最近刚开始做EMSA,我用的是Pierce的Lightshift kit. 多次实验都只看到
nonspecifec binding(不能被unlabeled oligo竞争掉)。我发现一个原因可能是
binding reaction里盐浓度过高,因为kit提供的binding buffer(10*)含有500mM
KCl,而我的nuclear extract最后是由high salt buffer提取的,F.C.225mM NaCl。于
是我省略了binding buffer,把最后的NaCl浓度调整在50-75mM,得到了一条specific
的binding,但是非常弱。
问题1. 我看到的paper和protocol都使有类似的binding buffer,而且也用类似方法提
取核蛋白,好像并不考虑nuclear extract里的盐浓度,事实上这个浓度很高。但是,
我的几个sample extract蛋白浓度不同,加入同样多的蛋白的话最终盐浓度就会不同。
大家怎么解决这个问题?透析又怕蛋白容易降解。
问题2. 我加入的nuclear extract的体积无法忽略,大概有10ul,因为我的蛋白浓度一
直很低。--我用high salt方法提核蛋白浓度一直很低,虽然已经使用了20M细胞,最终
获得<200ug蛋白。正常吗?
问题3. 我的specific band还是很弱,不知道应该如何调节binding的条件?我现在的
binding condition是:75mM Nacl, 10mMHEPES, 8%Glycerol, 1mM EDTA, 4mM
MgCl2, 2mM DTT。6% native PAGE, running buffer是 0.5* TBE。我的目标蛋白大
概是140kD, probe 23bp.
谢谢指教!