basic PCR求救 - 未名空间MITBBS历史存档

A*r2011-05-08 07:05

1 楼

剧情还是一如既往的无耻
恶搞了以下电影
1. Mama
2. Cabin in the woods
3. Rise of planet of apes
4. Paranormal activity 4
5. Black Swan
6. Inception

N*d2011-05-08 07:05

2 楼

问题：播放视频时，多数情况显示器和电视不能同时显示。但PPS可同时显示
具体情况：
1.电脑同时接显示器和电视（数码输出到显示器，模拟输出到电视）
2.显卡（有点老了）：EVGA 128-P2-N368-TX GeForce 6600GT 128MB 128-bit GDDR3
PCI Express x16 SLI Support Video Card （3接口，数码模拟各一，video out一个）

a92011-05-08 07:05

3 楼

s*22011-05-08 07:05

4 楼

最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
带.
目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
的条带.
开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
带.
实在没有办法了, 重新设计了引物,产物也比原来长200bp.
悲催的是, 再次所有东西都换新的以后作PCR,负对照还是有条带,且比原来长200bp.
最后没有办法,都让实验室其他人帮我做,结果一样还是负对照有带.
今天老板让我不要自己再做了,找了专门作分子技师明天帮我做.
版上的各位高人,有人有过这么诡异的经历么,请赐教阿~~~

d*02011-05-08 07:05

5 楼

还有很多别的可以恶搞啊。比如TDK, Skyfall, Life of pi, Hangover

【在 A*****r 的大作中提到】

: 剧情还是一如既往的无耻
: 恶搞了以下电影
: 1. Mama
: 2. Cabin in the woods
: 3. Rise of planet of apes
: 4. Paranormal activity 4
: 5. Black Swan
: 6. Inception

N*d2011-05-08 07:05

6 楼

啥道理啊？老大给说说吧！

x*s2011-05-08 07:05

7 楼

http://www.cnbeta.com/articles/150921.htm
这几天的新闻

【在 a9 的大作中提到】

i*e2011-05-08 07:05

8 楼

一开始我猜也有可能是跑胶缓冲液太久没换的关系
不过你说新引物也相对应有200bp的诡异条带
难不成上样/跑胶时候漂移了？

【在 s****2 的大作中提到】

: 最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
: 带.
: 目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
: 之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
: 着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
: 的条带.
: 开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
: commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
: 枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
: 带.

r*y2011-05-08 07:05

9 楼

Also, evil dead, which is still in theatre.

【在 A*****r 的大作中提到】

: 剧情还是一如既往的无耻
: 恶搞了以下电影
: 1. Mama
: 2. Cabin in the woods
: 3. Rise of planet of apes
: 4. Paranormal activity 4
: 5. Black Swan
: 6. Inception

d*02011-05-08 07:05

10 楼

选复制桌面，不要选扩展桌面

v*a2011-05-08 07:05

11 楼

真的很诡异……
帮顶一下

【在 s****2 的大作中提到】

: 最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
: 带.
: 目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
: 之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
: 着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
: 的条带.
: 开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
: commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
: 枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
: 带.

A*r2011-05-08 07:05

12 楼

哈哈，这个倒是忘了

【在 r**y 的大作中提到】

: Also, evil dead, which is still in theatre.

N*d2011-05-08 07:05

13 楼

谢谢！
我选的是复制（clone)桌面
PPS可以同时显示到显示器和电视
但大部分视频文件不行
不知是否和视频文件格式有关，还是和播放器有关？

【在 d*****0 的大作中提到】

: 选复制桌面，不要选扩展桌面

s*22011-05-08 07:05

14 楼

开始也怀疑是缓冲液太久没有换,后来我就是每次跑胶都换新的缓冲液.
请问上样/跑胶的时候怎么能引起漂移呢?

【在 i*e 的大作中提到】

: 一开始我猜也有可能是跑胶缓冲液太久没换的关系
: 不过你说新引物也相对应有200bp的诡异条带
: 难不成上样/跑胶时候漂移了？

l*d2011-05-08 07:05

15 楼

要是没看过这些电影
不是看不懂了

【在 A*****r 的大作中提到】

: 剧情还是一如既往的无耻
: 恶搞了以下电影
: 1. Mama
: 2. Cabin in the woods
: 3. Rise of planet of apes
: 4. Paranormal activity 4
: 5. Black Swan
: 6. Inception

s*22011-05-08 07:05

16 楼

谢谢帮顶~~~~
诡异到了极至.......又没有办法说跳过不做. 实验进程被耽搁了好久了.
郁闷的不是一点半点......

【在 v***a 的大作中提到】

: 真的很诡异……
: 帮顶一下

P*e2011-05-08 07:05

17 楼

其实evil dead是里面搞得最狠最多的
black swan也不少猩猩跟inception都是应景的
mama跟cabin in the woods其实只是提了个名字
而且影片里其实模仿了很多虽然很多非常僵硬
只不过有些我们没接触有些可能没意识到
看橄榄球（广告）的都知道里面有个经典的“me？”

Also, evil dead, which is still in theatre.

【在 r**y 的大作中提到】

: Also, evil dead, which is still in theatre.

b*n2011-05-08 07:05

18 楼

是啥基因?
如果是16s rDNA的话可能来自于空气中的DNA aerosol

【在 s****2 的大作中提到】

: 最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
: 带.
: 目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
: 之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
: 着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
: 的条带.
: 开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
: commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
: 枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
: 带.

d*02011-05-08 07:05

19 楼

其实还是2最经典。

【在 P*******e 的大作中提到】

: 其实evil dead是里面搞得最狠最多的
: black swan也不少猩猩跟inception都是应景的
: mama跟cabin in the woods其实只是提了个名字
: 而且影片里其实模仿了很多虽然很多非常僵硬
: 只不过有些我们没接触有些可能没意识到
: 看橄榄球（广告）的都知道里面有个经典的“me？”
:
: Also, evil dead, which is still in theatre.

n*e2011-05-08 07:05

20 楼

是哦。这种问题不用说肯定要告诉大家目的片断是什么啊。如果是人类的，那么不戴手
套都可能是原因。的确是像aerosol。

M*k2011-05-08 07:05

21 楼

怎么一点印象都没有。

【在 P*******e 的大作中提到】

: 其实evil dead是里面搞得最狠最多的
: black swan也不少猩猩跟inception都是应景的
: mama跟cabin in the woods其实只是提了个名字
: 而且影片里其实模仿了很多虽然很多非常僵硬
: 只不过有些我们没接触有些可能没意识到
: 看橄榄球（广告）的都知道里面有个经典的“me？”
:
: Also, evil dead, which is still in theatre.

s*22011-05-08 07:05

22 楼

没有交代是什么基因的原因就是不是人或空气可能污染的.
目的基因是昆虫体节发育的调控基因. 我在后来设计引物的时候都blast过,确定引物对
不会和其他人类基因,甚至是virus有
binding扩增的可能性的.

【在 b******n 的大作中提到】

: 是啥基因?
: 如果是16s rDNA的话可能来自于空气中的DNA aerosol

P*e2011-05-08 07:05

23 楼

http://www.youtube.com/watch?v=lOclC9bbeQU#t=73s
哦其实是 i am 呵呵

【在 M******k 的大作中提到】

: 怎么一点印象都没有。

m*n2011-05-08 07:05

24 楼

你这是啥基因啊？有可能是你用的taq／pfu etc.等酶用来selection的基因。我们曾
经需要genotype Lacz，觉得总是污染，但是genotype其他基因都没问题。和楼主一样
所用东西都用新的之后还是不对。后来发现换了一种taq酶之后就好了。我们一致认为
是之前用的那一种taq用lacz筛选过。楼主可以换个公司的酶试试。

P*e2011-05-08 07:05

25 楼

其实我没完整看过这个系列可以无聊解解闷
不过以前的可能恶搞的电影都印象不深了呵呵

【在 d*****0 的大作中提到】

: 其实还是2最经典。

s*22011-05-08 07:05

26 楼

奇怪就奇怪在之前克隆这个基因是完全没有问题的.以前也是用的同一公司的Gotaq和
Extaq....

【在 m*********n 的大作中提到】

: 你这是啥基因啊？有可能是你用的taq／pfu etc.等酶用来selection的基因。我们曾
: 经需要genotype Lacz，觉得总是污染，但是genotype其他基因都没问题。和楼主一样
: 所用东西都用新的之后还是不对。后来发现换了一种taq酶之后就好了。我们一致认为
: 是之前用的那一种taq用lacz筛选过。楼主可以换个公司的酶试试。

d*02011-05-08 07:05

27 楼

2是必看的，整个系列的巅峰之作

【在 P*******e 的大作中提到】

: 其实我没完整看过这个系列可以无聊解解闷
: 不过以前的可能恶搞的电影都印象不深了呵呵

z*a2011-05-08 07:05

28 楼

中魔了
属science不可解决之超自然现象

A*r2011-05-08 07:05

29 楼

搞得最多的是Mama
整个框架完全就是照搬

【在 P*******e 的大作中提到】

: 其实evil dead是里面搞得最狠最多的
: black swan也不少猩猩跟inception都是应景的
: mama跟cabin in the woods其实只是提了个名字
: 而且影片里其实模仿了很多虽然很多非常僵硬
: 只不过有些我们没接触有些可能没意识到
: 看橄榄球（广告）的都知道里面有个经典的“me？”
:
: Also, evil dead, which is still in theatre.

s*22011-05-08 07:05

30 楼

已经让在国内的闺密去替我烧香拜佛了.......
这两天准备相信上帝,不知道有没有帮助.......
您还有其他建议没?

【在 z*******a 的大作中提到】

: 中魔了
: 属science不可解决之超自然现象

c*g2011-05-08 07:05

31 楼

我mama只看了个结尾，就悬崖那段，恶心死我了
scary movie我觉得挺好的，有好几段都非常好笑

【在 A*****r 的大作中提到】

: 搞得最多的是Mama
: 整个框架完全就是照搬

m*n2011-05-08 07:05

32 楼

那也先换个酶试试啊！
pfu, pfx

【在 s****2 的大作中提到】

: 奇怪就奇怪在之前克隆这个基因是完全没有问题的.以前也是用的同一公司的Gotaq和
: Extaq....

P*e2011-05-08 07:05

33 楼

今天wiki了下
Paranormal Activity (main)[11]
Black Swan (main)[12]
Mama (main)[11]
Rise of the Planet of the Apes (main)[11]
Sinister[11]
Fifty Shades of Grey[13]
Madea[13]
Inception[11]
Evil Dead[11]
The Cabin in the Woods[12]
Insidious[14]

【在 A*****r 的大作中提到】

: 搞得最多的是Mama
: 整个框架完全就是照搬

b*n2011-05-08 07:05

34 楼

果蝇的么?
实验室的果蝇乱飞也有可能的,尤其是果蝇实验室
不知道你还有没有机会试试看
带着新订的引物干粉去别的实验室从头做,用他们的试剂(水，酶, dNTP啥的)
有时候aerosol很头痛的
增加特异性的话可以增长引物长度（比如由16-18bp增加到25bp以上）
这个措施是针对来源于Taq酶的污染（毕竟Taq酶很多来自于E. coli重组表达的，有细
菌DNA很正常）

【在 s****2 的大作中提到】

: 没有交代是什么基因的原因就是不是人或空气可能污染的.
: 目的基因是昆虫体节发育的调控基因. 我在后来设计引物的时候都blast过,确定引物对
: 不会和其他人类基因,甚至是virus有
: binding扩增的可能性的.

A*r2011-05-08 07:05

35 楼

haha, I forget Incidious..
Where is Sinister in this movie?
Madea is the only movoie that I have not watched?
Madea【在 PetTurtle (Paul^I am what I am!) 的大作中提到: 】

b*n2011-05-08 07:05

36 楼

临时抱佛脚不行了
得神挡杀神，佛挡杀佛了

【在 s****2 的大作中提到】

: 已经让在国内的闺密去替我烧香拜佛了.......
: 这两天准备相信上帝,不知道有没有帮助.......
: 您还有其他建议没?

P*e2011-05-08 07:05

37 楼

我没看过sinsister
insidious挺明显的当然可能因为我刚看

【在 A*****r 的大作中提到】

: haha, I forget Incidious..
: Where is Sinister in this movie?
: Madea is the only movoie that I have not watched?
: Madea【在 PetTurtle (Paul^I am what I am!) 的大作中提到: 】

z*a2011-05-08 07:05

38 楼

除了烧香拜佛信上帝
Quran要买一本，麦加就不用去了，太废时废钱
钻研下scientism
对了，朱熹和王阳明的东西应该很醒脑

【在 s****2 的大作中提到】

: 已经让在国内的闺密去替我烧香拜佛了.......
: 这两天准备相信上帝,不知道有没有帮助.......
: 您还有其他建议没?

A*r2011-05-08 07:05

39 楼

sinister is kind of a new movie.
insidious is benne several years
and insidious 2 is coming later this year.

【在 P*******e 的大作中提到】

: 我没看过sinsister
: insidious挺明显的当然可能因为我刚看

s*22011-05-08 07:05

40 楼

上周五让我们lab另一间屋的人帮我做了. 我们的试剂是分开的.
结果是什么都没有,连用质粒,cDNA做模板的反应都没有任何产物.我守着人家加样的,没
有问题阿.
不知道是为什么.
只有明天再让人家帮忙做一次了.

【在 b******n 的大作中提到】

: 果蝇的么?
: 实验室的果蝇乱飞也有可能的,尤其是果蝇实验室
: 不知道你还有没有机会试试看
: 带着新订的引物干粉去别的实验室从头做,用他们的试剂(水，酶, dNTP啥的)
: 有时候aerosol很头痛的
: 增加特异性的话可以增长引物长度（比如由16-18bp增加到25bp以上）
: 这个措施是针对来源于Taq酶的污染（毕竟Taq酶很多来自于E. coli重组表达的，有细
: 菌DNA很正常）

s*22011-05-08 07:05

41 楼

忘了说了,不是果蝇. 而且养虫子的实验室和我们分子实验室还离着有点距离的说

【在 b******n 的大作中提到】

: 果蝇的么?
: 实验室的果蝇乱飞也有可能的,尤其是果蝇实验室
: 不知道你还有没有机会试试看
: 带着新订的引物干粉去别的实验室从头做,用他们的试剂(水，酶, dNTP啥的)
: 有时候aerosol很头痛的
: 增加特异性的话可以增长引物长度（比如由16-18bp增加到25bp以上）
: 这个措施是针对来源于Taq酶的污染（毕竟Taq酶很多来自于E. coli重组表达的，有细
: 菌DNA很正常）

s*22011-05-08 07:05

42 楼

好的,我明天就去给老板说订一个.....
谢谢~~~

【在 m*********n 的大作中提到】

: 那也先换个酶试试啊！
: pfu, pfx

b*n2011-05-08 07:05

43 楼

呵呵，有意思了
为什么别人做的啥都没有，你做的啥都有呢？
明天你们再平行做一个实验
他加一组样，你加一组样
试剂都用同样的
看看啥结果

【在 s****2 的大作中提到】

: 上周五让我们lab另一间屋的人帮我做了. 我们的试剂是分开的.
: 结果是什么都没有,连用质粒,cDNA做模板的反应都没有任何产物.我守着人家加样的,没
: 有问题阿.
: 不知道是为什么.
: 只有明天再让人家帮忙做一次了.

z*a2011-05-08 07:05

44 楼

我的做法
所有试剂换新maker，是与现用之不同maker，借用其他实验室枪，试管及所有用品

【在 s****2 的大作中提到】

: 好的,我明天就去给老板说订一个.....
: 谢谢~~~

p*u2011-05-08 07:05

45 楼

换个bench试试？

【在 s****2 的大作中提到】

: 最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
: 带.
: 目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
: 之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
: 着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
: 的条带.
: 开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
: commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
: 枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
: 带.

s*22011-05-08 07:05

46 楼

谢谢,您想的还真周到,也够跳跃的....

【在 z*******a 的大作中提到】

: 除了烧香拜佛信上帝
: Quran要买一本，麦加就不用去了，太废时废钱
: 钻研下scientism
: 对了，朱熹和王阳明的东西应该很醒脑

s*22011-05-08 07:05

47 楼

呜呜,您说我崩溃不......

【在 b******n 的大作中提到】

: 呵呵，有意思了
: 为什么别人做的啥都没有，你做的啥都有呢？
: 明天你们再平行做一个实验
: 他加一组样，你加一组样
: 试剂都用同样的
: 看看啥结果

C*e2011-05-08 07:05

48 楼

试试看带filter的tip
我觉得加样枪是不是有污染

【在 s****2 的大作中提到】

: 呜呜,您说我崩溃不......

s*22011-05-08 07:05

49 楼

不怕您笑话,我都换了两三个bench了.......
一开始是怕我的bench不干净,因为我彻底清理之后,结果还是诡异.就借人家的地盘试试
.还是没用.
到后来就是为了换风水了........

【在 p*u 的大作中提到】

: 换个bench试试？

s*22011-05-08 07:05

50 楼

一直作PCR就是用的有filter的. 后来为了排除tip被污染,都是做PCR之前拿盒新的开封.
我枪都按照说明洗过,也借别人的枪试过,一样结果诡异.

【在 C*******e 的大作中提到】

: 试试看带filter的tip
: 我觉得加样枪是不是有污染

C*e2011-05-08 07:05

51 楼

拿新开封的东西换个实验室做：）
另外我以前也遇到过类似的事情
水做negative control也出目标条带
不过我同时有加模板的反应
应该是形成了气溶胶进去了
后来我老板跟我说要抓主要矛盾
要时刻记得自己要解决的问题是什么
如果这种细节问题对大局没有影响
不要太纠结
当然后来我做就超级小心
都是配好master mix以后分管
先加negative control的水
然后封上
然后再加别的管里的模板
这样就好多了
不过有的时候还是会有一点点信号
对了，你PCR做多少个cycle？
做15个，25个之类少一点cycle试试呢？
如果是污染会要比较多cycle才能出来

封.

【在 s****2 的大作中提到】

: 一直作PCR就是用的有filter的. 后来为了排除tip被污染,都是做PCR之前拿盒新的开封.
: 我枪都按照说明洗过,也借别人的枪试过,一样结果诡异.

s*22011-05-08 07:05

52 楼

我就是因为之前的实验结果重复不出来,才检查之前构建的载体的.那成想会有怎么诡异
的结果.
这个很有可能就是我实验重复不出来的原因.要是这个问题不是问题,我也早就move on
了.
我开始想的也是那就不纠结直接构建的载体了.从头来过,到测序出结果,最多也就一周
的时间.但是,现在就是用新设计的引物
以水为模板做负对照也一样的有条带. 如果这个不解决的话,我之前的实验结果恐怕也
重复不出来了.
我开始也想有可能是气溶胶, 所有至少有两次,我是把有模板和没有模板的分看做的.
不管怎么说,也只能等到明天,找人帮我再试试了.
\

【在 C*******e 的大作中提到】

: 拿新开封的东西换个实验室做：）
: 另外我以前也遇到过类似的事情
: 水做negative control也出目标条带
: 不过我同时有加模板的反应
: 应该是形成了气溶胶进去了
: 后来我老板跟我说要抓主要矛盾
: 要时刻记得自己要解决的问题是什么
: 如果这种细节问题对大局没有影响
: 不要太纠结
: 当然后来我做就超级小心

j*x2011-05-08 07:05

53 楼

把negative control的产物测个序，或者换到qPCR上看一下melting curve

s*y2011-05-08 07:05

54 楼

你应该看看你的两个引物是否有heterodimer
有些引物设计得不好的话，就互相overlap, 然后就一段一段的扩增起来了。
如果是这个问题，一个可以提高anealing temperature, 另外一个就是
重新设计引物。
另外，你们使用的pipet tip 有filter么？如果没有那就买有的

【在 s****2 的大作中提到】

: 最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
: 带.
: 目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
: 之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
: 着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
: 的条带.
: 开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
: commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
: 枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
: 带.

c*r2011-05-08 07:05

55 楼

能写一下pcr的基本信息吗？
多少bp的product，primer的长度，annealing temperature，pcr的condition等等。

【在 s****2 的大作中提到】

: 最近实验不顺到了极至. 做basic PRC扩增一个基因, 只用水做模板也会有特异性的条
: 带.
: 目的基因是昆虫发育调控基因,在人体没有同源基因,我不会是污染源.
: 之前这个基因是扩增了且构建好载体的. 最近总是没有办法重复出来以前的结果,才想
: 着重新检查下基因表达的.结果,做PCR就是用水做负对照都会有和目的条带差不多大
: 的条带.
: 开始以为是被污染了.buffer, Extaq, dNTP 都换了新的,水也是用的新开封的
: commercial的ddH2o.结果用水作模板还是有一条漂亮的带.(也试了Gotaq,结果一样)
: 枪头肯定是新的,后来连枪都洗过了. 也重新去合成了之前那对引物,还是一样负对照有
: 带.