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电镜真的把膜蛋白x-ray打入冷宫了

电镜真的把膜蛋白x-ray打入冷宫了# Biology - 生物学

C*X2014-12-29 08:12

1 楼

【以下文字转载自 Biology 讨论区】
发信人: CornucopiaX (VE RI TAS), 信区: Biology
标题: Re: 希望是往前走的动力
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 4 17:54:28 2018, 美东)
真理！！！！

R*g2014-12-29 08:12

2 楼

周二schedule的下周一上午面试。
周五接受了另一家公司的formal offer。
现在想cancel掉面试。我的考虑是反正即使有offer也不会接受，何必浪费大家时间。
但是不知道是不是临时更改很不礼貌。。。。。
求XDJM们意见！谢了

p*g2014-12-29 08:12

3 楼

算符合要求不？每月最多可以刷多少笔？

s*t2014-12-29 08:12

4 楼

2楼主卧的shower,sink水流小，热水要开好久才有，tub的水流大，热水就快。
2楼还有一个浴室，shower的热水就很快，为什么会这样？怎么修理是水流变大，热水
变快呢？
求助！谢谢

G*e2014-12-29 08:12

5 楼

告诉个简洁的办法，横着剥皮，而不是竖着剥。竖着剥皮，皮容易断，显然是方向错了。
如同削苹果横着削，可以削出长条的皮，剥橙子也是照样能剥出一长条的皮来，而且不
会伤指甲，很简单容易。
这是窍门。

S*J2014-12-29 08:12

6 楼

Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
献也不在其下吧。
做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨
啊。。。

v*a2014-12-29 08:12

7 楼

Cong!
没关系，赶紧cancel~

【在 R*****g 的大作中提到】

: 周二schedule的下周一上午面试。
: 周五接受了另一家公司的formal offer。
: 现在想cancel掉面试。我的考虑是反正即使有offer也不会接受，何必浪费大家时间。
: 但是不知道是不是临时更改很不礼貌。。。。。
: 求XDJM们意见！谢了

b*x2014-12-29 08:12

8 楼

what is BD?

d*22014-12-29 08:12

9 楼

很简单，　tub开到有热水换shower.

【在 s*****t 的大作中提到】

: 2楼主卧的shower,sink水流小，热水要开好久才有，tub的水流大，热水就快。
: 2楼还有一个浴室，shower的热水就很快，为什么会这样？怎么修理是水流变大，热水
: 变快呢？
: 求助！谢谢

l*t2014-12-29 08:12

10 楼

苹果横着削皮能长是因为苹果有把和屁股，竖着削皮不能连贯

c*92014-12-29 08:12

11 楼

那个哥们有个自己的软件，顺着新的DDD camera 出现的大势。成功了。

ray

【在 S***J 的大作中提到】

: Nature top10果然选了电镜，选MRC那个哥们也不算过分，不过窃以为yifan chen的贡
: 献也不在其下吧。
: 做x-ray的都知道，膜蛋白比水溶蛋白更高大上，更容易找工作，更哗众取宠一些。感
: 觉膜蛋白x-ray领域是把结构生物学技术工人的特点发挥到了极致，根本就不需要做什
: 么biology就能发好文章。不像搞水溶蛋白的，要补不少功能试验才能说个好的故事。
: 现在电镜出来，跟周围膜蛋白的同行们聊天，真的是都很有危机感，怨声载道。那些个
: 大膜蛋白，大膜蛋白复合物10几年拿不到好的晶体。现在尼玛电镜半年搞定，而且分辨
: 率还很高。x-ray的领地以后看来还是回归到各种水溶蛋白复合物，及各种需要高分辨
: 率结构的药物靶点蛋白。毕竟搞功能的同志们经常能鉴定出一些新的相互作用，x-ray
: 仍然可以大展身手。膜蛋白x-ray领域真的是兴盛了很短的时间就要退出舞台了，感慨

R*g2014-12-29 08:12

12 楼

谢支持！接包子

【在 v*********a 的大作中提到】

: Cong!
: 没关系，赶紧cancel~

c*12014-12-29 08:12

13 楼

你好
请教一下：什么是BD?
谢谢！

【在 p***g 的大作中提到】

: 算符合要求不？每月最多可以刷多少笔？

s*t2014-12-29 08:12

14 楼

那不是太麻烦了，shower area是单独的，难不成我每天洗澡前，先开tub faucet,然后
跑到
shower 玻璃门内再洗澡？

【在 d*********2 的大作中提到】

: 很简单，　tub开到有热水换shower.

G*e2014-12-29 08:12

15 楼

橙子也是如此。

【在 l****t 的大作中提到】

: 苹果横着削皮能长是因为苹果有把和屁股，竖着削皮不能连贯

S*J2014-12-29 08:12

16 楼

yifan cheng也有自己的算法啊

【在 c********9 的大作中提到】

: 那个哥们有个自己的软件，顺着新的DDD camera 出现的大势。成功了。
:
: ray

R*g2014-12-29 08:12

17 楼

还是决定去了。做了下功课，都说至少要提前24小时通知，临时更改除非有迫不得已的理由，否则都是不professional的。

x*62014-12-29 08:12

18 楼

coask

d*22014-12-29 08:12

19 楼

改管道得拆瓷砖开墙，　２０００－３０００成本。

【在 s*****t 的大作中提到】

: 那不是太麻烦了，shower area是单独的，难不成我每天洗澡前，先开tub faucet,然后
: 跑到
: shower 玻璃门内再洗澡？

c*92014-12-29 08:12

20 楼

Yifang的那个只是处理其中的一步，Sjors的那个可以说解决了整套。虽然里面的算法原
创性不高，但他整理出一个来，然后命名，解析出几个代表性的结构，再加以推广。

【在 S***J 的大作中提到】

: yifan cheng也有自己的算法啊

k*n2014-12-29 08:12

21 楼

面面呗，说不定有惊喜

【在 R*****g 的大作中提到】

e*t2014-12-29 08:12

22 楼

你可以把shower头拧下来，看光从水管里面出来热水够不够快。如果够快，可以把
shower头里面的节流片(跟具体型号有关)拿走或者换个流量大的shower头。

【在 s*****t 的大作中提到】

S*J2014-12-29 08:12

23 楼

多谢内行解释，那top10是这个小伙的，yifan也没啥遗憾了

法原

【在 c********9 的大作中提到】

: Yifang的那个只是处理其中的一步，Sjors的那个可以说解决了整套。虽然里面的算法原
: 创性不高，但他整理出一个来，然后命名，解析出几个代表性的结构，再加以推广。

R*g2014-12-29 08:12

24 楼

最终还是决定不去。星期天发了email没有回。今天早上又发了一次，还打了两次电话
。人家就是不回应。。。。
是不是被激怒了呢。。。。
唉。。。。。。就熬到面试时间到看有没有人打电话来骂我了。。。。。。

【在 k****n 的大作中提到】

: 面面呗，说不定有惊喜

s*t2014-12-29 08:12

25 楼

谢谢回复，那么洗手池的水龙头呢？怎么弄？

【在 e********t 的大作中提到】

: 你可以把shower头拧下来，看光从水管里面出来热水够不够快。如果够快，可以把
: shower头里面的节流片(跟具体型号有关)拿走或者换个流量大的shower头。

F*Q2014-12-29 08:12

26 楼

没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-ray
比的呢？

ray

【在 S***J 的大作中提到】

R*g2014-12-29 08:12

27 楼

哈哈哈，想太多了。对方打电话回来说，上午比较忙。还问了我接了什么offer.表示非
常理解，还说了很多好话，thank you for the efforts you have made 租入此类的。
终于放心了。

【在 R*****g 的大作中提到】

: 最终还是决定不去。星期天发了email没有回。今天早上又发了一次，还打了两次电话
: 。人家就是不回应。。。。
: 是不是被激怒了呢。。。。
: 唉。。。。。。就熬到面试时间到看有没有人打电话来骂我了。。。。。。

e*t2014-12-29 08:12

28 楼

同理，如果龙头有restrictor就把它取掉，没有的话也是换大流量的龙头。
浴缸的龙头一般是10 gallion per minute以上。
淋浴头和水龙头可能只有2 galllion per minute。
感觉大流量的龙头可能不太好找。

【在 s*****t 的大作中提到】

: 谢谢回复，那么洗手池的水龙头呢？怎么弄？

S*J2014-12-29 08:12

29 楼

没人

ray

【在 F*Q 的大作中提到】

: 没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-ray
: 比的呢？
:
: ray

c*r2014-12-29 08:12

30 楼

因为看了楼主的帖子俺果断的在周一把周二的面试cancel了。全当赞人品吧。
呵呵

f*l2014-12-29 08:12

31 楼

每天提前给shower放放水就好了嘛。

E*g2014-12-29 08:12

32 楼

2015电镜时代来临，跟x-ray说声goodbye.

R*g2014-12-29 08:12

33 楼

我其实可纠结了。。。。。。接到电话之后一直在想我是不是错过了更好的机会？就是
第一个offer来得太早了，然后又还不错，就屁颠屁颠地接了。
如果他们不是一定要求我要搬到NYC我肯定好好去面试拿offer。那个人（HM）超级nice
，就是感觉很投缘。。。。。。
不过如果接了offer了确实不应该再让人家在你身上浪费时间了。跟谈对象差不多。就
是不应该。尤其当对方是好人的时候。

【在 c***r 的大作中提到】

: 因为看了楼主的帖子俺果断的在周一把周二的面试cancel了。全当赞人品吧。
: 呵呵

m*a2014-12-29 08:12

34 楼

As I know, the only way to solve this is to install a circular pump (
something like that), but maybe you need to re-run some of the piping.

F*Q2014-12-29 08:12

35 楼

等拿了几个诺奖再说吧。

【在 E******g 的大作中提到】

: 2015电镜时代来临，跟x-ray说声goodbye.

c*r2014-12-29 08:12

36 楼

其实我也纠结了一个周末了。虽然有offer，但是离正式上班还有两个多月，总担心会
除什么差错。主要是板上有人报过，拿到offer，搬完家，结果offer被收回的，给了我
超级大的阴影。。。本来想面一下，有没有的全当backup，但感觉对这次面试的心态不
好。。。所以 cancel掉全当攒人品咯

i*82014-12-29 08:12

37 楼

没人能整出普适的球差矫正器和相位板吗？如果能成功的话，那还有什么可以和CryoEM
比的呢？

：没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-
ray
：比的呢？

R*g2014-12-29 08:12

38 楼

嗯，我也是哪！我还有2周上班。然后还有background check什么的。反正人家说坐在
办公室3个月之后，才能确定the job is yours.
我的这家offer从Verbal offer到official offer足足等了一周。上周五晚上12：59分
给我发的offer letter！这个recruiter out of town整整一周。等的我都快绝望了。
等正式offer的一周拒了一个offer一个onsite。
就剩下这个onsite，一直纠结要不要拒。。。
唉，找工作真的好纠结啊。我弟现在都叫我“纠结姐”了。。。。

【在 c***r 的大作中提到】

: 其实我也纠结了一个周末了。虽然有offer，但是离正式上班还有两个多月，总担心会
: 除什么差错。主要是板上有人报过，拿到offer，搬完家，结果offer被收回的，给了我
: 超级大的阴影。。。本来想面一下，有没有的全当backup，但感觉对这次面试的心态不
: 好。。。所以 cancel掉全当攒人品咯

F*Q2014-12-29 08:12

39 楼

呵呵，哈哈

CryoEM

【在 i*******8 的大作中提到】

: 没人能整出普适的球差矫正器和相位板吗？如果能成功的话，那还有什么可以和CryoEM
: 比的呢？
:
: ：没人能整出普适的膜蛋白快速结晶技术吗？如果能成功的话，那还有什么可以和X-
: ray
: ：比的呢？

c*r2014-12-29 08:12

40 楼

看来那个帖子让咱都多操了不少心。三个月之后菜能确定吗？为什么啊？那样的话我得
操心到明年了。。。
你好多offer啊我就那么一个。。。然后又来了个面试。。觉得心态不好肯定发挥不好
，还是取消了好，免得打击自己自信。招工作就是没完没了的纠结！

b*k2014-12-29 08:12

41 楼

据说陈一凡的博后都被各大名校book到2017年了。。

ray

【在 S***J 的大作中提到】

b*02014-12-29 08:12

42 楼

附个例子，哈佛医学院
http://liao.hms.harvard.edu/

【在 b******k 的大作中提到】

: 据说陈一凡的博后都被各大名校book到2017年了。。
:
: ray

S*J2014-12-29 08:12

43 楼

这么夸张啊，做电镜的人很多啊，新DED和相关算法听说不难上手啊，关键是要有钱买硬
件。

【在 b******k 的大作中提到】

: 据说陈一凡的博后都被各大名校book到2017年了。。
:
: ray

s*c2014-12-29 08:12

44 楼

这个，首先水溶蛋白和膜蛋白并没有本质上不同，膜蛋白结构容易发好文章也是因为膜
蛋白结构很少，重要功能的或者说直接跟疾病药物相关的膜蛋白80%以上都没有结构信
息，就像早期可容蛋白的结构也容易发好文章一样，另外，膜蛋白如果可以去用EM做，
那么没有任何理由水溶蛋白不行，还是因为膜蛋白的结构信息少，所以EM的技术手段有
突破就很快用到膜蛋白上，还有，用EM去做膜蛋白结构还有很多壁垒，分子量小的（低
于100kd）没有对称性的膜蛋白仍然没有高分辨率em结构，而且对于小的membrane
protein，detergent对于电镜密度仍然影响很大，不是每个膜蛋白都可以适应amphipol
，最后，即便再过很多年em最后可以做很多膜蛋白结构，基于电子衍射的局限，仍然不
肯能到达x ray的极限分辨率，这点对于很多需要高分辨率的结构比如阐明小分子药物
结合的科学问题还是很大的不足，当然如果你的工作是paper oriented不是question
oriented可能不care，反正这个结构不行就做另外一个结构。
实际上单纯追求膜蛋白结构数量的实验室也不多见，各种结构技术手段的突破对于多数
研究膜蛋白结构和分子机制的实验室来说是好事，一个很浅显的道理就是对于一类重要
膜蛋白，一个结构是不能说明很多问题的，有低分辨率的点睛结构可以指导去做不同状
态不同components的高分辨率晶体结构以及做各类不同的biophysics的实验（比如site
directed labeling）。另外，跟很多人想象的不同，做膜蛋白结构的哪怕你发了ncs
，但是如果你的技能没有什么特别，仅仅是靠大工作量的random screening，那在美国
也是很难找到工作的，哪怕有多篇ncs。

S*J2014-12-29 08:12

45 楼

分子量小的膜蛋白可以上抗体，然后电镜搞定，这个已经证明可行了。
水溶蛋白之所以不用电镜，还是因为x-ray优势更大，很多时候x-ray做得更快，分辨率
更高。当然，水溶蛋白不如膜蛋白好发文章也是一个原因。
目前看来，膜蛋白结构领域有更多lab是paper oriented，水溶蛋白结构圈要好不少，
估计是水溶蛋白lab如果不focus，那真的是很难生存了。

amphipol

【在 s******c 的大作中提到】

: 这个，首先水溶蛋白和膜蛋白并没有本质上不同，膜蛋白结构容易发好文章也是因为膜
: 蛋白结构很少，重要功能的或者说直接跟疾病药物相关的膜蛋白80%以上都没有结构信
: 息，就像早期可容蛋白的结构也容易发好文章一样，另外，膜蛋白如果可以去用EM做，
: 那么没有任何理由水溶蛋白不行，还是因为膜蛋白的结构信息少，所以EM的技术手段有
: 突破就很快用到膜蛋白上，还有，用EM去做膜蛋白结构还有很多壁垒，分子量小的（低
: 于100kd）没有对称性的膜蛋白仍然没有高分辨率em结构，而且对于小的membrane
: protein，detergent对于电镜密度仍然影响很大，不是每个膜蛋白都可以适应amphipol
: ，最后，即便再过很多年em最后可以做很多膜蛋白结构，基于电子衍射的局限，仍然不
: 肯能到达x ray的极限分辨率，这点对于很多需要高分辨率的结构比如阐明小分子药物
: 结合的科学问题还是很大的不足，当然如果你的工作是paper oriented不是question

s*c2014-12-29 08:12

46 楼

你是指yifan今年发的那个ABC transporter的结构？那个大概7-10A的分辨率，是可行
，但是离晶体结构分辨率还差很远，原因就是低分子量（<200KD)以及low symmetry，
哪怕用上了抗体。而且上抗体这个是做结晶的发展起来的技术，水溶蛋白也可以搞抗体
，这个不是随便搞个抗体就行，还得知道抗体bind的大致位置以及抗体结合要稳定，否
则随便结合一段flexible peptide的抗体只会让情况更worse。这个听起来很容易，但
是实际上抗体的screening和generation也很耗时，严格说起来如果找到抗体可以结合
到合适位置上稳定蛋白的flexible的部分，没有任何理由蛋白不会结晶，但实际上做起
来就很难。
大型的水溶蛋白比如ribosome和各种其它的somes也不是容易结晶的，我相信这方面肯
定也有人在做看能不能得到EM的高分辨率的结构。其实这种技术的发展是好事，可以让
人更focus在科学问题上。做结构的很牛的实验室，要么就是用一系列手段去解决一些
问题，要么有技术方法上的突破，仅仅用别人的方法拼人力财力发paper并不是很值得
推广的做法，否则还不如投钱投人力去测所有物种的基因组，肯定也能发nature
science，但是对于整个科研的导向是很有坏影响的。

【在 S***J 的大作中提到】

: 分子量小的膜蛋白可以上抗体，然后电镜搞定，这个已经证明可行了。
: 水溶蛋白之所以不用电镜，还是因为x-ray优势更大，很多时候x-ray做得更快，分辨率
: 更高。当然，水溶蛋白不如膜蛋白好发文章也是一个原因。
: 目前看来，膜蛋白结构领域有更多lab是paper oriented，水溶蛋白结构圈要好不少，
: 估计是水溶蛋白lab如果不focus，那真的是很难生存了。
:
: amphipol