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ChIP结果可信性?# Biology - 生物学
TN
1
看了半天即像ICC又不像。
www.dibon.com
高人指教!thx//
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e*e
2
说是昨天寄出来了,但是要
Your name must be physically placed on the mailbox. Keep the U.S. Postal
service informed as to who resides at your address, especially when people
with different last names receive mail at a specified address. This and
failure to submit address changes are the two main reasons mail is returned
to us as undeliverable.
我的名字没在信箱上,因为我用的朋友的地址,会有问题嘛?
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a*y
3
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fyz (2009) 于 (Mon Jun 14 09:33:31 2010, 美东) 提到:
视频电话不是早就有了吗?iphone 4的有什么特别的?土鳖,谢谢各位答疑解惑。
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gordonyz (slap down requested) 于 (Mon Jun 14 10:22:23 2010, 美东) 提到:
记得一代macbook pro集成了摄像头,演示的时候成为一大feature
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fyz (2009) 于 (Mon Jun 14 10:31:27 2010, 美东) 提到:
是不是因为这个iphone4正反两面都有摄像头,就特别highlight视频通话这个feature
啊?

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finalflash (BigO) 于 (Mon Jun 14 10:38:22 2010, 美东) 提到:
我觉得是两个摄像头,对话时可以随意切换画面,而且一旦苹果加上了这个feature,
别的观望的厂商才会跟上,视频对话才会真正成为主流。
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yugong (愚公挖坑) 于 (Mon Jun 14 10:55:34 2010, 美东) 提到:
2003出的3G电话就是这样了啊
那时候nec,lg都有这样的机型
你是再说反话么。。。
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tenniswu (家家) 于 (Mon Jun 14 11:09:07 2010, 美东) 提到:
没觉得视频通话是卖点, 觉的new design 和屏幕是卖点
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leopardo (云豹宝宝) 于 (Mon Jun 14 11:18:10 2010, 美东) 提到:
为什么以前有手机做过就不能是卖点?
那么这么多手机跟在iPhone屁股后面学,等于他们都没卖点?
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finalflash (BigO) 于 (Mon Jun 14 11:20:33 2010, 美东) 提到:
那会儿的机子多使用在日本,韩国,世界范围内并不是主流,对普通人来说像概念机一
样,影响不会像苹果这么大吧。这里苹果的价值主要是一个推动作用,并不是什么从无
到有的创新。
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xrhinoceros (elegant rhino) 于 (Mon Jun 14 12:30:45 2010, 美东) 提到:
国内一年前双摄像头的机器一大堆。
正不觉得这个是什么亮点,而且还只能使用wifi网络,不能用3G网络,这算哪门子视频
电话。
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ztlh (Joke) 于 (Mon Jun 14 12:34:37 2010, 美东) 提到:
this is why there is only on Steve jobs
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lichenlt (Lichen) 于 (Mon Jun 14 13:25:19 2010, 美东) 提到:
3,4年前香港就可以用3G视频通话了,Jobs真是个大忽悠啊
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littlecookie (小点心) 于 (Mon Jun 14 15:13:51 2010, 美东) 提到:
这个双摄像头在日本早在3,4年前就已经是标配的东西了,很多手机都有,确实算不上
啥创新。
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finalflash (BigO) 于 (Mon Jun 14 16:43:47 2010, 美东) 提到:
关键美国市场上比较少见,在美国算是个新鲜玩艺儿了,呵呵
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littlecookie (小点心) 于 (Mon Jun 14 16:48:51 2010, 美东) 提到:
技术上真的是没什么障碍,主要是美国的3g网络建设严重滞后,导致很多功能没办法用。
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finalflash (BigO) 于 (Mon Jun 14 16:59:26 2010, 美东) 提到:
美国手机市场确实不像亚洲市场那么兴旺发达,记得刚来美国的时候verizon里的手机
烂得不行……好像老美对小电器不像亚洲那么偏爱……
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wy (bcburg) 于 (Mon Jun 14 17:01:11 2010, 美东) 提到:
爱疯android不都是美国的么
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finalflash (BigO) 于 (Mon Jun 14 17:05:47 2010, 美东) 提到:
直到apple出了iphone之后,才风靡起来……所以还是apple牛~改变了一个国家的
culture,指引了世界潮流~
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zli (茶众) 于 (Mon Jun 14 17:07:50 2010, 美东) 提到:
的确是落后
你看看现在老美对text的high的程度,根五年前亚洲类似,mobile device应用整个落
后一个generation。
当时还有人说是因为美国人喜欢通话而亚洲人不得不用sms省钱...
没办法,世界潮流浩浩荡荡,但总是美国人接受以后好像才成为世界潮流。iphone 好
多新feature我3年前去DoCoMo参观的时候都已经在了相当炫,而且很多都应用了,
比如手机付款等等。但是没办法,只有美国市场认可以后,才成为世界主流。
从这个角度,其实老美也是山寨,只不过山寨的很强大,山寨的喧宾夺主
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gordonyz (slap down requested) 于 (Mon Jun 14 17:09:23 2010, 美东) 提到:
丹麦几年前就满大街人人打3G视频电话了。
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gminor (乱弹琴) 于 (Mon Jun 14 17:13:07 2010, 美东) 提到:
iPhone的成功之处不在于单一功能的创新,而是靠集成最受欢迎的功能在一个超小的机
身内,加上前瞻的外形设计和强大的市场推广(就是靠Jobs把一般的说成好的,把好的
说成Amazing and Magical的)。
其他的智能手机也许在某些方面比iPhone做得好,可是没有一款能让我放心扔下笔记本
出门旅行的。。
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antee (蚂蚁) 于 (Mon Jun 14 21:21:26 2010, 美东) 提到:
new for iphone fans, any problem?
most of the iphone fans will buy this one again, just like the previous gens.
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wenkan (文侃) 于 (Tue Jun 15 17:37:33 2010, 北京) 提到:
android可以,N1或者milestone
就是milestone在美国不能用3G让我很郁闷
为什么3G不能像2G那样是个手机就是全频段的呢……
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l*e
4
一直是java shop,Linux下用shell script。老听人说用python可以快速搭建产品,试
图了解了几次有点不得要领。比如linux下写点script, 跟shell script好像没啥区别。
如果说做个快速网站的prototype, 貌似用java和ajax也挺快的。最花时间的网页设计
python也帮不上忙。
公司里没人用python,所以也找不到人入门。大牛们能不能指教指教,给一些例子看看
?我最想知道的就是python的快速开发的优势是怎么体现的。
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Z*5
5
刚查EZH2抗体,Abcam ab3748
这是产品说明书
http://www.abcam.com/KMT6-EZH2-antibody-ab3748.html
上面说 ab3748 antibody recognises EZH2 in cells transfected with HA-EZH2 in
IP and WB however we have not found a signal on endogenous EZH2 in any of
our batches tested.
但是看这篇文章,用这个抗体做ChIP(FigureS8),竟然能把结果做的这么漂亮。
Aging cell影响因子7左右。
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-9726.2010.005
http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1111/j.1474-9726.2010.0
用过这个抗体的人讲讲
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z*y
6
Priority mail from USPS.
No problem for you.
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N*m
7
看你要干啥
做网站,不见得快

别。

【在 l*****e 的大作中提到】
: 一直是java shop,Linux下用shell script。老听人说用python可以快速搭建产品,试
: 图了解了几次有点不得要领。比如linux下写点script, 跟shell script好像没啥区别。
: 如果说做个快速网站的prototype, 貌似用java和ajax也挺快的。最花时间的网页设计
: python也帮不上忙。
: 公司里没人用python,所以也找不到人入门。大牛们能不能指教指教,给一些例子看看
: ?我最想知道的就是python的快速开发的优势是怎么体现的。

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W*C
8
我觉得这个结果也可疑。。。厂家都说不行的抗体他们居然做出来。。。
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l*e
9
我看很多startup的主要产品都是一个网站,用python做,理由是快。
如果不是网站,还有干啥快呢?

【在 N*****m 的大作中提到】
: 看你要干啥
: 做网站,不见得快
:
: 别。

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d*7
10
这个很难说,他们的结果normalization的单位是AU,而不是%Input,如果是%Input,对于
转录因子来说只要能pull down 0.01%-0.2%就不错了
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N*m
11
现在比较火的人工智能啊
start-up做网站用js的更多吧
另外一个原因是python上手快,啥都可以干,从网站到简单的商业逻辑到部署,各种各
样的库都有

【在 l*****e 的大作中提到】
: 我看很多startup的主要产品都是一个网站,用python做,理由是快。
: 如果不是网站,还有干啥快呢?

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s*s
12
杂志比较烂吧。一般有ChIP都会要求一张genomebrowser上面的图,
叫啥wiggle track一类的,表明ChIP质量没问题。这篇啥也没有也
能收,显然那张图不能见人

in

【在 Z******5 的大作中提到】
: 刚查EZH2抗体,Abcam ab3748
: 这是产品说明书
: http://www.abcam.com/KMT6-EZH2-antibody-ab3748.html
: 上面说 ab3748 antibody recognises EZH2 in cells transfected with HA-EZH2 in
: IP and WB however we have not found a signal on endogenous EZH2 in any of
: our batches tested.
: 但是看这篇文章,用这个抗体做ChIP(FigureS8),竟然能把结果做的这么漂亮。
: Aging cell影响因子7左右。
: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-9726.2010.005
: http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1111/j.1474-9726.2010.0

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x*u
13
比如抓数据,调用各种库

【在 l*****e 的大作中提到】
: 我看很多startup的主要产品都是一个网站,用python做,理由是快。
: 如果不是网站,还有干啥快呢?

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Z*5
14
你说的那个是ChIP-seq结果吧?
我们普通的话就是按照文章上这样做啦。 不过他用的这个纵轴的单位我不太懂。
还有这个杂志至少从影响因子来说不算低啊,而且还有上升的趋势。

【在 s******s 的大作中提到】
: 杂志比较烂吧。一般有ChIP都会要求一张genomebrowser上面的图,
: 叫啥wiggle track一类的,表明ChIP质量没问题。这篇啥也没有也
: 能收,显然那张图不能见人
:
: in

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l*0
15
pyspider回答你的疑问
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Z*5
16
其实我虽然做过,但还真不太懂这个单位,我就是按照upstate说明说做的,计算的结
果。
你能不能把这个AU, %input都展开讲讲?

【在 d****7 的大作中提到】
: 这个很难说,他们的结果normalization的单位是AU,而不是%Input,如果是%Input,对于
: 转录因子来说只要能pull down 0.01%-0.2%就不错了

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w*m
17
python写网站,hot loading,所见即所得。速度比java快。
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d*7
18
I'm not sure how they define AU. I think maybe they just treat their
control (IgG or vector control) as 1, then their calculate their TF
binding. About %Input, you can check this document:
http://expression.genomecenter.ucdavis.edu/documents/chIP_effic
More information about basic ChIP can be found here:
http://expression.genomecenter.ucdavis.edu/workshop.html
Sorry, I cannot type Chinese at the moment.

【在 Z******5 的大作中提到】
: 其实我虽然做过,但还真不太懂这个单位,我就是按照upstate说明说做的,计算的结
: 果。
: 你能不能把这个AU, %input都展开讲讲?

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m*n
19
写网站?
听说过php,听说过javascript写网站
还真没听说过python能搭网站!

【在 w********m 的大作中提到】
: python写网站,hot loading,所见即所得。速度比java快。
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c*e
20
en, python比php高级一点。

【在 w********m 的大作中提到】
: python写网站,hot loading,所见即所得。速度比java快。
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w*z
21
django ,不会没听说过吧?

【在 m*****n 的大作中提到】
: 写网站?
: 听说过php,听说过javascript写网站
: 还真没听说过python能搭网站!

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N*m
22
python的web framework简直太多了
相对来说,更喜欢flask

【在 w**z 的大作中提到】
: django ,不会没听说过吧?
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m*n
23
还是只有这个啊?

【在 w**z 的大作中提到】
: django ,不会没听说过吧?
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w*z
24
楼上不是已经说了?

【在 m*****n 的大作中提到】
: 还是只有这个啊?
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w*m
25
先开一个jupyter notebook做repl,验证一下功能
网上抄一套html/js的模版
开着django或者flask,hot loading,改改
看看数据库没啥问题就上线了
java做的话,还在写interface吧
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x*u
26
最简单的是用Java 写一个Hello World,再用Python写一遍,数数各用了多少个字母 :
-)。再加上Username Input,写一下 “Hello Dave”。想想10倍、一百倍复杂的task
可以节省的时间。
Python的另一个motto是只要你想过的一定有人已经写过库了。pypi上的库刚刚超过100
,000;还加上好多没加到pypi里的。
至于说web framework, 这个比PHP,NodeJS只多不少。一些著名的网站像Pinterest,
The New York Times, The Guardian, Bit Bucket, and Instagram都是用Django写的
。真有兴趣可以看下这个:https://wiki.python.org/moin/WebFrameworks
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l*e
27
多谢楼上几位科普,试着用Flask做了个简单的web app,是挺快的。不过我还有一点不
懂。Flask给的例子,都是直接open一个server port listen, 所以不需application
server or web server,这样倒是很简单,但是deploy到production也是这样吗?性能
如何呢?
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e*o
28
用的是默认的,也可以用uWSGI之类的。
http://flask.pocoo.org/docs/0.12/deploying/
While lightweight and easy to use, Flask’s built-in server is not suitable
for production as it doesn’t scale well and by default serves only one
request at a time.

【在 l*****e 的大作中提到】
: 多谢楼上几位科普,试着用Flask做了个简单的web app,是挺快的。不过我还有一点不
: 懂。Flask给的例子,都是直接open一个server port listen, 所以不需application
: server or web server,这样倒是很简单,但是deploy到production也是这样吗?性能
: 如何呢?

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l*e
29
多谢,终于有点入门了

suitable

【在 e*******o 的大作中提到】
: 用的是默认的,也可以用uWSGI之类的。
: http://flask.pocoo.org/docs/0.12/deploying/
: While lightweight and easy to use, Flask’s built-in server is not suitable
: for production as it doesn’t scale well and by default serves only one
: request at a time.

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a*i
30
看到quora上一个回答,instagram还是哪家,每天处理 Billion 级的request没有问题

【在 l*****e 的大作中提到】
: 多谢楼上几位科普,试着用Flask做了个简单的web app,是挺快的。不过我还有一点不
: 懂。Flask给的例子,都是直接open一个server port listen, 所以不需application
: server or web server,这样倒是很简单,但是deploy到production也是这样吗?性能
: 如何呢?

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