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请教!!!!!!!!! ChIP中formaldehyde crosslink的问题

请教!!!!!!!!! ChIP中formaldehyde crosslink的问题# Biology - 生物学

x*i2011-06-07 07:06

1 楼

新年，随便吃点素的：）
拍照技术不好，炒菜也一般般。
凑合着看吧
1.素火腿炒青椒胡萝卜丝
做法简单，油盐而已。
2.韭菜香干
韭菜一定要后放，否则不绿了。
3.盐水花生
放了点萝卜丁，这个菜从小就爱吃，可以当小吃一样，也可以餐前拌点麻油吃。
做法就是开水煮花生，放盐。呵呵
4.冬季素补汤
非常爱吃这个
材料：白萝卜，山药，金针菇，白菜，粉丝。
先用水将白萝卜和山药小火熬汤，半小时后，汤成淡白色，放粉丝，白菜，金针菇。
调料就是油，盐，小包斋汤精华料（在越南的素食超市有卖）

n*32011-06-07 07:06

2 楼

大公司，还是忍着。怕影响印象分。
嗡嗡的，头晕。严重影响我的工作热情和工作 PRODUCTIVITY。
可能我对 NOISE 比较敏感，不是讲话声，估计哪个空调。但我看同事好像也吵。
是不是这样刚去不大好，另外公司CUBICL 好像紧张，旁边一个小印还没来报道，但
RESERVE了，能抢过来吗？
谢谢！

R*a2011-06-07 07:06

3 楼

嗬嗬，听说国内里流行这样晒工资单。
http://www.huaren.us/dispbbs.asp?boardid=337&id=672134&page=1&star=1
楼主先提问，结果回答的人不多：

p*m2011-06-07 07:06

4 楼

http://www.neowin.net/news/t-mobile-and-sprint-in-merger-talks
sero更值钱了，连t-mobile的网络也可以用了，说不定可以漫游到att

e*n2011-06-07 07:06

5 楼

TBA

s*i2011-06-07 07:06

6 楼

刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。（但是reference？？？？）
另外，Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
大家帮忙看看！！多谢~~~

s*i2011-06-07 07:06

7 楼

赞，看得我竟然饿了，我去吃点宵夜

m*u2011-06-07 07:06

8 楼

Got a good noise cancelling headphone. Something like this.
http://www.costco.com/Bose%C2%AE-QuietComfort%C2%AE-15-Acoustic
The downside is you can not hear even if someone is behind you. So make sure
you don't visit the website you don't want your boss/coworkers to see :-)

【在 n*****3 的大作中提到】

: 大公司，还是忍着。怕影响印象分。
: 嗡嗡的，头晕。严重影响我的工作热情和工作 PRODUCTIVITY。
: 可能我对 NOISE 比较敏感，不是讲话声，估计哪个空调。但我看同事好像也吵。
: 是不是这样刚去不大好，另外公司CUBICL 好像紧张，旁边一个小印还没来报道，但
: RESERVE了，能抢过来吗？
: 谢谢！

H*72011-06-07 07:06

9 楼

不如人家北京 900万元公寓，一句话就震住了

p*m2011-06-07 07:06

10 楼

数了一下两个加起来也没big2大
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_United_States_wireless_com

h*n2011-06-07 07:06

11 楼

link？

【在 e**********n 的大作中提到】

: TBA

z*a2011-06-07 07:06

12 楼

又来一sunnyweiwei。
我猜呀，是sunnyday的人气闹的吧。
来一大胆假设，有那末一天，sunnyday呢，贡献过大，功高震主，得一斩立决，就再也没有sunny啥啥的出没了。
然后呢 sunney xie同志受了惊吓，更名换姓，摇身一变成园丁，学Frederick Sanger的啦，很没创意。
sunnyweiwei 呀，听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba，老师说，两点成一线，三点成一面，是公理，不须
证明。小朋友想啊，哇老师厉害，什么都知道。
后来呢，得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1＋1＝2，因而zhugeceba糊涂了好一阵。
此处略除一万字。
再..........再后来呢，学习进化论，感觉有意思，来美，上教会，教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂
啦。
一而再，再而三。
zhugeceba就改名糊涂一世啦
头像是谁呀？拜托赐教

R*s2011-06-07 07:06

13 楼

很棒， MM能把菜名放入标题么。。

p*r2011-06-07 07:06

14 楼

没用，我带耳塞了。
不舒服也没有完全去掉噪音。

e*t2011-06-07 07:06

15 楼

一般出来晒得还是有点家底的……

【在 R**a 的大作中提到】

: 嗬嗬，听说国内里流行这样晒工资单。
: http://www.huaren.us/dispbbs.asp?boardid=337&id=672134&page=1&star=1
: 楼主先提问，结果回答的人不多：

Z*o2011-06-07 07:06

16 楼

关心用gsm还是cdma，前者有好机的话可以带回国用。

T*i2011-06-07 07:06

17 楼

靠

【在 e**********n 的大作中提到】

: TBA

d*72011-06-07 07:06

18 楼

书里都是那么说的，具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
-dna只是理论上的，如果你看最早的那篇发明ChIP的文章，文章里说，在in vitro的情
况下，formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction，但是却不能
crosslink TF-DNA （他们似乎只测试了lacz）。
另外，modENCODE的Julie Ahringer跟我们说，她和Steven Henikoff都觉得
formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna，而大家在做ChIP的时候，只是将
nucleosome crosslink到DNA上，然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了，间接
的crosslink到DNA上。
对于reverse crosslink，只是习惯性的加热overnight。
formaldehyde的浓度，大家用的差别还是挺大的，有些人用1%，有些人用1.5%，有些人
室温crosslink，有些人37度，有些人在formaldehyde之前还用其他crosslinker(e.g.
EGS, DSG, DMA)，然后reverse crosslink基本上都是65度overnight。

。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
（但是reference？？？？）
后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

【在 s*********i 的大作中提到】

: 刚开始学ChIP,查了很多资料也还没搞明白formaldehyde crosslink究竟是怎么回事。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
: 另在某些论坛上看到有人说是形成了amid bonds, 这样就是加热可逆的。可以理解。（但是reference？？？？）
: 另外，Ren et al.2000年的Science paper 并没有写有reverse crosslink, 难道是后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。
: 大家帮忙看看！！多谢~~~

s*i2011-06-07 07:06

19 楼

我第一喜欢韭菜香干，第二喜欢冬季素补汤，第三喜欢素火腿炒青椒胡萝卜丝

M*O2011-06-07 07:06

20 楼

等几天再说吧，工作忙起来了不太会注意噪音。实在受不了了当然可以申请换。

M*82011-06-07 07:06

21 楼

我喜欢看别人晒家底。

p*m2011-06-07 07:06

22 楼

以后都是国际型的像tp2，都支持啊

【在 Z*****o 的大作中提到】

: 关心用gsm还是cdma，前者有好机的话可以带回国用。

N*w2011-06-07 07:06

23 楼

haha 落井下石

【在 e**********n 的大作中提到】

: TBA

s*i2011-06-07 07:06

24 楼

太高深了，看不懂哎。
不过还是要谢谢你，
头像是画。

也没有sunny啥啥的出没了。
Sanger的啦，很没创意。
一线，三点成一面，是公理，不须
针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂

【在 z*******a 的大作中提到】

: 又来一sunnyweiwei。
: 我猜呀，是sunnyday的人气闹的吧。
: 来一大胆假设，有那末一天，sunnyday呢，贡献过大，功高震主，得一斩立决，就再也没有sunny啥啥的出没了。
: 然后呢 sunney xie同志受了惊吓，更名换姓，摇身一变成园丁，学Frederick Sanger的啦，很没创意。
: sunnyweiwei 呀，听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba，老师说，两点成一线，三点成一面，是公理，不须
: 证明。小朋友想啊，哇老师厉害，什么都知道。
: 后来呢，得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1＋1＝2，因而zhugeceba糊涂了好一阵。
: 此处略除一万字。
: 再..........再后来呢，学习进化论，感觉有意思，来美，上教会，教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂
: 啦。

x*i2011-06-07 07:06

25 楼

遵命

【在 R*****s 的大作中提到】

: 很棒， MM能把菜名放入标题么。。

i*m2011-06-07 07:06

26 楼

看了，懒得回
没见过有钱人，跟我们房奴叫什么版

【在 R**a 的大作中提到】

: 嗬嗬，听说国内里流行这样晒工资单。
: http://www.huaren.us/dispbbs.asp?boardid=337&id=672134&page=1&star=1
: 楼主先提问，结果回答的人不多：

T*i2011-06-07 07:06

27 楼

死透了

【在 N****w 的大作中提到】

: haha 落井下石

s*i2011-06-07 07:06

28 楼

多谢！
我还看到有人在做reverse crosslink的那步加盐，不知道是什么作用。。
因为实验室木有人做ChIP要自己学，所以好多都不懂。。

protein

【在 d****7 的大作中提到】

: 书里都是那么说的，具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
: -dna只是理论上的，如果你看最早的那篇发明ChIP的文章，文章里说，在in vitro的情
: 况下，formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction，但是却不能
: crosslink TF-DNA （他们似乎只测试了lacz）。
: 另外，modENCODE的Julie Ahringer跟我们说，她和Steven Henikoff都觉得
: formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna，而大家在做ChIP的时候，只是将
: nucleosome crosslink到DNA上，然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了，间接
: 的crosslink到DNA上。
: 对于reverse crosslink，只是习惯性的加热overnight。
: formaldehyde的浓度，大家用的差别还是挺大的，有些人用1%，有些人用1.5%，有些人

x*i2011-06-07 07:06

29 楼

哈哈，又看到你了

【在 s*******i 的大作中提到】

: 我第一喜欢韭菜香干，第二喜欢冬季素补汤，第三喜欢素火腿炒青椒胡萝卜丝

R*a2011-06-07 07:06

30 楼

赫赫，对阿，我等没有啥家底的，还真不敢这样晒。否则，人家晒真金白银，
我晒破铜烂铁，贻笑大方哈。
不过呢，这位楼主，有点奇怪，喜欢晒自己，就晒贝，为什么要把别人的家
底也问个清楚？是不是等别人晒出来，发现不如自己，就可以舒坦一下？
那，要是别人晒出来，比她好，岂不得怄气两天？

【在 e********t 的大作中提到】

: 一般出来晒得还是有点家底的……

q*j2011-06-07 07:06

31 楼

假新闻。吧sponsor也拼对了再忽悠吧。

【在 e**********n 的大作中提到】

: TBA

t*d2011-06-07 07:06

32 楼

不带这么吓人的。敢情 ChIP 是个比中国房地产还大的 bubble。

protein

【在 d****7 的大作中提到】

l*i2011-06-07 07:06

33 楼

金针菇一般怎么处理？切掉根部以后水里泡泡就可以了么？

R*a2011-06-07 07:06

34 楼

是啊，其实华人那个家居版上，有钱人挺多的。
不过呢，有人买了一个米的house，也最多就是秀秀照片，说说是cash付清的，
听听大家的赞美而已。
这个楼主可好，知道自己银子比我等房奴多些些，晒了自己之后，还要打听
我们房奴们的家底。我真想回她一个：“legendary dream house, 我们
南加贝弗里山庄和马里布的不错，要不你们下来买吧”。
后来一想，算了，懒得动。
还是回到我们mitbbs living，大家讨论那个利息好、哪个地板耐磨来的实惠。
哈哈。

【在 i******m 的大作中提到】

: 看了，懒得回
: 没见过有钱人，跟我们房奴叫什么版

m*i2011-06-07 07:06

35 楼

check this paper.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.

。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
（但是reference？？？？）
后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

【在 s*********i 的大作中提到】

t*z2011-06-07 07:06

36 楼

赞！
mm盘子国内带来的？
有点眼熟呢

z*n2011-06-07 07:06

37 楼

美国一大好处就是我们这些普通小人物也能买house也能折腾折腾，呵呵

【在 R**a 的大作中提到】

: 是啊，其实华人那个家居版上，有钱人挺多的。
: 不过呢，有人买了一个米的house，也最多就是秀秀照片，说说是cash付清的，
: 听听大家的赞美而已。
: 这个楼主可好，知道自己银子比我等房奴多些些，晒了自己之后，还要打听
: 我们房奴们的家底。我真想回她一个：“legendary dream house, 我们
: 南加贝弗里山庄和马里布的不错，要不你们下来买吧”。
: 后来一想，算了，懒得动。
: 还是回到我们mitbbs living，大家讨论那个利息好、哪个地板耐磨来的实惠。
: 哈哈。

s*i2011-06-07 07:06

38 楼

谢谢啊 :)

【在 m******i 的大作中提到】

: check this paper.
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20178313
: the -CH2- is weak for the crosslink induced by formaldehyde.
:
: 。很多比较老的书里边说是形成了-CH2-键，或者是-NH-CH2-键。但是如果是这两个键
: ，那65度5小时的reverse crosslink是不太可能的吧？
: （但是reference？？？？）
: 后来人家补充上去的？ChIP时crosslink的程度和reverse的情况还是蛮关键的吧。所以
: 想弄清楚怎么回事，然后选择formaldehyde的浓度和fix的时间。

J*a2011-06-07 07:06

39 楼

赞好吃的素菜！

i*m2011-06-07 07:06

40 楼

不喜欢华人
最喜欢一窝蜂拍马屁
有个人贴个啥圣诞树，挤死了，好多人纷纷叫好
都是雇人或者contractor做的东西，偏偏搞得成自己做的，太爱bso了
还是mit 赞，女的都能自己装抽油烟机
那个一个米的，你说的对，就想炫富而已，一点技术成分也没有

【在 R**a 的大作中提到】

y*o2011-06-07 07:06

41 楼

看完很口水……

M*82011-06-07 07:06

42 楼

你不觉得最聪明的是那个楼主的老公吗？通过结婚，搞来北京一套房，15万美金。

【在 R**a 的大作中提到】

n*w2011-06-07 07:06

43 楼

我爱素炒干子

y*h2011-06-07 07:06

44 楼

成不成功还要看这个女的长啥样，毕竟这张脸要看几十年呢，15万美金很快就能花完。

【在 M***8 的大作中提到】

: 你不觉得最聪明的是那个楼主的老公吗？通过结婚，搞来北京一套房，15万美金。

F*t2011-06-07 07:06

45 楼

介几个素菜我爱吃

i*m2011-06-07 07:06

46 楼

上北卡买几套家具，15万就没了

【在 y*h 的大作中提到】

: 成不成功还要看这个女的长啥样，毕竟这张脸要看几十年呢，15万美金很快就能花完。

Y*e2011-06-07 07:06

47 楼

喜欢吃最后一个

d*22011-06-07 07:06

48 楼

现在流行国内套现美国买房，看来泡泡吹的很好很强大。

l*t2011-06-07 07:06

49 楼

我也喜欢素菜。

l*d2011-06-07 07:06

50 楼

华人什么时尚版家居版之类的都是眼热嘴酸之女流，面子上叫得亲热，私下背地里还不
知道怎么八别人，还不是冲着别人有银子花有凯子傍。
其实见得多了，且不说鱼龙混杂秀假货的主儿，就那些所谓的出来BSO的，自以为很牛
逼，伊不知其实大家也就看着一乐，懒得跟丫纠缠而已。有人爱现，就让丫现呗。

【在 i******m 的大作中提到】

: 不喜欢华人
: 最喜欢一窝蜂拍马屁
: 有个人贴个啥圣诞树，挤死了，好多人纷纷叫好
: 都是雇人或者contractor做的东西，偏偏搞得成自己做的，太爱bso了
: 还是mit 赞，女的都能自己装抽油烟机
: 那个一个米的，你说的对，就想炫富而已，一点技术成分也没有

l*d2011-06-07 07:06

51 楼

这楼主腆着脸想要别人赏丫一句赞美的漂亮话儿，急切之情溢于言表。
发信人: Rata (Ratatouille), 信区: Living
标题: Re: 房奴们，你们谁能这么大方的晒家底阿？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Dec 11 12:57:11 2009, 美东)

赫赫，对阿，我等没有啥家底的，还真不敢这样晒。否则，人家晒真金白银，
我晒破铜烂铁，贻笑大方哈。
不过呢，这位楼主，有点奇怪，喜欢晒自己，就晒贝，为什么要把别人的家
底也问个清楚？是不是等别人晒出来，发现不如自己，就可以舒坦一下？
那，要是别人晒出来，比她好，岂不得怄气两天？

【在 e********t 的大作中提到】

: 一般出来晒得还是有点家底的……

s*82011-06-07 07:06

52 楼

国内刚来的都喜欢比。暗BSO不过瘾，就想找人单挑。在美国日子长了自然会知道什么
叫山外有山了，也就学会低调了。

l*d2011-06-07 07:06

53 楼

“
我呢在北京美资企业（提名大家都知道就不说了）
现在在南旧金山附近生物公司(提名大家都知道所以也不说了)
”
就不说，说出来羡慕死你们丫的。
青楼出来卖的，一般也是犹抱琵琶半遮面的。

l*d2011-06-07 07:06

54 楼

这种80卡边儿的，能混成这样儿不容易，看看伊说道85后那话的时候，优越之情那叫一
个自得其乐啊。

【在 s******8 的大作中提到】

: 国内刚来的都喜欢比。暗BSO不过瘾，就想找人单挑。在美国日子长了自然会知道什么
: 叫山外有山了，也就学会低调了。

m*y2011-06-07 07:06

55 楼

You just can't imagine what people can do for a couple of cheap claps.

I*M2011-06-07 07:06

56 楼

看到这里我不得不推荐一下华人上eggsoup mm两口子自己DIY flip的房子，虽然不如雇
contractor来得快，可是人家这个动力，这个干劲，真的不的不服：
http://www.huaren.us/dispbbs.asp?boardid=337&Id=606574

m*y2011-06-07 07:06

57 楼

两口子? I just saw her hubby working his ass off, smart Asian woman!

【在 I*****M 的大作中提到】

: 看到这里我不得不推荐一下华人上eggsoup mm两口子自己DIY flip的房子，虽然不如雇
: contractor来得快，可是人家这个动力，这个干劲，真的不的不服：
: http://www.huaren.us/dispbbs.asp?boardid=337&Id=606574

H*72011-06-07 07:06

58 楼

报着学习的态度看到第二段就不想看了：呼唤专家
对于地板还是地毯，我纠结了好久。地板显然比地毯易于清洁，但地板比较娇贵，很容
易敲出坑或者有划痕，而我们家还有个划痕制造能狗：糖瓜同学。所以我非常纠结。一
直到知道了Laminate Floor。应该就是国内的强化地板。

r*s2011-06-07 07:06

59 楼

棉套你得另外起一个话题。

【在 H******7 的大作中提到】

: 报着学习的态度看到第二段就不想看了：呼唤专家
: 对于地板还是地毯，我纠结了好久。地板显然比地毯易于清洁，但地板比较娇贵，很容
: 易敲出坑或者有划痕，而我们家还有个划痕制造能狗：糖瓜同学。所以我非常纠结。一
: 直到知道了Laminate Floor。应该就是国内的强化地板。

H*72011-06-07 07:06

60 楼

这两天通过家居版已解决了不少问题，捞到了很大的便宜。目前暂时想不出什么话题可
起啊。老三对此有何看法？

【在 r********s 的大作中提到】

: 棉套你得另外起一个话题。

z*n2011-06-07 07:06

61 楼

收费咨询

【在 H******7 的大作中提到】

: 这两天通过家居版已解决了不少问题，捞到了很大的便宜。目前暂时想不出什么话题可
: 起啊。老三对此有何看法？

T*J2011-06-07 07:06

62 楼

我连标题都没看全

【在 H******7 的大作中提到】

d*a2011-06-07 07:06

63 楼

吼吼，终于见着这位奶奶了。
http://tbh784.spaces.live.com/default.aspx

K*S2011-06-07 07:06

64 楼

hehe, nice summary

【在 M***8 的大作中提到】

: 你不觉得最聪明的是那个楼主的老公吗？通过结婚，搞来北京一套房，15万美金。

K*S2011-06-07 07:06

65 楼

genentech?
master w/ 3 yr can early 140k?

【在 l******d 的大作中提到】

: “
: 我呢在北京美资企业（提名大家都知道就不说了）
: 现在在南旧金山附近生物公司(提名大家都知道所以也不说了)
: ”
: 就不说，说出来羡慕死你们丫的。
: 青楼出来卖的，一般也是犹抱琵琶半遮面的。

y*h2011-06-07 07:06

66 楼

可怜的wsn为了15万刀……唉。

【在 d******a 的大作中提到】

: 吼吼，终于见着这位奶奶了。
: http://tbh784.spaces.live.com/default.aspx

d*a2011-06-07 07:06

67 楼

今天一早发现SPACE里的头像照被删除了，还以为丫想出名想疯了，本还想帮她一把呢。

【在 d******a 的大作中提到】

: 吼吼，终于见着这位奶奶了。
: http://tbh784.spaces.live.com/default.aspx