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作array cluster analysis的时候 用Pearson correlation和Euclidean Distance有什么区别？
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作array cluster analysis的时候 用Pearson correlation和Euclidean Distance有什么区别？# Biology - 生物学
l*f
1 楼
我credit score还行，credit KARMA上查的750多分，
但是前年刚来的时候不懂事，乱申请一堆卡，结果上次申请了一次blue cash卡杯具了
，说too many recent credit inquiries.
想要一张AMEX的卡抢DAILY WISH的deal，extended warranty,还有租车的短期保险
希望大虾能给小弟推荐一张，谢谢啦~~！
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d*0
2 楼
80块no rebate可以进一个
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h*o
3 楼
最近作了一些Taqman的Low Density Array (LDA), 老板要cluster analysis
Array 小白，只会用data analysis assist那个软件, 里面有2个 选项，
一个是Pearson's Correlation 一个是 Euclidean Distance。
哪位大侠能深入浅出的给讲讲，有什么区别？
如果我相比较组间gene expression区别有多大，是不是用Euclidean Distance 比较好？
谢谢！
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d*e
4 楼
blue for student

【在 l*****f 的大作中提到】
: 我credit score还行，credit KARMA上查的750多分，
: 但是前年刚来的时候不懂事，乱申请一堆卡，结果上次申请了一次blue cash卡杯具了
: ，说too many recent credit inquiries.
: 想要一张AMEX的卡抢DAILY WISH的deal，extended warranty,还有租车的短期保险
: 希望大虾能给小弟推荐一张，谢谢啦~~！
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p*t
5 楼
那也不叫崩盘啊
$8搞一个还差不多

【在 d*****0 的大作中提到】
: 80块no rebate可以进一个
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i*f
6 楼
如果数据是standard normalized的，correlation和Euclidean结果没什么区别

好？

【在 h*******o 的大作中提到】
: 最近作了一些Taqman的Low Density Array (LDA), 老板要cluster analysis
: Array 小白，只会用data analysis assist那个软件, 里面有2个 选项，
: 一个是Pearson's Correlation 一个是 Euclidean Distance。
: 哪位大侠能深入浅出的给讲讲，有什么区别？
: 如果我相比较组间gene expression区别有多大，是不是用Euclidean Distance 比较好？
: 谢谢！
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l*f
7 楼
这个。。能给个链接么。。。找了半天没找到。。是不是停止开放申请了？

【在 d******e 的大作中提到】
: blue for student
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d*0
8 楼
好吧

【在 p****t 的大作中提到】
: 那也不叫崩盘啊
: $8搞一个还差不多
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h*o
9 楼
standard normalized, 是指都normalized 到 control gene，i.e. b-actin 或
者18s RNA之类的吗？
谢谢
我pearson correlation和Euclidean都试过了
sample之间的cluster确实基本一样，个别的位置换了一下
但是不同gene之间的cluster就很多不一样

【在 i********f 的大作中提到】
: 如果数据是standard normalized的，correlation和Euclidean结果没什么区别
:
: 好？
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l*n
11 楼
你这个不叫崩盘
免费送都没人要才真正崩盘

【在 p****t 的大作中提到】
: 那也不叫崩盘啊
: $8搞一个还差不多
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s*x
12 楼
一般都用Euclidean Distance吧。

好？

【在 h*******o 的大作中提到】
: 最近作了一些Taqman的Low Density Array (LDA), 老板要cluster analysis
: Array 小白，只会用data analysis assist那个软件, 里面有2个 选项，
: 一个是Pearson's Correlation 一个是 Euclidean Distance。
: 哪位大侠能深入浅出的给讲讲，有什么区别？
: 如果我相比较组间gene expression区别有多大，是不是用Euclidean Distance 比较好？
: 谢谢！
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HQ
13 楼
欲速不达

【在 l*****f 的大作中提到】
: 我credit score还行，credit KARMA上查的750多分，
: 但是前年刚来的时候不懂事，乱申请一堆卡，结果上次申请了一次blue cash卡杯具了
: ，说too many recent credit inquiries.
: 想要一张AMEX的卡抢DAILY WISH的deal，extended warranty,还有租车的短期保险
: 希望大虾能给小弟推荐一张，谢谢啦~~！
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t*t
14 楼
8刀
不是崩盘是坏盘

【在 p****t 的大作中提到】
: 那也不叫崩盘啊
: $8搞一个还差不多
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R*0
15 楼
如果数据点的数量级差别比较大，没有normalization的话，用Euclidean Distance会
不合适

【在 s*********x 的大作中提到】
: 一般都用Euclidean Distance吧。
:
: 好？
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d*e
16 楼
刚才看了看,现在真的没有blue for student 了. 只有 blue了

【在 l*****f 的大作中提到】
: 这个。。能给个链接么。。。找了半天没找到。。是不是停止开放申请了？
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a9
17 楼
我倒是感觉希捷有点撑不住了。
现在有rebate的只让买一个，总感觉不太靠谱啊。至少得进2块组个raid吧。

【在 d*****0 的大作中提到】
: 80块no rebate可以进一个
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a*m
18 楼
normalization应当是指把所有的基因，或者变量放在一个尺度上，也就是一个变量之
内的sample为standarized normal,否则euclidean distance 不合适。
还是用correlation，与变量的尺度无关。
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l*n
19 楼
7200.11八刀一个我就要

【在 t**t 的大作中提到】
: 8刀
: 不是崩盘是坏盘
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h*o
20 楼
麻烦能不能再解释的清楚一点
我现在的case是就2个group, ctrl 和Treatment
用得actin+GAPDH做得internal control
所有其他的target 都normalize了
然后软件又给出了treatment group的fold change和P value
做cluster/heatmap的时候，有2个选择一个是Pearson Correlation一个是Euclidean
distance.
因为我就2个group，所以我想看看每个group的individual sample怎么cluster
发现不管用那个方法，图都还行，每组6个sample里面5个都cluster在一起，只有一个
会跳到另外一组的sample中间
但是pearson 和Euclidean的差别在于 不同的target gene被放在一起了
这个有区别吗？
谢谢

【在 a****m 的大作中提到】
: normalization应当是指把所有的基因，或者变量放在一个尺度上，也就是一个变量之
: 内的sample为standarized normal,否则euclidean distance 不合适。
: 还是用correlation，与变量的尺度无关。
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t*t
21 楼
坏的也要？

【在 l*****n 的大作中提到】
: 7200.11八刀一个我就要
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a*m
22 楼
pearson correlation and Euclidean distance are two common similarity metrics
. correlation coefficient is insensitive to difference in magnitude of the
variables, therefore it is regarded as a shape measurement. Euclidean
distance measure both magnitude and direction of change. It can be shown
that correlation and Euclidean distance are equivalent after standardization
. here standardization means all those samples are normal distributed with
mean 0 and SD 1.
some time, there could be some data specific preference for those two
methods, pick up one which gives good explanation to your result.
good luck
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t*t
23 楼
ST的XT系列不错

【在 a9 的大作中提到】
: 我倒是感觉希捷有点撑不住了。
: 现在有rebate的只让买一个，总感觉不太靠谱啊。至少得进2块组个raid吧。
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l*n
24 楼
有质保的就要

【在 t**t 的大作中提到】
: 坏的也要？
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t*t
25 楼
8刀的话，谁给你质保。

【在 l*****n 的大作中提到】
: 有质保的就要
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d*0
26 楼
有质保也没意思，送修运费都比这个贵

【在 t**t 的大作中提到】
: 8刀的话，谁给你质保。
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a9
27 楼
前两天买的1.5就是7200.11。心惊胆战的。

【在 t**t 的大作中提到】
: 8刀的话，谁给你质保。
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g*u
28 楼
想起了跳的第一个硬盘deal，120GB，两个rebate，算下来也差不多就是几块钱。

【在 p****t 的大作中提到】
: 那也不叫崩盘啊
: $8搞一个还差不多
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k*n
29 楼
先忍了
等家里硬盘不够了再说

【在 d*****0 的大作中提到】
: 80块no rebate可以进一个
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g*u
30 楼
我用了好几个月，暂时还没问题。当时去网站查了序列号，不在有问题那批里，当然不
在很多也出了问题。

【在 a9 的大作中提到】
: 前两天买的1.5就是7200.11。心惊胆战的。
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t*t
31 楼
120G应该是9年或者10年前的事了

【在 g***u 的大作中提到】
: 想起了跳的第一个硬盘deal，120GB，两个rebate，算下来也差不多就是几块钱。
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g*u
32 楼
那是刚出吧，没deal。可能是02年买的，记不太清楚了。

【在 t**t 的大作中提到】
: 120G应该是9年或者10年前的事了
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l*e
33 楼
没地方放了

【在 d*****0 的大作中提到】
: 80块no rebate可以进一个
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a*o
34 楼
目前最好的deal是啥？

【在 d*****0 的大作中提到】
: 80块no rebate可以进一个
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a9
35 楼
130-40?

【在 a*o 的大作中提到】
: 目前最好的deal是啥？
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d*t
36 楼
2T和1T比，同样的cach的话，速度一样快吗？

【在 d*****0 的大作中提到】
: 80块no rebate可以进一个
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a9
37 楼
ymmv啊。还有转速、单碟容量、cache用的好不好有关系呢。

【在 d**********t 的大作中提到】
: 2T和1T比，同样的cach的话，速度一样快吗？
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d*t
38 楼
同一个系列，同样转速，单碟容量等参数都一样的情况下呢？
比如2碟的1T和4碟的2T比，有差别么？

【在 a9 的大作中提到】
: ymmv啊。还有转速、单碟容量、cache用的好不好有关系呢。
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l*n
39 楼
应该就是td的green 2t

【在 a*o 的大作中提到】
: 目前最好的deal是啥？
avatar
a*o
40 楼
找不到link了，你还有吗？

【在 l*****n 的大作中提到】
: 应该就是td的green 2t
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r*e
41 楼
dealsea上两条前。

【在 a*o 的大作中提到】
: 找不到link了，你还有吗？
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a*o
42 楼
555 missed.

【在 r***e 的大作中提到】
: dealsea上两条前。
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