我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？# Biology - 生物学
d*n
1 楼
我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
s*s
2 楼
chip一下看看？
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
m*5
3 楼
构成回文？homeodomain?
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
K*4
4 楼
你用A 的转录结合位点在整个基因组上搜索
会找到非常多的hits，其中很多是false positive。
对于你这个情况，如果单单是基于出现的这两个位点而提出假设，往往很危险。
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
会找到非常多的hits，其中很多是false positive。
对于你这个情况，如果单单是基于出现的这两个位点而提出假设，往往很危险。
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
H*g
5 楼
A simple answer is" no,very unlikely".
A complicate one is "who knows", find more evidence, form your own
hypothesis and related aims; then, go ahead to test it. Even you get yeast 1
-hybrid as well as gel shift to show the binding, you still need to show
such binding is biological meaningful.
我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
A complicate one is "who knows", find more evidence, form your own
hypothesis and related aims; then, go ahead to test it. Even you get yeast 1
-hybrid as well as gel shift to show the binding, you still need to show
such binding is biological meaningful.
我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
l*1
6 楼
>，而且
距离not 很近，but so far and also 构成回文序列。then B是A的下游基因的概率
will be higher than 距离很近
pls refer
Boettiger AN et al. (2011).
Transcriptional regulation: effects of promoter proximal pausing on speed,
synchrony and reliability.
PLoS Comput Biol. 7: e1001136.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21589887
cited its
Discusion
>
Speed, synchrony, degree of cell–to–cell variability, and
robustness to environmental fluctuations are important features
of transcription. They are properties of the system rather than of a
particular gene, DNA regulatory sequence, or gene product taken
in isolation, and optimizing them can, for instance, reduce the
frequency of mis-patterning events that arise due to the inherently
stochastic nature of gene expression. Understanding how these
properties emerge, the mechanism by which they change, and the
tradeoffs involved in optimizing them all require tractable models
of transcription.
-----
【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
距离not 很近，but so far and also 构成回文序列。then B是A的下游基因的概率
will be higher than 距离很近
pls refer
Boettiger AN et al. (2011).
Transcriptional regulation: effects of promoter proximal pausing on speed,
synchrony and reliability.
PLoS Comput Biol. 7: e1001136.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21589887
cited its
Discusion
>
Speed, synchrony, degree of cell–to–cell variability, and
robustness to environmental fluctuations are important features
of transcription. They are properties of the system rather than of a
particular gene, DNA regulatory sequence, or gene product taken
in isolation, and optimizing them can, for instance, reduce the
frequency of mis-patterning events that arise due to the inherently
stochastic nature of gene expression. Understanding how these
properties emerge, the mechanism by which they change, and the
tradeoffs involved in optimizing them all require tractable models
of transcription.
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【在 d*******n 的大作中提到】
: 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
: 距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？
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