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how to analyze microRNA and mRNA microarray data set together?

how to analyze microRNA and mRNA microarray data set together?# Biology - 生物学

f*c2011-07-31 07:07

1 楼

If you receive an email with attachment from
r***********[email protected]
confirming your application to google.
It is fraudulent.
Do not open the attachment. It contains virus.
Delet it right away.
See
http://www.google.com/support/forum/p/Web%20Search/thread?tid=4871c5c3cc93d641&hl=en

S*e2011-07-31 07:07

2 楼

当初他敲定了T和苹果的合作，垄断了iPhone一段时间,不过T也没有比别人好。现在手
里收了一堆破烂。。。尽管如此，他那时的眼光还算可以吧（听他经过那时他看到乔布
斯给他的爱疯的原型演示，就下本钱大力支持）？

c*e2011-07-31 07:07

3 楼

I have two sets of microarray data, mRNA and microRNA, in the same samples.
I need a bioinformatic tool to help me find the connection between the
significantly differentially expressed microRNA and mRNA, and identify the
pathway involved in this interaction. Anybody has good suggestions? Thanks!!

c*n2011-07-31 07:07

4 楼

have not received such emails yet, but thanks for letting us know.

【在 f*****c 的大作中提到】

: If you receive an email with attachment from
: r***********[email protected]
: confirming your application to google.
: It is fraudulent.
: Do not open the attachment. It contains virus.
: Delet it right away.
: See
: http://www.google.com/support/forum/p/Web%20Search/thread?tid=4871c5c3cc93d641&hl=en

g*t2011-07-31 07:07

5 楼

第一：
人身上带一个headless android盒子作为control。屏幕作为view放在别的设备上。这
个是可能的。
(view 不可能是glasses。我多年前和goog glasses的人做过项目。调试过好几个月。
后来因为鸡毛鸭血的问题，... 本身这个设备很好。但是无法覆盖大多数场景。
康宁，就是以前Steve Jobs找来做玻璃那个公司以前有个广告的思路我觉得是对的）
view 可以半年更新一次。control可以3年更新一次。
市场证明了的软件的MVC结构，本身就证明这种硬件布局是合理的。
假设现在的硬件布局为X. 新布局为Y. Y也是一个平衡点。
这点我认为合理。然而要有足够的资金来推动。这个要详细测算才行。
说实话ATT乱的一屁。内部manger都跟外面有长期关系好的外包公司。曾经居然还有
manager写
slides七扭八歪找到我给支招。
第二：
在Steve Jobs以前。手机公司都是跪着的。ATT这些公司是手机公司的爷爷。Steve
Jobs是第一个站着把钱赚了的。这CEO的意思就是要回去过去的格局。这一点，很难让
做硬件的买账。你要把Android联盟清理掉，难度太高了。试问一人可以把蟑螂杀光吗
？是个人就能定制Android,开个自己的app store。
综合来讲。我觉得他也就是说说。Steve Jobs都收拾不了Android,他行吗？

j*x2011-07-31 07:07

6 楼

推荐Partek Genomics Suite，个人认为是目前最好的高通量数据分析软件：跨平台，
能够整合分析各类芯片及NGS数据，下游扩展也很丰富。不过软件卖的比较贵。
如果你对bioinformatics及其相关软件不是很熟悉，那么不建议从原始数据开始处理。
通常一般从公司或者core facility拿到processed data之后，那么可以尝试使用一些
现成的webserver，比如：
MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining
biological functions of microRNA expression
Nucl. Acids Res. (2009) 37 (suppl 2): W356-W362.
http://129.79.244.122/~MMIA/

.
!!

【在 c****e 的大作中提到】

: I have two sets of microarray data, mRNA and microRNA, in the same samples.
: I need a bioinformatic tool to help me find the connection between the
: significantly differentially expressed microRNA and mRNA, and identify the
: pathway involved in this interaction. Anybody has good suggestions? Thanks!!

d*c2011-07-31 07:07

7 楼

康明斯一般专指柴油机公司，你说的一般叫康宁

t*d2011-07-31 07:07

8 楼

很好的信息。谢谢！
顺便打听一下 Partek Genomics Suite 价钱？是不是按年收费？

【在 j****x 的大作中提到】

: 推荐Partek Genomics Suite，个人认为是目前最好的高通量数据分析软件：跨平台，
: 能够整合分析各类芯片及NGS数据，下游扩展也很丰富。不过软件卖的比较贵。
: 如果你对bioinformatics及其相关软件不是很熟悉，那么不建议从原始数据开始处理。
: 通常一般从公司或者core facility拿到processed data之后，那么可以尝试使用一些
: 现成的webserver，比如：
: MicroRNA and mRNA integrated analysis (MMIA): a web tool for examining
: biological functions of microRNA expression
: Nucl. Acids Res. (2009) 37 (suppl 2): W356-W362.
: http://129.79.244.122/~MMIA/
:

g*t2011-07-31 07:07

9 楼

fixed, thanks

【在 d******c 的大作中提到】

: 康明斯一般专指柴油机公司，你说的一般叫康宁

j*x2011-07-31 07:07

10 楼

有几种不同的授权方式，自个儿实验室单买的话大概是2000$/Year。目前有很多大学/
研究所都买的group license，但是算下来也不便宜。

【在 t*d 的大作中提到】

: 很好的信息。谢谢！
: 顺便打听一下 Partek Genomics Suite 价钱？是不是按年收费？

n*t2011-07-31 07:07

11 楼

Jobs 并不一定想收拾android，他最多就是看到狗这个东西恶心而已。
没有狗，就有无数别的硬件公司和他竞争。现在他和狗分别处在垄断地位，但是一般人
还看不出来不会被拆。

【在 g****t 的大作中提到】

: 第一：
: 人身上带一个headless android盒子作为control。屏幕作为view放在别的设备上。这
: 个是可能的。
: (view 不可能是glasses。我多年前和goog glasses的人做过项目。调试过好几个月。
: 后来因为鸡毛鸭血的问题，... 本身这个设备很好。但是无法覆盖大多数场景。
: 康宁，就是以前Steve Jobs找来做玻璃那个公司以前有个广告的思路我觉得是对的）
: view 可以半年更新一次。control可以3年更新一次。
: 市场证明了的软件的MVC结构，本身就证明这种硬件布局是合理的。
: 假设现在的硬件布局为X. 新布局为Y. Y也是一个平衡点。
: 这点我认为合理。然而要有足够的资金来推动。这个要详细测算才行。

t*d2011-07-31 07:07

12 楼

非常感谢！
这个价钱还不算太黑。毕竟是小众软件。

【在 j****x 的大作中提到】

: 有几种不同的授权方式，自个儿实验室单买的话大概是2000$/Year。目前有很多大学/
: 研究所都买的group license，但是算下来也不便宜。

g*t2011-07-31 07:07

13 楼

是這樣的。地球上最大的社會學家，世界體系學說的發明人臥樂斯坦，他有一個理論。
他就說美國和
蘇聯的冷戰是一場針對第三世界國家的陰謀。是一個聯合起來共同管理世界，剝削其他國
家的架構。所以毛泽东弄了个第三世界理论，让周恩来去开万隆会议。从战略高度的层
面来讲，太祖水平还是不错的。不过有点眼高手低了。

: Jobs 并不一定想收拾android，他最多就是看到狗这个东西恶心而已。

: 没有狗，就有无数别的硬件公司和他竞争。现在他和狗分别处在垄断地位
，但是
一般人

: 还看不出来不会被拆。

【在 n******t 的大作中提到】

: Jobs 并不一定想收拾android，他最多就是看到狗这个东西恶心而已。
: 没有狗，就有无数别的硬件公司和他竞争。现在他和狗分别处在垄断地位，但是一般人
: 还看不出来不会被拆。

c*e2011-07-31 07:07

14 楼

I am learning MMIA now. Thanks for the information.
Is cytospace a good tool to do this too?
Besides microRNA and mRNA, I also have 450K DNA methylation array data from the
same matched samples. Will Partek Genomics Suite integrate all of the data together?
Thanks!

【在 j****x 的大作中提到】

n*t2011-07-31 07:07

15 楼

我覺得，美國和蘇聯的陰謀，不光是針對第三世界的。美國的真正敵人其實一直是歐洲
，美國的文明程度，人口素質並不比歐洲高。由蘇聯這個屌絲盯住歐洲，自己可以維持
壟斷。
中共可怕的地方在於讓美國意識到自己可以用來取代蘇聯的位置，這一點明確之後，美
國對共產黨的人權問題就完全是睜一隻眼閉一隻眼了。

他國

【在 g****t 的大作中提到】

: 是這樣的。地球上最大的社會學家，世界體系學說的發明人臥樂斯坦，他有一個理論。
: 他就說美國和
: 蘇聯的冷戰是一場針對第三世界國家的陰謀。是一個聯合起來共同管理世界，剝削其他國
: 家的架構。所以毛泽东弄了个第三世界理论，让周恩来去开万隆会议。从战略高度的层
: 面来讲，太祖水平还是不错的。不过有点眼高手低了。
:
:
: Jobs 并不一定想收拾android，他最多就是看到狗这个东西恶心而已。
:
: 没有狗，就有无数别的硬件公司和他竞争。现在他和狗分别处在垄断地位
: ，但是
: 一般人