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急问:需要多少内存
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急问:需要多少内存# Biology - 生物学
d*1
1
H-1B 8月底到期,现在联系community college,转 F1 ,拿 I20,马上准备交上去,F1
据说要3个月才能批下来,学校说每学期要休够12 个 学分, 可是现在F1 pending期
间,我能上课吗?
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w*d
2
都三个月了,还是initial review
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s*l
3
Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
sample,需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
需要多少内存(最少要求多少,最好是多少,最多再多了也没有用)?
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d*1
4
up
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w*u
5
问题是有几个1月拿到的

【在 w*****d 的大作中提到】
: 都三个月了,还是initial review
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c*e
6
mapping 用不了多少内存,主要占CPU比较多。
call variants 需要的内存大一点,64G绝对够了。其实内存小点也没有问题,你可以
分成chromosome分别运行,还可以分得更小,所以基本上16G以下也没有什么问题,都
可以跑。

variants

【在 s****l 的大作中提到】
: Illumina targeted resequencing 产生比如说100M reads (10Gb data) for one
: sample,需要把reads map to human genome (3GB), and use GATK to call variants
: 需要多少内存(最少要求多少,最好是多少,最多再多了也没有用)?

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z*k
7

你google
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w*d
8
拿到的报喜了,想知道还有多少没拿到的

【在 w***u 的大作中提到】
: 问题是有几个1月拿到的
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K*n
9
上 SSD
也可以用aws,先从小机器开始,不行就往上加内存
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o*i
10
水拿到乐???

【在 w*****d 的大作中提到】
: 都三个月了,还是initial review
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s*s
11
这个完全看你能开多少线程,基本线性增长。 另外,GRCh38里面同源序列
很多,WGS巨吃内存,而且和文件大小关系不大,不够你是WXS,可能还行。

【在 c******e 的大作中提到】
: mapping 用不了多少内存,主要占CPU比较多。
: call variants 需要的内存大一点,64G绝对够了。其实内存小点也没有问题,你可以
: 分成chromosome分别运行,还可以分得更小,所以基本上16G以下也没有什么问题,都
: 可以跑。
:
: variants

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