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ChIP-seq的size selection是必须的吗？

ChIP-seq的size selection是必须的吗？# Biology - 生物学

C*g2017-01-27 08:01

1 楼

instantly approved.
but found gave the wrong hotel account member # when I applied..., can it be
corrected when I activate the card? thanks a lot!

n*u2017-01-27 08:01

2 楼

【以下文字转载自 Hardware 讨论区】
发信人: toofar (忆当时年少春衫薄), 信区: Hardware
标题: 日啊，感恩节刚买了台thinkpad，现在同样的配置价钱跌了50.。。
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 29 10:36:05 2011, 美东)
有办法让lenovo给我返这50刀么？

j*g2017-01-27 08:01

3 楼

以前我做ChIP-seq都有size selection这一步，最早是切胶，后来用Ampure XP beads。
现在的测序facility说他们都不做这一步，只要shearing的还行的话，没必要。
请问是这样吗？

J*g2017-01-27 08:01

4 楼

why not call chase CSR?

B*e2017-01-27 08:01

5 楼

今儿个早上才买的股票，嗖嗖的就插水了。。。
能找SEC给返回来么？

l*r2017-01-27 08:01

6 楼

凡是要选size的都是伪科学

beads。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 以前我做ChIP-seq都有size selection这一步，最早是切胶，后来用Ampure XP beads。
: 现在的测序facility说他们都不做这一步，只要shearing的还行的话，没必要。
: 请问是这样吗？

C*g2017-01-27 08:01

7 楼

thanks for your reply. i will call CSR tomorrow. what a silly mistake...

【在 J*******g 的大作中提到】

: why not call chase CSR?

P*e2017-01-27 08:01

8 楼

黑色星期五娶的老婆今天就查出怀孕了，谁还能找比这好的deal吗？

【在 B********e 的大作中提到】

: 今儿个早上才买的股票，嗖嗖的就插水了。。。
: 能找SEC给返回来么？

f*e2017-01-27 08:01

9 楼

不能这么说，这size不是真正意义上的selection，比如next500，基本500bp以上的都
会丢失掉，放在里面只是浪费了loading的量而已

: 凡是要选size的都是伪科学

: beads。

【在 l******r 的大作中提到】

: 凡是要选size的都是伪科学
:
: beads。

n*92017-01-27 08:01

10 楼

u can send an message to correct and merge

r*e2017-01-27 08:01

11 楼

买一送一,赚了

【在 P******e 的大作中提到】

: 黑色星期五娶的老婆今天就查出怀孕了，谁还能找比这好的deal吗？

j*g2017-01-27 08:01

12 楼

也就是说如果shearing的好就不用做size selection？
[在 finixtree (alix) 的大作中提到：]
:不能这么说，这size不是真正意义上的selection，比如next500，基本500bp以上的都
:会丢失掉，放在里面只是浪费了loading的量而已
: : 凡是要选size的都是伪科学
: : beads。
:

b*12017-01-27 08:01

13 楼

赶紧再买一台, 就返回25刀.

【在 n*********u 的大作中提到】

: 【以下文字转载自 Hardware 讨论区】
: 发信人: toofar (忆当时年少春衫薄), 信区: Hardware
: 标题: 日啊，感恩节刚买了台thinkpad，现在同样的配置价钱跌了50.。。
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 29 10:36:05 2011, 美东)
: 有办法让lenovo给我返这50刀么？

y*u2017-01-27 08:01

14 楼

have you ever done any chip seq?

【在 l******r 的大作中提到】

: 凡是要选size的都是伪科学
:
: beads。

t*r2017-01-27 08:01

15 楼

刚给lenovo打电话了寄出去quote了

【在 n*********u 的大作中提到】

j*g2017-01-27 08:01

16 楼

?
[在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
:have you ever done any chip seq?

t*r2017-01-27 08:01

17 楼

楼上的土鳖们，知不知道什么叫price adjustment？
脑袋僵化就要多问，don't jump to conclusion without doing any research.

【在 b*****1 的大作中提到】

: 赶紧再买一台, 就返回25刀.

y*u2017-01-27 08:01

18 楼

最好要size selection
对判断peak summit也有帮助
Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为size
selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。
你shear完的size和chip后的size以及最后effective建库的size根本不是一回事
最科学的做法是adaptor ligation完做size selection再library amplify

【在 j*********g 的大作中提到】

: 也就是说如果shearing的好就不用做size selection？
: [在 finixtree (alix) 的大作中提到：]
: :不能这么说，这size不是真正意义上的selection，比如next500，基本500bp以上的都
: :会丢失掉，放在里面只是浪费了loading的量而已
: : : 凡是要选size的都是伪科学
: : : beads。
: :

h*e2017-01-27 08:01

19 楼

很多网站一个月内提供PRICE MATCH

【在 n*********u 的大作中提到】

j*g2017-01-27 08:01

20 楼

你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的facility坚持
认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp到1kb的
宽峰…
怎么说服他做size selection？
话说为什么size selection 保真度更高？
[在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
:最好要size selection
:对判断peak summit也有帮助
:Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为size
:selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。
:你shear完的size和chip后的size以及最后effective建库的size根本不是一回事
:最科学的做法是adaptor ligation完做size selection再library amplify

o*12017-01-27 08:01

21 楼

多买多返，买两台就返回33.33刀，买十台就返回45刀。买一百台就返回
49.51刀，就很接近现价了。

【在 b*****1 的大作中提到】

: 赶紧再买一台, 就返回25刀.

f*e2017-01-27 08:01

22 楼

size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq，1kb也没有什么问题。传统
的用truseq kit建rna seq库，一般是没有必要size selection的，镁离子化学断裂非
常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点，如果是sonication shear的不好的
话，ip下来的片段就可能会大很多，但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
，也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择，因为大片段本来就不多。测序时到
flow cell 上cluster的时候也就都丢了，无所谓。

: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的
facility坚持

: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp
到1kb的

: 宽峰…

: 怎么说服他做size selection？

: 话说为什么size selection 保真度更高？

: [在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]

: :最好要size selection

: :对判断peak summit也有帮助

: :Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为
size

: :selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的facility坚持
: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp到1kb的
: 宽峰…
: 怎么说服他做size selection？
: 话说为什么size selection 保真度更高？
: [在 yiersanmumu (一二三木木) 的大作中提到：]
: :最好要size selection
: :对判断peak summit也有帮助
: :Chip-Seq和RNA-Seq analyzing principle不一样，没分析过的人下意识地以为size
: :selection会损坏信息的保真度，其实selection后信息保真度更高。

X*82017-01-27 08:01

23 楼

现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗？

100bp

【在 f*******e 的大作中提到】

: size selection也可以在建库完成后。如果用的是hi seq，1kb也没有什么问题。传统
: 的用truseq kit建rna seq库，一般是没有必要size selection的，镁离子化学断裂非
: 常的好。chipseq ip的大小一般会比input大一点，如果是sonication shear的不好的
: 话，ip下来的片段就可能会大很多，但是mnase digestion好的话的基本pattern不会变
: ，也就是如果超声shear的好的话确实不需要选择，因为大片段本来就不多。测序时到
: flow cell 上cluster的时候也就都丢了，无所谓。
:
:
: 你说的很对，recommended的protocol都是size selection。但是我们的
: facility坚持
:
: 认为没必要，他不size selection，测序前library跑的bioanalyzer是个100bp

j*g2017-01-27 08:01

24 楼

测全长是什么意思？最长也就2*150吧，而且谁会测那么长呢？
[在 Xiaotan98 (笑谈) 的大作中提到：]
:现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗？

X*82017-01-27 08:01

25 楼

好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。

【在 j*********g 的大作中提到】

: 测全长是什么意思？最长也就2*150吧，而且谁会测那么长呢？
: [在 Xiaotan98 (笑谈) 的大作中提到：]
: :现在难道不都是测全长以防漏掉splicing variants吗？

f*e2017-01-27 08:01

26 楼

你们学校用的什么平台，你找他家的kit看看就知道了

: 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。

【在 X*******8 的大作中提到】

: 好像是说要检测splicing variants. 我前几天看到的。