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关于CRISPR activation

关于CRISPR activation# Biology - 生物学

j*n2015-05-24 07:05

1 楼

求问板上大牛关于用CRISPR做transcription activation
主要疑问是关于dCas9-gRNA binding site
文献上说法一般是在transcription start site （TSS）上游
激活特定基因的会在TSS上游挑选8-10个位点逐个测试挑个好的
genome-scale的话一般就是每个位点挑3-5个位点
目前我们打算是做target pathway level activation （20-30个基因）如果每个位点
都要搞个5-10个工作量挺大的又不能像genome-scale那样把所有DNA混起来
问题1.貌似TSS不是很清楚，有些基因有多个TSS，有这方面的数据库不？最好包括酵母
、老鼠以及人的
问题2. binding site有没好的软件可以预测？做knock-out的有，貌似做activation没
见到过？有啥推荐的不？

s*r2015-05-24 07:05

2 楼

多个tss只能靠猜
一批做百来个不算很多，弄几个本科生很快就搞定了

【在 j****n 的大作中提到】

: 求问板上大牛关于用CRISPR做transcription activation
: 主要疑问是关于dCas9-gRNA binding site
: 文献上说法一般是在transcription start site （TSS）上游
: 激活特定基因的会在TSS上游挑选8-10个位点逐个测试挑个好的
: genome-scale的话一般就是每个位点挑3-5个位点
: 目前我们打算是做target pathway level activation （20-30个基因）如果每个位点
: 都要搞个5-10个工作量挺大的又不能像genome-scale那样把所有DNA混起来
: 问题1.貌似TSS不是很清楚，有些基因有多个TSS，有这方面的数据库不？最好包括酵母
: 、老鼠以及人的
: 问题2. binding site有没好的软件可以预测？做knock-out的有，貌似做activation没

j*n2015-05-24 07:05

3 楼

如果只有一个tss
有program可以预测gRNA binding sites的不？

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.2

【在 s******r 的大作中提到】

: 多个tss只能靠猜
: 一批做百来个不算很多，弄几个本科生很快就搞定了

s*r2015-05-24 07:05

4 楼

单vp64的话jonathan weissman和stanley qi的那几篇paper都给了大致范围
新的那几个多聚系统没仔细读paper，自己翻翻看呗

【在 j****n 的大作中提到】

: 如果只有一个tss
: 有program可以预测gRNA binding sites的不？
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.2