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如何富集肠道菌群中某一特定菌群？

如何富集肠道菌群中某一特定菌群？# Biology - 生物学

g*l2015-11-18 08:11

1 楼

我现在基本能用discover就用discover，citi dividend基本不用
看大家说这个卡还挺好的，难道是我不会用。。。
5%是不是在这里看？ https://bonuscashcenter.citicards.com/
我的卡上写的是dividend platinum select，visa，是大家说的挺好的那张卡么？

b*s2015-11-18 08:11

2 楼

肠道微生物研究现在越来越火，尤其是上个月Science上发表的两篇文章，势必使肠道
微生物与免疫的研究更热。但现在的研究很少集中在肠道菌群自身在肠道中的生长代谢
状况，比如双歧杆菌是否通过提供特殊的代谢产物用于调控免疫力。可能是因为技术条
件所限，难以将特异的益生菌从庞大的肠道菌群中分离富集起来所致。我打算首先分离
纯培养该菌，然后进行改造使其表达特定分子如protein A，再喂养动物，从肠道中用
IgG磁珠富集出来进行研究，不知大家有何建议？谢谢！

l*02015-11-18 08:11

3 楼

比较好的是
world mastercard那种吧

【在 g****l 的大作中提到】

: 我现在基本能用discover就用discover，citi dividend基本不用
: 看大家说这个卡还挺好的，难道是我不会用。。。
: 5%是不是在这里看？ https://bonuscashcenter.citicards.com/
: 我的卡上写的是dividend platinum select，visa，是大家说的挺好的那张卡么？

T*e2015-11-18 08:11

4 楼

你这里面有一个初始假设，我觉得不一定能实现。
你既然关注这一块，应该知道很多中肠道菌是不能脱离肠道直接体外培养的，这也是这
一块研究的难点。那么你的第一步，如何单纯培养，就很难说了。
其次，你怎么确定你培养的是哪一种细菌。据我所知，肠道中的细菌，要想划分到种，
现在基本是不现实的。我不知道最近几年这一块是不是有了新的进展。
如果你有办法实现我上面说的这两步。那么可以继续往下走。

m*a2015-11-18 08:11

5 楼

这个bonus cash center不是dividend卡的，是platinum select卡的
这两个原来是不同的卡的。。。

【在 g****l 的大作中提到】

b*s2015-11-18 08:11

6 楼

你说的很对，很多菌是难以甚至是不可能纯培养的，我的想法也是针对那些能够纯培养
的菌而言。

【在 T*****e 的大作中提到】

: 你这里面有一个初始假设，我觉得不一定能实现。
: 你既然关注这一块，应该知道很多中肠道菌是不能脱离肠道直接体外培养的，这也是这
: 一块研究的难点。那么你的第一步，如何单纯培养，就很难说了。
: 其次，你怎么确定你培养的是哪一种细菌。据我所知，肠道中的细菌，要想划分到种，
: 现在基本是不现实的。我不知道最近几年这一块是不是有了新的进展。
: 如果你有办法实现我上面说的这两步。那么可以继续往下走。

g*l2015-11-18 08:11

7 楼

那大家评价好的那个citi dividend是哪个卡呢？
在他家网站上没看到world mastercard啊，都是带年费的
https://creditcards.citi.com/find-a-credit-card-by-feature/

【在 m*****a 的大作中提到】

: 这个bonus cash center不是dividend卡的，是platinum select卡的
: 这两个原来是不同的卡的。。。

T*e2015-11-18 08:11

8 楼

好吧。假定你要培养的就是E. coli。你的目的是研究其在肠道中的生长代谢。那么你
在体外培养了一些E. coli，整合进了GFP作为标记物。然后植入小鼠体内。需要用磁珠
富集吗？直接上flow cytometry不是更简单？
还有，如果你已经有给定的菌种了，你想测量其代谢产物调节免疫。我能想到的是：
1.你比较不同环境下该菌种产生的代谢产物，比如只接种这一种菌，和一般情况下混合
菌群中的这种菌，甚至不同身体条件下当该菌种所占的比例变化时，这几种不同的环境
是否会使得该菌种产生不同量的代谢产物（这是完全有可能的）
2.找到这种代谢产物
3.研究单纯给予纯化的该代谢产物是否增强免疫反应
这里面有个问题，就是在不同的宿主肠道中，如何保证该给定菌种的相对量保持稳定？

c*22015-11-18 08:11

9 楼

I looked at my citi dividend, it's a world mastercard. But I used to have 3
dividend(or platinum select? )both names sound very familiar to me. Two
were converted from different cards, and even different bank bought by
Citibank. I closed two because at one time several years ago, they charged
annual fee.

b*s2015-11-18 08:11

10 楼

表达GFP的建议很好的，还方便用于活体观察。用磁珠的原因是简单方便和省钱。
肠道菌的代谢产物可能对免疫力起重要作用，如果能通过这种方法找到这种产物，意义
非常重大。
我还在想的一个问题是能否建立一种模式菌用于研究肠道菌群之间的互作及健康状况，
所以对于你最后那个问题，研究的不是要保持相对量稳定，而是该菌群的相对数量变化
或是代谢产物的相对变化能否与机体的免疫力改变具有相关性。

【在 T*****e 的大作中提到】

: 好吧。假定你要培养的就是E. coli。你的目的是研究其在肠道中的生长代谢。那么你
: 在体外培养了一些E. coli，整合进了GFP作为标记物。然后植入小鼠体内。需要用磁珠
: 富集吗？直接上flow cytometry不是更简单？
: 还有，如果你已经有给定的菌种了，你想测量其代谢产物调节免疫。我能想到的是：
: 1.你比较不同环境下该菌种产生的代谢产物，比如只接种这一种菌，和一般情况下混合
: 菌群中的这种菌，甚至不同身体条件下当该菌种所占的比例变化时，这几种不同的环境
: 是否会使得该菌种产生不同量的代谢产物（这是完全有可能的）
: 2.找到这种代谢产物
: 3.研究单纯给予纯化的该代谢产物是否增强免疫反应
: 这里面有个问题，就是在不同的宿主肠道中，如何保证该给定菌种的相对量保持稳定？

m*a2015-11-18 08:11

11 楼

在这个表里面就是那个dividend platinum select visa了

【在 g****l 的大作中提到】

: 那大家评价好的那个citi dividend是哪个卡呢？
: 在他家网站上没看到world mastercard啊，都是带年费的
: https://creditcards.citi.com/find-a-credit-card-by-feature/

l*e2015-11-18 08:11

12 楼

我觉得你不一定要从肠道中分离，你可以先看看肠道总有哪些细菌（估计已经有人做了
），然后用其中的一种益生菌喂老鼠（肠道微生物free的老鼠，我好像看过），然后再
做研究。一种一种的做就好了，否则会很难解释数据的（如果是好多种）。另外，我不
知道细菌在肠道中的数量能否控制，感觉不行，但某些突变体也许可以。至于定量的问
题，你可以根自然状态下的作比较，如果能找到关键代谢物，那就可以比较了。

z*42015-11-18 08:11

13 楼

online的CB就一般吧，如果你看in store那真的太差了

【在 g****l 的大作中提到】

b*s2015-11-18 08:11

14 楼

这个思路非常好！一种一种做看似工作量大，实则更容易操作和掌控，易于对比分析，
谢谢啦！
唯一的问题是这个研究对饲养条件要求比较苛刻，得排除其他菌群污染感染。

【在 l**********e 的大作中提到】

: 我觉得你不一定要从肠道中分离，你可以先看看肠道总有哪些细菌（估计已经有人做了
: ），然后用其中的一种益生菌喂老鼠（肠道微生物free的老鼠，我好像看过），然后再
: 做研究。一种一种的做就好了，否则会很难解释数据的（如果是好多种）。另外，我不
: 知道细菌在肠道中的数量能否控制，感觉不行，但某些突变体也许可以。至于定量的问
: 题，你可以根自然状态下的作比较，如果能找到关键代谢物，那就可以比较了。

T*e2015-11-18 08:11

15 楼

当个白脸吧。
我说的相对稳定，是指比如一天内，一周内，别的条件一致的情况下，某物种菌保持相
对稳定。我不知道这个是否已经证实或证伪。
还有楼上说的一种一种做。我觉得可行性不大。你可以看看，现在光是划分到科的有多
少？划分到物种的，就像我说的，还没有定论。所以，一种一种做，我觉得太不现实了。
另一个问题是，肠道菌群是个共生的关系，单纯一种放进去，未必能达到你要的效果。
楼主本身也是想研究在自然条件产生的生态环境下，某一种菌的作用。比如有古细菌产
生甲烷，有别的细菌利用甲烷代谢。光是一种一种放进去，我觉得无法模拟本来的环境。

L*s2015-11-18 08:11

16 楼

我觉得如果你知道哪种菌的哪种蛋白，可以直接设计很多不同的菌群，或者模拟肠道
环境或者放入 germ free的小鼠里培养然后取样，看看最后菌群会稳定在什么程度。
另一种方法是，类似Harris Wang有一篇PNAS文章里那种， co-culture 大肠杆菌的不
同mutants，你可以用类似的思路，开始从简单的菌群逐渐增加复杂度。

b*s2015-11-18 08:11

17 楼

这个思路不错，谢谢！

【在 L*******s 的大作中提到】

: 我觉得如果你知道哪种菌的哪种蛋白，可以直接设计很多不同的菌群，或者模拟肠道
: 环境或者放入 germ free的小鼠里培养然后取样，看看最后菌群会稳定在什么程度。
: 另一种方法是，类似Harris Wang有一篇PNAS文章里那种， co-culture 大肠杆菌的不
: 同mutants，你可以用类似的思路，开始从简单的菌群逐渐增加复杂度。