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问个深度测序的问题
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问个深度测序的问题# Biology - 生物学
C*g
1 楼
【 以下文字转载自 FleaMarket 讨论区 】
发信人: KennyD (|-==-|), 信区: FleaMarket
标 题: Re: “虎年虎语” 春节包子活动
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 11 20:08:14 2010, 美东)
护士猛如虎
医生如武松
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m*m
2 楼
把那个Kingston V+ SSD装x61s
发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
后来才想起来有那个SATA的限制
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h*g
3 楼
用kibana 制作两级的 dashboard，如果想点击第一级的dashboard 中的某一天，弹出
第二级的 dashboard，并且只显示这一天的结果。怎么实现呢？就是说怎么把day作为
参数传给第二级的 dashboard？
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w*i
4 楼
50×测序深度
是啥意思啊？ 是不是数字越大代表获得的信息越多？
还有，经常说到44M， 这个是测序结果的信息量44mega 吗？
求解
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L*y
5 楼
刷sata2

把那个Kingston V+ SSD装x61s
发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
后来才想起来有那个SATA的限制

【在 m****m 的大作中提到】
: 把那个Kingston V+ SSD装x61s
: 发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
: 后来才想起来有那个SATA的限制
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s*y
6 楼
你只要加一个时间的filter 把时间作为一个query传给搜索对象就可以了
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b*r
7 楼
就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
次数越多，潜在的错误就越容易被修正
50x基本上已经是天文数字了
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A*s
8 楼
貌似4k的水平就是机械硬盘的2倍而已。。。彻底服了。。。
都不知道这个主控是怎么实现的，莫非做了内部限速？ lol

【在 m****m 的大作中提到】
: 把那个Kingston V+ SSD装x61s
: 发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
: 后来才想起来有那个SATA的限制
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j*x
9 楼
对于In-deep sequencing而言, 50X的coverage只能算是入门级

【在 b****r 的大作中提到】
: 就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
: 次数越多，潜在的错误就越容易被修正
: 50x基本上已经是天文数字了
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m*m
10 楼
有带slic2.1的么？

【在 L*****y 的大作中提到】
: 刷sata2
:
: 把那个Kingston V+ SSD装x61s
: 发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
: 后来才想起来有那个SATA的限制
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m*r
11 楼
Agree!~

【在 j****x 的大作中提到】
: 对于In-deep sequencing而言, 50X的coverage只能算是入门级
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A*s
12 楼
俄国人做的那个就是带SLIC，带白名单的

【在 m****m 的大作中提到】
: 有带slic2.1的么？
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d*p
13 楼
For my understanding, 44M equals to 44 million reads or sequences per lane.
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m*m
14 楼
回家Google
单位里好多都给Block了

【在 A*****s 的大作中提到】
: 俄国人做的那个就是带SLIC，带白名单的
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s*s
15 楼
测序都是鸟枪法，也就是黑布袋里随便抓一段DNA测，测完再去抓。
1x意思就是100m的genome，你测序总量也到了100m, 但是实际上必然
很多序列测了多次，很多序列没测到。一般看genome 30x是至少，
做到50x甚至100x都可能。

【在 w*****i 的大作中提到】
: 50×测序深度
: 是啥意思啊？ 是不是数字越大代表获得的信息越多？
: 还有，经常说到44M， 这个是测序结果的信息量44mega 吗？
: 求解
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A*s
16 楼
就算你是正版OEM机，也会被随机的block
只要重新激活一边就可以了

【在 m****m 的大作中提到】
: 回家Google
: 单位里好多都给Block了
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D*9
17 楼
50x可能还不够
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m*m
18 楼
我的意思是网站给Block了

【在 A*****s 的大作中提到】
: 就算你是正版OEM机，也会被随机的block
: 只要重新激活一边就可以了
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w*i
19 楼
谢谢大家~50x 的意思明了了。
这个44M 还没懂。 看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
这三个数字（38,44,50）有啥意义吗 为啥没有40M，45M ?
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c*6
21 楼
这个是做target enrichment的时候你要富集的exome的size
就是三个不同的design

【在 w*****i 的大作中提到】
: 谢谢大家~50x 的意思明了了。
: 这个44M 还没懂。 看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
: 这三个数字（38,44,50）有啥意义吗 为啥没有40M，45M ?
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s*x
23 楼
补充一点，在这个例子中，如果你用solexa，每个read是36bp的话，100m/36 = 2.7
million monoclonal reads, 就可以claim 1X coverage了

【在 s******s 的大作中提到】
: 测序都是鸟枪法，也就是黑布袋里随便抓一段DNA测，测完再去抓。
: 1x意思就是100m的genome，你测序总量也到了100m, 但是实际上必然
: 很多序列测了多次，很多序列没测到。一般看genome 30x是至少，
: 做到50x甚至100x都可能。
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A*s
24 楼
sure

【在 m****m 的大作中提到】
: thanks a lot!
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w*i
25 楼
不好意思，三个不同的design
是啥意思
我知道capture的时候，有的用 oligos, 有的用chip
你的意思是设计oligo/chip时候就限制了exome的size 是38M,44M,50M?

【在 c**********6 的大作中提到】
: 这个是做target enrichment的时候你要富集的exome的size
: 就是三个不同的design
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m*m
26 楼
x64的Win7下还不能直接刷
索性在SSD上装32位的Win7后刷
刷过后SSD到180M/s
原有的Seagate 7200.3只有85M/s
这下纠结了

【在 A*****s 的大作中提到】
: sure
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c*6
27 楼
就是三个不同的exome capture的design
最早的design是38M，然后出了v2是44M，加了一些新的或者以前没有包括的exon，然后
又出了50M的design

【在 w*****i 的大作中提到】
: 不好意思，三个不同的design
: 是啥意思
: 我知道capture的时候，有的用 oligos, 有的用chip
: 你的意思是设计oligo/chip时候就限制了exome的size 是38M,44M,50M?
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A*s
28 楼
64位是没法刷，我也是装了个32位系统刷的
我的intel连续读写能跑到250以上，不过都是浮云，4K才是要命的
你注意分区对齐什么的问题了么？

【在 m****m 的大作中提到】
: x64的Win7下还不能直接刷
: 索性在SSD上装32位的Win7后刷
: 刷过后SSD到180M/s
: 原有的Seagate 7200.3只有85M/s
: 这下纠结了
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w*i
29 楼
不好意思啊各位，跟进再问一声，
50M 是不是差不多cover了所有exome啦
人的exome不是说是基因组的1%，那大小最多也就几十M吧
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m*m
30 楼
啥是分区对齐？
HDtune的CPU占有率很有趣
SSD是11%
320G HD是 -1%
这个320G分过区，不知是不是对速度有影响

【在 A*****s 的大作中提到】
: 64位是没法刷，我也是装了个32位系统刷的
: 我的intel连续读写能跑到250以上，不过都是浮云，4K才是要命的
: 你注意分区对齐什么的问题了么？
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A*s
31 楼
我的CPU占用也是10.2%。。。
分区对齐的话，看看科普文即可：
http://bbs.pceva.com.cn/thread-9271-1-1.html，搜索Q5

【在 m****m 的大作中提到】
: 啥是分区对齐？
: HDtune的CPU占有率很有趣
: SSD是11%
: 320G HD是 -1%
: 这个320G分过区，不知是不是对速度有影响
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