我对Co-IP很confused - 未名空间MITBBS历史存档

t*p2010-04-02 07:04

1 楼

我看了这么多文章，听了这么多报告，给我产生一个印象，就是两个蛋白你想着让他们
相互结合，Co-IP就做得出来。
我记得一哈佛大牛，感觉某个蛋白的整个下游都结合来结合去，然后画了一个巨大的复
杂的complex。多年过去了，会上谁都不提这个model。
我总觉得Co-IP有什么窍门，整整就能让想要的结果不同于control。不知各位版友有没
有类似的感觉？

I*y2010-04-02 07:04

2 楼

对于over-express的蛋白想不结合都难，我觉得。所以我对CO-IP的结果不是很看重，我
更喜欢看Kd的测量结果

【在 t****p 的大作中提到】

: 我看了这么多文章，听了这么多报告，给我产生一个印象，就是两个蛋白你想着让他们
: 相互结合，Co-IP就做得出来。
: 我记得一哈佛大牛，感觉某个蛋白的整个下游都结合来结合去，然后画了一个巨大的复
: 杂的complex。多年过去了，会上谁都不提这个model。
: 我总觉得Co-IP有什么窍门，整整就能让想要的结果不同于control。不知各位版友有没
: 有类似的感觉？

h*82010-04-02 07:04

3 楼

有个德国朋友，做了MICROARRAY, 发现了一个很有趣的蛋白和他研究的那个相结合。
GST pull down也很好。
结果CO了半年了，还是CO 不出来。他老也不急，接着CO.....
惭愧，俺看来以后做不了科研了。找个工作混口饭吃才是正道。

【在 t****p 的大作中提到】

: 我看了这么多文章，听了这么多报告，给我产生一个印象，就是两个蛋白你想着让他们
: 相互结合，Co-IP就做得出来。
: 我记得一哈佛大牛，感觉某个蛋白的整个下游都结合来结合去，然后画了一个巨大的复
: 杂的complex。多年过去了，会上谁都不提这个model。
: 我总觉得Co-IP有什么窍门，整整就能让想要的结果不同于control。不知各位版友有没
: 有类似的感觉？

r*r2010-04-02 07:04

4 楼

it is not true. although this method will introduce some artificial stuff,
it is not easy to get nice interaction data in most times if you do the
endogenous co-ip. but overexpressed co-ip is not that solid.

【在 t****p 的大作中提到】

: 我看了这么多文章，听了这么多报告，给我产生一个印象，就是两个蛋白你想着让他们
: 相互结合，Co-IP就做得出来。
: 我记得一哈佛大牛，感觉某个蛋白的整个下游都结合来结合去，然后画了一个巨大的复
: 杂的complex。多年过去了，会上谁都不提这个model。
: 我总觉得Co-IP有什么窍门，整整就能让想要的结果不同于control。不知各位版友有没
: 有类似的感觉？

t*m2010-04-02 07:04

5 楼

要想质疑别人的 co-ip 结果最简单了:
你拿 A co 到了 B, 告诉我看到了 A-B interaction
但是你怎么知道不是 A-X-B interaction 呢?
当然, 有其他solid数据支持另说

【在 r****r 的大作中提到】

: it is not true. although this method will introduce some artificial stuff,
: it is not easy to get nice interaction data in most times if you do the
: endogenous co-ip. but overexpressed co-ip is not that solid.

a*e2010-04-02 07:04

6 楼

For co-IP, until you are using purified proteins or you can isolated the
complex, it most likely indicates that these two proteins can co-present in
some complex.
More importantly, you have to test whether these interactions are
functionally meaningful and important.

r*r2010-04-02 07:04

7 楼

coip本来就不是用来证明直接相互作用的

【在 t**m 的大作中提到】

: 要想质疑别人的 co-ip 结果最简单了:
: 你拿 A co 到了 B, 告诉我看到了 A-B interaction
: 但是你怎么知道不是 A-X-B interaction 呢?
: 当然, 有其他solid数据支持另说

t*82010-04-02 07:04

8 楼

我以前做的两蛋白，还得要先cross-link处理才Co-IP出来。不过那个课题没接着做。

h*n2010-04-02 07:04

9 楼

我觉得, endougenous才是王道.
co-ip只是一个supportive evidence, not definitive.

p*i2010-04-02 07:04

10 楼

俺以前做很多CO-IP……
確實是有很大的“可操作”的空間……
樓上說的也都挺有道理，只有一個CO-IP貌似是不行的，
比如要證明是DIRECT的BINDING，或者MAP出是哪一個DOMAIN去BIND

【在 t****p 的大作中提到】

: 我看了这么多文章，听了这么多报告，给我产生一个印象，就是两个蛋白你想着让他们
: 相互结合，Co-IP就做得出来。
: 我记得一哈佛大牛，感觉某个蛋白的整个下游都结合来结合去，然后画了一个巨大的复
: 杂的complex。多年过去了，会上谁都不提这个model。
: 我总觉得Co-IP有什么窍门，整整就能让想要的结果不同于control。不知各位版友有没
: 有类似的感觉？

n*82010-04-02 07:04

11 楼

To me, co-IP endogenous protein is not easy.... (quality of antibody, buffer
, temporary or weak binding/co-presence...)