板上有人做phylogenetic tree的比较吗 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

板上有人做phylogenetic tree的比较吗

板上有人做phylogenetic tree的比较吗# Biology - 生物学

b*n2017-04-10 07:04

1 楼

超市买的即使非常不新鲜的丝瓜都不会有发苦现象
自己第一次种居然结果了本来很兴奋昨天试吃一根味道不好
请问会是什么原因呢
品种问题嘛？（自种比超市买的皮颜色深）
谢谢
网上也搜了一下
自认为能排除的原因如下
光照不足
授粉串粉
虫子叮咬
初期蔓被踩压

c*y2017-04-10 07:04

2 楼

一组数据一个是RAxML做的ML tree, 一个是fast tree 做的approximated ML tree. 相
比较下有多大区别？
多谢了！

x*22017-04-10 07:04

3 楼

还有种在松树根边。
苦的不能吃，有毒素。

j*g2017-04-10 07:04

4 楼

RAxML应该就可以算的。
https://en.wikipedia.org/wiki/Robinson%E2%80%93Foulds_metric

b*n2017-04-10 07:04

5 楼

倒是没在松树边上
那可能就是和土壤有关了
谢谢提醒
昨天吃完才放狗搜的看到说有毒也是吓了一跳
好痛苦好痛苦啊原本以为终于吃上我最爱的丝瓜了哎

【在 x******2 的大作中提到】

: 还有种在松树根边。
: 苦的不能吃，有毒素。

G*G2017-04-10 07:04

6 楼

This is meaningless.
you only know the distance between them.
but you don't know which one is better and which one is worse.
just like you get two values, x and y, and you know that |x-y| = 3.

【在 j****g 的大作中提到】

: RAxML应该就可以算的。
: https://en.wikipedia.org/wiki/Robinson%E2%80%93Foulds_metric

G*a2017-04-10 07:04

7 楼

可能有两个原因：
1，是否与苦瓜种的近了？造成了交叉授粉
2，是否是种的时候伤了根儿了？

j*g2017-04-10 07:04

8 楼

人家只是要比较有多大区别啊，没要比较哪个好，哪个坏。

m*i2017-04-10 07:04

9 楼

被马蜂叮了

c*y2017-04-10 07:04

10 楼

我读RAxML manual，只有inference啊，能具体解释下如何用RAxML计算吗？
多谢了！

【在 j****g 的大作中提到】

: RAxML应该就可以算的。
: https://en.wikipedia.org/wiki/Robinson%E2%80%93Foulds_metric

m*i2017-04-10 07:04

11 楼

被马蜂叮了

p*t2017-04-10 07:04

12 楼

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0027731
and there are many other papers on the issue. My experience is that FastTree
is a lot less accurate but much faster.

【在 c***y 的大作中提到】

: 我读RAxML manual，只有inference啊，能具体解释下如何用RAxML计算吗？
: 多谢了！

g*y2017-04-10 07:04

13 楼

我的丝瓜花天天有马蜂叮，长出丝瓜来还老有蚂蚁在上面。不会这样就苦了吧

【在 m**i 的大作中提到】

: 被马蜂叮了

G*G2017-04-10 07:04

14 楼

distance is also not comparable.
For example, if the result tell you the distance between them is 1000, you
don't know it is far away from each other or not.
1000 can be big, 1000 can be small too.

【在 j****g 的大作中提到】

: 人家只是要比较有多大区别啊，没要比较哪个好，哪个坏。

y*22017-04-10 07:04

15 楼

也搜了一下，觉得这个靠谱
＂
丝瓜味苦的诱因大致有三：（1）品种自身遗传；（2）环境条件突变；（3）栽培管理
矢控
苦味物质是一种葡萄甙，并有两种异物体，丝瓜的苦味源于葫芦素C，正因为丝瓜植物
体内含有这种叫葫芦素C的物质才有苦味，这种物质不仅存于植物体内，而且存在于丝
瓜果实的表皮内，葫芦素C一般靠近果梗部分，其苦味较浓，果肉一般没有苦味。带有
苦味的植株与不带苦味的杂交，子代果实是苦的。
野生的丝瓜体内通常含有一种很苦的物质叫糖甙，糖甙可以防止其它动物吃掉他的种子
，从而大大有利于后代的繁殖。随着农业的不断发展，劳动人民慢慢学会了栽培丝瓜。
在长期人工选择下，丝瓜渐渐向人需要的方向不断发展，苦味物质渐渐消失。但是也有
很多丝瓜的瓜柄处还残留少许的葡萄糖甙，所以尝起来会很苦。
有些丝瓜并不是长柄端处苦，而是整条瓜都特别苦，这又是什么原因呢?因为生物的演
化方向有两种，一种是向前发展被称为进化，这就是生物进化的主流。生物也会向反方
向发展，称为返祖现象。某个植株又恢复了许多合成葡萄糖甙的能力。由于天气变化阴
晴不定，营养供给不良，遭遇虫害或丝瓜藤受损伤等，易产生苦丝瓜。
苦丝瓜是能够遗传的，把苦丝瓜的种子种下去，过不了多久长出的丝瓜也一定是苦的，
并且几代后还是苦的。这是由于植物的各种不同性状是由基因控制的，丝瓜的苦味也是
由其中一对基因控制的，并且很易表现(显性基因)，因此只要苦味基因存在丝瓜便一定
有苦味。基因是可以遗传的。
为了避免苦丝瓜给生产带来损失，留种时一定要把带苦味的删除掉，种植时一定要注意
合理灌溉，并且及时除草杀虫，尤其要避免损伤植物体。
＂

【在 b**n 的大作中提到】

: 超市买的即使非常不新鲜的丝瓜都不会有发苦现象
: 自己第一次种居然结果了本来很兴奋昨天试吃一根味道不好
: 请问会是什么原因呢
: 品种问题嘛？（自种比超市买的皮颜色深）
: 谢谢
: 网上也搜了一下
: 自认为能排除的原因如下
: 光照不足
: 授粉串粉
: 虫子叮咬

t*z2017-04-10 07:04

16 楼

你没法知道哪个树好，因为你不知道进化的真相是什么，除非你用的是模拟数据而非真
实数据。
除了RF距离，可以考虑用Consel做一下拓扑学假设检验。你得事先有可以用拓扑表示的
假设（例如：人跟猴子近而不是跟老鼠近），然后用RAxML基于这些假设（固定的拓扑
限制）建树，然后看似然值的差异，并计算显著性。Consel自动化了一些常见检验。

M*D2017-04-10 07:04

17 楼

这种树之间的距离能代表什么？
比如tree A和tree B之间的距离是d1
tree A和tree C之间的距离是d1+delta
如果delta>0, 我们可以说tree C离 tree A更近吗？
也就是tree C更能反应tree A?
tree C 中的种群关系比 tree B中的种群关系更接近 tree C?

【在 t*****z 的大作中提到】

: 你没法知道哪个树好，因为你不知道进化的真相是什么，除非你用的是模拟数据而非真
: 实数据。
: 除了RF距离，可以考虑用Consel做一下拓扑学假设检验。你得事先有可以用拓扑表示的
: 假设（例如：人跟猴子近而不是跟老鼠近），然后用RAxML基于这些假设（固定的拓扑
: 限制）建树，然后看似然值的差异，并计算显著性。Consel自动化了一些常见检验。

c*y2017-04-10 07:04

18 楼

那么一个新的tree inference 算法出来，如何做评估呢？

【在 M***D 的大作中提到】

: 这种树之间的距离能代表什么？
: 比如tree A和tree B之间的距离是d1
: tree A和tree C之间的距离是d1+delta
: 如果delta>0, 我们可以说tree C离 tree A更近吗？
: 也就是tree C更能反应tree A?
: tree C 中的种群关系比 tree B中的种群关系更接近 tree C?

t*z2017-04-10 07:04

19 楼

作为生物学家而非数学家，我们完全可以这么认为。注意是整个树的拓扑结构更接近，
不是具体某两个类群更接近。

【在 M***D 的大作中提到】

j*g2017-04-10 07:04

20 楼

通过模拟实验。

【在 c***y 的大作中提到】

: 那么一个新的tree inference 算法出来，如何做评估呢？

M*P2017-04-10 07:04

21 楼

你这个不清楚的话，估计文章也发不到什么好地方去。

【在 c***y 的大作中提到】

: 那么一个新的tree inference 算法出来，如何做评估呢？

c*y2017-04-10 07:04

22 楼

能推荐些paper吗？

【在 j****g 的大作中提到】

: 通过模拟实验。