M*e
2 楼
准备用NimbleGen-tiled microarrays做DNA methylation. 不知版上是否有前辈做过，
有几个关于数据分析的问题向请教一下。
1. 从机器上得到的原数据是否是每个probe的density？
2. Bioconductor 中有做ACME的package， 似乎可以得到significance (p value) for
each probe/region/promoter. 但这只是针对每个单独样品， 不能做样品之间的比较
。而且，这个p value能否当作quantitative value 来用， 还是选定cut-off p value
后只能得到yes/no for each probe?
3. Bioconductor 还有其他一些packages (Ringo, biomaRt, topGo), 好像也可以分析
DNA microarray data, 还能做样品间比较，但不知对NimbleGen-tiled microarrays
的data 是否适用？
如果有这方面的经验，能告知分析的大致流程，就再好不过。 非常感谢。
有几个关于数据分析的问题向请教一下。
1. 从机器上得到的原数据是否是每个probe的density？
2. Bioconductor 中有做ACME的package， 似乎可以得到significance (p value) for
each probe/region/promoter. 但这只是针对每个单独样品， 不能做样品之间的比较
。而且，这个p value能否当作quantitative value 来用， 还是选定cut-off p value
后只能得到yes/no for each probe?
3. Bioconductor 还有其他一些packages (Ringo, biomaRt, topGo), 好像也可以分析
DNA microarray data, 还能做样品间比较，但不知对NimbleGen-tiled microarrays
的data 是否适用？
如果有这方面的经验，能告知分析的大致流程，就再好不过。 非常感谢。
r*o
4 楼
好像DNA Methylation得到的数据叫做什么beta的？
o*2
5 楼
赞一个，50万字可以看看了
B*e
6 楼
已完本
：赞一个，50万字可以看看了
：赞一个，50万字可以看看了
s*r
7 楼
好看不？
g*g
8 楼
当年窃明为啥那么出名？
p*a
9 楼
因为粉碎了袁崇焕的形象
坐实了丫即使不是汉奸也是大废物奸臣
【在 g****g 的大作中提到】
: 当年窃明为啥那么出名？
坐实了丫即使不是汉奸也是大废物奸臣
【在 g****g 的大作中提到】
: 当年窃明为啥那么出名？
w*n
10 楼
话说网上有窃明的完整版吗？
[在 phantasima (射中面门) 的大作中提到：]
:因为粉碎了袁崇焕的形象
:坐实了丫即使不是汉奸也是大废物奸臣
[在 phantasima (射中面门) 的大作中提到：]
:因为粉碎了袁崇焕的形象
:坐实了丫即使不是汉奸也是大废物奸臣
s*r
11 楼
灰熊猫一手过硬的实锤/硬核考据风，在低智的网文界不出头也难啊。
s*r
12 楼
飘天好像所有的下载链接一年前失效了。 我最近都是在IXDZS上下载TXT或者PUB。
m*n
13 楼
话说其中一个角色钟离昧后来成为八仙之一的汉钟离。
钟离昧和樊於期两个人经历又挺相似的，有时候会搞混。
钟离昧和樊於期两个人经历又挺相似的，有时候会搞混。
b*s
14 楼
一贯的文笔稀烂，回到窃明水平了，低于发情
还有片面美化一方的毛病也没改，人物单薄如纸片
但是历史解释很有见地
还有片面美化一方的毛病也没改，人物单薄如纸片
但是历史解释很有见地
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