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求教: 有哪些灵敏技术研究蛋白蛋白相互作用

求教: 有哪些灵敏技术研究蛋白蛋白相互作用# Biology - 生物学

N*s2015-06-02 07:06

1 楼

http://www.ebay.com/itm/HP-Proliant-BL460c-G7-SERVER-2x-6-CORE-X5649-2-53GHz-48GB-RAM-NO-HDD-1-unit-/272618200944?hash=item3f794f9f70:g:wjIAAOSwmgJY48aw
看到ebay上的server超级便宜啊，双Xeon X5649处理器，单个处理器benchmark分数达
到7051，两个就是1万4千多了，还加上超大内存达到48GB。如果自己买散件组装的话，
类似速度的Ryzen 5 1600X 要$220, 48GB内存要$300多。
现在问题是，
1）这server能安装SATA的SSD吗，能安装Windows吗?
2) 能安装mouse和keyboard吗？
3）能连接monitor吗，能到1080P吗？
谢谢有经验的兄弟回答

h*y2015-06-02 07:06

2 楼

如果要测定几个A蛋白能同时结合到B蛋白，除了传统的ITC和SPR之外，
还有没有什么灵敏的技术大家帮忙推荐？

S*A2015-06-02 07:06

3 楼

你这个的问题会是，那个硬盘必须使用 HP 专用的热插拔的
硬盘转接盒子才能接到硬盘槽上。这种服务器上没有直接的
SATA 接口。HP proliant 我用过不是 blade 的版本。
非常好的服务器。
mouse 和 keyboard 不能装你以为这个机器出点bios问题
是如何调的？
我猜应该能连 monitor， 1080p就不一定了。
好吧，我正在找用来编译的机器，这个价位我跳了。
来当小白鼠吧。还有超过 10 台，应该不影响你购买。

r*k2015-06-02 07:06

4 楼

biotin!!!有些蛋白是瞬间结合但是biotin的技术可以让从前结合过的蛋白都标记上

r*52015-06-02 07:06

5 楼

blade啊。。。显卡超弱，而且不能加。。。。。基本看片都看不了。。。
而且声音很吵。硬盘倒不是什么大问题，sas兼容sata，windows也是可以装得，就是启
动很多检验项，会比较慢。
tower server当台式用勉强凑合，好歹扩展改装余地大一点。blade就算了，别折腾了。

【在 N*****s 的大作中提到】

: http://www.ebay.com/itm/HP-Proliant-BL460c-G7-SERVER-2x-6-CORE-X5649-2-53GHz-48GB-RAM-NO-HDD-1-unit-/272618200944?hash=item3f794f9f70:g:wjIAAOSwmgJY48aw
: 看到ebay上的server超级便宜啊，双Xeon X5649处理器，单个处理器benchmark分数达
: 到7051，两个就是1万4千多了，还加上超大内存达到48GB。如果自己买散件组装的话，
: 类似速度的Ryzen 5 1600X 要$220, 48GB内存要$300多。
: 现在问题是，
: 1）这server能安装SATA的SSD吗，能安装Windows吗?
: 2) 能安装mouse和keyboard吗？
: 3）能连接monitor吗，能到1080P吗？
: 谢谢有经验的兄弟回答

C*m2015-06-02 07:06

6 楼

microscale thermophoresis, NMR

【在 h*********y 的大作中提到】

: 如果要测定几个A蛋白能同时结合到B蛋白，除了传统的ITC和SPR之外，
: 还有没有什么灵敏的技术大家帮忙推荐？

S*A2015-06-02 07:06

7 楼

了。
我指出一下啊，有些 HP 的硬盘那个盒子上是有芯片的。你不用他家的硬盘盒子插进去
热插拔不认里面有硬盘不给供电。这个薄的似乎没有，不过我已经买了两个 caddy 了。
我编译不需要显示器和键盘。

【在 r*********5 的大作中提到】

: blade啊。。。显卡超弱，而且不能加。。。。。基本看片都看不了。。。
: 而且声音很吵。硬盘倒不是什么大问题，sas兼容sata，windows也是可以装得，就是启
: 动很多检验项，会比较慢。
: tower server当台式用勉强凑合，好歹扩展改装余地大一点。blade就算了，别折腾了。

e*s2015-06-02 07:06

8 楼

如果有精确的在平衡环境下的测定方法，Stoichiometry也就自然知道答案了。
不过，很多时候并不容易。不容的interactions和蛋白的性质都对检测方法有不容的要
求。
Light scattering,不同的荧光技术（FRET, BRET, Quenching, PF）

【在 h*********y 的大作中提到】

: 如果要测定几个A蛋白能同时结合到B蛋白，除了传统的ITC和SPR之外，
: 还有没有什么灵敏的技术大家帮忙推荐？

a92015-06-02 07:06

9 楼

这个真的假的啊？只要100块钱？

了。

【在 S*A 的大作中提到】

:
: 了。
: 我指出一下啊，有些 HP 的硬盘那个盒子上是有芯片的。你不用他家的硬盘盒子插进去
: 热插拔不认里面有硬盘不给供电。这个薄的似乎没有，不过我已经买了两个 caddy 了。
: 我编译不需要显示器和键盘。

y*u2015-06-02 07:06

10 楼

could you elaborate on it alittlebit? Thanks alot!!! I am very interested in
it.

【在 r******k 的大作中提到】

: biotin!!!有些蛋白是瞬间结合但是biotin的技术可以让从前结合过的蛋白都标记上

S*A2015-06-02 07:06

11 楼

我星期一收到报告一下。运费到西海岸还不太便宜。

【在 a9 的大作中提到】

: 这个真的假的啊？只要100块钱？
:
: 了。

e*s2015-06-02 07:06

12 楼

我没用过，了解一点点。
我猜他指的是基于Crosslinking的Lable transfer方法。你Google一下就能找到。这个
方法并不能回答LZ的Stoichiometric ratio的问题。可能，细胞里测PPI有些优势。

in

【在 y*********u 的大作中提到】

: could you elaborate on it alittlebit? Thanks alot!!! I am very interested in
: it.

l*32015-06-02 07:06

13 楼

期待你的报告

【在 S*A 的大作中提到】

: 我星期一收到报告一下。运费到西海岸还不太便宜。

D*a2015-06-02 07:06

14 楼

this?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22412018

t*e2015-06-02 07:06

15 楼

这个东西真的不能当desktop啊，blade server的那个噪音根本不可能放在地下室以外
的地方，楼主真的不用浪费这个钱

L*s2015-06-02 07:06

16 楼

ETH有个人专门做蛋白组的，可以分离protein complexes，这个或许相关

【在 h*********y 的大作中提到】

: 如果要测定几个A蛋白能同时结合到B蛋白，除了传统的ITC和SPR之外，
: 还有没有什么灵敏的技术大家帮忙推荐？

M*t2015-06-02 07:06

17 楼

shipping有点贵撒$61

b*y2015-06-02 07:06

18 楼

If A isn't far smaller than B and their bindings, no matter how many, are
strong, you can do size exclusion chromatography-multi-angle dynamic light
scattering (SEC-MALS). If the complex behaves well, you can get precise
molecular weight of it. As such, it isn't too hard to figure out the
stoichiometry of A versus B.

【在 h*********y 的大作中提到】

: 如果要测定几个A蛋白能同时结合到B蛋白，除了传统的ITC和SPR之外，
: 还有没有什么灵敏的技术大家帮忙推荐？

a92015-06-02 07:06

19 楼

到我这儿运费21

【在 S*A 的大作中提到】

: 我星期一收到报告一下。运费到西海岸还不太便宜。

h*y2015-06-02 07:06

20 楼

感谢楼上几位兄弟支招，现总结并讨论如下
(1). biotin技术(基于Crosslinking的Lable transfer方法)
感觉应该是应用于细胞内。本人使用的是体外重组蛋白
(2). microscale thermophoresis
没做过MST，仅知道MST能计算Kd，是否也能定量计算分子量或者结合比？有没有做过的
牛人帮我介绍一下？
(3). NMR
蛋白分子量太大。。。
(4). Size exclusion chromatography-multi-angle dynamic light scattering (SEC
-MALS)
从本人实验来看，蛋白A为10KD，配体B蛋白120KD，该方法测定的分子量精度不足以区
分120KD上添加了几个10KD。
(5). 不同的荧光技术（FRET, BRET, Quenching, PF）
如(4)，不知道如何定量。
(6).ETH有个人专门做蛋白组的，可以分离protein complexes，这个或许相关
分离不成问题，关键是定分子量。。。
除了以上建议，另外有朋友建议用Beckman 分析定量超速离心机 Beckman optima XL-A
来定分子量，不知这个可行不？

【在 h*********y 的大作中提到】

: 如果要测定几个A蛋白能同时结合到B蛋白，除了传统的ITC和SPR之外，
: 还有没有什么灵敏的技术大家帮忙推荐？

w*m2015-06-02 07:06

21 楼

估计就是噪音大，其他还好。另外为什么不看DL360?那个可加硬盘，显卡之类的。我有
两。

e*s2015-06-02 07:06

22 楼

把我前面说的再重复一遍，任何涉及分离的方法都不能用来定A:B间的结合比例，gel
filtration, ultracentrifuge, 等等。
你这个蛋白大小，最可行和简单的方法就是PF或叫Anistropy。因为一个蛋白才10K,
另一个够大。PF会很合适。

SEC

【在 h*********y 的大作中提到】

: 感谢楼上几位兄弟支招，现总结并讨论如下
: (1). biotin技术(基于Crosslinking的Lable transfer方法)
: 感觉应该是应用于细胞内。本人使用的是体外重组蛋白
: (2). microscale thermophoresis
: 没做过MST，仅知道MST能计算Kd，是否也能定量计算分子量或者结合比？有没有做过的
: 牛人帮我介绍一下？
: (3). NMR
: 蛋白分子量太大。。。
: (4). Size exclusion chromatography-multi-angle dynamic light scattering (SEC
: -MALS)

S*A2015-06-02 07:06

23 楼

你选 USPS Parcel $46。
基本上这个大块头从东案到西岸也算合理吧。

【在 M********t 的大作中提到】

: shipping有点贵撒$61

b*y2015-06-02 07:06

24 楼

Again, if A binds B strong, you can try native PAGE with increasing amount A
from zero to whatever maximum, the resolution of native gel might be
sufficient for you to distinguish B/Ai from B/A(i-1). If indeed, you will
get n+1 band on the native PAGE when combining all lanes: B, BA1, ... BAi,..
.. BAn.
Single molecule quenching might work as well. Label A with GFP with near 100
% efficiency with little quenching already. Establish complex B(A-GFP)n on
cover slide using TIRF. Do single molecule quenching. Count how many
quenching events per molecule. Do a histogram. The highest major value is
your n.
Good luck! Neither is easy.

SEC

【在 h*********y 的大作中提到】

S*A2015-06-02 07:06

25 楼

DL360 现在这个价位没有这个配置吧。

【在 w*m 的大作中提到】

: 估计就是噪音大，其他还好。另外为什么不看DL360?那个可加硬盘，显卡之类的。我有
: 两。

o*e2015-06-02 07:06

26 楼

alpha screen? 需要特定的仪器读结果。

b*e2015-06-02 07:06

27 楼

刀片单买没法用啊你得有机箱

【在 N*****s 的大作中提到】

S*A2015-06-02 07:06

28 楼

考，这回真成小白鼠了。
只好拆内存来买了。

【在 b*****e 的大作中提到】

: 刀片单买没法用啊你得有机箱

a92015-06-02 07:06

29 楼

缺什么？电源吗？

数达
话，

【在 b*****e 的大作中提到】

: 刀片单买没法用啊你得有机箱

S*A2015-06-02 07:06

30 楼

对，主要是电源，号称是 12V 的。12V 500W 电源也不便宜啊。
youtube 有视频可以吧 G1 接 12V 电源跑起来。
但是有人说 G7 需要更多的hack ，启动以后报错自动shutdown。

【在 a9 的大作中提到】

: 缺什么？电源吗？
:
: 数达
: 话，

b*e2015-06-02 07:06

31 楼

电源风扇对外通信接口都在机箱上单一个刀片啥都不能干

【在 a9 的大作中提到】

: 缺什么？电源吗？
:
: 数达
: 话，

S*A2015-06-02 07:06

32 楼

正确。卖家说已经不能退了，只能拆内存来卖了。
cpu 估计都没有人要。

【在 b*****e 的大作中提到】

: 电源风扇对外通信接口都在机箱上单一个刀片啥都不能干

a92015-06-02 07:06

33 楼

买个机箱，呵呵

【在 S*A 的大作中提到】

: 正确。卖家说已经不能退了，只能拆内存来卖了。
: cpu 估计都没有人要。

b*e2015-06-02 07:06

34 楼

机箱一般都巨大巨吵买回家肯定要给老婆打死

【在 a9 的大作中提到】

: 买个机箱，呵呵

S*A2015-06-02 07:06

35 楼

机箱的都不是。连电源都没有。
还好基本内存大概还能卖一点点钱，
或者直接就在 ebay 挂着出了算了。
还有一个思路是搞个 DL360 的便宜的
机箱换上去。有些低配置的没有 CPU 的
G5 也不太贵，但是 G7 就很少见便宜的了。

【在 a9 的大作中提到】

: 买个机箱，呵呵

S*A2015-06-02 07:06

36 楼

算了不折腾了，老老实实买个好点的服务器算了。

w*m2015-06-02 07:06

37 楼

DL360 差不多的配置，连运费，估计200块左右吧，我看差不多。

【在 S*A 的大作中提到】

: DL360 现在这个价位没有这个配置吧。

y*i2015-06-02 07:06

38 楼

那就先下手为强……

【在 b*****e 的大作中提到】

: 机箱一般都巨大巨吵买回家肯定要给老婆打死

t*z2015-06-02 07:06

39 楼

这种主板不好搞，楼主如果以前装机经验不多，且没有大把时间可以挥霍，建议不要碰
了。如果真的想挑战下，有其他型号的主板更加适合楼主。

S*A2015-06-02 07:06

40 楼

大侠早提醒一下我就不用当小白鼠啦。我估计就要么内存要么整机直接ebay 出
了算了。教训啊。那个 DL360 有什么需要提醒的说？编译用，CPU 越多越好。

【在 t*****z 的大作中提到】

: 这种主板不好搞，楼主如果以前装机经验不多，且没有大把时间可以挥霍，建议不要碰
: 了。如果真的想挑战下，有其他型号的主板更加适合楼主。

w*m2015-06-02 07:06

41 楼

我觉得主要是噪音和显卡resolution的问题，缺省的VGA显卡估计上不了高分辨率
看这个
http://h20566.www2.hpe.com/hpsc/doc/public/display?docLocale=en_US&docId=emr_na-c02549278&sp4ts.oid=447330#N10948
Graphic options
Description Part Number
NVIDIA Quadro 4000 2GB PCI-E Adapter 655933-B21
HP DL360G6 PCI Thermal Power Cable Kit 519254-B21
所以额外加显卡估计得在eBay上再花100两银子

【在 S*A 的大作中提到】

: 大侠早提醒一下我就不用当小白鼠啦。我估计就要么内存要么整机直接ebay 出
: 了算了。教训啊。那个 DL360 有什么需要提醒的说？编译用，CPU 越多越好。

t*z2015-06-02 07:06

42 楼

DL360本身是不错的，与C6100并列为国内多开渲染用户最爱的两款神板。但是同样地，
自己DIY很不容易。我没试过这板，据我听闻，HP的服务器主板如果不插原装风扇就无
法启动，需要改电路才能骗过它。
如果你想DIY，最好避开这类长条形的主板，选择方形的（E-ATX或者SSI EEB）。

【在 S*A 的大作中提到】

n*d2015-06-02 07:06

43 楼

有USB 2吗，有的话用USB转HDMI

【在 w*m 的大作中提到】

: 我觉得主要是噪音和显卡resolution的问题，缺省的VGA显卡估计上不了高分辨率
: 看这个
: http://h20566.www2.hpe.com/hpsc/doc/public/display?docLocale=en_US&docId=emr_na-c02549278&sp4ts.oid=447330#N10948
: Graphic options
: Description Part Number
: NVIDIA Quadro 4000 2GB PCI-E Adapter 655933-B21
: HP DL360G6 PCI Thermal Power Cable Kit 519254-B21
: 所以额外加显卡估计得在eBay上再花100两银子

o*o2015-06-02 07:06

44 楼

这么老这么热的CPU，拿回来也是电炉，没什么用

h*g2015-06-02 07:06

45 楼

噪音是问题。youtube上可以搜一下server的评测视频，这个东西风扇设计时候就没有
考虑声音问题。

S*A2015-06-02 07:06

46 楼

我只是编译的时候冲刺用一下。平时是休眠的，用的时候才唤醒。
放比较远的地方不管声音了。
我需要经常做类似编译的工作来看比较结果，所以任何加速
感觉上可以省我不少时间。每次等那几分种不知道干什么好。

【在 o**o 的大作中提到】

: 这么老这么热的CPU，拿回来也是电炉，没什么用

S*A2015-06-02 07:06

47 楼

我已经下了 DL360，没有人要插 DL360 上，如果有空槽的话。
要不就直接整机转手卖了，再 cut 30% 估计有人要吧。

a*o2015-06-02 07:06

48 楼

这东西如果不是放在地下室用的话你会含着热泪跪求退货。

【在 S*A 的大作中提到】

: 我已经下了 DL360，没有人要插 DL360 上，如果有空槽的话。
: 要不就直接整机转手卖了，再 cut 30% 估计有人要吧。

S*A2015-06-02 07:06

49 楼

你是说 DL360 吗还是刀片机。风扇不可以调速吗？

【在 a*o 的大作中提到】

: 这东西如果不是放在地下室用的话你会含着热泪跪求退货。

t*e2015-06-02 07:06

50 楼

少年，刀片机的风扇肯定不能调速，设计时噪音根本不考虑，你已经入了刀片机的歧途
，还是赶快迷途知返老老实实装个双路吧，看我以前的帖子
https://www.mitbbs.com/article_t/Hardware/31913467.html

y*j2015-06-02 07:06

51 楼

噪音巨大，像一个电锯厂。非常耗电。非常难装显卡或者其它设备。
用过几台类似的server，不过是放在机房里，每次进那个机房都头晕目眩。
当然也有优点，不然谁会买呢？非常牢靠，体积相对比较小，整体性能比较高。

：http://www.ebay.com/itm/HP-Proliant-BL460c-G7-SERVER-2x-6-CORE-X5649-2-53GHz-48GB-RAM-NO-HDD-1-unit-/272618200944?hash=item3f794f9f70:g:wjIAAOSwmgJY48aw
：看到ebay上的server超级便宜啊，双Xeon X5649处理器，单个处理器benchmark分数达
：到7051，两个就是1万4千多了，还加上超大内存达到48GB。如果自己买散件组装的话
，类似速度的Ryzen 5 1600X 要$220, 48GB内存要$300多。
：现在问题是，
：1）这server能安装SATA的SSD吗，能安装Windows吗?
：2) 能安装mouse和keyboard吗？
：3）能连接monitor吗，能到1080P吗？
：谢谢有经验的兄弟回答

【在 N*****s 的大作中提到】

y*j2015-06-02 07:06

52 楼

这些服务器的设计思想就是全天候满负荷运行，噪音根本不考虑，内部空间也很拥挤，
这样好装在rack上。

：少年，刀片机的风扇肯定不能调速，设计时噪音根本不考虑，你已经入了刀片机的歧
途，还是赶快迷途知返老老实实装个双路吧，看我以前的帖子
：https://www.mitbbs.com/article_t/Hardware/31913467.html

【在 t*******e 的大作中提到】

: 少年，刀片机的风扇肯定不能调速，设计时噪音根本不考虑，你已经入了刀片机的歧途
: ，还是赶快迷途知返老老实实装个双路吧，看我以前的帖子
: https://www.mitbbs.com/article_t/Hardware/31913467.html

S*A2015-06-02 07:06

53 楼

ok 已经搞了 DL 360 200 不不到，噪音也就忍了。
到时候收到可以报告一下。

【在 t*******e 的大作中提到】

a92015-06-02 07:06

54 楼

现在已经文不对题了，已经开始讨论能不能运行的问题了
噪音没啥好考虑的吧，反正扔地下室隔间里，吵就吵吧

【在 t*******e 的大作中提到】

S*A2015-06-02 07:06

55 楼

那个刀片机收到了，比我想象的小多了。
长度大约 47cm，差不多就是正常书的长边两倍。
高度大概就是一本厚点的书，然后宽度就是正常
书的宽度。简单的说，就是找两本一样的书，按照
长边接成长条就是体积大小了。
里面做工非常精致，干净整齐，可以当工艺品收藏了。
研究了一下，没有 USB 口也没有 VGA/HDMI/DVI 输出。
前面面板有个多功能接口。估计 HDMI USB 什么的可以
那里走。后面有很多的针的插口，是 PCI E 之类的。
内存条都带金属散热，非常精致。
连 USB 都没有， hack 都没有希望了。

a*o2015-06-02 07:06

56 楼

带电源吗？有的刀片机你没有相应的配套电源和背板只能含着热泪摸它。

【在 S*A 的大作中提到】

: 那个刀片机收到了，比我想象的小多了。
: 长度大约 47cm，差不多就是正常书的长边两倍。
: 高度大概就是一本厚点的书，然后宽度就是正常
: 书的宽度。简单的说，就是找两本一样的书，按照
: 长边接成长条就是体积大小了。
: 里面做工非常精致，干净整齐，可以当工艺品收藏了。
: 研究了一下，没有 USB 口也没有 VGA/HDMI/DVI 输出。
: 前面面板有个多功能接口。估计 HDMI USB 什么的可以
: 那里走。后面有很多的针的插口，是 PCI E 之类的。
: 内存条都带金属散热，非常精致。

S*A2015-06-02 07:06

57 楼

不带，但是电源应该就是 12V。我找到了 USB，com 口，VGA 的面板接口，不贵。
到时候只要骗过启动电路应该就可以一试。

【在 a*o 的大作中提到】

: 带电源吗？有的刀片机你没有相应的配套电源和背板只能含着热泪摸它。

a*o2015-06-02 07:06

58 楼

呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵骚年你好天真

【在 S*A 的大作中提到】

: 不带，但是电源应该就是 12V。我找到了 USB，com 口，VGA 的面板接口，不贵。
: 到时候只要骗过启动电路应该就可以一试。

S*A2015-06-02 07:06

59 楼

我没有说报什么希望啊，G1 的有人说可以启动。
G7 的启动 BIOS 自动 shutdown。

【在 a*o 的大作中提到】

: 呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵呵骚年你好天真

w*m2015-06-02 07:06

60 楼

给买DL360的兄弟一个参考。刚刚试了一下，塞了一个普通的不需要电源的PCIE显卡，
启动正常，VGA/DVI/HDMI都没有问题，1080p和HDMI声音也都正常，不必非买NVIDIA
Quadro 4000之类的卡了。其实噪音也没那么恐怖了。

【在 w*m 的大作中提到】

S*A2015-06-02 07:06

61 楼

多谢指点。明天机器就到了。我一般都是 WOL 唤醒机器然后 ssh 进去加载编译
任务。显卡在安装完 Linux 以后就一般不需要用了，内置那个也够用，我都
不需要图形界面。不过我刚好有 Nvidia Quadro 的显卡。到时候报告一下和
我的 T3500 w3680 性能对比。T3500 满负荷声音也不小，而且我的 T3500
都因为 CPU 温度高降频了，如果满负荷跑超过 30 秒钟以上。当然也看室内
的温度。

【在 w*m 的大作中提到】

: 给买DL360的兄弟一个参考。刚刚试了一下，塞了一个普通的不需要电源的PCIE显卡，
: 启动正常，VGA/DVI/HDMI都没有问题，1080p和HDMI声音也都正常，不必非买NVIDIA
: Quadro 4000之类的卡了。其实噪音也没那么恐怖了。