关于RNA-seq的问题 - 未名空间MITBBS历史存档

p*e2013-04-19 07:04

1 楼

之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计
tenure没有问题。坏处就是地理位置比较偏学校太一般，去了基本未来拿项目或者跳
槽相对都会受限制。
第三个是保险公司的consultant职位，好处是地理位置不错中型城市，生活成本不高，
老板和团队感觉也都很好，工资给到85k。坏处是如果去了以后就跟科研说再见了。。。
个人感觉后两个相对稳定，第一个有挑战，工资虽然低而且是薄厚，但是做的好未来发
展更有潜力。请教版上的过来人有什么好的建议吗。非常感谢！

y*n2013-04-19 07:04

2 楼

快过生日了，跟zt说你买个tiller送给我吧，被拒绝，让我换一个
理由很多，到时候我不会自己用，会指挥他（那又有什么问题？老公是干什么的？！）
根本没有那么大院子需要翻（所以不用翻地机，我现在都是手持铁锹翻地啊！）
我说那好吧，我想弄个compost bin，被否决，让我再换
说咱家没那么多垃圾，招苍蝇，你就现在有新鲜劲儿，时间长了也就是堆那里
我心说在我眼里，咱家最没新鲜劲儿的就是您这个大活人了好不好？！
我说那你亲手给我做一个raised bed，又省钱，又汗滴，多浪漫呀
他竟然说我公公整天闲着有空，让他去做好了，他只负责设计的部分
安装滴灌系统，修剪几棵果树就是最终推给我公公，现在又这样，唉

f*h2013-04-19 07:04

3 楼

大家好，我有一些RNA-seq的数据，是bacteria的，所以没有alternative-splicing这
些东西，是single-ended，不是strand-specific，现在我用cufflinks找了一些
transcript，我先在想知道这些所谓“transcript”中某一段的expression level，应
该用什么方法计算呢？谢了

r*k2013-04-19 07:04

4 楼

在这个版面大多数人会支持第二个。

l*d2013-04-19 07:04

5 楼

离！

c*32013-04-19 07:04

6 楼

第一步是map到reference genome
我估计你已经做了
第二步就是计算一下每个gene的counts作为表达量
需要用到第一步的结果，软件的话可以用HTSeq

m*c2013-04-19 07:04

7 楼

不见得。第二个看上去是最差的选择。 3 looks good, 1 is also OK, good
location.

【在 r********k 的大作中提到】

: 在这个版面大多数人会支持第二个。

T*m2013-04-19 07:04

8 楼

他这是在变相爱你疼你呢！
你公公不就是他爸爸吗？他自己不做，叫他爸爸做raised bed?

f*h2013-04-19 07:04

9 楼

只是预测transcript的一段也可以吗？另外我还考虑用fpkm。不知道合不合理。

【在 c***3 的大作中提到】

: 第一步是map到reference genome
: 我估计你已经做了
: 第二步就是计算一下每个gene的counts作为表达量
: 需要用到第一步的结果，软件的话可以用HTSeq

q*n2013-04-19 07:04

10 楼

没身份的话，无脑2

【在 m***c 的大作中提到】

: 不见得。第二个看上去是最差的选择。 3 looks good, 1 is also OK, good
: location.

l*d2013-04-19 07:04

11 楼

师傅得用买买提常用语！

【在 T*******m 的大作中提到】

: 他这是在变相爱你疼你呢！
: 你公公不就是他爸爸吗？他自己不做，叫他爸爸做raised bed?

r*42013-04-19 07:04

12 楼

3>1>2

T*m2013-04-19 07:04

13 楼

“离”是常用语？

【在 l*********d 的大作中提到】

: 师傅得用买买提常用语！

b*e2013-04-19 07:04

14 楼

工资给到65k-70k左右。。。
想想几年前还在弯曲薄厚35k。。。不过没小孩。

【在 p****e 的大作中提到】

: 之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
: ，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
: 求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
: 第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
: 多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
: 申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
: ，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
: 己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
: 第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
: 20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计

l*d2013-04-19 07:04

15 楼

嗯哪！

【在 T*******m 的大作中提到】

: “离”是常用语？

K*22013-04-19 07:04

16 楼

肯定要选1，然后等一两年，再找一次工作

j*p2013-04-19 07:04

17 楼

哈哈。这个LG该打

z*e2013-04-19 07:04

18 楼

加州湾区的话无脑1，别的不说光天气就多少钱也买不到。2完全不用考虑，33教学量你
就毁了。

【在 p****e 的大作中提到】

: 之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
: ，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
: 求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
: 第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
: 多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
: 申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
: ，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
: 己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
: 第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
: 20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计

y*82013-04-19 07:04

19 楼

继续“温柔的坚持，脆弱的要求”，生日礼物一定会有的。呵呵。

H*T2013-04-19 07:04

20 楼

1是公司研发部门的薄厚，这也是为什么工资那么高的原因。不过你要看看他们发的文
章怎么样，是不是只做研究，不注重发文章。公司比较不像NIH和大学那么注重论文。
如果没有大文章，凭着你博士期间发的29篇论文（IF 总共52）都不一定能再次找到2这
样的教职。当然，两年后再找业界的工作应该比3要好。
你今年能找到2这样的教职的原因是你是fresh graduate, 文章不少，有教学经验，有
一些学生能申请的travel award和Early Career Investigators Award什么的。在公司
里你基本上不可能申请什么NIH的grant,一两年后你的简历在SC看来可能更差。
综合来说，如果你喜欢教学和研究，选2，能折腾的话，将来也可以去排名更高的学校
。想去业界，选3或1都不错。

【在 K*****2 的大作中提到】

: 肯定要选1，然后等一两年，再找一次工作

h*e2013-04-19 07:04

21 楼

温柔的坚持，脆弱的要求，结果不理想啊

【在 y***n 的大作中提到】

: 快过生日了，跟zt说你买个tiller送给我吧，被拒绝，让我换一个
: 理由很多，到时候我不会自己用，会指挥他（那又有什么问题？老公是干什么的？！）
: 根本没有那么大院子需要翻（所以不用翻地机，我现在都是手持铁锹翻地啊！）
: 我说那好吧，我想弄个compost bin，被否决，让我再换
: 说咱家没那么多垃圾，招苍蝇，你就现在有新鲜劲儿，时间长了也就是堆那里
: 我心说在我眼里，咱家最没新鲜劲儿的就是您这个大活人了好不好？！
: 我说那你亲手给我做一个raised bed，又省钱，又汗滴，多浪漫呀
: 他竟然说我公公整天闲着有空，让他去做好了，他只负责设计的部分
: 安装滴灌系统，修剪几棵果树就是最终推给我公公，现在又这样，唉

k*y2013-04-19 07:04

22 楼

1 genentech?

f*a2013-04-19 07:04

23 楼

加油加油，等后续

b*52013-04-19 07:04

24 楼

如果是我，我选3

c*p2013-04-19 07:04

25 楼

我这几年的生日礼物都是hd的土，还要自己去抗，555！

z*t2013-04-19 07:04

26 楼

2是一定不要考虑的
1和3不错
另外加州不像楼上说的那么好
树太少，我在加州待三天以上就开始不适应

M*72013-04-19 07:04

27 楼

现在不是女主人说了算吗?

r*o2013-04-19 07:04

28 楼

我是在公司的，我个人建议，这几个offer都差不太多，不是特别好也不是特别差，我
个人是觉得2可能稍好一点，3次之，选择1的65k在加州有家会比较紧张。
不过差距也不是很大，不是死的，完全可能转化，关键看你怎么奋斗，怎么把握机会，
命运是掌握在自己手中的。

a*g2013-04-19 07:04

29 楼

全买了摆在家里问他选哪个送给你，其余的自己送给自己

【在 y***n 的大作中提到】

: 快过生日了，跟zt说你买个tiller送给我吧，被拒绝，让我换一个
: 理由很多，到时候我不会自己用，会指挥他（那又有什么问题？老公是干什么的？！）
: 根本没有那么大院子需要翻（所以不用翻地机，我现在都是手持铁锹翻地啊！）
: 我说那好吧，我想弄个compost bin，被否决，让我再换
: 说咱家没那么多垃圾，招苍蝇，你就现在有新鲜劲儿，时间长了也就是堆那里
: 我心说在我眼里，咱家最没新鲜劲儿的就是您这个大活人了好不好？！
: 我说那你亲手给我做一个raised bed，又省钱，又汗滴，多浪漫呀
: 他竟然说我公公整天闲着有空，让他去做好了，他只负责设计的部分
: 安装滴灌系统，修剪几棵果树就是最终推给我公公，现在又这样，唉

z*e2013-04-19 07:04

30 楼

321...2最稳定，发展没啥。。不转码农去加州意义不大，package又跟it差那么多。。
3没有什么明显缺点，地理位置，package，今后的发展。。

b*h2013-04-19 07:04

31 楼

哪有送老婆tiller当生日礼物的，哈哈

【在 y***n 的大作中提到】

: 快过生日了，跟zt说你买个tiller送给我吧，被拒绝，让我换一个
: 理由很多，到时候我不会自己用，会指挥他（那又有什么问题？老公是干什么的？！）
: 根本没有那么大院子需要翻（所以不用翻地机，我现在都是手持铁锹翻地啊！）
: 我说那好吧，我想弄个compost bin，被否决，让我再换
: 说咱家没那么多垃圾，招苍蝇，你就现在有新鲜劲儿，时间长了也就是堆那里
: 我心说在我眼里，咱家最没新鲜劲儿的就是您这个大活人了好不好？！
: 我说那你亲手给我做一个raised bed，又省钱，又汗滴，多浪漫呀
: 他竟然说我公公整天闲着有空，让他去做好了，他只负责设计的部分
: 安装滴灌系统，修剪几棵果树就是最终推给我公公，现在又这样，唉

A*u2013-04-19 07:04

32 楼

加州也分地方，如果不是湾区的话65k还算可以了，很多地方消费水平比东岸大城市低
多了。我们在洛杉矶两口子一年50k很舒服，而且天气也很好。加州这个地方一般喜欢
的人不想走（比如我讨厌下雨就很爱LA），讨厌的人待不住（我朋友喜欢温润气候很快
搬去西雅图了），看你们喜好了。个人推荐1

l*12013-04-19 07:04

33 楼

要来的生日礼物不稀罕！还不如自己先买了然后通知LD，“生日礼物不用买了，俺已经
置办了”。

K*22013-04-19 07:04

34 楼

可以看出你还是想做research的，所以2是绝对不能考虑！teaching load重不说，工资
还这么低。在你这个专业teaching似乎也不算很重要的方面。

【在 p****e 的大作中提到】

: 之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
: ，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
: 求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
: 第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
: 多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
: 申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
: ，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
: 己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
: 第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
: 20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计

s*e2013-04-19 07:04

35 楼

光比offer本身没意义。还要结合你自己的情况。
如果你才三十出头或更年轻，无孩，无身份顾虑，就去1。
如果你35往上，为了全家和自己已不长的工作寿命，还是2，或退之求3，不要折腾了，
家庭稳定是第一位。

G*n2013-04-19 07:04

36 楼

个人观点2
2稳定，以后自己还可以搞点东西。拿到谈牛可以再换学校。
3基本不用考虑，这种consulting机会多的是，而且很累，项目跟客户走，干不了几年
，随时可能没项目做。基本远离你想做的事情。除非你喜欢和人打交道。不过那样不如
回国，国内就是跟人打交到。
1可以考虑，但不确定性太大。人应该先抓住个稳定的再说。

【在 p****e 的大作中提到】

: 之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
: ，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
: 求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
: 第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
: 多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
: 申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
: ，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
: 己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
: 第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
: 20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计

z*c2013-04-19 07:04

37 楼

3+3的teaching load, 估计你只能暑假做research

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 11

【在 p****e 的大作中提到】

: 之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
: ，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
: 求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
: 第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
: 多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
: 申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
: ，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
: 己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
: 第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
: 20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计

m*t2013-04-19 07:04

38 楼

选1或者2
3不建议考虑，因为3的工作是随时都大把的

【在 p****e 的大作中提到】

: 之前申请一直在版上刷帖，学习收获了很多，感谢各位发考题！我是公卫流行病专业的
: ，现在面试基本告一段落，拿到三个比较想去的offer，有利有弊，不知如何取舍。请
: 求版上的老师们帮忙分析一下给一些建议。
: 第一个是公司研发部门的薄厚，好处是跟的老板人很不错，推学生，手里好的项目也很
: 多。2年内除了给老板打工，肯定可以跟老板学习不少东西，也能攒一些好文章和独立
: 申请项目的经验。公司在业界非常被认可，两年结束做的好很有可能留在公司或者药厂
: ，也可以去Tie1的好学校做TT AP。只是地理位置在加州，生活成本相对高一些，我自
: 己无所谓，就是担心携家带口会让老婆吃苦。工资给到65k-70k左右。
: 第二个是没排名的学校TT AP，9month 3/3 teaching load. 工资65k ，夏天教书10k-
: 20k。好处是系刚成立，系主任和同事都非常nice，TT的要求也不高，5年以后估计