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怎样把WormBase ID批处理成基因名字
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怎样把WormBase ID批处理成基因名字# Biology - 生物学
g*n
1
最近做了RNA seq,然后生物信息员把表达有差异的基因发了张表格给我,但基因的名
字都是用WormBase ID来显示(比如WBGene00000665)。请问有没有什么办法把这些
WormBase ID成批的转变为基因的名字。最好是能够online直接convert的。
谢谢
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U*s
2
试试这个:
https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp

【在 g*****n 的大作中提到】
: 最近做了RNA seq,然后生物信息员把表达有差异的基因发了张表格给我,但基因的名
: 字都是用WormBase ID来显示(比如WBGene00000665)。请问有没有什么办法把这些
: WormBase ID成批的转变为基因的名字。最好是能够online直接convert的。
: 谢谢

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g*n
3
非常感谢
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Y*U
4
楼上说的方法很方便,但是我印象中可能不全,会漏掉一部分基因,我可以提供给你一
个表格,是WB name和public name以及sequence name的对应
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g*n
5
谢谢YANYOU,请问怎么能拿到你说的表格?
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Y*U
6
你给你邮箱,我发给你?

【在 g*****n 的大作中提到】
: 谢谢YANYOU,请问怎么能拿到你说的表格?
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g*n
7
[email protected]/* */
谢谢
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r*4
8
For the future reference:
Wormbase下面有一个FTP site, 里面点releases/WS2xx/species/c_elegans/
annotation/geneIDs.WS2xx.gz,
下载下来用任意文本编辑器打开是长这样的:
...
WBGene00000010,aat-9,Y53H1C.1
...
如果会用python/pandas或者其它什么工具的话可以自动对应。
估计你们RNAseq分析不是用的WS database,一般都是ce10或者什么,不过map一下ID和
name还是没什么问题的。
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g*n
9
谢谢ros24 :)
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