为什么pcna是single copy呢？# Biology - 生物学
b*7
1 楼
"only employ those who are legally authorized to work in the US" 是指必须有
绿卡或工卡吗？这句话是否等同于do not sponsor H1B visa?
艰苦卓绝地找工作中，希望各位不吝赐教。谢谢！
绿卡或工卡吗？这句话是否等同于do not sponsor H1B visa?
艰苦卓绝地找工作中，希望各位不吝赐教。谢谢！
m*s
2 楼
我儿子现在１３个月，以前睡觉都很好。四五天以前开始拉肚子，有一天拉了三次。后
来停掉了奶，现在还在恢复。最近一段时间，本来玩的挺好，见了我就哼哼即即，也不
太严重。我觉得可能是撒娇。
可是最近一两天以来，很多时候就是尖叫，大哭。昨天晚上，睡觉前更是大哭了很久，
那种歇嘶底里的哭法，哭的浑身都是汗，我看到他头上的经都凸出来了。睡着一两个小
时后，忽然又大哭，怎么安抚都不行。我只好把灯打开，抱他，他也不让抱，还是闭着
眼睛哭。后来抱着他走了一阵子，才平静下来。后来只好让他在我的床上睡了（他以前
都是自己在CRIB 睡的，夜里醒了，也能自己睡回去）。
根据我有限的知识，我现在猜想到两种可能：SEPARATION ANXIETY， OR NIGHT TERROR
。 如果是NIGHT TERROR， 那他不应该在睡前也这样大哭呀。有人有经验吗，更象哪个
呢？我应该做些什么？我不想从此让他和我睡，我还是想培养他独立睡觉。
同时，我准备多花些时间陪他，多观察他。如果是SEPARATION ANXIETY，也可以让他更
多的得到我的ATTENTION，从而减少他的焦虑。
来停掉了奶，现在还在恢复。最近一段时间，本来玩的挺好，见了我就哼哼即即，也不
太严重。我觉得可能是撒娇。
可是最近一两天以来，很多时候就是尖叫，大哭。昨天晚上，睡觉前更是大哭了很久，
那种歇嘶底里的哭法，哭的浑身都是汗，我看到他头上的经都凸出来了。睡着一两个小
时后，忽然又大哭，怎么安抚都不行。我只好把灯打开，抱他，他也不让抱，还是闭着
眼睛哭。后来抱着他走了一阵子，才平静下来。后来只好让他在我的床上睡了（他以前
都是自己在CRIB 睡的，夜里醒了，也能自己睡回去）。
根据我有限的知识，我现在猜想到两种可能：SEPARATION ANXIETY， OR NIGHT TERROR
。 如果是NIGHT TERROR， 那他不应该在睡前也这样大哭呀。有人有经验吗，更象哪个
呢？我应该做些什么？我不想从此让他和我睡，我还是想培养他独立睡觉。
同时，我准备多花些时间陪他，多观察他。如果是SEPARATION ANXIETY，也可以让他更
多的得到我的ATTENTION，从而减少他的焦虑。
x*g
3 楼
自己没工作，但是又得介绍自己，只能说lg在外全职工作了，不知道这样好不好，有没
有过类似的困惑呀？
I am currently a stay-at-home mom while my husband is working full-time. I
am inviting my parents to visit us in the U.S. for about 6 months and I am
writing this letter to help facilitate their visa application process.
求高见
有过类似的困惑呀？
I am currently a stay-at-home mom while my husband is working full-time. I
am inviting my parents to visit us in the U.S. for about 6 months and I am
writing this letter to help facilitate their visa application process.
求高见
d*i
4 楼
这两年超迷古龙，喜欢他小说里的洒脱与不羁，被他对于人性深刻的剖析所深深折服，
更为其天马行空的想象力吸引。
读过小说，又看了几部古龙小说改编的电视剧。感觉古龙的作品拍出韵味来真的好难，
照着原著拍，大段大段的内心描写真的很难表现，而改编的太过又会被骂不忠于原著，
真的费力不讨好。
在看过的那些电视剧作品中，有几部我觉得拍的既忠于原著又很有质量，在这里跟大家
分享一下。
首先，第一部不能不提的就是焦恩俊和蔡少芬主演的《泪痕剑》。这部剧台词真的特别
古龙，很多都是从原作中直接照搬过来的。剧情也基本是原著《英雄无泪》的主线，加
了几个人物和一些支线，也符合原著的精神。尤其是焦恩俊的演技，真的炸了。
第二部就是张智尧的《新楚留香传奇》了。这部电视剧也是完全照着原著来拍的，台词
剧情，都是浓浓的古龙风，而且张智尧本人和楚留香的气质很相符啊。
还有一部比较冷门，可能很多人都没听说过，就是于健版的《多情剑客》。这也是内地
早期的武侠作品，有人将它奉为经典，因为这部剧太忠于原著，也有人把它批的一钱不
值，因为条件所限，看起来真的有些粗制滥造。就像李寻欢和上官金鸿两个人对话，“
我手中无刀，心中却有刀”，没有背景音乐的渲染，没有拍摄手法的烘托，一切都显得
特别中二。不过这剧的优点就是，太忠于原著，小红和李寻欢在一起了！
最近拍的古龙作品，改动真的都太大了。不过话说回来，大家对剧情都知道的那么清楚
了，如果不改动，想必拍出电视剧来收视率也不会高吧。所以再看这几部按照原著来拍
的电视剧，就更难能可贵了！
更为其天马行空的想象力吸引。
读过小说，又看了几部古龙小说改编的电视剧。感觉古龙的作品拍出韵味来真的好难，
照着原著拍，大段大段的内心描写真的很难表现，而改编的太过又会被骂不忠于原著，
真的费力不讨好。
在看过的那些电视剧作品中，有几部我觉得拍的既忠于原著又很有质量，在这里跟大家
分享一下。
首先，第一部不能不提的就是焦恩俊和蔡少芬主演的《泪痕剑》。这部剧台词真的特别
古龙，很多都是从原作中直接照搬过来的。剧情也基本是原著《英雄无泪》的主线，加
了几个人物和一些支线，也符合原著的精神。尤其是焦恩俊的演技，真的炸了。
第二部就是张智尧的《新楚留香传奇》了。这部电视剧也是完全照着原著来拍的，台词
剧情，都是浓浓的古龙风，而且张智尧本人和楚留香的气质很相符啊。
还有一部比较冷门，可能很多人都没听说过，就是于健版的《多情剑客》。这也是内地
早期的武侠作品，有人将它奉为经典，因为这部剧太忠于原著，也有人把它批的一钱不
值，因为条件所限，看起来真的有些粗制滥造。就像李寻欢和上官金鸿两个人对话，“
我手中无刀，心中却有刀”，没有背景音乐的渲染，没有拍摄手法的烘托，一切都显得
特别中二。不过这剧的优点就是，太忠于原著，小红和李寻欢在一起了！
最近拍的古龙作品，改动真的都太大了。不过话说回来，大家对剧情都知道的那么清楚
了，如果不改动，想必拍出电视剧来收视率也不会高吧。所以再看这几部按照原著来拍
的电视剧，就更难能可贵了！
e*s
5 楼
最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
genome里只有一个copy呢？
genome里只有一个copy呢？
B*g
6 楼
差不多
【在 b*******7 的大作中提到】
: "only employ those who are legally authorized to work in the US" 是指必须有
: 绿卡或工卡吗？这句话是否等同于do not sponsor H1B visa?
: 艰苦卓绝地找工作中，希望各位不吝赐教。谢谢！
【在 b*******7 的大作中提到】
: "only employ those who are legally authorized to work in the US" 是指必须有
: 绿卡或工卡吗？这句话是否等同于do not sponsor H1B visa?
: 艰苦卓绝地找工作中，希望各位不吝赐教。谢谢！
p*i
7 楼
有没有可能是生长痛？如果太担心就看看医生。
h*I
8 楼
用你老公F1的身份邀请你父母就好了。
o*i
9 楼
2个copy啊 diploid genome里面
基因的表达量和copy number没有关系
【在 e**s 的大作中提到】
: 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
: genome里只有一个copy呢？
基因的表达量和copy number没有关系
【在 e**s 的大作中提到】
: 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
: genome里只有一个copy呢？
p*l
10 楼
是
j*u
11 楼
其实我家的中途醒经常大哭的。我一般解读为醒来了但是还很困，所以难受。还有就是
长牙期间状态也容易不好。
长牙期间状态也容易不好。
b*i
12 楼
I
不太明白，你是邀请你父母来探亲，又是中信代签？那么代签是不需要邀请函的，我妈
上次代签就没要。前提是你父母之前没有过不好的记录，我妈每次都不超过2个月就回
去
【在 x****g 的大作中提到】
: 自己没工作，但是又得介绍自己，只能说lg在外全职工作了，不知道这样好不好，有没
: 有过类似的困惑呀？
: I am currently a stay-at-home mom while my husband is working full-time. I
: am inviting my parents to visit us in the U.S. for about 6 months and I am
: writing this letter to help facilitate their visa application process.
: 求高见
e*s
13 楼
但是为什么有的就多copy呢？
【在 o**i 的大作中提到】
: 2个copy啊 diploid genome里面
: 基因的表达量和copy number没有关系
【在 o**i 的大作中提到】
: 2个copy啊 diploid genome里面
: 基因的表达量和copy number没有关系
t*f
14 楼
长牙？
s*y
15 楼
生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。
【在 e**s 的大作中提到】
: 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
: genome里只有一个copy呢？
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。
【在 e**s 的大作中提到】
: 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
: genome里只有一个copy呢？
s*r
16 楼
智能设计的也可以是补丁摞补丁。
每次改一点，加一点，注销一点。
生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
每次改一点，加一点，注销一点。
生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
s*y
17 楼
如果上帝是比尔盖茨，估计就会这么搞。呵呵呵
然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批
【在 s******r 的大作中提到】
: 智能设计的也可以是补丁摞补丁。
: 每次改一点，加一点，注销一点。
:
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批
【在 s******r 的大作中提到】
: 智能设计的也可以是补丁摞补丁。
: 每次改一点，加一点，注销一点。
:
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
e*s
18 楼
令我最puzzled是，为什么在所有的eukaryotes，pcna都是low copy number.如果是
random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
: 就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
: 东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
: Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
: 带了过去），要么就是其实有不同功能的。
h*l
19 楼
搞不懂这个问题有什么意义？
p53 还是 single copy呢。。。
p53 还是 single copy呢。。。
l*y
20 楼
有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
骰子）
我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
为否则会有灾难性后果。但是，在某些病理条件下，这些被 lock 的 gene 又被表达了
，于是就杯具了。
这种远程空间构象导致的 epigenetic control 还是挺有意思的，控制的往往是特别关
键的 gene，尤其是那些跟 stem cell/cancer 相关的 gene。好多组用 RNA-seq 找
gene 表达的起至位置在发育过程中的 shifting，但是很少能解释是具体什么机制导致
了这种 shifting（单纯说甲基化啥的肯定不行，得解释为什么那个时刻那个位置发生
了甲基化）。觉得这个方向很有潜力啊。
旁批
【在 s******y 的大作中提到】
: 如果上帝是比尔盖茨，估计就会这么搞。呵呵呵
: 然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批
epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
骰子）
我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
为否则会有灾难性后果。但是，在某些病理条件下，这些被 lock 的 gene 又被表达了
，于是就杯具了。
这种远程空间构象导致的 epigenetic control 还是挺有意思的，控制的往往是特别关
键的 gene，尤其是那些跟 stem cell/cancer 相关的 gene。好多组用 RNA-seq 找
gene 表达的起至位置在发育过程中的 shifting，但是很少能解释是具体什么机制导致
了这种 shifting（单纯说甲基化啥的肯定不行，得解释为什么那个时刻那个位置发生
了甲基化）。觉得这个方向很有潜力啊。
旁批
【在 s******y 的大作中提到】
: 如果上帝是比尔盖茨，估计就会这么搞。呵呵呵
: 然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批
s*y
21 楼
你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
evolution
hyp
binding
【在 l***y 的大作中提到】
: 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
: epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
: 库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
: 的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
: 骰子）
: 我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
: 是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
: 在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
: 位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
: 些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
evolution
hyp
binding
【在 l***y 的大作中提到】
: 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
: epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
: 库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
: 的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
: 骰子）
: 我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
: 是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
: 在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
: 位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
: 些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
s*y
22 楼
可能是因为拷贝的时候有很高的风险容易出错吧？对于特别重要的基因，
一旦出错就把细胞搞死了。
也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
【在 e**s 的大作中提到】
: 令我最puzzled是，为什么在所有的eukaryotes，pcna都是low copy number.如果是
: random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
: 是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。
一旦出错就把细胞搞死了。
也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
【在 e**s 的大作中提到】
: 令我最puzzled是，为什么在所有的eukaryotes，pcna都是low copy number.如果是
: random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
: 是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。
k*l
23 楼
基因的表达量和copy number没有关系?
少于一半的基因是这样的吧
【在 o**i 的大作中提到】
: 2个copy啊 diploid genome里面
: 基因的表达量和copy number没有关系
少于一半的基因是这样的吧
【在 o**i 的大作中提到】
: 2个copy啊 diploid genome里面
: 基因的表达量和copy number没有关系
s*y
24 楼
他的意思是在两倍体里面本来就已经有了两个拷贝了，已经够保险了，
没有必要在其他地方再拷一个
【在 k****l 的大作中提到】
: 基因的表达量和copy number没有关系?
: 少于一半的基因是这样的吧
没有必要在其他地方再拷一个
【在 k****l 的大作中提到】
: 基因的表达量和copy number没有关系?
: 少于一半的基因是这样的吧
h*l
25 楼
这个不光是进化方面的问题，其实也应该从分子生物学方面考虑 -- 所有染色体结构在
细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
达水平等……
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的
【在 s******y 的大作中提到】
: 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
: 染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
: 都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
: 生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
: 这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
:
: evolution
: hyp
: binding
细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
达水平等……
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的
【在 s******y 的大作中提到】
: 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
: 染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
: 都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
: 生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
: 这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
:
: evolution
: hyp
: binding
s*y
26 楼
问题是机体怎么知道哪个基因放在什么地方？
YY
【在 h***l 的大作中提到】
: 这个不光是进化方面的问题，其实也应该从分子生物学方面考虑 -- 所有染色体结构在
: 细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
: 关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
: ，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
: 达水平等……
:
: 打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
: protein跑过来把那个
: 一般
: 和人是怎么控制某个基因的
YY
【在 h***l 的大作中提到】
: 这个不光是进化方面的问题，其实也应该从分子生物学方面考虑 -- 所有染色体结构在
: 细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
: 关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
: ，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
: 达水平等……
:
: 打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
: protein跑过来把那个
: 一般
: 和人是怎么控制某个基因的
z*t
27 楼
我觉得是扔进素材库的gene不会 contribute to epigenetic inheretance的，因为gene
duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
evolution
hyp
binding
【在 l***y 的大作中提到】
: 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
: epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
: 库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
: 的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
: 骰子）
: 我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
: 是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
: 在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
: 位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
: 些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
evolution
hyp
binding
【在 l***y 的大作中提到】
: 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
: epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
: 库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
: 的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
: 骰子）
: 我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
: 是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
: 在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
: 位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
: 些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
z*t
28 楼
just a known clue，heterochromatin一般都会附着在核膜上，通过对lamin-a的pull-
down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的
【在 s******y 的大作中提到】
: 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
: 染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
: 都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
: 生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
: 这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
:
: evolution
: hyp
: binding
down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的
【在 s******y 的大作中提到】
: 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
: 染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
: 都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
: 生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
: 这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
:
: evolution
: hyp
: binding
s*y
29 楼
这个你说的还是分子生物水平上的答案。
我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
pull-
YY
【在 z*t 的大作中提到】
: just a known clue，heterochromatin一般都会附着在核膜上，通过对lamin-a的pull-
: down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
: 看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
:
: 打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
: protein跑过来把那个
: 一般
: 和人是怎么控制某个基因的
我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
pull-
YY
【在 z*t 的大作中提到】
: just a known clue，heterochromatin一般都会附着在核膜上，通过对lamin-a的pull-
: down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
: 看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
:
: 打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
: protein跑过来把那个
: 一般
: 和人是怎么控制某个基因的
l*y
30 楼
嗯，嗯，你是对的。素材库里的东西，应该通过 mutation 才能被利用。如果仅通过
epigenetic modification 就能被用上，或者就能影响到别的 gene 的 transcription
，那就不叫做素材库了。
我也很头大 cancer cell，尤其是 cancer cell line 的稳定性。哪怕 sub-cloning，
几代之后 genomics 变化也很大。。。但愿能够找到某几个关键点，然后通过 imaging
或者 FACS 的方式来做 single cell assay，证明 evolution 是有趋势和倾向性的。
gene
evolution
【在 z*t 的大作中提到】
: 我觉得是扔进素材库的gene不会 contribute to epigenetic inheretance的，因为gene
: duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
: 同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
: 而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
: 了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
: 段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
: mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
: 除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
: 你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
:
epigenetic modification 就能被用上，或者就能影响到别的 gene 的 transcription
，那就不叫做素材库了。
我也很头大 cancer cell，尤其是 cancer cell line 的稳定性。哪怕 sub-cloning，
几代之后 genomics 变化也很大。。。但愿能够找到某几个关键点，然后通过 imaging
或者 FACS 的方式来做 single cell assay，证明 evolution 是有趋势和倾向性的。
gene
evolution
【在 z*t 的大作中提到】
: 我觉得是扔进素材库的gene不会 contribute to epigenetic inheretance的，因为gene
: duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
: 同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
: 而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
: 了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
: 段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
: mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
: 除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
: 你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
:
z*t
31 楼
that's cool !!! I think you mean regulatory element evolution, while the
evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
either have on or off way will disappear
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个你说的还是分子生物水平上的答案。
: 我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
: 在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
: 直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
: 莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
: 来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
: 但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
: 之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
:
: pull-
evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
either have on or off way will disappear
【在 s******y 的大作中提到】
: 这个你说的还是分子生物水平上的答案。
: 我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
: 在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
: 直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
: 莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
: 来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
: 但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
: 之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
:
: pull-
s*y
32 楼
你说的有道理。
我应该是把因果关系弄反了
【在 z*t 的大作中提到】
: that's cool !!! I think you mean regulatory element evolution, while the
: evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
: I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
: way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
: either have on or off way will disappear
我应该是把因果关系弄反了
【在 z*t 的大作中提到】
: that's cool !!! I think you mean regulatory element evolution, while the
: evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
: I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
: way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
: either have on or off way will disappear
e*s
33 楼
这个对做copy number evolution的我来说太重要了。
【在 h***l 的大作中提到】
: 搞不懂这个问题有什么意义？
: p53 还是 single copy呢。。。
【在 h***l 的大作中提到】
: 搞不懂这个问题有什么意义？
: p53 还是 single copy呢。。。
e*s
34 楼
目前的理论好像是说，duplication的动力之一就是防备拷贝的时候出错的。至于多拷
贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
【在 s******y 的大作中提到】
: 可能是因为拷贝的时候有很高的风险容易出错吧？对于特别重要的基因，
: 一旦出错就把细胞搞死了。
: 也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
【在 s******y 的大作中提到】
: 可能是因为拷贝的时候有很高的风险容易出错吧？对于特别重要的基因，
: 一旦出错就把细胞搞死了。
: 也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
e*s
35 楼
pcna在很多单倍体的生物也是一个拷贝的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 他的意思是在两倍体里面本来就已经有了两个拷贝了，已经够保险了，
: 没有必要在其他地方再拷一个
【在 s******y 的大作中提到】
: 他的意思是在两倍体里面本来就已经有了两个拷贝了，已经够保险了，
: 没有必要在其他地方再拷一个
e*s
36 楼
关于表达和copy number没有关系的gene,哪里有一个这样的list么？
【在 k****l 的大作中提到】
: 基因的表达量和copy number没有关系?
: 少于一半的基因是这样的吧
【在 k****l 的大作中提到】
: 基因的表达量和copy number没有关系?
: 少于一半的基因是这样的吧
k*l
37 楼
Molecular Systems Biology 6 Article number: 368 doi:10.1038/msb.2010.19
Published online: 11 May 2010
Citation: Molecular Systems Biology 6:368
A general lack of compensation for gene dosage in yeast
http://www.nature.com/msb/journal/v6/n1/full/msb201019.html
关于酵母的一篇文章
【在 e**s 的大作中提到】
: 关于表达和copy number没有关系的gene,哪里有一个这样的list么？
Published online: 11 May 2010
Citation: Molecular Systems Biology 6:368
A general lack of compensation for gene dosage in yeast
http://www.nature.com/msb/journal/v6/n1/full/msb201019.html
关于酵母的一篇文章
【在 e**s 的大作中提到】
: 关于表达和copy number没有关系的gene,哪里有一个这样的list么？
s*y
38 楼
基因表达的量应该和promoter 的强度的关系更大。
很多非常重要的house keeping gene 其实都只有一个拷贝，比方说beta-tubulin,
alpha-tubulin. 但是它们的表达都非常强。
你说的那个 ribosomal RNA copy number 的官方解释我觉得非常牵强.
一个相关问题就是，其他RNA gene比方说tRNA 是否也是多拷贝？
我觉得更可能的是因为ribosome RNA本身是一个ribozyme, 本身就有一定
的复制功能，所以在早期的时候在基因里面大肆到处贴帖子。后来有些关键
片断缺失了，不能复制了，才安生了下来。
【在 e**s 的大作中提到】
: 目前的理论好像是说，duplication的动力之一就是防备拷贝的时候出错的。至于多拷
: 贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
: 二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
:
: （病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
很多非常重要的house keeping gene 其实都只有一个拷贝，比方说beta-tubulin,
alpha-tubulin. 但是它们的表达都非常强。
你说的那个 ribosomal RNA copy number 的官方解释我觉得非常牵强.
一个相关问题就是，其他RNA gene比方说tRNA 是否也是多拷贝？
我觉得更可能的是因为ribosome RNA本身是一个ribozyme, 本身就有一定
的复制功能，所以在早期的时候在基因里面大肆到处贴帖子。后来有些关键
片断缺失了，不能复制了，才安生了下来。
【在 e**s 的大作中提到】
: 目前的理论好像是说，duplication的动力之一就是防备拷贝的时候出错的。至于多拷
: 贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
: 二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
:
: （病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？
Z*5
39 楼
为什么很多重要的基因只有一个拷贝，我觉得也可以从这个角度来看：
这个基因最开始出现应该是只有一个，这个单拷贝已经能够支持其行使正常的功能了。
当出现多于一个拷贝的时候，这个基因表达量的改变可能导致生物体发育出现异常，不
能稳定遗传下去。
这个假设应该可以通过一些knockin的实验来验证吧。
这个基因最开始出现应该是只有一个，这个单拷贝已经能够支持其行使正常的功能了。
当出现多于一个拷贝的时候，这个基因表达量的改变可能导致生物体发育出现异常，不
能稳定遗传下去。
这个假设应该可以通过一些knockin的实验来验证吧。
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