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求教怎么深入研究snp的功能

求教怎么深入研究snp的功能# Biology - 生物学

W*72016-03-08 08:03

1 楼

最近在改一个proposal，某基因有几个snp，reviewer说这几个snp是怎么起作用的不清
楚。所以我打算设计几个实验来回复一下这个问题，但是从来没有涉及过这方面的研究
。希望有经验的同志们不吝赐教！
说说我外行的想法先。我觉得最终无非就是这些snp是否影响基因表达水平，或者蛋白
量，如果都没变的话要看看是否蛋白功能有所改变。这里的问题就在于snp位于什么位
置，如果在编码区就直接做点突变检测蛋白表达量和功能就好；如果在启动子内就看是
否影响转录活性，做个luciferase就可以，对么？但是如果在intron或者在启动子还上
游呢怎么做呢？要看是否影响转录调控？还有一个根本问题就是，有什么网站可以直接
确定snp的位置的吗？还是都用最笨的方法直接到基因组里找这个位点？总觉得应该有
更聪明的方法。问题有点多，感谢赐教！

x*d2016-03-08 08:03

2 楼

"这里的问题就在于snp位于什么位
置，如果在编码区就直接做点突变检测蛋白表达量和功能就好；如果在启动子内就看是
否影响转录活性，做个luciferase就可以，"
对的。可以先这么做。对于在coding region的snp，可以看是不是missense。如果是
missense，可以做SIFT, Polyphen2看看对protein function有没有影响。
“但是如果在intron或者在启动子还上
游呢怎么做呢？要看是否影响转录调控？”
这就比较麻烦一点。intronic snp可以首先看有没有影响splicing，其次看mirna。还
有可以用A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies看看有没有和以
前的GWAS有关
“还有一个根本问题就是，有什么网站可以直接
确定snp的位置的吗？”
NCBI dbSNP

W*72016-03-08 08:03

3 楼

多谢楼上的兄弟！经你指点，用网站查出来所有snp都在intron。能否麻烦你把这个最
复杂的情况再说详细点？先奉上十个包纸哈。

i*e2016-03-08 08:03

4 楼

你连SNP在什么位置都不知道怎么找，跳SNP功能这破坑？呵呵
简单一点的你去HaploReg上看看跟这个SNP LD强的那些SNP有啥所谓的功能
尤其你这个SNP在intron，还是从它的proxy入手比较方便

【在 W****7 的大作中提到】

: 最近在改一个proposal，某基因有几个snp，reviewer说这几个snp是怎么起作用的不清
: 楚。所以我打算设计几个实验来回复一下这个问题，但是从来没有涉及过这方面的研究
: 。希望有经验的同志们不吝赐教！
: 说说我外行的想法先。我觉得最终无非就是这些snp是否影响基因表达水平，或者蛋白
: 量，如果都没变的话要看看是否蛋白功能有所改变。这里的问题就在于snp位于什么位
: 置，如果在编码区就直接做点突变检测蛋白表达量和功能就好；如果在启动子内就看是
: 否影响转录活性，做个luciferase就可以，对么？但是如果在intron或者在启动子还上
: 游呢怎么做呢？要看是否影响转录调控？还有一个根本问题就是，有什么网站可以直接
: 确定snp的位置的吗？还是都用最笨的方法直接到基因组里找这个位点？总觉得应该有
: 更聪明的方法。问题有点多，感谢赐教！

x*d2016-03-08 08:03

5 楼

没有什么特别好的办法。先把SNP的位点找出来，然后在UCSC genome browser里面看一
下在不在mirna里面。其他functional study你就得查查文献看之前有没有人做过。

【在 W****7 的大作中提到】

: 多谢楼上的兄弟！经你指点，用网站查出来所有snp都在intron。能否麻烦你把这个最
: 复杂的情况再说详细点？先奉上十个包纸哈。

W*72016-03-08 08:03

6 楼

我说的很明白啊，就是address reviewer 的一个问题，我一点要跳坑的意思都没有。
。。。
而且，不会也可以做啊，学呗。不都是从不会学起的吗？

【在 i*e 的大作中提到】

: 你连SNP在什么位置都不知道怎么找，跳SNP功能这破坑？呵呵
: 简单一点的你去HaploReg上看看跟这个SNP LD强的那些SNP有啥所谓的功能
: 尤其你这个SNP在intron，还是从它的proxy入手比较方便

y*12016-03-08 08:03

7 楼

有兴趣可以看看这篇文章，研究non-coding variant比较透彻
http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1502214
FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans.
Claussnitzer M, Dankel SN, Kim KH, Quon G, Meuleman W, Haugen C, Glunk V,
Sousa IS, Beaudry JL, Puviindran V, Abdennur NA, Liu J, Svensson PA, Hsu YH,
Drucker DJ, Mellgren G, Hui CC, Hauner H, Kellis M.
N Engl J Med. 2015 Sep 3;373(10):895-907. doi: 10.1056/NEJMoa1502214. Epub
2015 Aug 19.