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Nature上刚online的一个牛逼的结构
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Nature上刚online的一个牛逼的结构# Biology - 生物学
S*R
1 楼
看到很多人推荐用关键词搜索自己的paper，通过调整关键词把自己的paper排名提到同
类文章的前列。
我的paper要用几个词联合起来描述才准确，做个比喻吧，比如研究“海拔500米以上的
松树林”。我把这样的关键词提交ISI web of science搜索，搜出来的文章有一大堆只
包含“松树”的，只包含“树林”的，只包含“海拔500米”的，甚至一个搜索词都没
有的。这些文章涵盖的范围本来就更宽，和它们拼citation一下就完蛋了。
请问大家是怎么搜索的呀？？？我试了用 TS＝（A and B and C），还是有同样的问题。
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m*v
2 楼
【 以下文字转载自 shopping 讨论区 】
发信人: markov (markov), 信区: shopping
标 题: 急问，哪里能找到Home Depot或者Lowes的coupon啊~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 30 13:04:08 2011, 美东)
att
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s*c
3 楼
一个GPCR和arrestin complex的结构，72个作者，超过20个不同的单位，通讯作者就一
个，刚回上海药物所的。2013年年底投的，然后今年上半年接受的。
几乎用了所有的结构生物学尤其是crystallography里最advanced的技术手段，然后加
上一堆的很新潮的biophsyics的data，算是可以放在教科书里的经典例子。review应该
很难，能真正明白全部的这些技术手段的原理，局限以及他们的结论怎么互相印证互相
补充，或者说完全看懂这篇文章的前因后果的，估计也没几个人。
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b*d
4 楼
Ebay上面有卖的，delivery很快。

【在 m****v 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 shopping 讨论区 】
: 发信人: markov (markov), 信区: shopping
: 标 题: 急问，哪里能找到Home Depot或者Lowes的coupon啊~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 30 13:04:08 2011, 美东)
: att
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x*h
5 楼
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1
看了看图，觉得的确有不同领域的技术，但是也不是没有听说过，比如deer，一种顺磁
技术；HDX，流行了很多年了，有用NMR做的，有用MS做的。多参加会议，再多呆几年，
这些技术都会听说的，虽然不一定做过。
Eric XU的讲座去听过，英语口语一般，但是科学水平相当不错的，所以能镇得住场子。
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B*o
6 楼
我有一个10% off的要不要啊？
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s*c
7 楼
这些技术都是容易懂的，也是很多人做的，google一下就可以，也不用多参加会议。关
键是为啥要用这个，为啥别人就是结构加一些biochemical data就发，这篇就要这么多
一起，这就是比较深入的地方。
他那个结构两年前就解出来了，为啥放到今天发。你能真正明白一个生物学问题，然后
明白各种技术的优势和局限性，然后互相补充取长补短很完整的去解释一个问题，提出
一个令人信服的model，这才是牛逼的地方。

子。

【在 x**h 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1
: 看了看图，觉得的确有不同领域的技术，但是也不是没有听说过，比如deer，一种顺磁
: 技术；HDX，流行了很多年了，有用NMR做的，有用MS做的。多参加会议，再多呆几年，
: 这些技术都会听说的，虽然不一定做过。
: Eric XU的讲座去听过，英语口语一般，但是科学水平相当不错的，所以能镇得住场子。
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s*c
8 楼
不要说这些普通的biophysics的东西，能明白里面为啥去做lipid／water phase
diagram的估计都没几个。这篇文章里面有很多技术上的突破，各个方面，估计也只有
跟自己领域相关的才能了解。

子。

【在 x**h 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1
: 看了看图，觉得的确有不同领域的技术，但是也不是没有听说过，比如deer，一种顺磁
: 技术；HDX，流行了很多年了，有用NMR做的，有用MS做的。多参加会议，再多呆几年，
: 这些技术都会听说的，虽然不一定做过。
: Eric XU的讲座去听过，英语口语一般，但是科学水平相当不错的，所以能镇得住场子。
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p*n
9 楼
这个结构是继Brian Kobilka得到GPCR-Gs复合物之后在GPCR领域最重要的一个结构。这
里面真正前沿的是XFEL，一种晶体学目前最前沿、但是不成熟的方法。幸运的是，Xu教
授在投稿之前，在很多地方讲了这个结构，恰好Brian Kobilka听到了，指出他们的结
构是错的。后来仔细分析，发现是因为XFEL的数据采集和处理方法使得这个结构用分子
置换法无法去除bias，所以一个错误结构也可以获得很好的统计参数。
此后两年应该一直是在纠错，用那么多种生物物理方法就是为了证明这个结构是正确的。
这个结构对于方法学最大的意义应该是凸显了XFEL的牛B和缺陷。
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w*8
10 楼
楼上知道好多内幕。。。

的。

【在 p******n 的大作中提到】
: 这个结构是继Brian Kobilka得到GPCR-Gs复合物之后在GPCR领域最重要的一个结构。这
: 里面真正前沿的是XFEL，一种晶体学目前最前沿、但是不成熟的方法。幸运的是，Xu教
: 授在投稿之前，在很多地方讲了这个结构，恰好Brian Kobilka听到了，指出他们的结
: 构是错的。后来仔细分析，发现是因为XFEL的数据采集和处理方法使得这个结构用分子
: 置换法无法去除bias，所以一个错误结构也可以获得很好的统计参数。
: 此后两年应该一直是在纠错，用那么多种生物物理方法就是为了证明这个结构是正确的。
: 这个结构对于方法学最大的意义应该是凸显了XFEL的牛B和缺陷。
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s*c
11 楼
Exactly.
不过不是恰好听到，而是请去做了好多报告，而且也没有指出他们的结构是错误的，只
是因为他们的结构比较的出人意料，而且没有其它的reference可以做参考判断。

的。

【在 p******n 的大作中提到】
: 这个结构是继Brian Kobilka得到GPCR-Gs复合物之后在GPCR领域最重要的一个结构。这
: 里面真正前沿的是XFEL，一种晶体学目前最前沿、但是不成熟的方法。幸运的是，Xu教
: 授在投稿之前，在很多地方讲了这个结构，恰好Brian Kobilka听到了，指出他们的结
: 构是错的。后来仔细分析，发现是因为XFEL的数据采集和处理方法使得这个结构用分子
: 置换法无法去除bias，所以一个错误结构也可以获得很好的统计参数。
: 此后两年应该一直是在纠错，用那么多种生物物理方法就是为了证明这个结构是正确的。
: 这个结构对于方法学最大的意义应该是凸显了XFEL的牛B和缺陷。
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p*n
12 楼
这个工作实在漂亮。中间的时间比较久了，知道的人挺多的，可能有些细节是传的失真
了。
查了查Xu教授简历，也是一位大牛，不过平时真是低调。他这种上来直接啃GPCR最硬的
骨头，可比一个又一个解不同GPCR失活状态下的结构酷多了，真心佩服！

【在 w*****8 的大作中提到】
: 楼上知道好多内幕。。。
:
: 的。
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n*n
13 楼
Xu教授牛
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m*m
14 楼
楼上知道的好多啊，呵呵
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e*s
15 楼
还看不了原文，不清楚细节。
这个结构真是很多实验室在做。Kabilka自己两年前发表了V2Rpp peptide的Arrestin
complex。
作为GPCR结构领域的"新人"，Eric Xu做出来的一个很重要的原因是他的设计思路。在
调控GPCR的三个主要蛋白里，GPCR-Arrestin的难度在于Receptor的磷酸化。而且，这
个磷酸化本身就是不可控的，基本没法产生Homogeneous 的多磷酸化位点的Receptor。
Eric Xu规避了这个问题，好像整合了以前发表的Arrestin的突变，从而让Arrestin也
能结合非磷酸化的受体。记得他们是做了Rhodopsin和突变Arrestin的fusion protein
。也正因为此，这个Arrestin和WT有些差别。作者也就花了非常大的心思来验证。
Receptor-bound arrestin的结构算是GPCR里的热点了。已经有EPR/DEER, NMR,V2Rpp-
arrestin-complex晶体，和pre-actived P44 多个方法和结构出来。但没个方法都是故
事的一个小方面。Eric Xu这个算是目前为止最完整的了。

的。

【在 p******n 的大作中提到】
: 这个结构是继Brian Kobilka得到GPCR-Gs复合物之后在GPCR领域最重要的一个结构。这
: 里面真正前沿的是XFEL，一种晶体学目前最前沿、但是不成熟的方法。幸运的是，Xu教
: 授在投稿之前，在很多地方讲了这个结构，恰好Brian Kobilka听到了，指出他们的结
: 构是错的。后来仔细分析，发现是因为XFEL的数据采集和处理方法使得这个结构用分子
: 置换法无法去除bias，所以一个错误结构也可以获得很好的统计参数。
: 此后两年应该一直是在纠错，用那么多种生物物理方法就是为了证明这个结构是正确的。
: 这个结构对于方法学最大的意义应该是凸显了XFEL的牛B和缺陷。
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c*n
16 楼
拿到了烂数据整出了好结果，辅以漂亮的biophysics实验validate结构。
1. 技术上用fusion protein来解决不能形成复合物，用mutation来得到active GPCR
conformation， 用3A arrestin promote binding形成稳定complex。同时又比对亲和
力保证这个complex和wild type相比不是那么artificial。这给今后做Rho以外的GPCR-
arrsetin complex提供了强有力的技术支持。
2. Biophysics experiment都很漂亮的证明了结构的正确性。
3. 能把这个结构解了的人绝对是高手。膜拜。
中科院终于有单位在结构领域可以跟清华刚正面了。赞一个。
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S*B
17 楼
听其中一个合作者说过，这个文章一直在被editor跟reviewers折腾，所以搞了这么长
时间。
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q*g
18 楼
学习了
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q*0
19 楼
今天阅读了一下全文
1. 绝对是GPCR乃至结构生物学领域phenomenal的成果，
2. 从文章中所用到的多种方法可以理解为什么有这么多作者
3. 对GPCR引起的Arrestin信号通路做了非常全面的分析，从受体识别到结合，虽然还
没有能够阐述磷酸化GPCR和Arrestin的结合状态。文章给出了比较合理的讨论。
4。关于文章的八卦也听了一些，基本上就是你们说的那些
团队集体不断努力的结果，不同单位不同专业领域的研究人员能够精诚合作这点一定要
赞，最好赞一下Eric Xu的认真执着的科研态度。

【在 s******c 的大作中提到】
: 一个GPCR和arrestin complex的结构，72个作者，超过20个不同的单位，通讯作者就一
: 个，刚回上海药物所的。2013年年底投的，然后今年上半年接受的。
: 几乎用了所有的结构生物学尤其是crystallography里最advanced的技术手段，然后加
: 上一堆的很新潮的biophsyics的data，算是可以放在教科书里的经典例子。review应该
: 很难，能真正明白全部的这些技术手段的原理，局限以及他们的结论怎么互相印证互相
: 补充，或者说完全看懂这篇文章的前因后果的，估计也没几个人。
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v*m
20 楼
Eric是从工业界杀回的大牛，视野开阔，做研发刚刚的。

【在 p******n 的大作中提到】
: 这个工作实在漂亮。中间的时间比较久了，知道的人挺多的，可能有些细节是传的失真
: 了。
: 查了查Xu教授简历，也是一位大牛，不过平时真是低调。他这种上来直接啃GPCR最硬的
: 骨头，可比一个又一个解不同GPCR失活状态下的结构酷多了，真心佩服！
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n*n
21 楼
Eric大牛，再加上四儿一女，有几个中国教授能比，呵呵
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l*r
22 楼
大家都好牛啊，这么多八卦

【在 n********n 的大作中提到】
: Eric大牛，再加上四儿一女，有几个中国教授能比，呵呵
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M*P
23 楼
Figure 1e 就是原始数据么？那些三维的图都是从这个模模糊糊的原始数据推断出来的？

【在 s******c 的大作中提到】
: 一个GPCR和arrestin complex的结构，72个作者，超过20个不同的单位，通讯作者就一
: 个，刚回上海药物所的。2013年年底投的，然后今年上半年接受的。
: 几乎用了所有的结构生物学尤其是crystallography里最advanced的技术手段，然后加
: 上一堆的很新潮的biophsyics的data，算是可以放在教科书里的经典例子。review应该
: 很难，能真正明白全部的这些技术手段的原理，局限以及他们的结论怎么互相印证互相
: 补充，或者说完全看懂这篇文章的前因后果的，估计也没几个人。
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z*i
24 楼
问题在于这个方法只能验证已有的结构，不能解新的结构。这个就好比从碎纸机里面拿
出一堆碎纸，让你把他还原出来。目前来说还是有难度。
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s*c
25 楼
工作当然很好，不过receptor和arrestin的mutations很多人都用过，fusion protein
也有不是新点子。XFEL做GPCR结构的也有一些先例，结构解析确实需要一些技巧，不是
可以靠软件自动完成的。
Rho是个比较特例的GPCR，很多机理并不能推广，比如Rho和G protein complex很多年
前大家都可以拿到，但是拿到稳定的非Rho的GPCR和G protein complex就很难。我个人
觉得做GPCR和arrestin complex的结构，未来的方向应该是电镜，因为GPCR和arrestin
的结合非常的不稳定，否则arrestin signaling也不会那么晚才发现，而且需要很多
post-translational修饰，或者arrestin的结合需要很特殊的lipid的环境，这些对晶
体都是很大的局限。

GPCR-

【在 c**********n 的大作中提到】
: 拿到了烂数据整出了好结果，辅以漂亮的biophysics实验validate结构。
: 1. 技术上用fusion protein来解决不能形成复合物，用mutation来得到active GPCR
: conformation， 用3A arrestin promote binding形成稳定complex。同时又比对亲和
: 力保证这个complex和wild type相比不是那么artificial。这给今后做Rho以外的GPCR-
: arrsetin complex提供了强有力的技术支持。
: 2. Biophysics experiment都很漂亮的证明了结构的正确性。
: 3. 能把这个结构解了的人绝对是高手。膜拜。
: 中科院终于有单位在结构领域可以跟清华刚正面了。赞一个。
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s*c
26 楼
忍不住再夸大一下结构的作用。
如果能够有精细的arrestin和其它GPCR的结构，并且对于他们的结合对arrestin
signaling的影响有分子水平上的认识，那对于制药也是一个很大的推进。市面上几乎1
/3的药物作用于GPCR，但是基本都是无差别的简单粗暴的抑制或激活的机制，现在很火
的一个概念是用药物选择性的控制某一种GPCR signaling pathway而不影响其它。比如
心脏里肾上腺素受体的激活长时间是对心脏有害的，但是如果仅仅是arrestin的激活，
反而是有保护作用，还有某些受体，G 蛋白激活是破坏血管壁，arrestin的激活却可以
保护血管壁。现在的努力方向都是寻找结合受体外部的小分子，然后异构的调节胞内
signaling，做法还是传统的盲筛。arrestin结合的结构对这个是有帮助的，比如有一
个arrestin extemely biased ligand和受体以及arrestin的结构，至少就可以知道小
分子的设计应该是向什么方向。另外arrestin结合的结构的一个很大的作用是可以作为
模版去设计直接作用在蛋白结合表面的药物！这样的药物可能会有更好的signaling
pathway的选择性，如果有突破的话，那将是非常大的药物发展的机会，会涌现很多的
跟传统药物不一样的新药。
现在药物行业很新的当然是免疫疗法治疗癌症，病毒感染等等，不过对于一些没有那么
致命的疾病，比如代谢类紊乱，精神类疾病，慢性炎症，很多还是GPCR药物，如果有新
的思路去开发新药作用在已知的有效药物靶点上，那么至少预期的药效和安全性比起新
药物靶点的药物要可靠的多。
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g*n
27 楼
就可劲呼悠吧。
"The T4L–rhodopsin–arrestin fusion protein was expressed..."
"T4L–rhodopsin–arrestin crystals were grown in lipid cubic phase..."
结晶融合蛋白？能代表自然状态？
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e*s
28 楼
很认同电镜的观点。
不过说Arrestin和GPCR结合不稳定是不正确的说法。相对G protein和GRK，Arrestin-
GPCR是结合最牢固的。Kd在几个nmol的水平。
Arrestin和GPCR结合有两个最重要因素：1.Receptor要是活化状态；2. Receptor要被
磷酸化。磷酸化还存在Bar code的概念，所以非常的复杂。当然还有其他PTM的作用，
那些就更加难处理了。
我个人认为，蛋白的Homogeneous在结晶里有非常重要的作用。如果磷酸化数目和位点
都不一致，那么结晶就更难了。
其实就算非磷酸化的Receptor，对beta-arresitns而言，还是有很Robust的结合。

protein
arrestin

【在 s******c 的大作中提到】
: 工作当然很好，不过receptor和arrestin的mutations很多人都用过，fusion protein
: 也有不是新点子。XFEL做GPCR结构的也有一些先例，结构解析确实需要一些技巧，不是
: 可以靠软件自动完成的。
: Rho是个比较特例的GPCR，很多机理并不能推广，比如Rho和G protein complex很多年
: 前大家都可以拿到，但是拿到稳定的非Rho的GPCR和G protein complex就很难。我个人
: 觉得做GPCR和arrestin complex的结构，未来的方向应该是电镜，因为GPCR和arrestin
: 的结合非常的不稳定，否则arrestin signaling也不会那么晚才发现，而且需要很多
: post-translational修饰，或者arrestin的结合需要很特殊的lipid的环境，这些对晶
: 体都是很大的局限。
:
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q*0
29 楼
1e应该只是电镜negative staining的结果，能够看出复合物的大概样子，结构还是通
过衍射数据解析出来的

的？

【在 M*P 的大作中提到】
: Figure 1e 就是原始数据么？那些三维的图都是从这个模模糊糊的原始数据推断出来的？
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s*c
30 楼
这个，非磷酸化receptor都和arrestin有robust的作用，那G protein怎么办？多数的
GPCR的C terminus都是结合arrestin重要的位点，磷酸化与否是arrestin结合的关键因
素，虽然有些例外。receptor和arrestin结合不稳定并不是指affinity，而是整个过程
非常的dynamic，传统的观念，也是这篇文章的point，就是arrestin结合C terminus，
然后再构象变化结合到G protein结合位点上。但实际上，很多receptor结合arrestin
但是不internalize，或者结合arrestin但是没有arrestin signaling，这些都不是这
个简单的模型可以回答的，实际结合过程可能更为复杂，不是一个单一或均一affinity
的状态，甚至还有可能需要其它蛋白的帮助。如果真affinity很高，这篇文章里也不会
把他们fuse在一起。另外lipid肯定是有作用的，很多细胞外研究他们相互作用的都要
把receptor构建到lipid bilayer的环境里，可能我孤陋寡闻，但是我还没见过直接在
detergent溶液里研究他们相互作用的。

【在 e****s 的大作中提到】
: 很认同电镜的观点。
: 不过说Arrestin和GPCR结合不稳定是不正确的说法。相对G protein和GRK，Arrestin-
: GPCR是结合最牢固的。Kd在几个nmol的水平。
: Arrestin和GPCR结合有两个最重要因素：1.Receptor要是活化状态；2. Receptor要被
: 磷酸化。磷酸化还存在Bar code的概念，所以非常的复杂。当然还有其他PTM的作用，
: 那些就更加难处理了。
: 我个人认为，蛋白的Homogeneous在结晶里有非常重要的作用。如果磷酸化数目和位点
: 都不一致，那么结晶就更难了。
: 其实就算非磷酸化的Receptor，对beta-arresitns而言，还是有很Robust的结合。
:
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e*s
31 楼
很多GPCR 结合Arrestins不需要磷酸化应该是很早就有报道的了，而且不少。
很多人都认为磷酸化是必需的，一定程度上是因为Arrestin1-Rh通常作为摸板来研究，
确实，对Arrestin1而言，磷酸化是非常重要的。
对一小部分Receptor，是否磷酸化对和Arrestin的结合似乎没有太大影响。
另外，在Detergent里研究Arrestin-GPCR相互作用的也有一些了。比如：用NMR研究溶
在Bicelles的Rh和Arrestin-1的相互作用。

arrestin
affinity

【在 s******c 的大作中提到】
: 这个，非磷酸化receptor都和arrestin有robust的作用，那G protein怎么办？多数的
: GPCR的C terminus都是结合arrestin重要的位点，磷酸化与否是arrestin结合的关键因
: 素，虽然有些例外。receptor和arrestin结合不稳定并不是指affinity，而是整个过程
: 非常的dynamic，传统的观念，也是这篇文章的point，就是arrestin结合C terminus，
: 然后再构象变化结合到G protein结合位点上。但实际上，很多receptor结合arrestin
: 但是不internalize，或者结合arrestin但是没有arrestin signaling，这些都不是这
: 个简单的模型可以回答的，实际结合过程可能更为复杂，不是一个单一或均一affinity
: 的状态，甚至还有可能需要其它蛋白的帮助。如果真affinity很高，这篇文章里也不会
: 把他们fuse在一起。另外lipid肯定是有作用的，很多细胞外研究他们相互作用的都要
: 把receptor构建到lipid bilayer的环境里，可能我孤陋寡闻，但是我还没见过直接在
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i*0
32 楼
忍不住跳出来，这文章有问题。rhodopsin要在有retinal结合的情况下并且被光激发后
磷酸化才结合Arrestin。而该结构中的opsin没有结合retinal，并且做了众多突变以稳
定结构。说句实在的，在单体结构都已经解出来的背景下，这玩意儿提供了多少新的可
信信息就值得推敲了，技术堆砌也不能弥补这样一个大的设计问题。虽然目前为止，所
有GPCR复合物都有类似问题，也不代表这个问题可以忽略不计。
avatar
s*c
33 楼
单体结构都有，但是单体结构和复合物里各个蛋白的构象是不一样的，不然G蛋白和受
体复合物结构里各个单体结构也都有，复合物结构为啥还能那么重要？他们做了很多改
造，但是有细胞内实验表明正常arrestin signaling是有的，说明他们复合物的
function至少跟真实情况下是类似的。
新的信息是很多的，就像美女一样，有对比才有真相：） 你可以去看看去年和前年
nature上发的关于arrestin的文章，visualization of arrestin recruitment和
arrestin-peptide晶体结构，就可以发现这个领域是多么desperate要了解受体和
arrestin结合的分子机制。

【在 i***0 的大作中提到】
: 忍不住跳出来，这文章有问题。rhodopsin要在有retinal结合的情况下并且被光激发后
: 磷酸化才结合Arrestin。而该结构中的opsin没有结合retinal，并且做了众多突变以稳
: 定结构。说句实在的，在单体结构都已经解出来的背景下，这玩意儿提供了多少新的可
: 信信息就值得推敲了，技术堆砌也不能弥补这样一个大的设计问题。虽然目前为止，所
: 有GPCR复合物都有类似问题，也不代表这个问题可以忽略不计。
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d*g
34 楼
冷冻显微镜分辨率已经到了2点几埃，以后做大一点的结构，比如50Kb以上，估计晶体
学没优势啦，特别是那些动态或不稳定的。

protein
arrestin

【在 s******c 的大作中提到】
: 工作当然很好，不过receptor和arrestin的mutations很多人都用过，fusion protein
: 也有不是新点子。XFEL做GPCR结构的也有一些先例，结构解析确实需要一些技巧，不是
: 可以靠软件自动完成的。
: Rho是个比较特例的GPCR，很多机理并不能推广，比如Rho和G protein complex很多年
: 前大家都可以拿到，但是拿到稳定的非Rho的GPCR和G protein complex就很难。我个人
: 觉得做GPCR和arrestin complex的结构，未来的方向应该是电镜，因为GPCR和arrestin
: 的结合非常的不稳定，否则arrestin signaling也不会那么晚才发现，而且需要很多
: post-translational修饰，或者arrestin的结合需要很特殊的lipid的环境，这些对晶
: 体都是很大的局限。
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