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JC: 从果蝇怕热到烈士基因
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JC: 从果蝇怕热到烈士基因# Biology - 生物学
p*m
1 楼
今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
扫了一眼figure就全明白了...
简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
（可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
据这个给它起了个“约束带”的名字 就跟一个癫痫病人被绑在床上差不多。。此为作
者估计 如有错误恕不道歉。。)
按说就这么完了 或者再多来点data的话（比如表达该基因的neuron有啥功能 和
peripheral neuron的关系 和已知的TRP family gene有啥关系 blabla之类的）发发
CNS也不会有太多问题了。结果人家没完。。。首先，先上了个该gene老鼠homolog的KO
。好 不错 phenotype类似。。这样发CNS是不是心安理得了？
没有~作者们发扬一不怕苦二不怕死的精神，为有牺牲多壮志敢叫日月换新天，搞来了
快200个人志愿者，要看看人类的痛觉反应和该基因在人里面的homolog的polymorphism
有没有关系。结论还是 有。。于是一个gene被从果蝇做到了老鼠做到了人，按说这时
候这帮人该消停了吧？
结果我错了，整个故事才发展到半山腰呢。作者们抱着要把该基因做完做大 让后人无
事可做的精神，要来搞清楚该gene是怎么参与nociception的了。他们首先看了该gene
在老鼠里的表达，发现表达在脑子各处，这个并不奇怪，奇怪的是它居然没有出现在传
导痛觉信号至关重要的脊柱和背角神经节里面。换句话说，这个东东不像已经研究了几
十年的TRP channel那样直接参与了痛觉的感受和向心传导，而很有可能参与了痛觉在
脑子里的处理加工。
于是为了看看该gene怎么参与了痛觉的高级处理，作者们又把可怜的老鼠塞进了fMRI，
要看看突变老鼠对痛有没有异样的情愫。。他们发现，突变小老鼠对痛的感知大概是正
常的，因为痛觉在脑子里的初级输入，丘脑，对痛的反应强度没有明显的变化；相反地
，这些老鼠大概天生大条 或者天生是当地下党员不怕严刑拷打的材料，丘脑把痛觉信
号传递给更高级的皮层的时候，这些老鼠嘛事没有！体感皮层没反应，情绪区域也没反
应，也好像没有准备临阵脱逃当汉奸的意思。。。（lol）他们还神奇的发现，该种小
老鼠，每次遇到痛的时候，虽然它们不跑不叫总是默默忍受，但是他们好像会眼睛发亮
，耳朵耳鸣，突然闻道刺鼻的气味。。换句话说，好像痛觉信号被他们处理成了别的感
觉信号！
我很怀疑作者们终于停下来自己喘口气的时候会默默地反问自己 我tmd这是干什么呢。
。。如果停在果蝇 停在老鼠，甚至哪怕是停在human，我们就轻轻松松的发个CNS不就
完了么。。结果怎么搞出这么个奇怪的phenotype来？不过好在，虽然他们可能一辈子
也搞不清一个Ca2+ channel protein怎么能让痛变成声音，变成图像，变成味道
blablabla..但是人类里面居然是有这种病的！比如说常见的一种是，病人看到字母会不自觉地觉得
它们是有颜色的 而且他们通常不会觉得这个有啥不对头的 直到他们发现别人从来不觉
得字母本身就有颜色（我为什么很邪恶的想到了两个蛋蛋的故事？）更邪门的是，居然
病人之间还是有普遍性的，比如说大多数病人觉得 A是红色的（是不是很可爱。。）再
比如说，有些病人看到听到一个单词的时候，会觉得嘴巴里有味道（比如说 听到
accept就觉得像吃了俩咸鸭蛋一样是不是很过瘾。。）
于是作者们欣喜若狂的为自己的mutant老鼠找到了个可爱的解释，然后幸福的结束了他
们从无脊椎动物到人类的漫长旅途。。给我们留下了大大小小的谜团和疑雾：这个名叫
约束带的基因到底是干啥玩意儿的？在果蝇里它参与了痛觉的感受，痛觉的反应还是连
接两者？更重要的是表达它的神经 还是它自己？在老鼠里它怎么调节了痛觉从丘脑到
皮层的传递？又是怎么把痛觉拐到声音图像上去的？它的作用是特异的还是就是简单的
搞乱了小老鼠的脑子？在人里面，它控制的是迟钝麻木，还是意志坚强，还是某种不该
有的感觉错乱？。。。
最重要的 以后没事别抓个行为瞎作RNAi screen!
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y*i
2 楼
太牛了

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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a*d
3 楼
牛文，LZ也分析得很有意思，偶马上去读读看：）
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a*k
4 楼
我是进来拜的。。。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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l*i
5 楼
偶也来跟风拜拜！

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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t*p
6 楼
Great!

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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p*m
7 楼
ls的同修不要光拜paper不说话哈 hoho 其实这paper倒是和我想做的思路很像：就是在
果蝇里用RNAi-screen+behavior screen找参与调节行为的东西，然后拿到老鼠/鱼里做
circuitry。
唯一的区别是他们的RNAi screen是个pan-neuronal的，因此找到的东西就没有什么
specificity 很多时候也说不清找到的gene到底是干啥的（本文的gene其实反倒是可以
在果蝇里深入作一作的 因为表达很幸运的很特异，不过他们没有做），如果换个很特
异的neuronal population作screen就会更有效；当然反过来也许找到的东西没有那么
有趣 呵呵
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b*l
8 楼
跟着拜

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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p*s
9 楼
拜，虽然看不懂，哈哈

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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y*i
10 楼
"换个很特异的neuronal population作screen" 这个不可能吧。一般而言只能用
phenotype screen，然后在得到的基因中找特异表达的做。
也有人对一类蛋白的功能感兴趣，就把这些蛋白都做 in situ，在其中找特异表达的做
。听说这篇就是这么做出来的。
http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSS-50RVWBM-7&_user=10&_coverDate=08%2F12%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=browse&_origin=browse&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f6364c3daf6881940a470f4e22fbb

【在 p*****m 的大作中提到】
: ls的同修不要光拜paper不说话哈 hoho 其实这paper倒是和我想做的思路很像：就是在
: 果蝇里用RNAi-screen+behavior screen找参与调节行为的东西，然后拿到老鼠/鱼里做
: circuitry。
: 唯一的区别是他们的RNAi screen是个pan-neuronal的，因此找到的东西就没有什么
: specificity 很多时候也说不清找到的gene到底是干啥的（本文的gene其实反倒是可以
: 在果蝇里深入作一作的 因为表达很幸运的很特异，不过他们没有做），如果换个很特
: 异的neuronal population作screen就会更有效；当然反过来也许找到的东西没有那么
: 有趣 呵呵
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l*e
11 楼
is fly neuronal rnai effective? co-expression of dicer 2 gene may somehow
promote siRNA dependent silencing, but in general, it raises a concern for
the efficiency of neuronal rnai... anyway, their controls must be well-done.
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p*m
12 楼
可以的 打个比方吧 如果果蝇也有DRG，那可以在DRG+ neuron里面做这个RNAi screen,
这样你至少知道你找到的基因一定是和DRG的功能有关系的 下面就好做。当然，这样你
就没办法找到新的neuronal population，这个可以用gal4 screen互补。
你说这个思路在老鼠里很多人用阿 allen brain atlas就是这个目的 呵呵 你举的这个
倒是看着不太典型（不是unbiased）。再比如说这个 也算是当年神作。。http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/306/5705/2255

【在 y***i 的大作中提到】
: "换个很特异的neuronal population作screen" 这个不可能吧。一般而言只能用
: phenotype screen，然后在得到的基因中找特异表达的做。
: 也有人对一类蛋白的功能感兴趣，就把这些蛋白都做 in situ，在其中找特异表达的做
: 。听说这篇就是这么做出来的。
: http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSS-50RVWBM-7&_user=10&_coverDate=08%2F12%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=browse&_origin=browse&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=f6364c3daf6881940a470f4e22fbb
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l*e
13 楼
is fly neuronal rnai effective? co-expression of dicer 2 gene may somehow
promote siRNA dependent silencing, but in general, it raises a concern for
the efficiency of neuronal rnai... anyway, their controls must be well-done.
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p*m
14 楼
不是很effective 至少在neuron里。所以才需要dicer
这个确实会raise些问题 比如offtarget 或者dicer generally disrupt normal siRNA
functioning.不过首先可以用表达dicer而不表达hpRNA作control,其次他们有两个独
立的hairpin有类似的phenotype，应该问题不会太大

done.

【在 l******e 的大作中提到】
: is fly neuronal rnai effective? co-expression of dicer 2 gene may somehow
: promote siRNA dependent silencing, but in general, it raises a concern for
: the efficiency of neuronal rnai... anyway, their controls must be well-done.
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y*i
15 楼
Screen可以做得很糙，只要后面做细了就没问题。

done.

【在 l******e 的大作中提到】
: is fly neuronal rnai effective? co-expression of dicer 2 gene may somehow
: promote siRNA dependent silencing, but in general, it raises a concern for
: the efficiency of neuronal rnai... anyway, their controls must be well-done.
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o*r
16 楼
崇拜LZing
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s*y
17 楼
写的很好玩的介绍文章。
过两天我去看看。
至于说molecular mechanism, 不是什么东西都必须一下子弄清楚的。
更重要的是他们找到了一个从果蝇到人都通用的渠道，说明这个应该是一个
非常重要的基础的机制

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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w*9
18 楼
I think the function of entire protein is very likely conserved across
species. You can find many many examples.
however, the molecular mechanism of how this protein work or how it is
regulated may differ dramatically across species. the higher the species,
the more delicated it is.
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b*9
19 楼
膜拜LZ
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b*9
20 楼
膜拜LZ
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b*9
21 楼
膜拜LZ
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h*n
22 楼
楼主你对文章流程的解释很有意思。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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F*6
23 楼
the major concern of transgenic RNAi (300-400 bp) in Drosophila is off-
target. In addition, Knock-down of some gene may kill the neuron.
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s*y
24 楼
我有一个很傻的问题啊，在我仔细看那个文章之前，我想知道他们是怎么做那么大规模
的RNAi screening 的？莫非他们有一个很大的shRNA library?

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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y*8
25 楼
是的。奥地利做了一万多个转基因RNAi lines。四年多前，这个stock center刚成型，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的phenotype 筛一遍、

【在 s******y 的大作中提到】
: 我有一个很傻的问题啊，在我仔细看那个文章之前，我想知道他们是怎么做那么大规模
: 的RNAi screening 的？莫非他们有一个很大的shRNA library?
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s*y
26 楼
你是说，所有的这些果蝇，都跟酵母库一样，存在一个那么规模宏大的材料库？
这些库，一般研究人员能去要么？

【在 y******8 的大作中提到】
: 是的。奥地利做了一万多个转基因RNAi lines。四年多前，这个stock center刚成型，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的phenotype 筛一遍、
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y*8
27 楼
如果你做果蝇，当然可以要。
不过最好还是合作。RNAi筛东西表型不是很强，所以最好把网撒大一些。

【在 s******y 的大作中提到】
: 你是说，所有的这些果蝇，都跟酵母库一样，存在一个那么规模宏大的材料库？
: 这些库，一般研究人员能去要么？
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s*y
28 楼
Oh, good to know that.我其实不具体做果蝇，但是知道有这么一个东西
available 还是不错的。因为谁都不知道将来突然什么时候要用上啊

【在 y******8 的大作中提到】
: 如果你做果蝇，当然可以要。
: 不过最好还是合作。RNAi筛东西表型不是很强，所以最好把网撒大一些。
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p*a
29 楼
果蝇的遗传搞得太清楚了，各种resource非常庞大细密
各种突变型,rnai转基因等等都有，可以通过网上查找，order.
http://flybase.org/

【在 s******y 的大作中提到】
: 你是说，所有的这些果蝇，都跟酵母库一样，存在一个那么规模宏大的材料库？
: 这些库，一般研究人员能去要么？
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s*y
30 楼
嗯谢谢。

【在 p***a 的大作中提到】
: 果蝇的遗传搞得太清楚了，各种resource非常庞大细密
: 各种突变型,rnai转基因等等都有，可以通过网上查找，order.
: http://flybase.org/
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v*a
31 楼
哇 lz的介绍写得太牛了 深入浅出 富含故事意味和哲理

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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s*s
32 楼
1万多还是很恐怖，虽然不是没法做，不过一般实验室
就算要过来，不算花费，maintain也是累死啊

【在 y******8 的大作中提到】
: 如果你做果蝇，当然可以要。
: 不过最好还是合作。RNAi筛东西表型不是很强，所以最好把网撒大一些。
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f*u
33 楼
他们做了不止一个library。
最初的是用P element把每个UAS-RNAi随机插到基因组里，
后来他们做了把所有UAS-RNAi都钉到同一个位置的library，
这样连position effect都免了。

，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的
phenotype 筛一遍、

【在 y******8 的大作中提到】
: 是的。奥地利做了一万多个转基因RNAi lines。四年多前，这个stock center刚成型，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的phenotype 筛一遍、
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f*u
34 楼
他们做了不止一个库。
最初是用P element把UAS-RNAi随机插入基因组，
后来又作了个把所有UAS-RNAi都钉到同一个位置的库，连position effect都免了。

，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的
phenotype 筛一遍、

【在 y******8 的大作中提到】
: 是的。奥地利做了一万多个转基因RNAi lines。四年多前，这个stock center刚成型，我隔壁的一位PI说，如果他是postdoc，就跑到奥地利做上一年，把他想做的phenotype 筛一遍、
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p*m
35 楼
是 不过不是免费的。。我们买过 1个line要35 euro，买100个以上也要7euro一个 贵
死了。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 你是说，所有的这些果蝇，都跟酵母库一样，存在一个那么规模宏大的材料库？
: 这些库，一般研究人员能去要么？
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s*s
36 楼
这个就算免费了，7euro基本也要有人专门分出来还要packing,
美国的stock center也一样收成本费，人家每年几万几十万的
送stock不得破产

【在 p*****m 的大作中提到】
: 是 不过不是免费的。。我们买过 1个line要35 euro，买100个以上也要7euro一个 贵
: 死了。。。
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p*m
37 楼
bloomington比vienna便宜多了啊。。。超过100个line每个才1块7.。

【在 s******s 的大作中提到】
: 这个就算免费了，7euro基本也要有人专门分出来还要packing,
: 美国的stock center也一样收成本费，人家每年几万几十万的
: 送stock不得破产
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y*8
38 楼
bloomington每年都亏。而且欧洲人工更贵。

【在 p*****m 的大作中提到】
: bloomington比vienna便宜多了啊。。。超过100个line每个才1块7.。
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p*m
39 楼
原来前辈也是做果蝇啊 呵呵 我都想跑去vienna做个screen再说 呵呵

【在 y******8 的大作中提到】
: bloomington每年都亏。而且欧洲人工更贵。
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s*s
40 楼
不记得价格了，你这个是membership的价吧？

【在 p*****m 的大作中提到】
: bloomington比vienna便宜多了啊。。。超过100个line每个才1块7.。
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s*s
41 楼
果蝇做RNAi screen应该还是很爽的，要啥组织就cross啥
enhancer trap. 就是没有rdrp,效率不太高啊

【在 p*****m 的大作中提到】
: 原来前辈也是做果蝇啊 呵呵 我都想跑去vienna做个screen再说 呵呵
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p*m
42 楼
re 效率是不太高 这个只能寄希望于打一网总能捞到些鱼了 呵呵

【在 s******s 的大作中提到】
: 果蝇做RNAi screen应该还是很爽的，要啥组织就cross啥
: enhancer trap. 就是没有rdrp,效率不太高啊
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y*8
43 楼
在那里做一年是很好的经历。有欧洲的合作人会是很大的财富。
隔壁的PI去过EMBL和IMB, 说IMB内部压力大，还是EMBL更好一些。

【在 p*****m 的大作中提到】
: re 效率是不太高 这个只能寄希望于打一网总能捞到些鱼了 呵呵
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h*o
44 楼
太牛了！
可以分成几篇CNS发了 这么多工作

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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y*i
45 楼
果蝇里各种大规模的library，数不胜数。

等我
反应
找到
行为
基因
就根

【在 s******y 的大作中提到】
: 我有一个很傻的问题啊，在我仔细看那个文章之前，我想知道他们是怎么做那么大规模
: 的RNAi screening 的？莫非他们有一个很大的shRNA library?
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O*e
46 楼
粗看了下，说分成几篇CNS是太夸张了，几篇JNS倒是绝对够了。
工作做得多，但真正列上去支持结论的结果也不是多得玄乎。中心思想就是进化保守，
所以罗列了从果蝇到小鼠再到人的“一致的”结果。

【在 h*****o 的大作中提到】
: 太牛了！
: 可以分成几篇CNS发了 这么多工作
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O*e
47 楼
果蝇领域都不知道诞生了多少牛人。可我以一个做老鼠的人的眼光来看，是时候分流出
一批牛人来了。

【在 y***i 的大作中提到】
: 果蝇里各种大规模的library，数不胜数。
:
: 等我
: 反应
: 找到
: 行为
: 基因
: 就根
avatar
p*m
48 楼
他们把果蝇那块多做做 分俩CNS应该差不多 不过这也不是关键了 关键是他们太敢跨界
。。

【在 O******e 的大作中提到】
: 粗看了下，说分成几篇CNS是太夸张了，几篇JNS倒是绝对够了。
: 工作做得多，但真正列上去支持结论的结果也不是多得玄乎。中心思想就是进化保守，
: 所以罗列了从果蝇到小鼠再到人的“一致的”结果。
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p*m
49 楼
这个看什么领域吧 大部分情况下我也觉得果蝇有点over-populated了 不过人家
janelia不还觉得果蝇搞circuitry正有搞头呢 荷荷

【在 O******e 的大作中提到】
: 果蝇领域都不知道诞生了多少牛人。可我以一个做老鼠的人的眼光来看，是时候分流出
: 一批牛人来了。
avatar
O*e
50 楼
不知道是不是错觉，感觉现在欧洲喜欢搞这些大项目，动不动就是七八个实验室围攻
一篇文章，呵呵。
果蝇届的这种团结合作确实值得称赞。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 他们把果蝇那块多做做 分俩CNS应该差不多 不过这也不是关键了 关键是他们太敢跨界
: 。。
avatar
O*e
51 楼
所以俺打死不去做果蝇呢！
其实是因为不懂，^_^

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个看什么领域吧 大部分情况下我也觉得果蝇有点over-populated了 不过人家
: janelia不还觉得果蝇搞circuitry正有搞头呢 荷荷
avatar
y*i
52 楼
果蝇实在非常powerful，本来以为 cell line screen 会是对果蝇的优势的一大打击
，没想到这个技术糙到惨不忍睹。

流出

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个看什么领域吧 大部分情况下我也觉得果蝇有点over-populated了 不过人家
: janelia不还觉得果蝇搞circuitry正有搞头呢 荷荷
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w*e
53 楼
this is the kind of cross over that convinces laymen like me the
significance
of model organism study hehe. thx for the interesting post.I feel amazed
that
they managed to arrive at some solid ground starting from a somewhat
arbitrary phenotype.

【在 p*****m 的大作中提到】
: 他们把果蝇那块多做做 分俩CNS应该差不多 不过这也不是关键了 关键是他们太敢跨界
: 。。
avatar
O*e
54 楼
再怎么说人家也是in vivo啊。

【在 y***i 的大作中提到】
: 果蝇实在非常powerful，本来以为 cell line screen 会是对果蝇的优势的一大打击
: ，没想到这个技术糙到惨不忍睹。
:
: 流出
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w*e
55 楼
I'm really curious how many man-hours it took to finish this paper.
a naive question: how do ppl screeen all those lines? test phenotype
manually for each line? any high-throughput possibility?

【在 O******e 的大作中提到】
: 粗看了下，说分成几篇CNS是太夸张了，几篇JNS倒是绝对够了。
: 工作做得多，但真正列上去支持结论的结果也不是多得玄乎。中心思想就是进化保守，
: 所以罗列了从果蝇到小鼠再到人的“一致的”结果。
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O*e
56 楼
很多文章都在宣称自动化分析phenotypes了，也确实有很多软件被开发出来帮助
分析各种数据。但俺非常小人地推测是，现在还是以人工手动跟踪分析为主。

【在 w******e 的大作中提到】
: I'm really curious how many man-hours it took to finish this paper.
: a naive question: how do ppl screeen all those lines? test phenotype
: manually for each line? any high-throughput possibility?
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p*m
57 楼
没那么夸张。。我们这的screen就是自动化的
不过这paper里的八成是人screen的 他们的phenotype其实非常简洁明了

【在 O******e 的大作中提到】
: 很多文章都在宣称自动化分析phenotypes了，也确实有很多软件被开发出来帮助
: 分析各种数据。但俺非常小人地推测是，现在还是以人工手动跟踪分析为主。
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y*8
58 楼
The design of genetic screen is an art.
The laborious part is doing crosses. The screen part should be very
straightforward. One man could screen thousands of crosses in one month, and
finish the whole-genome in a half year.
If a design requires 10 people to screen, it is a bad design. If the screen
yields too many hits, it is a bad design. If the results require more than
one repeat to confirm, it is a bad design.

【在 w******e 的大作中提到】
: I'm really curious how many man-hours it took to finish this paper.
: a naive question: how do ppl screeen all those lines? test phenotype
: manually for each line? any high-throughput possibility?
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w*e
59 楼
thank you for the explanation:)
still, counting flies for half a year straight sounds excruciating...
I'm not cut out for scientific research I guess...

and
screen

【在 y******8 的大作中提到】
: The design of genetic screen is an art.
: The laborious part is doing crosses. The screen part should be very
: straightforward. One man could screen thousands of crosses in one month, and
: finish the whole-genome in a half year.
: If a design requires 10 people to screen, it is a bad design. If the screen
: yields too many hits, it is a bad design. If the results require more than
: one repeat to confirm, it is a bad design.
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z*t
60 楼
dicer本身的overexpression有没有行为上的表型，会不会影响screen？
最近几篇文献都发现dicer overexpression在human cancer里也是起促进作用的，故有
此问：）

siRNA

【在 p*****m 的大作中提到】
: 不是很effective 至少在neuron里。所以才需要dicer
: 这个确实会raise些问题 比如offtarget 或者dicer generally disrupt normal siRNA
: functioning.不过首先可以用表达dicer而不表达hpRNA作control,其次他们有两个独
: 立的hairpin有类似的phenotype，应该问题不会太大
:
: done.
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p*l
61 楼
非常生动，赞

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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w*n
62 楼
感觉基于p element的 behavior screen 信噪比不够啊
其实还是用ems+automatic screen+全基因组测序更好 当然也更累。。。。。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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f*u
63 楼
呵呵，做果蝇的团结开放绝对可以算得上一大美谈，
在果蝇领域问别人要reagents什么的都是过两天就给你寄过来。
听说做老鼠的就。。。

【在 O******e 的大作中提到】
: 不知道是不是错觉，感觉现在欧洲喜欢搞这些大项目，动不动就是七八个实验室围攻
: 一篇文章，呵呵。
: 果蝇届的这种团结合作确实值得称赞。
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f*u
64 楼
果蝇遗传很好很强大，但我总觉得已经没什么太多激动人心的问题让你去screen了，
上面有人提到的circuit，行为什么的我不懂，
但是传统的细胞分子发育方面的有点重要意义的问题都已经被翻来覆去screen多少遍了。
所有的大框架都已经搭起来了。
我觉得screen就是用来搭架子的，可以很快找出很多和某个问题相关的基因通路什么的，
架子搭好了以后screen的意义就小很多了。
问题是现在已经到处都是架子了，没什么空地留给你去搭新架子，
就是有空地也都是荒地，黄金宝地是别想得了，银矿铜矿也都没啥的了，
当然有眼不识黄金宝地的可能性永远都是存在的。

and
screen

【在 y******8 的大作中提到】
: The design of genetic screen is an art.
: The laborious part is doing crosses. The screen part should be very
: straightforward. One man could screen thousands of crosses in one month, and
: finish the whole-genome in a half year.
: If a design requires 10 people to screen, it is a bad design. If the screen
: yields too many hits, it is a bad design. If the results require more than
: one repeat to confirm, it is a bad design.
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y*8
65 楼
做screen就像画画，有杰作，有庸品，也有涂鸦。有人关心用什么材料，用人关心画什
么主题，有人只要那个感觉。
只要screen设计得好，可以每天都有想screen的问题。

【在 f**u 的大作中提到】
: 果蝇遗传很好很强大，但我总觉得已经没什么太多激动人心的问题让你去screen了，
: 上面有人提到的circuit，行为什么的我不懂，
: 但是传统的细胞分子发育方面的有点重要意义的问题都已经被翻来覆去screen多少遍了。
: 所有的大框架都已经搭起来了。
: 我觉得screen就是用来搭架子的，可以很快找出很多和某个问题相关的基因通路什么的，
: 架子搭好了以后screen的意义就小很多了。
: 问题是现在已经到处都是架子了，没什么空地留给你去搭新架子，
: 就是有空地也都是荒地，黄金宝地是别想得了，银矿铜矿也都没啥的了，
: 当然有眼不识黄金宝地的可能性永远都是存在的。
:
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t*d
66 楼
同是screen，为什么果蝇里就做得好，cell line 就不行？能不能展开说说？

【在 y***i 的大作中提到】
: 果蝇实在非常powerful，本来以为 cell line screen 会是对果蝇的优势的一大打击
: ，没想到这个技术糙到惨不忍睹。
:
: 流出
avatar
p*m
67 楼
我是觉得果蝇现在剩下的问题就是neurobiology的问题 呵呵 behavior上还大有可为
这里面架子还不多

了。
的，

【在 f**u 的大作中提到】
: 果蝇遗传很好很强大，但我总觉得已经没什么太多激动人心的问题让你去screen了，
: 上面有人提到的circuit，行为什么的我不懂，
: 但是传统的细胞分子发育方面的有点重要意义的问题都已经被翻来覆去screen多少遍了。
: 所有的大框架都已经搭起来了。
: 我觉得screen就是用来搭架子的，可以很快找出很多和某个问题相关的基因通路什么的，
: 架子搭好了以后screen的意义就小很多了。
: 问题是现在已经到处都是架子了，没什么空地留给你去搭新架子，
: 就是有空地也都是荒地，黄金宝地是别想得了，银矿铜矿也都没啥的了，
: 当然有眼不识黄金宝地的可能性永远都是存在的。
:
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y*8
68 楼
By now, most people just study molecular or cell biology. The questions
involving multi-tissues, multi-individuals, multi-species, or multi-
generations, remain untackled.
Fly genetics is the best starting point for most of these questions.

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我是觉得果蝇现在剩下的问题就是neurobiology的问题 呵呵 behavior上还大有可为
: 这里面架子还不多
:
: 了。
: 的，
avatar
l*s
69 楼
进来拜一下牛人，写的很生动
avatar
t*p
70 楼
写得非常好！点击率却不及同期的讲实验室经历的两个帖子的十分之一（当然也写得非
常好！）。
这个让我联想到了引用率这个东西！呵呵

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
avatar
s*y
71 楼
同好奇，同问

【在 t*d 的大作中提到】
: 同是screen，为什么果蝇里就做得好，cell line 就不行？能不能展开说说？
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y*8
72 楼
I don't know the answer.
Possible explanation, fly system is in vivo. Any phenotypic screen should be
based on the robustness of biological systems. The robustness itself should
rely on the physiological conditions, which are usually screwed in cultured
cell lines.
Any other thoughts?

【在 s******y 的大作中提到】
: 同好奇，同问
avatar
p*m
73 楼
还是等yuuli自己来解释他的意思 呵呵 我也期待。当然有个很明显的就是凡是非
intracellular的东西cell line就没法做了不是 俺这个解释无聊了点。。

be
should
cultured

【在 y******8 的大作中提到】
: I don't know the answer.
: Possible explanation, fly system is in vivo. Any phenotypic screen should be
: based on the robustness of biological systems. The robustness itself should
: rely on the physiological conditions, which are usually screwed in cultured
: cell lines.
: Any other thoughts?
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p*a
74 楼
都写得挺精彩的!
peoplem这个刚发行嘛，而且是电影性质；另外两个是热播连续剧性质，呵呵。

【在 t****p 的大作中提到】
: 写得非常好！点击率却不及同期的讲实验室经历的两个帖子的十分之一（当然也写得非
: 常好！）。
: 这个让我联想到了引用率这个东西！呵呵
avatar
y*i
75 楼
因为现在的事实证明cell line screen 远远不如普通的genetic screen有效，我能想
到的可能的理由：
1。 readout: cell line pheontype远不如果蝇好观察。想象一下细胞少了1／3的触
足，也不如果蝇少了半个翅膀明显。
2。 question: 很多最有趣的生物问题 cell line screen很难做:细胞间通讯, 器官
发育，组织发育，病理，行为学等。
3. noise: 在能做的问题上，cell line screen的false positive太严重了。无论你
的phenotype想看细胞形态，表达，细胞数，核转运。。。。都有无数不相关的基因给
你大大的false positive。果蝇的screen做好的话，false positive 少得多了。
4. technique: cell line screen手段有限。果蝇则有很多手段去做 secondary
screen。
谁还能想出其他理由？
我知道这样的例子，CNS paper的screen，自己实验室都没人把任何一个基因做下去。

打击

【在 t*d 的大作中提到】
: 同是screen，为什么果蝇里就做得好，cell line 就不行？能不能展开说说？
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a*k
76 楼
其实最主要还是labor intense，cell line screen如果你能做到maintain 100K cell
line，每个cell line都通过automatic的荧光或者明场显微镜统计至少100cells，做到
statistic significant的区别，这样筛出来的东西肯定可靠。但是由于100K cell
line太难养，显微镜下的screen太难做，直接导致大家开始糙快猛，不论是screen的质
量还是screen的coverage都低下。不然cell line的screen应该是高级点的yeast
screen，找到的东西应该是更好更多，毕竟cell line各种各样，cell behavior以及细
胞的phenotype都比yeast多样。
一句话，最关键还是没有yeast clony那样简单手段可以maintain 足够多的mutants和
足够automatic的microscopy可以筛选细微的phenotype。

【在 y***i 的大作中提到】
: 因为现在的事实证明cell line screen 远远不如普通的genetic screen有效，我能想
: 到的可能的理由：
: 1。 readout: cell line pheontype远不如果蝇好观察。想象一下细胞少了1／3的触
: 足，也不如果蝇少了半个翅膀明显。
: 2。 question: 很多最有趣的生物问题 cell line screen很难做:细胞间通讯, 器官
: 发育，组织发育，病理，行为学等。
: 3. noise: 在能做的问题上，cell line screen的false positive太严重了。无论你
: 的phenotype想看细胞形态，表达，细胞数，核转运。。。。都有无数不相关的基因给
: 你大大的false positive。果蝇的screen做好的话，false positive 少得多了。
: 4. technique: cell line screen手段有限。果蝇则有很多手段去做 secondary
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p*l
77 楼
荧光或者明场显微镜筛太粗糙了
很多细胞的变化根本反映不到形态学上的

cell

【在 a********k 的大作中提到】
: 其实最主要还是labor intense，cell line screen如果你能做到maintain 100K cell
: line，每个cell line都通过automatic的荧光或者明场显微镜统计至少100cells，做到
: statistic significant的区别，这样筛出来的东西肯定可靠。但是由于100K cell
: line太难养，显微镜下的screen太难做，直接导致大家开始糙快猛，不论是screen的质
: 量还是screen的coverage都低下。不然cell line的screen应该是高级点的yeast
: screen，找到的东西应该是更好更多，毕竟cell line各种各样，cell behavior以及细
: 胞的phenotype都比yeast多样。
: 一句话，最关键还是没有yeast clony那样简单手段可以maintain 足够多的mutants和
: 足够automatic的microscopy可以筛选细微的phenotype。
avatar
a*k
78 楼
其实我是想说用不同荧光marker+DIC的。。。不然你用电镜啊？对每个neuron做record
啊？

【在 p****l 的大作中提到】
: 荧光或者明场显微镜筛太粗糙了
: 很多细胞的变化根本反映不到形态学上的
:
: cell
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p*l
79 楼
这个手段还是太不powerful了

【在 a********k 的大作中提到】
: 其实我是想说用不同荧光marker+DIC的。。。不然你用电镜啊？对每个neuron做record
: 啊？
avatar
p*l
80 楼
很多人做一个领域做熟了，经常是狂引自己的papers，文章中任何可以提到自己paper
的机会都不放过

【在 t****p 的大作中提到】
: 写得非常好！点击率却不及同期的讲实验室经历的两个帖子的十分之一（当然也写得非
: 常好！）。
: 这个让我联想到了引用率这个东西！呵呵
avatar
a*k
81 楼
genetic screen最有效的时候不就是单一表型么，你要screen啥直接有一个荧光marker
的变化可以Flow是最快的了吧？
比如筛mitochonria里面Ca2+的变化，直接搞个genetic的ca sensor+mit定位序列筛就
是啊，作为遗传的筛选marker我看足够了

【在 p****l 的大作中提到】
: 这个手段还是太不powerful了
avatar
y*i
82 楼
false positive太严重了。cell不高兴一点就给你一个变化，结果你发现和这些基本
功能有关的基因都在你的list上： translation, transcription, transportation,
protein modification，protein folding。。。。外加500个未知的其他基因。这些未
知的基因影响Ca2+的理由，可能其实因为他们和translation, transcription,
transportation。。。这些功能有关。到时候你就哭吧。

marker
重要

【在 a********k 的大作中提到】
: genetic screen最有效的时候不就是单一表型么，你要screen啥直接有一个荧光marker
: 的变化可以Flow是最快的了吧？
: 比如筛mitochonria里面Ca2+的变化，直接搞个genetic的ca sensor+mit定位序列筛就
: 是啊，作为遗传的筛选marker我看足够了
avatar
s*a
83 楼
这么有趣且漫长的思路，是 reviewers 帮着想出来的吧？
avatar
f*u
84 楼
能具体说说有哪些behavior的问题吗？我不懂这方面的。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 我是觉得果蝇现在剩下的问题就是neurobiology的问题 呵呵 behavior上还大有可为
: 这里面架子还不多
:
: 了。
: 的，
avatar
f*u
85 楼
screen作为研究一个问题的starting point很好这个我没意见。
但是screen最重要的一点就是要找准问题去筛。
你说的这些问题我没太明白，能不能举几个具体的例子。

【在 y******8 的大作中提到】
: By now, most people just study molecular or cell biology. The questions
: involving multi-tissues, multi-individuals, multi-species, or multi-
: generations, remain untackled.
: Fly genetics is the best starting point for most of these questions.
avatar
a*k
86 楼
没有homeostasis的后果啊。。。
这个算false positive么？一个house keeping基因影响Ca，只要能够重复也是对的啊
？如果能做到maintain纯cell line，每个line screen3X100细胞，肯定结果还是能重
复吧。只是说细胞没有内稳机制，很容易就"激动"了。

【在 y***i 的大作中提到】
: false positive太严重了。cell不高兴一点就给你一个变化，结果你发现和这些基本
: 功能有关的基因都在你的list上： translation, transcription, transportation,
: protein modification，protein folding。。。。外加500个未知的其他基因。这些未
: 知的基因影响Ca2+的理由，可能其实因为他们和translation, transcription,
: transportation。。。这些功能有关。到时候你就哭吧。
:
: marker
: 重要
avatar
f*u
87 楼
这个我不是很同意，screen就应该越简单越好，
弄得那么复杂工作量那么大恐怕就不是一个好地screen。
screen应该是用最少的工作量尽量准确地把和感兴趣的问题相关的基因找出来。

cell

【在 a********k 的大作中提到】
: 其实最主要还是labor intense，cell line screen如果你能做到maintain 100K cell
: line，每个cell line都通过automatic的荧光或者明场显微镜统计至少100cells，做到
: statistic significant的区别，这样筛出来的东西肯定可靠。但是由于100K cell
: line太难养，显微镜下的screen太难做，直接导致大家开始糙快猛，不论是screen的质
: 量还是screen的coverage都低下。不然cell line的screen应该是高级点的yeast
: screen，找到的东西应该是更好更多，毕竟cell line各种各样，cell behavior以及细
: 胞的phenotype都比yeast多样。
: 一句话，最关键还是没有yeast clony那样简单手段可以maintain 足够多的mutants和
: 足够automatic的microscopy可以筛选细微的phenotype。
avatar
a*k
88 楼
我就是想说cell line screen不够简单。。。看样子中文水平不行。算了，还是去干活
去了

【在 f**u 的大作中提到】
: 这个我不是很同意，screen就应该越简单越好，
: 弄得那么复杂工作量那么大恐怕就不是一个好地screen。
: screen应该是用最少的工作量尽量准确地把和感兴趣的问题相关的基因找出来。
:
: cell
avatar
p*l
89 楼
这个readout太弱了，而且这种readout就是有切实的阳性结果也是发不了足够好的
paper的
就投入产出比来说太低

【在 a********k 的大作中提到】
: 没有homeostasis的后果啊。。。
: 这个算false positive么？一个house keeping基因影响Ca，只要能够重复也是对的啊
: ？如果能做到maintain纯cell line，每个line screen3X100细胞，肯定结果还是能重
: 复吧。只是说细胞没有内稳机制，很容易就"激动"了。
avatar
f*u
90 楼
这个倒还好吧，就算是筛出了一大堆万金油，但是这个screen工作量不大，
就算完全失败损失也有限。再说了如果花上一个星期看看拿到的list，
或许也有一些有意思的东西。

【在 y***i 的大作中提到】
: false positive太严重了。cell不高兴一点就给你一个变化，结果你发现和这些基本
: 功能有关的基因都在你的list上： translation, transcription, transportation,
: protein modification，protein folding。。。。外加500个未知的其他基因。这些未
: 知的基因影响Ca2+的理由，可能其实因为他们和translation, transcription,
: transportation。。。这些功能有关。到时候你就哭吧。
:
: marker
: 重要
avatar
f*u
91 楼
又看了一遍你的帖子，发现应该是在下中文阅读能力有待提高。。。

【在 a********k 的大作中提到】
: 我就是想说cell line screen不够简单。。。看样子中文水平不行。算了，还是去干活
: 去了
avatar
y*i
92 楼
问题是这肯定不是你想要的“positive”。我见过一个screen，筛选的第一步是去除
这些基因，这一步去掉了2/3的list。

【在 a********k 的大作中提到】
: 没有homeostasis的后果啊。。。
: 这个算false positive么？一个house keeping基因影响Ca，只要能够重复也是对的啊
: ？如果能做到maintain纯cell line，每个line screen3X100细胞，肯定结果还是能重
: 复吧。只是说细胞没有内稳机制，很容易就"激动"了。
avatar
a*k
93 楼
我本科的时候做了个yeast screen，筛选完第一步是去掉不保守的基因，剩下2个基因。
。。

【在 y***i 的大作中提到】
: 问题是这肯定不是你想要的“positive”。我见过一个screen，筛选的第一步是去除
: 这些基因，这一步去掉了2/3的list。
avatar
w*e
94 楼
怎么判断是否保守？土问呵呵

因。

【在 a********k 的大作中提到】
: 我本科的时候做了个yeast screen，筛选完第一步是去掉不保守的基因，剩下2个基因。
: 。。
avatar
p*m
95 楼
sorry cannot type in chinese now.
May I broaden the concept a bit: an in vivo screen (like in flies, worms,
fish, etc) can target processes that involve coordination of more than 1
cells, while cell line screen generally cannot (with few exceptions). And
behavior is just one class (performing a behavior obviously recruits more
than 1 cell). Other examples vary from basic developmental questions (e.g.
how lateral inhibition is achieved; how pattern generation is regulated;
how two neurons form a synapse) to complicated disease models (e.g. why
selective neuronal populations are dying in neurodegeneration, how do
animals detect the sensory stimuli)

【在 f**u 的大作中提到】
: 能具体说说有哪些behavior的问题吗？我不懂这方面的。
avatar
a*k
96 楼
share any homolgy with mammals

【在 w******e 的大作中提到】
: 怎么判断是否保守？土问呵呵
:
: 因。
avatar
p*m
97 楼
not necessarily.
Geneticists (esp. the old school ones) once tend to design simple and
qualitative (black and white) assays for screens. One major reason was
that they had to score the mutant phenotype manually-and human eye is
not good at identifying subtle quantitative changes. But simplicity also
came at the expense of being indirect. For example, fly people used eye
development to screen for RTK pathway genes, or used bristle numbers to
screen for notch/delta pathway genes, and they risked themselves in
identifying numerous genes that were important for the normal
development of eye/bristle but not related to RTK or notch/delta.
But nowadays we might be able to screen directly the measure we are
interested in, by taking advantage of the development of
imaging/computational tools... Yes it may sound not as elegant, but in
return you gain a better control. I call it "Cao Kuai Meng", I like it a
lot. Lol.

【在 f**u 的大作中提到】
: 这个我不是很同意，screen就应该越简单越好，
: 弄得那么复杂工作量那么大恐怕就不是一个好地screen。
: screen应该是用最少的工作量尽量准确地把和感兴趣的问题相关的基因找出来。
:
: cell
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f*u
98 楼
你好像有点回答偏了，我问得不是fly和cell line的区别。
是一开始我发贴说我觉得果蝇遗传虽然强大，但似乎可以做的重要问题都作没了，
剩下了的都是鸡肋性质的。
你说你觉得在神经和行为上面还有的作，我就想问问还有啥可做的，我不懂这方面。
你在这个帖子里列的问题好像属于分子细胞发育范畴的，都很重要也都还不清楚，
但我一下想不出如何设计screen。
我觉得行为方面因为做得还不多，可能还有一些未开发地区，
我不了解行为方面，所以想问问你都还有那些比较重要的行为可以做。
BTW，前两天生物物理所的那篇关于果蝇幼虫趋光性的science文章里，
那个screen的结果很漂亮，但如果当时问我坐不做这个课题，我八成选择不做。

sorry cannot type in chinese now.
May I broaden the concept a bit: an in vivo screen (like in flies, worms,
fish, etc) can target processes that involve coordination of more than 1
cells, while cell line screen generally cannot (with few exceptions). And
behavior is just one class (performing a behavior obviously recruits more
than 1 cell). Other examples vary from basic developmental questions (e.g.
how lateral inhibition is achieved; how pattern generation is regulated;
how two neurons form a synapse) to complicated disease models (e.g. why
selective neuronal populations are dying in neurodegeneration, how do
animals detect the sensory stimuli)

【在 p*****m 的大作中提到】
: sorry cannot type in chinese now.
: May I broaden the concept a bit: an in vivo screen (like in flies, worms,
: fish, etc) can target processes that involve coordination of more than 1
: cells, while cell line screen generally cannot (with few exceptions). And
: behavior is just one class (performing a behavior obviously recruits more
: than 1 cell). Other examples vary from basic developmental questions (e.g.
: how lateral inhibition is achieved; how pattern generation is regulated;
: how two neurons form a synapse) to complicated disease models (e.g. why
: selective neuronal populations are dying in neurodegeneration, how do
: animals detect the sensory stimuli)
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a*o
99 楼
Perrimon实验室好像也搞了个
http://www.flyrnai.org/TRiP-TTR.html
他的博士后回清华了
也做这个

【在 p*****m 的大作中提到】
: 是 不过不是免费的。。我们买过 1个line要35 euro，买100个以上也要7euro一个 贵
: 死了。。。
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a*o
100 楼
可以理解
如果你自己都不喜欢/引用自己的文章，别人就更不会喜欢/引用你的文章了
不过这种做法有时候会被审稿人骂的

paper

【在 p****l 的大作中提到】
: 很多人做一个领域做熟了，经常是狂引自己的papers，文章中任何可以提到自己paper
: 的机会都不放过
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f*u
101 楼
能direct+quantitative当然是好，但问题是很多时候无法direct，
或者说如果要direct，工作量要大上很多很多，这时候indirect是很好的starting
point.
比如我听说过的一个挺精巧的screen目的是要找拟南芥线粒体上的protein channel
就是把nuclear encoding 的蛋白质转到线粒体里的那些冬冬。
他们就在植物里表达一个target到线粒体的自杀蛋白，但是这个东西如果在胞质里就没事
于是能活下来的就很可能有他们要的突变。
细节我不是很清楚，有可能有出入，但大体上是这样的。
这种东西你好像很难做到direct，而且他们是用survival这样的黄金phenotype
作为readout，应该是设计很不错的screen。
另外和你要address的问题有关，有些问题天生适合用genetic screen来搞定，
有些就很难做到specific。
比如果蝇里面用眼睛大小来screen tumor suppressor基本一晒一个准，
找大眼睛果蝇就是了，每个染色体晒几百万个没问题。
但如果你想用小眼睛晒oncogene就能得到一大堆的nonspecific hit。

【在 p*****m 的大作中提到】
: not necessarily.
: Geneticists (esp. the old school ones) once tend to design simple and
: qualitative (black and white) assays for screens. One major reason was
: that they had to score the mutant phenotype manually-and human eye is
: not good at identifying subtle quantitative changes. But simplicity also
: came at the expense of being indirect. For example, fly people used eye
: development to screen for RTK pathway genes, or used bristle numbers to
: screen for notch/delta pathway genes, and they risked themselves in
: identifying numerous genes that were important for the normal
: development of eye/bristle but not related to RTK or notch/delta.
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a*o
102 楼
终于爬到楼顶了，赞一下搂住
如果JC都这样，大家肯定都喜欢参加讨论
可惜不懂
完全不懂
avatar
f*u
103 楼
screen能通过增加别的parameter得到这样的结果真幸福啊。
后来functional characterization的结果如何？

因。

【在 a********k 的大作中提到】
: 我本科的时候做了个yeast screen，筛选完第一步是去掉不保守的基因，剩下2个基因。
: 。。
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f*u
104 楼
说实话那种一筛几个million chromosome arm的果蝇F1 screen才叫糙快猛。。。
有时候indirect screen也能给人这样的感觉。

【在 p*****m 的大作中提到】
: not necessarily.
: Geneticists (esp. the old school ones) once tend to design simple and
: qualitative (black and white) assays for screens. One major reason was
: that they had to score the mutant phenotype manually-and human eye is
: not good at identifying subtle quantitative changes. But simplicity also
: came at the expense of being indirect. For example, fly people used eye
: development to screen for RTK pathway genes, or used bristle numbers to
: screen for notch/delta pathway genes, and they risked themselves in
: identifying numerous genes that were important for the normal
: development of eye/bristle but not related to RTK or notch/delta.
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r*r
105 楼
几点comments：
1，本来cell line screen这个领域真正的发展也没几年，其实严格来说从前几年viral
vector library建成了才算开始，90年代几个group做的screen，没有引入RNAi，不能
算。所以不能拿一个成熟的领域和一个刚开始的技术去比较。worm里面的很多screen方
法，也是经过十几年不断发展的，如果用70年代的那些手段，很快就没什么可以做的了。
2，回答的问题完全不同，也不能拿来和fly，worm做比较。在worm，fly里面有很多问
题，设计readout也非常费劲，做screen都如此。只不过不能田忌赛马式的比较，如果
去看分子的一些变化，fly，worm都不容易设计readout，但cell line就很有优势，当
然image技术还要发展。如果拿in vivo behavior来说，当然cell line没有优势了。理
论上细胞的每个行为都可以被screen，只是因为不能借助肉眼，所以对图像记录和处理
的要求就高了。
3，噪音问题，其实回到第一点，是因为这个方向太新了，很多技术才刚开始develop，
比如image content screen，可以解决你说的这一系列问题，但这个才开始。
4，细胞的screen主要依赖于RNAi screen，所以不能和传统的genetic screen去比。但
我觉得在分子，亚细胞，甚至将来在3D培养水平上，screen都有大作为。
所以，我觉得这个技术不是草草结束，而是刚刚开始：）最关键就是，要大规模采集影
响分子，亚细胞水平很多行为的数据，必须走这条路。

【在 y***i 的大作中提到】
: 问题是这肯定不是你想要的“positive”。我见过一个screen，筛选的第一步是去除
: 这些基因，这一步去掉了2/3的list。
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w*a
106 楼
screen的最大好处是hypothesis free。
再我看来鼓励hypothesis driven就是鼓励造假。

了。
的，

【在 f**u 的大作中提到】
: 果蝇遗传很好很强大，但我总觉得已经没什么太多激动人心的问题让你去screen了，
: 上面有人提到的circuit，行为什么的我不懂，
: 但是传统的细胞分子发育方面的有点重要意义的问题都已经被翻来覆去screen多少遍了。
: 所有的大框架都已经搭起来了。
: 我觉得screen就是用来搭架子的，可以很快找出很多和某个问题相关的基因通路什么的，
: 架子搭好了以后screen的意义就小很多了。
: 问题是现在已经到处都是架子了，没什么空地留给你去搭新架子，
: 就是有空地也都是荒地，黄金宝地是别想得了，银矿铜矿也都没啥的了，
: 当然有眼不识黄金宝地的可能性永远都是存在的。
:
avatar
b*l
107 楼
还有一个问题：yeast 是单细胞生物啊。cell line 里面受 microenvironments 影响的
东西太多，一方面加大了 variation，另一方面，in vitro 和 in vivo 的差异太大。
谁能开发个 high-throughput in vivo screening 的技术就好了。或者起码在 micro-
organ 这个级别的 bioMEMS 也好啊 -- 我知道 Bhatia 组在做这个来筛药，不知道现在
做得咋样了。

cell
能想
的触
很难
论你
因给
重要

【在 a********k 的大作中提到】
: 其实最主要还是labor intense，cell line screen如果你能做到maintain 100K cell
: line，每个cell line都通过automatic的荧光或者明场显微镜统计至少100cells，做到
: statistic significant的区别，这样筛出来的东西肯定可靠。但是由于100K cell
: line太难养，显微镜下的screen太难做，直接导致大家开始糙快猛，不论是screen的质
: 量还是screen的coverage都低下。不然cell line的screen应该是高级点的yeast
: screen，找到的东西应该是更好更多，毕竟cell line各种各样，cell behavior以及细
: 胞的phenotype都比yeast多样。
: 一句话，最关键还是没有yeast clony那样简单手段可以maintain 足够多的mutants和
: 足够automatic的microscopy可以筛选细微的phenotype。
avatar
b*l
108 楼
lol，赞。

【在 s******a 的大作中提到】
: 这么有趣且漫长的思路，是 reviewers 帮着想出来的吧？
avatar
b*n
109 楼
这点我最喜欢
hypothesis free，而且到手的就是突变体
不需要再去做突变体了
这点上比microarray要好多了
microarray的validation这步其实挺费力的

【在 w***a 的大作中提到】
: screen的最大好处是hypothesis free。
: 再我看来鼓励hypothesis driven就是鼓励造假。
:
: 了。
: 的，
avatar
b*l
110 楼
microarray 的问题很多啊。比如说，我现在在做的一个 protein 的表达，不论是 mic
roarray 还是 WB，patients 间的差异相当大，但是其被激活的形式的 level 则相当一
致。microarray 对这种常见现象就很难处理了。

【在 b******n 的大作中提到】
: 这点我最喜欢
: hypothesis free，而且到手的就是突变体
: 不需要再去做突变体了
: 这点上比microarray要好多了
: microarray的validation这步其实挺费力的
avatar
M*e
111 楼
Definition of STRAITJACKET
1: a cover or overgarment of strong material (as canvas) used to bind the
body and especially the arms closely in restraining a violent prisoner or
patient
2: something that restricts or confines like a straitjacket
Variants of STRAITJACKET
strait·jack·et also straight·jack·et \ˈstrāt-ˌja-kət\
First Known Use of STRAITJACKET
1814
这个straightjacket看起来就是中文中的“枷”。 枷锁，或者刑枷的意思。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
avatar
D*a
112 楼
也反映了是发一篇大文还是拆开发的问题
连载帖子的点击率应该除以连载数^_^

【在 p***a 的大作中提到】
: 都写得挺精彩的!
: peoplem这个刚发行嘛，而且是电影性质；另外两个是热播连续剧性质，呵呵。
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L*r
113 楼
好玩
avatar
G*y
114 楼
文章牛,lz更牛.不得不上来拜一个...

【在 p*****m 的大作中提到】
: 今天无厘头ametuer journal club下。。很神的paper
: http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2901133-5
: 很神奇的paper...第一眼我还没明白为啥一片果蝇paper可以有17个机构42个作者 等我
: 扫了一眼figure就全明白了...
: 简单来说就是 这票人首先在果蝇里搞了个很简单的行为范式看果蝇对heat的逃避反应
: （可以间接的反映nociception 痛觉），然后做了个>10000 RNAi line的screen，找到
: 些许mutant，挑了一个叫straightjacket看了看expression,也看了看其他种类的行为
: ，然后声称，自己发现了个新的种类的参与nociception behavior的gene。(PS 这个
: gene straightjacket名字咋来的？原来伊之前被发现参与了突触结构的调节，该基因
: mutant会表现出seizure-like phenotype，简单说就是癫痫了。。于是作者们可能就根
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C*h
115 楼
peoplem写的是专业人士叫好的东东, 是真好！ 如同是发在专业顶级期刊的好文, 该文
作者地位已定
我写的文字是酱紫的, 外行一不小心梦游睬进来, 不滑一 跤, 我已经心满意足了, 对
内行的专业人士而言, 谁的博后生涯没有点波澜壮阔呢. 如果您看了, 不觉得耽误了时
间, 也算我表达了我对本班上的几位网友的一份封存了一年有半的敬意, 对外行而言这
好比一片发在 CNS上的时髦货, 虽然引用率高, 但作者在业内地位未定, 呵呵哦呵呵

【在 t****p 的大作中提到】
: 写得非常好！点击率却不及同期的讲实验室经历的两个帖子的十分之一（当然也写得非
: 常好！）。
: 这个让我联想到了引用率这个东西！呵呵
avatar
s*2
116 楼
嗯，LZ很有才！看了他的分析，就不想麻烦着去看原文了。

【在 a****d 的大作中提到】
: 牛文，LZ也分析得很有意思，偶马上去读读看：）
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k*y
117 楼
亮点在mouse上痛觉phenotype的研究，以及和人的特殊表型的联系
果蝇screening、老鼠KO、人SNP都没意思，白痴都知道怎么做
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