关于chip assay的一个疑问# Biology - 生物学a*y2011-01-21 08:011 楼现在是H1B身份,即将被National lab lay off。准备转F2身份找Faculty job。如果拿到Offer,基本都是秋季的。请问再从F2转成H1B会不会有什么问题?新工作开始前能一直保持F2身份么?或者说H1B能指定工作开始那天生效么?
m*32011-01-21 08:012 楼在一个小公司工作,昨天一大早被老板拉进办公司批评,主要最近进展不顺利,最后老板提了一句:“我注意到你老是和公司的中国人一起混,如果你想在公司长期待的话,最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工,本来一直希望能转正,但前不久老板又跟我说我没有什么转正的机会,自己多努力,好找工作,现在又这么说,不知道啥意思,我也想和老美聊天,可人家都不理我,就中国人还乐意帮帮忙,教你一些东西,所以也乐意和中国人来往,不知道以后怎么办,觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢。
b*e2011-01-21 08:015 楼初次做chip assay, 一个疑问,有没有可能pull down 下来的不是transcripitionfactor,而是一个和DNA没有直接binding,但是和transcription factor binding 的蛋白呢,是不是如果要证明这个蛋白就是直接和DNA binding 的,还需要做给shiftassay呢?
s*g2011-01-21 08:016 楼I think there is no problem.You probably need to pp you h1b case if your offer is later than march.
b*c2011-01-21 08:017 楼老板哪国人?【在 m*********3 的大作中提到】: 在一个小公司工作,昨天一大早被老板拉进办公司批评,主要最近进展不顺利,最后老: 板提了一句:“我注意到你老是和公司的中国人一起混,如果你想在公司长期待的话,: 最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工,本来一直希望能转正,但前不久老板: 又跟我说我没有什么转正的机会,自己多努力,好找工作,现在又这么说,不知道啥意: 思,我也想和老美聊天,可人家都不理我,就中国人还乐意帮帮忙,教你一些东西,所: 以也乐意和中国人来往,不知道以后怎么办,觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢: 。
W*C2011-01-21 08:0110 楼chip assay测到的不一定是直接bind的, crosslink把距离接近的蛋白, 核酸都连在一起了。 我不喜欢这个实验, 背景很高, 结果就是个pcr,作假的太多
L*n2011-01-21 08:0113 楼陈坤也算女的啊【在 i*****y 的大作中提到】: 翻来覆去的在HOMOEROTIC上打转,杨幂爱周迅,周迅爱赵薇,赵薇爱陈坤.: 不得不说周迅的演技不错,演得越来越有妖气冲天的感觉.
b*e2011-01-21 08:0115 楼我也是有这个怀疑,那如果要确认,是不是得做shift assay了?有没有别的其他实验可以证明的呢?多谢【在 W****C 的大作中提到】: chip assay测到的不一定是直接bind的, crosslink把距离: 接近的蛋白, 核酸都连在一起了。 我不喜欢这个实验, 背景很高, 结果就是个: pcr,作假的太多
d*l2011-01-21 08:0118 楼听说杨幂演了个鸟...【在 i*****y 的大作中提到】: 翻来覆去的在HOMOEROTIC上打转,杨幂爱周迅,周迅爱赵薇,赵薇爱陈坤.: 不得不说周迅的演技不错,演得越来越有妖气冲天的感觉.
F*e2011-01-21 08:0123 楼chip拉下来的实际上应该称为transcriptional complex,可能你的转录因子是直接binding DNA的,也可能是通过结合其他蛋白一起binding DNA,如果要看直接binding估计得上gel shift
l*t2011-01-21 08:0124 楼你老板几岁?【在 m*********3 的大作中提到】: 在一个小公司工作,昨天一大早被老板拉进办公司批评,主要最近进展不顺利,最后老: 板提了一句:“我注意到你老是和公司的中国人一起混,如果你想在公司长期待的话,: 最好多和美国人交往。”我现在也就是个临时工,本来一直希望能转正,但前不久老板: 又跟我说我没有什么转正的机会,自己多努力,好找工作,现在又这么说,不知道啥意: 思,我也想和老美聊天,可人家都不理我,就中国人还乐意帮帮忙,教你一些东西,所: 以也乐意和中国人来往,不知道以后怎么办,觉得人特别分裂。大家有什么意见?谢谢: 。
b*e2011-01-21 08:0125 楼对,这就是我想要说的,虽然用的primer是locate在有binding site的DNA上的,但也不能百分百说明是直接binding,我觉得也得上emsa才能最后证明,gel shift没做过是不是很难搞,特别是用什么样的buffer做呢?binding【在 F*****e 的大作中提到】: chip拉下来的实际上应该称为transcriptional complex,可能你的转录因子是直接: binding DNA的,也可能是通过结合其他蛋白一起binding DNA,如果要看直接binding: 估计得上gel shift
W*C2011-01-21 08:0126 楼而且分辨率很差, 至少>500bp, 也就是说就是你测到有bind, 这个bind不但可能是非直接的, 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 (即便多抗也有影响, 说没影响的, 做个WB试试就知道了), 所以对抗体要求还特别高(估计要用全长蛋白做的多抗才好一些, 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的)。唯一的好处, 这个算是in vivo, 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 invivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做, 我倒觉得这个更可信。
F*e2011-01-21 08:0127 楼发paper的话,ChIP加Luciferase就足够了吧,gel shift主要是in vitro的,还是invivo的结果更真实。高。结合序列 来做, 我倒觉得这个更可【在 W****C 的大作中提到】: 而且分辨率很差, 至少>500bp, 也就是说就是你测到有bind, 这个bind不但可能是: 非直接的, 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 (即: 便多抗也有影响, 说没影响的, 做个WB试试就知道了), 所以对抗体要求还特别高: (估计要用全长蛋白做的多抗才好一些, 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的)。: 唯一的好处, 这个算是in vivo, 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in: vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做, 我倒觉得这个更可: 信。
b*e2011-01-21 08:0128 楼说得很好,多谢!高。结合序列 来做, 我倒觉得这个更可【在 W****C 的大作中提到】: 而且分辨率很差, 至少>500bp, 也就是说就是你测到有bind, 这个bind不但可能是: 非直接的, 甚至可能都不在你primer的范围内。crosslink大大降低抗体的识别 (即: 便多抗也有影响, 说没影响的, 做个WB试试就知道了), 所以对抗体要求还特别高: (估计要用全长蛋白做的多抗才好一些, 可是现在很多都是用重组肽段做多抗的)。: 唯一的好处, 这个算是in vivo, 要是shift assay的话肯定是 in vitro了。 in: vivo的话 应该还可以用luciferase assay + 1.过表达/抑制 TF, 2. 突变/deletion 结合序列 来做, 我倒觉得这个更可: 信。
W*C2011-01-21 08:0129 楼ChIP的真实只是理想中的事情。。。【在 F*****e 的大作中提到】: 发paper的话,ChIP加Luciferase就足够了吧,gel shift主要是in vitro的,还是in: vivo的: 结果更真实。: : 高: 。: 结合: 序列 来做, 我倒觉得这个更可
F*e2011-01-21 08:0130 楼ChIP的真实性确实是个问题,特别是ChIP-PCR。 请问目前有没有更好的in vivo的方法来做transcription factor和DNA的binding?【在 W****C 的大作中提到】: : ChIP的真实只是理想中的事情。。。