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包子请教一个基因expression变化的问题

包子请教一个基因expression变化的问题# Biology - 生物学

p*22015-04-12 07:04

1 楼

去年SE没过，今年试试SET，有什么不同吗？

E*e2015-04-12 07:04

2 楼

最近我们在研究几个调控基因expression的蛋白，我们自己做了几个活性和选择性都比
较好的小分子，在细胞里可以看到我们想要的phenotype。但是我们要研究的蛋白文献
报到的很少，我们想自己研究一下它们的功能到底是哪些。
我不是学生物的，不知道常规的方法有哪些。大概知道这些蛋白是和DNA作用然后起到
基因调节的作用。我读了一点文献，似乎可以用RNA seq来测量细胞在小分子treat之
前之后gene expression的变化。找到变化大的基因然后看看它们是不是在某些经典的
pathway上。请问这种方法可行吗？是不是false positive rate会很高，所以还要做更
多的follow up work来验证？
可以做的话，学校里会有这样的lab吗？还是应该找公司做。不可以做的话，有什么其
他的好方法
谢谢大家！

k*j2015-04-12 07:04

3 楼

SET 是做test

s*s2015-04-12 07:04

4 楼

几个问题都是yes，你不做生物就找个lab合作吧

【在 E*****e 的大作中提到】

: 最近我们在研究几个调控基因expression的蛋白，我们自己做了几个活性和选择性都比
: 较好的小分子，在细胞里可以看到我们想要的phenotype。但是我们要研究的蛋白文献
: 报到的很少，我们想自己研究一下它们的功能到底是哪些。
: 我不是学生物的，不知道常规的方法有哪些。大概知道这些蛋白是和DNA作用然后起到
: 基因调节的作用。我读了一点文献，似乎可以用RNA seq来测量细胞在小分子treat之
: 前之后gene expression的变化。找到变化大的基因然后看看它们是不是在某些经典的
: pathway上。请问这种方法可行吗？是不是false positive rate会很高，所以还要做更
: 多的follow up work来验证？
: 可以做的话，学校里会有这样的lab吗？还是应该找公司做。不可以做的话，有什么其
: 他的好方法

p*22015-04-12 07:04

5 楼

面试有什么不同吗？

【在 k*j 的大作中提到】

: SET 是做test

E*e2015-04-12 07:04

6 楼

谢谢 baozi sent
再问一下，学校生物lab很多，这种rna seq一般生物lab就能做吗？还是要找专门做rna
seq的lab。或者说说这种测序一般都是外包的，找一个做细胞的生物lab能分析结果和
做follow up work就行了。
这样的试验一般瓶颈在哪里呢？
谢谢

【在 s******s 的大作中提到】

: 几个问题都是yes，你不做生物就找个lab合作吧

p*22015-04-12 07:04

7 楼

Google recruiter email里提到的东西都需要准备吗？

s*s2015-04-12 07:04

8 楼

一般都给facility做。如果能找到有机器还能和你免费合作的实验室就太爽了。
RNA-seq没啥瓶颈，后期分析也不难，followup看运气

rna

【在 E*****e 的大作中提到】

: 谢谢 baozi sent
: 再问一下，学校生物lab很多，这种rna seq一般生物lab就能做吗？还是要找专门做rna
: seq的lab。或者说说这种测序一般都是外包的，找一个做细胞的生物lab能分析结果和
: 做follow up work就行了。
: 这样的试验一般瓶颈在哪里呢？
: 谢谢