11-25 08:11

17 楼

somatic mutation
不过楼上也许不是指体细胞突变

般来

【在 i*******i 的大作中提到】

: "这个看你想找的variant的frequency的，只要你不是找非常低的rare variant，一般来
: 说，2-4X覆盖基本上够了"
: 这个跟variant frequency有什么关系？一个sequenceing run就是一个个体的。

i*i2014-11-25 08:11

18 楼

"一直觉得GWAS的数据重复性不是很好，现在准备和朋友做一个传染疾病的易感基因分析
。如果测上一万个样本，不知道数据是否能有真正借鉴意义，而不是忽悠文章。"
楼主的意思不是somatic吧？somatic主要是做cancer tissue的？（我觉得）易感人群
分型是germline的吧？

i*i2014-11-25 08:11

19 楼

还有楼上的能不能讲讲为啥somatic要求coverage低？

s*l2014-11-25 08:11

20 楼

我不是这个意思
我是说如果不是单细胞测序，那么正常体细胞里面混杂了突变的比例可以低（也可以高
），所有想楼上上的是不是指检测体细胞突变

【在 i*******i 的大作中提到】

: 还有楼上的能不能讲讲为啥somatic要求coverage低？

i*i2014-11-25 08:11

21 楼

原来你是这个意思。
恩，确实somatic mutation frequency低的不好测。不过我觉得不管什么sample足够
的coverage是call variant的基础。小于30的coverage很难分开观察到的variant到底
是因为sequencing error还是真的是有这个mutation。高coverage的话，如果某个序列
有多个sequencing reads的支持，结果更加可靠。

i*i2014-11-25 08:11

22 楼

理解了，我猜楼上是指一个tissue的每个cell 2-4x，然后要测很多个cell吧。。。

W*y2014-11-25 08:11

23 楼

傻逼

w*y2014-11-25 08:11

24 楼

如果frequency高的话，即使个别个体没有检测到，这个没有影响，可以通过
imputation获得，如果frequency低的话，必须有足够的覆盖来保证，一定数目的个体
可以检测到，frequency低的variant，imputation的准确性不高。

般来

【在 i*******i 的大作中提到】