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关于biological vs technical replicate# Biology - 生物学

f*n2016-09-06 07:09

1 楼

最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
replicate呢？
而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。
同样的实验过两天我也会一模一样的再重复一次。
对于neuron的转染，分到3个孔中的细胞是同一批的，也是同时经过electroporation，
然后同时同样条件贴壁，生长；我觉得这个是technical replicate；而过两天再重复
一次应该算是biological replicate？
那么这么说来，我之前的hek293一次实验中的5个孔，算不算technical replicate呢？
因为虽然lipo和dna是一起混的，但事先铺在板子里的细胞算是same sample吗？

j*g2016-09-06 07:09

2 楼

技术重复是看你操作有没有失误；生物重复是看你实验本身（这里是细胞）有没有有统
计意义的差异。
[在 flareon () 的大作中提到：]
:最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
:一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
:我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
:个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个
孔。
:以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
:我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
:replicate呢？
:而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
:之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
:nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。
:..........

j*l2016-09-06 07:09

3 楼

参考下面这两个文献
1. The Journal of Cell Biology, Vol. 177, No. 1, April 9, 2007 7–11
2. What is "n" in cell culture experiments?
http://labstats.net/articles/cell_culture_n.html

5
孔。

【在 f*****n 的大作中提到】

: 最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
: 一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
: 我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
: 个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
: 以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
: 我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
: replicate呢？
: 而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
: 之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
: nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。

f*n2016-09-06 07:09

4 楼

个人觉得，不管nucleofection还是lipofectamine的实验，应该都是先用很多细胞在比
如6-well plate里做转染，等到做luciferase的时候，用500ul 裂解液裂解，这时候分
成3-5个孔（每个孔100ul裂解液）进行luciferase assay，那么这里的3-5个孔也可叫
做technical replicate？
或许我的做法搞复杂了？

5
孔。

【在 f*****n 的大作中提到】

: 最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
: 一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
: 我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
: 个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
: 以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
: 我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
: replicate呢？
: 而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
: 之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
: nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。

G*G2016-09-06 07:09

5 楼

your experiments after two days are biological replicate.
five replicates at the same times are technical replicate.

最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
replicate呢？
而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。
同样的实验过两天我也会一模一样的再重复一次。
对于neuron的转染，分到3个孔中的细胞是同一批的，也是同时经过electroporation，
然后同时同样条件贴壁，生长；我觉得这个是technical replicate；而过两天再重复
一次应该算是biological replicate？
那么这么说来，我之前的hek293一次实验中的5个孔，算不算technical replicate呢？
因为虽然lipo和dna是一起混的，但事先铺在板子里的细胞算是same sample吗？

【在 f*****n 的大作中提到】

: 最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
: 一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
: 我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
: 个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
: 以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
: 我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
: replicate呢？
: 而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
: 之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
: nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。

G*G2016-09-06 07:09

6 楼

我想问您一个生物问题。什么叫allele？
是不是这样理解allele？
chromosome有一对。如果对应位置上的gene不一样。
他们就是allele
所以我们有AA，Aa，aA， aa
我还有以下问题：
1）SNP是不是只有AT变换和GC变换？
一个allele，可能存在多个snp吗？

5
孔。

【在 f*****n 的大作中提到】

: 最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
: 一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
: 我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
: 个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
: 以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
: 我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
: replicate呢？
: 而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
: 之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
: nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。

p*l2016-09-06 07:09

7 楼

allele: one of a number of alternative forms of the same genetic locus (from
wiki)
人是diploid，所以对于每一个人来说，每一个genetic locus上都有两个allele（XY除
外）。
allele是对于haploid genome来说的，对于人来说称作genotype更合适，例如AA Aa/aA
aa是三种genotype。楼主说的检测不同allele，我的猜测是检测携带homozygous AA/
aa genotype（而非allele）的细胞，因为细胞不可能是单倍体（除生殖细胞）。
SNP不止存在AT和GC变换，可以从ATGC中的任何一个变到ATGC中的任何另一个，有
transition和transversion的区别。
一个allele，可能存在多个snp吗？
这里概念搞错了。SNP是指一个位点上在群体里有不同的allele，比如你带AA，我带Aa
。而allele指的是A或a。
如果你的问题是，一个SNP，可能存在多个allele吗？当然可能，有tri-allelic的SNP
的，当然绝大多数的SNP都是bi-allelic，因为在同一个点上发生两次突变的概率极低。

【在 G***G 的大作中提到】

: 我想问您一个生物问题。什么叫allele？
: 是不是这样理解allele？
: chromosome有一对。如果对应位置上的gene不一样。
: 他们就是allele
: 所以我们有AA，Aa，aA， aa
: 我还有以下问题：
: 1）SNP是不是只有AT变换和GC变换？
: 一个allele，可能存在多个snp吗？
:
: 5

G*G2016-09-06 07:09

8 楼

我认真想了想。重新组织了我的问题。
假设一个基因段：起点 loci 位置坐标是1
终点 loci位置坐标是100
通过研究，我们发现loci 34 和 loci 35 这两个位置会发生变异（GC，AT的转变），
且每个loci，只有两种变异。
那么我们可以说，“在loci34，我们发现了alleles，符号定义为A和a”
"在loci35，我们发现了alleles，符号定义为B和b"
我的问题是：当我们说起alleles的时候，它们永远都是一个位点（loci）上的SNP。
有没有可能，当我们说A和a的时候，它们可能包括至少两个位点上的变异，而不是仅仅
在一个位点上的变异？
其实，我就是想知道SNP 是一个位点上的变化。那么alllele是一个位点上的变化的产
物吗？如果是，每一个allele就是一个snp。每一个snp也是一个allele。
我就是想知道snp和allele的对应关系。

from
aA

【在 p**********l 的大作中提到】

: allele: one of a number of alternative forms of the same genetic locus (from
: wiki)
: 人是diploid，所以对于每一个人来说，每一个genetic locus上都有两个allele（XY除
: 外）。
: allele是对于haploid genome来说的，对于人来说称作genotype更合适，例如AA Aa/aA
: aa是三种genotype。楼主说的检测不同allele，我的猜测是检测携带homozygous AA/
: aa genotype（而非allele）的细胞，因为细胞不可能是单倍体（除生殖细胞）。
: SNP不止存在AT和GC变换，可以从ATGC中的任何一个变到ATGC中的任何另一个，有
: transition和transversion的区别。
: 一个allele，可能存在多个snp吗？

Z*52016-09-06 07:09

9 楼

我觉得对你这个实验来说，在293细胞中做的只有technical replicate，没有
biological replicate，实验本身也不需要biological replicate。
在neuron中做的话，如果只有一个来源的细胞系，也是只需要technical replicate即
可；如果在不同细胞系或者原代细胞中重复的话，才叫biological replicate吧？

s*s2016-09-06 07:09

10 楼

这个biological和technical的不过是为了区分方便而已，没啥实际意义，
需要你纠结的时候，就说明这种提法不够准确了。
其实考虑这些问题非常的直接，你的统计学结论的scope是什么。你一次
铺5个，最后能做出的结论就是“9月12日我的实验结果说明a和b不一样“；
你第二天再搞一次，结论就是”9月12日和13日的实验结果说明a和b不一样“。
其实你想要的结论是“a和b不一样”，你所有的实验都没法推出这个结果，
你从前面两个实验的结果来推，这叫做extrapolation. 要注意，extrapolation
都是不靠谱的，当然你做两次试验比只做一次相对靠谱一点。至于啥biological/
technical都没啥区别，你第一次的实验想对mix好了测5次也算是biological，
你第二次试验相对于重新买一批hek293重做也算technical, 程度不同而已

5
孔。

【在 f*****n 的大作中提到】

: 最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
: 一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
: 我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
: 个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
: 以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
: 我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
: replicate呢？
: 而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
: 之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
: nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。

y*w2016-09-06 07:09

11 楼

In your experiment, the experiment unit is the individual sample in each
well. You have multiple experiment units with each group (A vs. B). Just
simply compare A with B, with 10 experiment units within each group, by
combining your experiment on the first day and that two days later.